前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了,网红教授宣传得很成功,功能也比较强大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化.简单总结下用法,以后用时可直接找来用. 首先考虑一个问题:clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注释信息来自哪里? GO的注释信息来自Bioconductor,提供了19个物种的org类型的GO注释信息,如下表所示.Bioconductor中更多的注释包可参考http://www.bioconductor.org/packages/rel

http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)是一种生物信息学的计算方法,用于确定是否存在这样一个基因集,能在两个生物学状态中显示出显著的一致性的差异.表达谱数据里的基因数目众多,我们需要对基因进行功能注释,看哪些基因属于同一通路,以及该通路上的上调.下调情况,这就是富集分析了. 例如2019年4月在Cancer cell(PMID 30991027)上发表的一篇文章中有一张

RNA-seq是利器,大部分做实验的老板手下都有大量转录组数据,所以RNA-seq的分析需求应该是很大的(大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧). 普通的转录组套路并不多,差异表达基因.富集分析.WGCNA network以及一些没卵用的花式分析.DEG分析是基础,up and down,做个富集,了解一下处理后到底是什么通路被改变了:WGCNA主要就是根据相关性来找出一些co-express的gene module. 单细胞的转录组的玩法就比较多了,可以理解为超多样本的普通转录组,普通转录

我们使用EF Core的实体类向SQL Server数据库表中插入数据后,如果数据库表中有自增列或默认值列,那么EF Core的实体对象也会返回插入到数据库表中的默认值. 下面我们通过例子来展示,EF Core是怎么获取数据库的默认值的.首先我们建立一个.NET Core控制台项目,然后引入EF Core所需的NuGet包. 获取自增列值 我们在SQL Server数据库中建立一个表Person,该表有一个自增列ID为主键: CREATE TABLE [dbo].[Person]( ,) NOT

本文对应<R语言编程艺术>第2章:向量:第3章:矩阵和数组:第4章:列表:第5章:数据框:第6章:因子和表 ========================================================================= R语言最基本的数据类型就是向量(vector),单个数值和矩阵都是向量的一种特例. 声明:R中不需要声明变量,但是注意函数式语言的特性,如果读写向量中的元素时,R事先不知道对象是向量的话,则函数没有执行的对象.如下代码是无法工作的: y[1]

SQL语句 在一个表中插入新字段: alter table 表名 add 字段名 字段类型 例: alter table OpenCourses add Audio varchar(50)alter table ListenCourses add Audio varchar(50)

统计学上分布有很多,在R中基本都有描述.因能力有限,我们就挑选几个常用的.比较重要的简单介绍一下每种分布的定义,公式,以及在R中的展示. 统计分布每一种分布有四个函数:d――density(密度函数),p――分布函数,q――分位数函数,r――随机数函数.比如,正态分布的这四个函数为dnorm,pnorm,qnorm,rnorm.下面我们列出各分布后缀,前面加前缀d.p.q或r就构成函数名:norm:正态,t:t分布,f:F分布,chisq:卡方(包括非中心) unif:均匀,exp:指数,wei

这段时间稍微有点空闲,把前一段学习Android做过的一些小项目整理整理.虽然没有什么工程量很大的项目,但是对于一个新手,解决这些问题还是花了一段时间.感觉还是非常有记录的意义呢~~~么么哒*—* 今天要说明的这个项目,是要在Android手机里伪造一条短信,也就是在短信箱中插入一条自定义的短信,看上去就像自己的手机里收到了新的信息,但其实这并不是一条通过通信运营商的网络发过来的信息,这是一条假的信息. 在Android4.4之前的版本,往短信箱插入信息很方便,所以这个对用户来说很有威胁的漏洞,

1.主键自增实现方法:http://www.cnblogs.com/Donnnnnn/p/5959871.html 2.for循环往Oracle中插入n条数据 BEGIN .. loop insert into S_Depart(departId,Departname,Departorder)values(S_S_Depart.Nextval,); end loop; end; 上面循环了50次 执行后,记得commit提交.....

