批量提取vcf文件位点

2024-11-04

如何从vcf文件中批量提取一系列基因的SNP位点？

目录需求示例文件代码实现补充说明需求客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh cat $1 |while read gene chr from to do #echo $chr $from $to if echo $2 |grep -q '.*.vcf.gz$';then vcftools --gzvcf $2 --chr $chr --from-bp $f

个人永久性免费-Excel催化剂功能第88波-批量提取pdf文件信息（图片、表格、文本等）

日常办公场合中,除了常规的Excel.Word.PPT等文档外,还有一个不可忽略的文件格式是pdf格式,而对于想从pdf文件中获取信息时,常规方法将变得非常痛苦和麻烦.此篇给大家送一pdf文件提取信息大集合,几乎可涵盖日常pdf文件提取信息的所有场景. 业务场景在日常工作中,为了保护数据免于被二次利用和为了在文件分发过程中,可以不受其他电脑因为软件版本不同等原因导致文件不能打开或打开格式版面大变形,将要分发的文件,无论是Excel.Word或PPT,转为pdf格式,是一个不错的主意. 在pdf

如何1秒批量提取电脑文件夹中的所有文件、文件夹名字到txt/excel

01 在工作,我们经常会遇到这样的情况,有时候我们在一个文件夹中放了很多的文件,或者是这个文件夹中有很多的子文件夹,每一个子文件夹的名字又不同,也没有什么样的规律, 02 但是我们要整理一下这个文件夹中的名字,那么我们就需要一个一个的去复制粘贴,那样速度就特别慢了, 03 现在教会大家使用电脑中的一个命令,一秒钟完成对文件夹和子文件夹以及对此文件夹中的文件的名字,全部的名字提取,这样很快的就完成了工作任务,极大的提高了工作的效率, 工具/原料电脑文件夹方法/步骤 1 首先我们

bcftools 提取vcf（snp/indel）文件子集

做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎.这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools-1.5 一.根据个体提取子集根据样品名提取vcf文件,准备要保留的个体名文件 keep.list,一行一个个体(参考第三步). 无痛处理,速度超快,命令如下: 1 bcftools view -S keep.list test.vcf >sub_indv.vcf 二.根据染色体位置提取子集注意

个人永久性免费-Excel催化剂功能第103波-批量打开多文件或多链接

有时简单的东西,却带来许多的便利,为了让大家可以记住并容易找寻到此功能,也将这么简单的功能归为一波,反正已经100+波了,也无需为了凑功能文章而故意罗列一些小功能带忽悠性地让人觉得很强大. 使用场景有时需要打开多个文件如多个Excel文件,手动按住CTRL选择多个文件后打开也无妨不可,但有时文件路径在Excel表格中,在Excel上一键打开还是有一点点的便利性存在. 而打开多个网址链接这样的需求,可能更为刚需一些,不可能手工去复制粘贴到浏览器上打开这么低效吧,起码批量打开20个网址以内,浏览器

寻找与疾病相关的SNP位点——R语言从SNPedia批量提取搜索数据

是单核苷酸多态性,人的基因是相似的,有些位点上存在差异,这种某个位点的核苷酸差异就做单核苷酸多态性,它影响着生物的性状,影响着对某些疾病的易感性.SNPedia是一个SNP调査百科,它引用各种已经发布的文章,或者数据库信息对SNP位点进行描述,共享着人类基因组变异的信息.我们可以搜索某个SNP位点来寻找与之相关的信息,也可以根据相关疾病,症状来寻找相关的SNP. 初次使用SNPedia SNPedia主页网址为http://snpedia.com/index.php/SNPedia,比如我想

gulp批量打包文件并提取公共文件

gulp是前端开发过程中对代码进行构建的工具,是自动化项目的构建利器. browseriyf是模块化打包工具. 一般情况下,Browserify 会把所有的模块打包成单个文件.单个文件在大多数情况下是适用的,可以减少 HTTP 请求数量,提高性能.不过在其他一些情况下,打包的单个文件可能过大,使得页面的初始加载时间过长.这主要是因为单个文件中包含了全部的模块,其中的某些模块使用得很少,或是在页面初始加载的时候不需要,可以在需要的时候再加载.这个时候可以用 Browserify 的插件来创建不同的

