1)安装载入 ------------------------------------------- if("org.Hs.eg.db" %in% rownames(installed.packages()) == FALSE) {source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("org.Hs.eg.db")}suppressMessages(library(org.Hs.eg.db))

路由类 Gene\Router 介绍 Gene\Router 是gene框架的核心类之一,本框架区别于其他常见框架的最大地方就是独特.强大.简单的路由定义等.路由强大灵活,支持回调.类方法:支持rest.http请求方式(get,post,put,patch,delete,trace,connect,options,head)等: 支持定义全局.局部钩子,每个方法可以定义清理全局钩子等. 实例化 初始化路由,传递缓存key,将会把路由配置缓存起来.Gene\Router如果作为gene_appl

描述 How can millions of different and complex structures be built using only a few simple building blocks? Just ask your DNA. DNA (short for deoxyribonucleic acid) spells out the genetic codes of millions of species, using just four molecules: adenine

题目链接:http://acm.zju.edu.cn/onlinejudge/showProblem.do?problemId=76 解题报告: 1.类似活动安排问题. 2.输出格式要注意. #include <stdio.h> #include <string.h> #include <algorithm> using namespace std; struct gene { int s;///起始 int f;///结束 int index;///编号 } a[];

题目链接:http://acm.zju.edu.cn/onlinejudge/showProblem.do?problemCode=1027 http://poj.org/problem?id=1080 解题报告: 1.类似于LCS 2.gene[i][j]表示str1[i-1]和str2[j-1]的分值串没有,则应该扣分 3.递推公式 temp1=gene[i-1][j-1]+score[_map[str1[i-1]]][_map[str2[j-1]]]; temp2=gene[i-1][j]

生命组学 A gene cluster is part of a gene family. A gene cluster is a group of two or more genes found within an organism's DNA that encode for similar polypeptides, or proteins, which collectively share a generalized function and are often located withi

Enhanced Role of OR Gene Loss (Pseudogenization) in Birds 1.因为文献已经证明(a)基因缺失和得到对于进化有影响,(b)大的基因家族对进化影响更大(because of the broader range of evolutionary pressures that act upon them),所以要研究ORs gene family(big size)对进化的影响: 构建系统生发树:由table4得到鸟类系统生发树: 所以:the o

library(clusterProfiler ) #cat test.txt gene_symbol EXOSC10ARHGEF10LVWA5B1SRRM1PTAFRCSMD2SH3GLB1GBP6ZNF326AKNAD1STRIP1GOLPH3L............... a <- read.table("test.txt",colClasses = "character")b <- a[,1]eg = bitr(b, fromType=&quo

1)简介 edgeR作用对象是count文件,rows 代表基因,行代表文库,count代表的是比对到每个基因的reads数目.它主要关注的是差异表达分析,而不是定量基因表达水平. edgeR works on a table of integer read counts, with rows corresponding to genes and columns to independent libraries. The counts represent the total number of

转自:http://www.biotrainee.com/thread-411-1-1.html 常用数据库 ID ID 示例 ID 来源 ENSG00000116717 Ensemble ID GA45A_HUMAN UniProtKB/Swiss-Prot, entry name A5PJB2_BOVIN UniProtKB/TrEMBL, entry name A2BC19, P12345, A0A022YWF9 UniProt, accession number GLA, GLB, UG

atitit.跨语言实现备份mysql数据库 为sql文件特性 api 兼容性java c#.net php js 1. 两个方法:: bat vs mysqldump(推荐)  vs   lang  api1 2. lang  api基本的原理就是1 3. Mode  only struts and data2 3.1. Php code2 4. Java code3 5. mysqldump --help 参数7 6. 参考13 1. 两个方法:: bat vs mysqldump(推荐) 

可参考博客:http://blog.csdn.net/carzyer/article/details/5117429 Perl常用命令行参数概览 -e 指定字符串以作为脚本(多个字符串迭加)执行 -M/-m 和 use 模块名 一样. 如果不想引入模块的缺省值, 你可以使用 -m. -m模块名 和 use 模块名() 一样. -I (这是一个大写i)指定目录以搜索标准位置前的模块 -w 打开警告 -c 进行语法检查但并不执行程序. -0 (这是个零)跟一个16 进制或8进制数值,指定输入记录分隔

DAVID网站提供了id转换的功能 1 选择上传gene list文件 2 选择上传ID的类型,我们ID-list.txt中的是Ensembl Gene ID,所以这里选ENSEMBL_GENE_ID 3 这个是类型,因为只做ID转换,所以选Gene List就ok了 4 选择你要转换的ID类型,这里我选的ENTREZ_GENE_ID 5 然后选择提交就ok了 bioDBnet 1 输入文件ID类型 2 输出ID类型,这里的Gene ID就是指ENTREZ GENE ID 3 输入ID列表,点击

众多不同的数据库所采用的对 Gene 和 Protein 编号的 ID 也是不同的, 所以在使用不同数据库数据的时候需要进行 ID 转换. 常用数据库 ID ID 示例 ID 来源 ENSG00000116717 Ensemble ID GA45A_HUMAN UniProtKB/Swiss-Prot, entry name A5PJB2_BOVIN UniProtKB/TrEMBL, entry name A2BC19, P12345, A0A022YWF9 UniProt, accessio

题意:两端基因片段,各有明确的碱基序列,现有一个碱基匹配的相似度数组,设计程序使得该相似度最大. //POJ1080-ZOJ1027 //题解:将s1碱基和s2碱基看做等长,添加一个碱基为'-',即每次都将上下碱基相互匹配后再和'-'匹配,找到最优解即可 //即分为三种状态: // 1.s1[i]和s2[j]匹配 // 2.s1[i]和 '-' 匹配 // 3. '-' 和s2[j]匹配 #include <iostream> #include <cstdio> #include

A gene string can be represented by an 8-character long string, with choices from "A", "C", "G", "T". Suppose we need to investigate about a mutation (mutation from "start" to "end"), where ONE m

算法(二)之遗传算法(SGA) 遗传算法(Genetic Algorithm)又叫基因进化算法或进化算法,是模拟达尔文的遗传选择和自然淘汰的生物进化过程的计算模型,属于启发式搜索算法一种. 下面通过下面例子的求解,来逐步认识遗传算法的操作过程.我参考了博客(http://blog.csdn.net/b2b160/article/details/4680853/),这个博客没提供代码,为了新手更好的学习,我用java实现了程序 例:求下述二元函数的最大值: (1) 个体编码           遗

http://gmod.org/wiki/MAKER_Tutorial 简单好用 identify repeats, to align ESTs and proteins to the genome, and to automatically synthesize these data into feature-rich gene annotations, including alternative splicing and UTRs, as well as attributes such as

MySQL中的WITH ROLLUP MySQL的扩展SQL中有一个非常有意思的应用WITH ROLLUP,在分组的统计数据的基础上再进行相同的统计(SUM,AVG,COUNT…),非常类似于Oracle中统计函数的功能,Oracle的统计函数更多更强大. 下面演示单个司机以及所有司机的总行驶里程数和平均行驶里程数: mysql> select name,sum(miles) as 'miles/driver' -> from driver_log group by name with rol

#!/bin/sh g++ -g gene.cpp -o gene g++ -g a.cpp -o a g++ -g b.cpp -o b while true; do  ./gene > input  ./a < input > output  ./b < input > answer  if diff output answer; then   echo AC  else   echo WA   break  fidone 命名:pat.sh