TWaver是一款强大的图形界面开发组件,可以很方便地集成到其他开发工具中.今天就用一个小例子来操练如何结合TWaver和EasyUI进行网页开发. 准备工作 俗话说他山之玉可以直接拿来,EasyUI的小程序我们直接到其网站上拿一个就好啦,我一眼相中了下图这个有布局.有表格的小例子,咱们就来看看怎么通过添加twaver将其变得图表结合内容丰满. 首先下载配置EasyUI相关文件,复制并运行例子源码————噫?怎么结果与网站上并不太一样,表格中的数据没有了!仔细看看可知数据来源于'datagrid

EditText中插入图片基本就是两种方法: ,通过Html.fromHtml(..)来实现 [mw_shl_code=java,true]eText.append(Html.fromHtml("<img src='" + R.drawable.ohoh + "'/>", imageGetter, null));[/mw_shl_code] ,通过ImageSpan与SpannableString/SpannableStringBuilder. [mw_

<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6, 0,40,0" WIDTH="550" HEIGHT="400" > <PARAM VALUE="my

最常用的向HTML中插入视频的方法有两种,一种是古老的<object></object>标签,一种是html5中的<video></video>标签. 前者的兼容性没得说,但是使用起来不太方便,后者使用起来很方便,但是兼容性让人头疼. 虽然后者兼容性存在很多问题,但是因为使用很方便,符合未来网页设计发展的趋势,因此我们以后者为主要的插入视频的方法,因为它兼容性的问题,前者作为辅助. 代码如下: <video width="602px"

当向mysql中插入大量数据时,可以使用微软的批处理方式.这样可以防止内存溢出又提高了效率.我写了一个mysql中插入多条记录的例子.赋值代码可以直接使用. 1.首先需要添加两个dll MySql.Data.dll和MySqlBulkCopy.dll 2.把MySqlHelper.cs这个类文件加入到项目中 (我把代码贴出来,复制后建一个MySqlHelper.cs) MySqlHelper.cs using System; using System.Collections.Generic; u

pro 文件中要加入 CONFIG += qaxcontainer 2. main.cpp #include <QApplication> #include <QAxWidget> #include <QAxObject> int main(int argc, char* argv[]) { QApplication app(argc, argv); QAxWidget *word=new QAxWidget("Word.Application", 

对于样本数据的散点图形如函数y=ax2+bx+c的图像的数据, 在python中的拟合过程为: ##最小二乘法 import numpy as np import scipy as sp import matplotlib.pyplot as plt from scipy.optimize import leastsq ''' 设置样本数据,真实数据需要在这里处理 ''' ##样本数据(Xi,Yi),需要转换成数组(列表)形式 Xi=np.array([1,2,3,4,5,6]) #Yi=np.

form:http://blog.csdn.net/luoweifu/article/details/6776240 Java中的50个关键字 关键字也称为保留字,是指java语言中规定了特定含义的标示符.对于保留字,用户只能按照系统规定的方式使用,不能自行定义.Java中有50个常用关键字: 与数据类型相关(10) 关键字 类型 占字节数 备注 boolean 布尔数据类型 1 有true和false两个值 int 整型数据类型 4   long 长整型数据类型 8   short 短整型数据

由于业务场景需求,需要记录精准的时间,但是呢,又不要想使用int类型来存储时间,因为这样的可读性比较差了. 怎样在mybatis中向数据库插入毫秒级别的时间呢? 首先,先来看看怎样向数据库中插入毫秒时间.这是关键问题,如果直接向数据库插入时间都无法完成,那就不要想借助其他工具能完成了. 可以使用mysql客户端工具,插入一个时间,设置为datetime,尝试一下: CREATE TABLE `t_job_record` ( `id` ) unsigned NOT NULL AUTO_INCREM

1.安装bioconductor及go分析涉及的相关包 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") biocLite("DO.db", type = "source") biocLite("BiocUpgrade") biocLite('cluster

向一个数组中插入元素是平时很常见的一件事情.你可以使用push在数组尾部插入元素,可以用unshift在数组头部插入元素,也可以用splice在数组中间插入元素. 但是这些已知的方法,并不意味着没有更加高效的方法.让我们接着往下看…… 向数组结尾添加元素 向数组结尾添加元素用push()很简单,但下面有一个更高效的方法 var arr = [1,2,3,4,5]; var arr2 = []; arr.push(6); arr[arr.length] = 6; arr2 = arr.concat