你能给别人讲清楚这个概念吗? 二代测序中,每测一个碱基会给出一个相应的质量值,这个质量值是衡量测序准确度的.碱基的质量值13,错误率为5%,20的错误率为1%,30的错误率为0.1%.行业中Q20与Q30则表示质量值≧20或30的碱基所占百分比.例如一共测了1G的数据量,其中有0.9G的碱基质量值大于或等于20,那么Q20则为90%.         Q20值是指的测序过程碱基识别(Base Calling)过程中,对所识别的碱基给出的错误概率.         质量值是Q20,则错误识别的概率

高通量测序数据下机后得到了fastq的raw_data,通常测序公司在将数据返还给客户之前会做"clean"处理,即得到clean_data.然而,这些clean_data是否真的"clean"呢?首先,我们应该做一下质控.如果质控不合格,就需要一些处理,比如去接头.去除量的reads.(1)去除测序数据中的接头(用到的是fastx_toolkit里面的fastx_clipper工具): Usage: fastx_clipper [-h] [-a ADAPTER]

背景 今天在跑定时任务的过程中,发现有一个任务在设置数据的查询时间范围异常,出现了开始时间戳比结束时间戳大的奇怪现象,计算时间戳的代码大致如下. package com.lingyejun.authenticator; public class IntegerTest { public static void main(String[] args) { long endTime = System.currentTimeMillis(); long startTime = endTime - 30

通常我们下机得到的数据是raw reads,但是公司通常会质控一份给我们,所以到很多人手上就是clean data了.我们再次使用fastqc来进行测序数据质量查看以及结果分析. fastqc的操作: 1. FastQC使用 fastqc -f [bam | sam | fastq] -o [output] [filename1 filename2] 常用选项: -f --format:输入文件格式.[bam,sam,fastq文件格式] -o --outdir:输出文件夹指定 -t --thr

操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc的全部报告,搜索中文教程 具体步骤 [1]SRA文件转换成fastq文件 -----单个文件转换 fastq-dump -- -O outputdir -A file1.sra -----多个文件批量转换 # .编写一个脚本 sra_to_fq.sh ` do fastq-dump -- -O ./

第三章 使用Python进行数字计算 尽管IPython强大的shell和扩展后的控制台能被任何Python程序员使用,但是这个工具最初是科学奖为科学家设计的.它的主要设计目标就是为使用Python进行交互式科学计算提供一个方便易用的环境. IPython只是为NumPy.Scipy.Pandas.Matplotlib等包提供了一个交互式接口,其本身并不提供科学计算的功能.这些工具组合在一起就形成了可以匹敌如Matlab.Mathmatic这样被广泛使用的商业产品的科学计算框架. NumPy提供

第二章 在本章中,我们将详细学习IPython相对以Python控制台带来的多种改进.特别的,我们将会进行下面的几个任务: 从IPython中使用系统shell以在shell和Python之间进行强大的交互式操作: 在甚至不看一个新的Python包的文档的情况下,使用动态自省功能探索Python对象: 在IPython中轻松调试.测度你的代码: 学习如何使用Notebook来提升你交互使用Python的能力. 扩展的shell IPython不仅是一个扩展的Python控制台,它还提供了多种方式

--学习IPython进行交互式Python编程.高性能数字计算和数据可视化 作者:Cyrille Rossant 译者:Tacey Wong 注:仅为个人翻译及学习,多有谬处,E文尚可的推荐阅读英文原版 目录 前言 第一章 开始使用IPython 第二章 使用IPython进行交互式作业 第三章 使用IPython进行数字计算 第四章 交互式连线绘图接口 第五章 高性能和并行化计算 第六章 定制IPython 前言 你也许是一个使用Python作为一种脚本语言进行软件开发的程序员.学习IPyt

//采用windows控制台实现计算文件夹中对象总数以及批量读取对象 //#include <afx.h> //和windows.h是一样的作用 #include <opencv2/opencv.hpp> #include <windows.h> using namespace cv; using namespace std; int CBRelationship(string buffer); int main() { ; //记录文件夹中对象数目 WIN32_FIN

原作:面包包包包包包 改动:寒小阳 && 龙心尘 时间:2016年2月 出处:http://blog.csdn.net/Breada/article/details/50697030 http://blog.csdn.net/han_xiaoyang/article/details/50697074 http://blog.csdn.net/longxinchen_ml/article/details/50697105 声明:版权全部.转载请联系作者并注明出处 1. 引言 提笔写这篇博客,

http://blog.csdn.net/pipisorry/article/details/50257319 使用casio计算器计算输入数据均值.标准差和相关系数的方法,lz使用casio fx82es/casio fx350es测试通过,一般高级一些的casio计算器都有这样的功能. 打开电源,进入主页面: 按"MODE"键显示模式菜单.其上有三个选项,按"2"进入"STAT"(统计和回归计算). 按"1"1-var(

二代测序原理: 1.DNA待测文库构建. 超声波把DNA打断成小片段,一般200--500bp,两端加上不同的接头2.Flowcell.一个flowcell,8个channel,很多接头3.桥式PCR扩增.每个DNA片段将在各自位置集中成束,每一束含有单个DNA模板的很多拷贝,目的:将碱基的信号强度放大,达到测序所需的信号要求.4.测序.边合成边测序.反应所需材料,dNTP的3’端特殊处理,不能继续反应,因此每次只能添加一个碱基,另外每个碱基有一种颜色.dNTP添加到链上后,所有未使用游离dNT

