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操作分类单位(OTU)
2024-08-04
OTU(operational taxonomic units),即操作分类单元
转自http://www.dxy.cn/bbs/topic/35655953 1.OTU是什么? OTU(operational taxonomic units),即操作分类单元.通过一定的距离度量方法计算两两不同序列之间的距离度量或相似性,继而设置特定的分类阈值,获得同一阈值下的距离矩阵,进行聚类操作,形成不同的分类单元.专业解释太书面不好理解?没事儿,给你举个“栗子”就明白了! 2.OTU在16S测序中有何用? 高通量测序得到的16S序列有成千上万条,如果对每条序列都进行物种注释的话,工作量
扩增子分析解读5物种注释 OTU表操作
本节课程,需要先完成<扩增子分析解读>系列之前的操作 1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类 4去嵌合体 非细菌序列 生成代表性序列和OTU表 分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们学习了嵌合体的形成,以及基于参考数据库去嵌合体:也学习了基于数据库比对来筛选细菌或真菌:最后基于最确定的OTU,我们生成代表性序列和OTU表,这是每种高通量测序都有的结果,后续的结果将全部基于这两个文件.
django 操作数据库--orm(object relation mapping)---models
思想 django为使用一种新的方式,即:关系对象映射(Object Relational Mapping,简称ORM). PHP:activerecord Java:Hibernate C#:Entity Framework django中遵循 Code Frist 的原则,即:根据代码中定义的类来自动生成数据库表. 创建数据库,设计表结构和字段 使用 MySQLdb 来连接数据库,并编写数据访问层代码 业务逻辑层去调用数据访问层执行数据库操作 三层架构
基于Visual C++2013拆解世界五百强面试题--题7-链表的各种操作
请用C实现一个链表,实现链表的查找,逆置,替换,删除,添加,清空,创建. 查找.替换和删除.添加里面都会用到遍历链表的操作,所以重点在于遍历, 链表的逆置和清空考虑到效率,我们可以用递归实现, 至于创建节点,我们直接创建一个空节点作为头节点,不使用其数据域. 下面直接上代码: #include <stdio.h> #include <stdlib.h> typedef struct stLIST { int data; stLIST *next; }LIST , *PLIST; /
扩增子分析解读4去嵌合体 非细菌序列 生成代表性序列和OTU表
本节课程,需要先完成 扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类 先看一下扩增子分析的整体流程,从下向上逐层分析 分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们制作了Usearch要求格式的Fasta文件,对所有序列进行去冗余和低丰度过滤,并聚类生成了OTU. 接下来我们对OTU进一步去除嵌合体,并生成代表性序列和OTU表. 什么是chimeras(嵌合体)? 嵌合体序列
关于DOM的操作以及性能优化问题-重绘重排
写在前面: 大家都知道DOM的操作很昂贵. 然后贵在什么地方呢? 一.访问DOM元素 二.修改DOM引起的重绘重排 一.访问DOM 像书上的比喻:把DOM和JavaScript(这里指ECMScript)各自想象为一个岛屿,它们之间用收费桥梁连接,ECMAScript每次访问DOM,都要途径这座桥,并交纳"过桥费",访问DOM的次数越多,费用也就越高.因此,推荐的做法是尽量减少过桥的次数,努力待在ECMAScript岛上.我们不可能不用DOM的接口,那么,怎样才能提高程序的效率? 既
Sql Server系列:分区表操作
1. 分区表简介 分区表在逻辑上是一个表,而物理上是多个表.从用户角度来看,分区表和普通表是一样的.使用分区表的主要目的是为改善大型表以及具有多个访问模式的表的可伸缩性和可管理性. 分区表是把数据按设定的标准划分成区域存储在不同的文件组中,使用分区可以快速而有效管理和访问数据子集. 1.1> 适合做分区表的情况 ◊ 数据库中某个表的数据很多,在查询数据时会明显感觉到速度很慢,这个时候需要考虑分区表: ◊ 数据是分段的,如以年份为分隔的数据,对于当年的数据经常进行增删改查操作,而对于往年的数据几乎
C# ini文件操作【源码下载】
介绍C#如何对ini文件进行读写操作,C#可以通过调用[kernel32.dll]文件中的 WritePrivateProfileString()和GetPrivateProfileString()函数分别对ini文件进行读和写操作.包括:读取key的值.保存key的值.读取所有section.读取所有key.移除section.移除key等操作. 目录 1. ini文件介绍 2. 读取操作:包括读取key的值.读取所有section.读取所有key等操作. 3. 写入操作: 包括保存key的值
js学习笔记:操作iframe
iframe可以说是比较老得话题了,而且网上也基本上在说少用iframe,其原因大致为:堵塞页面加载.安全问题.兼容性问题.搜索引擎抓取不到等等,不过相对于这些缺点,iframe的优点更牛,跨域请求.制作富文本编辑器.历史记录管理.长连接.无刷新文件上传等方面,可参考一下知乎的这个回答:Iframe 有什么好处,有什么坏处?国内还有哪些知名网站仍用Iframe,为什么?有哪些原来用的现在抛弃了?又是为什么?. 今天就总结一下操作iframe的方法,以及平时的一些使用. 知识点汇总 有些事情平时不
jquery和Js的区别和基础操作
jqery的语法和js的语法一样,算是把js升级了一下,这两种语法可以一起使用,只不过是用jqery更加方便 一个页面想要使用jqery的话,先要引入一下jqery包,jqery包从网上下一个就可以,一般用带有min的,是压缩版的,如果还要引用其他js文件的话,一定要juery包在上面,其他的引用放在他下面 先来看看如果使用Juery的话,怎么来引用Juery包 这样来引用,然后就可以用Juery方法了 和js的语法一样,都是写在<script type = "text/javascrip
ASP.NET Aries 入门开发教程7:DataGrid的行操作(主键操作区)
前言: 抓紧勤奋,再接再励,预计共10篇来结束这个系列. 上一篇介绍:ASP.NET Aries 入门开发教程6:列表数据表格的格式化处理及行内编辑 本篇介绍主键操作区相关内容. 1:什么时候有默认的编辑与删除? 只有开启行编辑(且有相应的权限时),才有默认的操作区,并出现编辑和删除图标. var dg = new AR.DataGrid("Article", "Article", "grid"); dg.isEditor = true; ...
