提取比对上的bam文件

2024-10-21

怎么从bam文件中提取出比对OR没比对上的paired reads | bamToFastq | STAR

折腾这么多都是白瞎,STAR就有输出没有别对上的pair-end reads的功能参见:How To Filter Mapped Reads With Samtools I had the same issue but with Paired End Reads, and I solved using samtools and bamToFastq. You can find bamToFastq here: https://code.google.com/p/hydra-sv/ If you

SAMTOOLS使用 SAM BAM文件处理

[怪毛匠子整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b

文件格式——Sam&bam文件

Sam&bam文件 SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式.主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果.当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件.SAM的全称是sequence alignment/map format.而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary). SAM由头文件和map结果组成.头文件由一行行以@起始的注释构成:而map结果是类似

Pysam 处理bam文件

Pysam可用来处理bam文件安装: 用 pip 或者 conda即可使用: Pysam的函数有很多,主要的读取函数有: AlignmentFile:读取BAM/CRAM/SAM文件 VariantFile:读取变异数据(VCF或者BCF) TabixFile:读取由tabix索引的文件: FastaFile:读取fasta序列文件: FastqFile:读取fastq测序序列文件一般常用的是第一个和第二个. 例子: 1 import pysam 2 3 bf = pysam.Alignm

bam文件softclip ， hardclip ，markduplicate的探究

测序产生的bam文件,有一些reads在cigar值里显示存在softclip,有一些存在hardclip,究竟softclip和hardclip是怎么判断出来的,还有是怎么标记duplicate的reads的,我怀着这些问题进行了探究. 测试步骤编辑两个bed文件,分别含有我们需要的read1和read2位置,这里每个文件包含两条read1或者两条read2,read1.read2一对作为原始的reads(序列名primer_pri),另一对作为截取的材料(这里取序列名为other) 使

SAM/BAM文件处理

当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件.SAM的全称是sequence alignment/map format.而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary). 那么SAM文件的格式是什么样子的呢?如果你想真实地了解SAM文件,可以查看它的说明文档.SAM由头文件和map结果组成.头文件由一行行以@起始的注释构成.而map结果是类似下面的东西: HWI-ST1001:137:C12FPACXX:7:1115:14131:66670

web前端对上传的文件进行类型大小判断的js自定义函数

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd"> <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml"> <head> <meta http-equiv="Content-

C++使用htslib库读入和写出bam文件

有时候我们需要使用C++处理bam文件,比如取出read1或者read2等符合特定条件的序列,根据cigar值对序列指定位置的碱基进行统计或者对序列进行处理并输出等,这时我们可以使用htslib库.htslib可以用来处理SAM, BAM,CRAM 和VCF文件,是samtools.bcftools的核心库. #include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include <htslib/sam.h> using namespace

使用 “mini-css-extract-plugin” 提取css到单独的文件

一.前言我们在使用webpack构建工具的时候,通过style-loader,可以把解析出来的css通过js插入内部样式表的方式到页面中,插入的结果如下: <style> .wrapper { width:100%; height:50px; } .container { width:1200px; margin:0 auto; } ... </style> 如果不想使用这种方式,想用外部样式表的方式,那应该怎么做呢? 二.使用插件这里有两个插件可以用,extract-text

bcftools或vcftools提取指定区段的vcf文件（extract specified position ）

下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式如果只想提取指定位置(specifi

SACD ISO镜像中提取DSDIFF(DFF)、DSF文件

听语音 | 浏览:5620 | 更新:2015-08-25 11:46 | 标签:硬件 1 2 3 4 5 分步阅读现在有一种比较流行的无损音乐传输介质是SACD,由Philips和SONY合力研制的,在发烧友中威望甚高的一个全新的音讯储存媒体.SACD的音色能经起最专业的最挑剔的耳朵的检验,追求音色的乐迷能在SACD中获得最大的满足.SACD是用DSD的编码技术来储存音讯,在与CD同直径的光盘下储藏比CD大6倍以上的信息.很多时候SACD并不适合进行分轨,

JDBC程序优化--提取配置信息放到属性文件中

JDBC程序优化--提取配置信息放到属性文件中此处仅仅优化JDBC连接部分,代码如下: public class ConnectionFactory { private static String driver; private static String dburl; private static String user; private static String password; private static final ConnectionFactory factory=new Co

bam文件测序深度统计-bamdst

最近接触的数据都是靶向测序,或者全外测序的数据.对数据的覆盖深度及靶向捕获效率的评估成为了数据质量监控中必不可少的一环. 以前都是用samtools depth 算出单碱基的深度后,用perl来进行深度及捕获效率的计算.今天无意中看到了bamdst(https://github.com/shiquan/bamdst)这个软件,用起来也很方便,参考GitHub,在此记录使用方法. 下载并安装:下载安装包并解压后, cd ./bamdst-master make 安装好后,需要准备.bed文件及.b

用MT.exe将exe中的manifest文件提取出来和将manifest文件放入exe中

前一种方法是将manifest文件放入exe中,但是要记得需要在工程中设置这样的话exe中就不存在manifest了,在debug目录下就会看到相应的manifest文件.后者是将exe中的manifest文件提取出来,但是exe中依然有manifest文件!

从ceph对象中提取RBD中的指定文件

前言之前有个想法,是不是有办法找到rbd中的文件与对象的关系,想了很久但是一直觉得文件系统比较复杂,在fs 层的东西对ceph来说是透明的,并且对象大小是4M,而文件很小,可能在fs层进行了合并,应该很难找到对应关系,最近看到小胖有提出这个问题,那么就再次尝试了,现在就是把这个实现方法记录下来这个提取的作用个人觉得最大的好处就是一个rbd设备,在文件系统层被破坏以后,还能够从rbd提取出文件,我们知道很多情况下设备的文件系统一旦破坏,无法挂载,数据也就无法读取,而如果能从rbd中提取出文件,

提取Chrome插件为crx文件

在Chrome浏览器输入 chrome://extensions/,点开右上角开发者模式记录上图中的ID:gidgenkbbabolejbgbpnhbimgjbffefm 在资源管理器中找到Chrome插件安装的位置:C:\Users\Monty\AppData\Local\Google\Chrome\User Data\Default\Extensions 找到与第二步记录下来的ID一致的文件夹,双击进去会看到一个版本号的文件夹,并将此文件夹拷贝到桌面. 在Chrome插件列表开发者模式下,

使用bcftools提取指定样本的vcf文件（extract specified samples in vcf format）

1.下载安装bcftools. 2.准备样本ID文件,这里命名为samplelistname.txt,一个样本一行,如下所示: sample1 sample2 sample3 3.输入命令: bcftools view -S samplelistname.txt /1000genomes/ALL.chr16.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5a.20130502.genotypes.vcf.gz -Ov > samplelist_1000Genomes.v

laravel中的storePublicly对上传的文件设置上传途径

public function imgeUpload(Request $request) { //生成的文件名是md5随机的文件名字 //$path=$request->file('wangEditorH5File')->storePublicly(md5(time())); //下面生成的文件地址是: /storage/app/public/11/X9805TN3ADIfKcBLJWeDfWeAbmmYSC47mZHBNcKz.jpg$path=$request->file('wang

在 SQL Server 中从完整路径提取文件名(sql 玩转文件路径)

四个函数: --1.根据路径获取文件名 -- ============================================= -- Author: Paul Griffin -- Create date: 18 January 2015 -- Description: Returns a filename with extension -- from a full path: -- D:\Temp\Resources\Images\My.Picture.jpg -- ==> My.P