bcftools或vcftools提取指定区段的vcf文件（extract specified position ）

下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式如果只想提取指定位置(specifi

Sqlite表结构读取工具，word批量转html，在线云剪贴板，文件批量提取工具；

工欲善其事必先利其器,本周为您推荐工具排行 Sqlite表结构读取工具,word批量转html,在线云剪贴板,文件批量提取工具: 本周我们又要发干货了,准备好接受了吗? 为什么是干货,就是因为不是水货,因为干了,所以是干货,也就是实打实的.当然哈,我们分享的这几个工具只有工具,如果要源代码的话可以到平台注册账号要积分才可以下载哟,毕竟也是作者辛勤劳作的,支持一下下嘛,亲. 支持一下就可以获得源代码了,工欲善其事必先利其器,当然如果简单的工具您也可以大展拳脚,自己来哟,完全凭个人意愿,要是

基因组与Python --PyVCF 好用的vcf文件处理器

vcf文件的全称是variant call file,即突变识别文件,它是基因组工作流程中产生的一种文件,保存的是基因组上的突变信息.通过对vcf文件进行分析,可以得到个体的变异信息.嗯,总之,这是很重要的文件,所以怎么处理它也显得十分重要.它的文件信息如下: 文件的开头是一堆以“##”开始的注释行,包含了文件的基本信息.然后是以“#”开头的一行,共9+n个部分,前九部分标注的是后面行每部分代表的信息,相当于表头.后面部分是样本名称,可以有多个.注释行结束后是具体的突变信息,每一行分为9+n个部

[原创] 利用前端+php批量生成html文件，传入新文本，输出新的html文件

本人因为要想自己写个小说网站练练手,在其中遇到的一些问题,将其解决方法总结出来,例如: 1:小说网站存储了大量的小说,每个小说主页都很相似,url不同,不是使用的history属性改写的,所以如果人工想写的话,那工作量就很大如下图,用起点小说网来参考,放上我最爱的两本书在这里我们将其url都当成html文件,不考虑url重写问题所以,今天我就将我的解决方案放入其中,算是批量生成html文件先写个数据提交网页:文件名为other.html <!DOCTYPE html> <html

使用Excel批量提取文件名

Excel中如何快速选择所有奇数行或偶数行? 方法3:=MOD(ROW(),2) 总结:方法1和方法2的区别主要在ctrl键的使用轻松将一个文件夹里所有的文件名提取出来,放到Excel表格里 "/b"的意义是:显示文件名和扩展名 Excel文件名的提取引用定义:[地址:=FILES("D:\Excel经验分享\*.*")],其中的路径根据需要整理的文件位置设置,若需要固定文件格式可固定文件后缀名,如"*.xlsx"!然后,在A1单元格中录入[

使用bedtools提取vcf多个位置的变异（extract multi-region of genotypes by bedtools）

1.下载安装bedtools: 2.生成bed文件:标准的bed文件格式如下: chr7 127471196 127472363 Pos1 0 + 127471196 127472363 255,0,0 chr7 127472363 127473530 Pos2 0 + 127472363 127473530 255,0,0 chr7 127473530 127474697 Pos3 0 + 127473530 127474697 255,0,0 chr7 127474697 127475864

【Bcftools】合并不同sample的vcf文件，通过bcftools

通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的,这里就需要我们将不同samples的文件进行合并,可以通过vcftools的perl模块进行,但是这种方式对perl的要求较高,且操作比较复杂,这里我们选择使用Bcftools,操作简便. 分三步: 将vcf进行压缩,批量压缩的方法: bgzip -c -f -@ merge.vcf > merg

python调用mediainfo工具批量提取视频信息

写了2个脚本,分别是v1版本和v2版本都是python调用mediainfo工具提取视频元数据信息 v1版本是使用pycharm中测试运行的,指定了视频路径 v2版本是最终交付给运营运行的,会把v2版本打成exe运行先看v1版本 import os,subprocess,json,re,locale,sys import xlwt,time,shutil #获取当前文件所在绝对目录路径 # this_path=os.path.abspath('.') # print('当前路径为----',

