把多序列fasta文件拆分单序列

  • 2024-11-05

fasta文件拆分与合并

Linux中fasta文件的拆分与合并 FASTA文件的拆分: (1)如果从一个文件a提取第11至20个序列存到另一个文件b: awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>=10&&i<=21{print ">"$0}' a.fasta|sed '/^$/d'>b.fasta (2)将某一文件a中每一条序列保存到一个文件中: awk '/^>/{f=++d".fasta"} {print > f

IO流（SequenceInputStream序列流--文件拆分与合并）

一.文件拆分 1.将一个文件按照规定的大小进行分割成多个文件并将被分割详细信息保存至配置信息中 Properties 类表示了一个持久的属性集.Properties 可保存在流中或从流中加载,属性列表中每个键及其对应值都是一个字符串. package ioDemo; import java.io.File; import java.io.FileInputStream; import java.io.FileOutputStream; import java.io.IOException; im

根据位置信息提取 fasta 文件中的序列 -- extract fasta sequence by their position

#!/usr/bin/env python # usages: python extract_seq_by_pos.py input.fasta id_start_end > result.fasta import sys import re FASTA= sys.argv[1] BED= sys.argv[2] fasta= open(FASTA, 'U') fasta_dict= {} for line in fasta: line= line.strip() if line == '':

Linux文件排序和FASTA文件操作

文件排序 seq: 产生一系列的数字; man seq查看其具体使用.我们这使用seq产生下游分析所用到的输入文件. # 产生从1到10的数,步长为1 $ seq 1 10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 # 产生从1到10的数,步长为1,用空格分割 $ seq -s ' ' 1 10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 # 产生从1到10的数,步长为2 # 如果有3个数,中间的数为步长,最后一个始终为最大值 $ seq -s ' ' 1 2 10 1 3 5 7 9 $ cat

perl 多fasta文件匹配，并提取匹配文件第一条序列

目标如题,有多个fasta文件和一个文件名列表,将文件名列表中包含的文件匹配出来并提取第一条序列合并成一个fa文件. 这个采用perl实现,用法和代码如下: 1 #!/usr/bin/perl -w 2 use strict; 3 4 sub usage{ 5 die "usage:perl $0 <fa.list> <Fasta_Dir> <merged.fa>\n",unless(@ARGV==3); 6 } 7 usage(); 8 9 ope

Jquery 将表单序列化为Json对象

大家知道Jquery中有serialize方法,可以将表单序列化为一个“&”连接的字符串,但却没有提供序列化为Json的方法.不过,我们可以写一个插件实现. 我在网上看到有人用替换的方法,先用serialize序列化后,将&替换成“:”.“‘”: /** * 重置form表单 * @param formId  form的id */ function resetQuery(formId){ var fid = "#" + formId; var str = $(fid).

jQuery表单验证以及将表单序列化为json对象小练习

jquery表单验证(非实时验证),同时,将表单序列化为json对象提交表单. <!DOCTYPE html> <html lang="en"> <head> <meta charset="UTF-8"> <title></title> <link rel="stylesheet" href="../bootstrap-3.3.5/dist/css/boots

从细菌GFF文件提取CDS序列并转换为氨基酸序列

最近在上生物信息学原理,打算记录一些课上的作业.第一次作业:如题. 基本思路: 1.从GFF中读取CDS的起始终止位置以及正负链信息.GFF格式见http://blog.sina.com.cn/s/blog_8a4f556e0102yd3l.html. 2.利用起始/终止位置等信息从FNA文件中提取CDS序列.FNA格式见 http://boyun.sh.cn/bio/?p=1192. 3.利用CDS序列及密码子表得到FAA文件并输出. 注意:最需要注意的一点是:当GFF中CDS位于负链时,需要

将表单序列化为JSON对象

将表单序列化为JSON对象的工具方法: $(function() { //工具方法,可以将指定的表单中的输入项目序列化为JSON数据 $.fn.serializeJson = function() { var serializeObj = {}; var array = this.serializeArray(); $(array).each(function() { if (serializeObj[this.name]) { if ($.isArray(serializeObj[this.n

form表单序列化为json格式数据

在web开发过程中,经常遇到将form序列化不能格式的字符串提交到后台,下面就介绍怎样将form表单序列化为json字符串. 首先,是扩展的jquery序列化插件,依赖jquery.经测试,这段代码可以放在$(funciton(){})中,也可以放在外面,都可以实现效果. $.fn.serializeObject = function() { var o = {}; var a = this.serializeArray(); $.each(a, function() { if (o[this.

matlab下将图片序列转化为视频文件 && 将为视频文件转化图片序列

将图片序列转化为视频文件 程序如下: framesPath = 'E:\img\';%图像序列所在路径,同时要保证图像大小相同 videoName = 'Bolt.avi';%表示将要创建的视频文件的名字 fps = 25; %帧率 startFrame = 1; %从哪一帧开始 endFrame = 350; %哪一帧结束 if(exist('videoName','file')) delete videoName.avi end %生成视频的参数设定 aviobj=VideoWriter(v