摘要: 当浩瀚的数字化信息能够联网在线,在万物互联网的新世界中,所有东西都可能有感知.变智能,想象一下电表.冰箱.心电图监测仪等设备的信息都能数字化并联网,从城市管理到个人生活,都会迎来翻天覆地的变化.现在让我们看看阿里是如何用计算和数据去改变整个世界的. 用计算和数据去改变整个世界 云栖大会首日精彩爆棚,第二天继续开启信息量超大的烧脑模式,阿里巴巴集团CTO张建锋在主论坛的开场发言中,对马云提出“五个新”当中的新零售.新制造和新技术进行了深度解读,认为计算能力的提升将加速世界的智能化进程,阿里

sra文件转换为fastq格式 1 fastq-dump -h --split-3 也就是说如果SRA文件中只有一个文件,那么这个参数就会被忽略.如果原文件中有两个文件,那么它就会把成对的文件按*_1.fastq,*_2.fastq这样分开.如果还出现了第三个文件,就意味着这个文件本身是未成配对的部分.可能是当初提交的时候因为事先过滤过了一下,所以有一部分数据被删除了.   --gzip 输出文件压缩成gzip格式(通常gzip仅用来压缩单个文件.多个文件的压缩归档通常是首先将这些文件合并成一个

using System; using System.Collections.Generic; using System.Diagnostics; using System.Linq; using System.Text; using System.Threading.Tasks; namespace ConsoleApp3 { class Program { static LinkedList<int> sortArrayLink = new LinkedList<int>();

sra文件转换为fastq格式 fastq-dump -h --split-3 也就是说如果SRA文件中只有一个文件,那么这个参数就会被忽略.如果原文件中有两个文件,那么它就会把成对的文件按*_1.fastq,*_2.fastq这样分开.如果还出现了第三个文件,就意味着这个文件本身是未成配对的部分.可能是当初提交的时候因为事先过滤过了一下,所以有一部分数据被删除了.   --gzip 输出文件压缩成gzip格式(通常gzip仅用来压缩单个文件.多个文件的压缩归档通常是首先将这些文件合并成一个ta

原文:C#使用拉依达准则(3σ准则)剔除异常数据(.Net剔除一组数据中的奇异值) 1.问题的提出: 电池生产中,遇到一批电池的测量结果数据: 电压值 电池个数 电压值 电池个数 电压值 电池个数 电压值 电池个数 0.056 1   4.09 1   4.146 17   4.174 13434 0.321 1   4.094 1   4.147 17   4.175 13973 0.767 1   4.099 2   4.148 19   4.176 13339 0.972 1   4.11

原文:[Unity]贝塞尔曲线关于点.长度.切线计算在 Unity中的C#实现 写在前面 最近给项目做了个路径编辑,基本思路是满足几个基本需求: [额外说明]其实本篇和这个没关系,可以跳过"写在前面"这部分,跨到正文部分 编辑时: ① 随意增减.插入.删除路点,只要路点数量大于1,绘制曲线,曲线必定经过路点. ② 调整路点的Forward方向,控制曲线的入线切线方向.出线切线方向.这样可以通过旋转直接调整曲线形状. ③ 控制Forward方向的基础上,增添描述切线"强度&qu

Python 一大重要的功能,就是可处理大量数据,那分不开的即是使用Excel表格了,这里我做下学习之后的总结,望对我,及广大同仁们是一个帮助Python处理Excel数据需要用到2个库:xlwt 和 xlrd.xlwt库负责将数据导入生成Excel表格文件,而 xlrd库则负责将Excel表格中的数据取出来. xlrd 库读取Excel的数据也是轻轻松松,先来看下实现代码 import xlrd, os wb = xlrd.open_workbook('./test.xls') # 获取列表1

可变剪接(alternative splicing),在真核生物中是一种非常基本的生物学事件.即基因转录后,先产生初始RNA或称作RNA前体,然后再通过可变剪接方式,选择性的把不同的外显子进行重连,从而产生不同的剪接异构体(isoform).这种方式,使得一个基因可产生多个不同的转录本,这些转录本分别在细胞/个体分化发育的不同阶段,在不同的组织中有各自特异的表达和功能,从而极大地丰富了编码RNA和非编码RNA种类和数量,进而增加了转录组和蛋白质组的复杂性. 可变剪接主要有以下五种常见的形式: 1

细胞状态转换轨迹构建示意图(Trapnell et al. Nature Biotechnology, 2014) 在各种生物系统中,细胞都会展现出一系列的不同状态(如基因表达的动态变化等),这些状态(state)之间会按照一定的时间顺序转换.最典型的比如细胞的分化过程,从不成熟的细胞逐渐分化为成熟细胞.此外,细胞在受到外界刺激或扰动时,细胞内基因的表达也可能发生一系列的变化,从而呈现出一系列状态的转换. 这些特别提一下,细胞状态(cell state)和细胞亚型(cell subtype)是两