PDF文本内容批量提取到Excel

QQ:231469242,版权所有 sklearn实战-乳腺癌细胞数据挖掘 https://study.163.com/course/introduction.htm?courseId=1005269003&utm_campaign=commission&utm_source=cp-400000000398149&utm_medium=share 作用:pdf内容批量提取到excel 各位亲朋好友,我才上班时候有个鼓噪乏味工作,就是把一个个PDF内容复制粘贴到Excel表格里面,方

文件处理工具 gif合成工具文件后缀批量添加工具文件夹搜索工具重复文件查找工具网页图片解析下载工具等

以下都是一些简单的免费分享的工具,技术支持群:592132877,提供定制化服务开发. Gif动图合成工具主要功能是扫描指定的文件夹里的所有zip文件,然后提取Zip文件中的图片,并合成一张gif图片,存储到新的路径下,支持设置gif的时间,演示效果如下: 下载地址:gif合成工具文件批量移动工具主要功能是将指定文件夹及子文件夹里所有文件,复制到新的文件夹下,可以指定是否删除源文件.以下动图演示效果. 下载地址:文件批量移动工具.exe 文件批量移动工具主要功能是将指定目录下所有文件按照

R语言笔记004——R批量读取txt文件

R批量读取txt文件本文数据,代码都是参考的是大音如霜公众号,只是自己跟着做了一遍. path<-'C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\docs' docs<- get.msg<-function(x){ con<-file(x,open = 'rt')#打开文件 msg<-readLines(con)#分行读取 close(con)#关闭路径 return(paste(msg,collapse = ''))#将第一行和最后一行连接在一起,

信息批量提取工具bulk-extractor

信息批量提取工具bulk-extractor 在数字取证中,通常需要面对海量的数据,如几百GB甚至TB级别的数据.从这些海量数据中,提取有价值的数据是一个漫长.枯燥.繁琐的过程.Kali Linux提供一款批量数据提取工具bulk-extractor.该工具采用C++语言编写,可以从备份镜像文件中自动提取各种数据,如电话号码.信用卡号.邮件地址.EXIF.GPS.Prefetch等信息.为了方便分析,该工具还会对提取的信息进行分析,统计信息出现的频率.该工具的每项信息收集提取功能均以插件形式

Excel实用技巧-如何批量提取excel工作表名称

Excel实用技巧-如何批量提取excel工作表名称 1. 打开Excel文件,点击“公式”栏,进而点击“定义管理器” 2. 在弹出的对话框中,点击新增按钮, 名称:“sheet”,引用位置:“=REPLACE(GET.WORKBOOK(1),1,FIND("]",GET.WORKBOOK(1)),)&T(NOW())”,并点击确认 3. 再次点击新增按钮, 名称:“sheetname”, 引用位置:“=LOOKUP(ROW(INDIRECT("1:"&am

个人永久性免费-Excel催化剂功能第84波-批量提取OUTLOOK邮件附件

批量操作的事情常常能让人感到十分畅快,区别于一次次的手工的操作,它真正实现了“人工智能”想要的效果,人指挥机器做事情,机器就可以按着人意去操作.此篇给大家再次送了批量操作一绝活,批量下载OUTLOOK上的邮件附件.除了批量之外,还让大家见识到科学数据管理的精粹. 业务场景日常使用OFFICE软件及其他的业务系统,很大程度上它只能满足于对数据的单次性操作,少有原生功能满足批量化的操作需求. 如简单的从多封邮件中将其附件下载至指定的文件夹内,这样的需求,依靠现有的邮件客户端工具如OUTLOOK.F

批量提取vcf文件位点

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