023-将表单序列化为json对象

使用jQuery将表单序列化为json对象,其中serializeJson方法的名字任意,serializeArray()这个jQuery提供的方法.this指的就是谁调用了这个方法. $.fn.serializeJson=function(){ var serializeObj={}; var array=this.serializeArray(); $(array).each(function(){ if(serializeObj[this.name]){ if($.isArray(seri

leetcode动态规划笔记三---单序列型

单序列型DP 相比一维DP,这种类型状态转移与过去每个阶段的状态都有关. Longest Increasing Subsequence : 求最大最小值 Perfect Squares : 求某个规模值 Increasing Triplet Subsequence : 求是否存在 Coin Change : 求最大最小值 Integer Break : 求最大最小值 Largest Divisible Subset : 求最大最小值 Combination Sum IV : 求方法总数 Perf

Hairpin|Bulge|Loop|假结|共变化（进化）|单序列预测|snRNA|snoRNA|siRNA|microRNA|piRNA|LncRNA|antisense RNAs|cis-NATs|trans-NATs|假基因|环形RNA

生物信息学 GU也可以配对,即“wobble” pairing GU. Hairpin发夹结构,最少不能少于3个碱基.没有配对 Bulge 单侧配对 Loop双侧配对 假结,游离的leading edge与hairpin相结合.大部分软件不考虑此结构. 表示RNA5种结构: 如果有假结,则环形图会有交叉: 颜色代表稳定性: 但是RNA序列较长则得到正确的预测比较困难,因为配对可能性上升.所以采用150bp以内的序列预测比较准确. 常用方法: 1.共变化(进化)方法,基于相似性比对. 2.单序列预

python学习——读取染色体长度（七：读取fasta文件）

读取fasta文件genome_test.fa,并计算染色体总长,同时输出最长染色体编号.序列以及长度 fasta文件genom_test.fa的内容如下: >chr1ATATATATAT>chr2ATATATATATCGCGCGCGCG>chr3ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATAT>chr4ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATATCGCGCGCGCG>chr5ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATATCGCGCG

测试Animation大型动画文件拆分播放的可行性

最近遇到一个问题,剧情动画文件大了复杂了之后,每次修改输出很麻烦,导出fbx就需要20分钟. 所以我想到了一个比较好的解决方法,在unity这边解决.把动画文件拆分成若干份,然后赋予不同的层并行播放 当要修改某个角色或者某几个角色的动画只要输出一小部分就可以了 为了测试可行性,我使用了一个跑动的模型动画进行测试,一共复制了20份,分别用多层动画(20层)和单个动画来播放,测试性能 即一个动画剪辑控制20个人跑动,和20个人由20个动画剪辑控制跑动 单个动画测试结果:(每帧耗时2.5毫秒左右) 多

把一个序列转换成非严格递增序列的最小花费 POJ 3666

//把一个序列转换成非严格递增序列的最小花费 POJ 3666 //dp[i][j]:把第i个数转成第j小的数,最小花费 #include <iostream> #include <cstdio> #include <cstdlib> #include <algorithm> #include <vector> #include <math.h> // #include <memory.h> using namespace

大文件拆分问题的java实践（附源码）

引子 大文件拆分问题涉及到io处理.并发编程.生产者/消费者模式的理解,是一个很好的综合应用场景,为此,花点时间做一些实践,对相关的知识做一次梳理和集成,总结一些共性的处理方案和思路,以供后续工作中借鉴. 本文将尝试由浅入深的方式表述大文件拆分的问题及不同解决方案,给出的方案不一定是最优解,也并非线上环境论证过的靠谱方式,目的只是在于通过该问题融会贯通io.多线程等基础知识理论.生产环境请慎用. 本文不会逐行讲解代码实现,而注重在方案设计及思路探讨上,但会在文末附上源码demo git地址. 问

Disruptor的应用示例——大文件拆分

结合最近Disruptor的学习,和之前一直思考解决的大文件拆分问题,想到是否可以使用Disruptor作为生产者/消费者传递数据的通道呢?借助其高效的传递,理论上应当可以提升性能.此文便是此想法的落地实现. 问题描述 将大文件按照指定大小拆分为若干小文件.具体可参考:大文件拆分方案的java实践(附源码). 方案设计 设计简图 如下: 核心组件 FileReadTask —— Disruptor的生产者线程,负责读取源文件,: Disruptor —— FileReadTask和FileLin

已知前序（后序）遍历序列和中序遍历序列构建二叉树（Leetcode相关题目）

1.文字描述: 已知一颗二叉树的前序(后序)遍历序列和中序遍历序列,如何构建这棵二叉树? 以前序为例子: 前序遍历序列:ABCDEF 中序遍历序列:CBDAEF 前序遍历先访问根节点,因此前序遍历序列的第一个字母肯定就是根节点,即A是根节点:然后,由于中序遍历先访问左子树,再访问根节点,最后访问右子树,所以我们找到中序遍历中A的位置,然后A左边的字母就是左子树了,也就是CBD是根节点的左子树:同样的,得到EF为根节点的右子树. 将前序遍历序列分成BCD和EF,分别对左子树和右子树应用同样的方法,

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