如何在高并发环境下设计出无锁的数据库操作(Java版本)
一个在线2k的游戏,每秒钟并发都吓死人.传统的hibernate直接插库基本上是不可行的.我就一步步推导出一个无锁的数据库操作. 1. 并发中如何无锁. 一个很简单的思路,把并发转化成为单线程.Java的Disruptor就是一个很好的例子.如果用java的concurrentCollection类去做,原理就是启动一个线程,跑一个Queue,并发的时候,任务压入Queue,线程轮训读取这个Queue,然后一个个顺序执行. 在这个设计模式下,任何并发都会变成了单线程操作,而且速度非常快.现在的n
【翻译】MongoDB指南/CRUD操作(四)
[原文地址]https://docs.mongodb.com/manual/ CRUD操作(四) 1 查询方案(Query Plans) MongoDB 查询优化程序处理查询并且针对给定可利用的索引选择最有效的查询方案.然后每次执行查询时,查询系统使用此查询方案. 查询优化程序仅缓存可能有多种切实可行的方案的查询计划. 对于每一个查询,查询规划者在查询方案高速缓存中搜索适合查询形式的查询方案.如果没有匹配的查询方案,查询规划者生成几个备选方案并在一个实验周期内做出评估.查询规划者选择获胜的方案,
【翻译】MongoDB指南/CRUD操作(三)
[原文地址]https://docs.mongodb.com/manual/ CRUD操作(三) 主要内容: 原子性和事务(Atomicity and Transactions),读隔离.一致性和新近性,分布式查询(Distributed Queries),分布式写操作,模拟两阶段任务提交,在副本集中执行配额读取 1 原子性和事务(Atomicity and Transactions) 在MongoDB中,写操作在单文档级别具有原子性,即使修改一个文档中的多个嵌入式文档也是如此. 当一个写操作修
【翻译】MongoDB指南/CRUD操作(二)
[原文地址]https://docs.mongodb.com/manual/ MongoDB CRUD操作(二) 主要内容: 更新文档,删除文档,批量写操作,SQL与MongoDB映射图,读隔离(读关注),写确认(写关注) 1 更新文档 1.1 更新 MongoDB提供下列方法用于更新一个集合 db.collection.updateOne() 更新使用指定过滤器匹配到的文档,即使过滤器匹配到多个文档,也只会更新一个文档. 3.2版本新增特性. db.collection.updateMany(
【翻译】MongoDB指南/CRUD操作(一)
[原文地址]https://docs.mongodb.com/manual/ MongoDB CRUD操作(一) 主要内容:CRUD操作简介,插入文档,查询文档. CRUD操作包括创建.读取.更新和删除文档. 创建操作 执行创建或者插入操作可向集合中添加文档.如果集合不存在,插入操作会创建此集合. MongoDB提供下列方法向集合中插入文档: db.collection.insert() db.collection.insertOne() 3.2版本新增 db.collection.inser
C# 条形码操作【源码下载】
本篇介绍通过C#生成和读取一维码.二维码的操作. 目录 1. 介绍:介绍条形码.条形码的分类以及ZXing.Net类库. 2. 一维码操作:包含对一维码的生成.读取操作. 3. 二维码操作:包含对二维码的生成.读取操作,以及生成带Logo的二维码. 4. 源码下载:展示运行图及源码下载. 1. 介绍 1.1 条形码 条形码(barcode):是将宽度不等的多个黑条和空白,按照一定的编码规则排列,用以表达一组信息的图形标识符. 1.2 条形码分类 可分为一维条形码和二维条形码: 一维条形码:只是在
HTML 事件(四) 模拟事件操作
本篇主要介绍HTML DOM中事件的模拟操作. 其他事件文章 1. HTML 事件(一) 事件的介绍 2. HTML 事件(二) 事件的注册与注销 3. HTML 事件(三) 事件流与事件委托 4. HTML 事件(四) 模拟事件操作 目录 1. 模拟事件介绍 1.1 特点 1.2 创建方式 2. 老版本 2.1 创建步骤 2.2 支持的事件类型 2.3 模拟鼠标点击 2.4 自定义事件 3. 新版本 3.1 创建步骤 3.2 支持的事件类型 3.3 模拟鼠标点击 3.4 自定义事件 4. Ex
重撸js_2_基础dom操作
1.node 方法 返回 含义 nodeName String 获取节点名称 nodeType Number 获取节点类型 nodeValue String 节点的值(注意:文本也是节点) 2.innerText和innerHTML 方法 含义 innerText 设置或返回表格行的开始和结束标签之间的文本(剥离html) innerHTML 设置或返回表格行的开始和结束标签之间的HTML 3.遍历操作 方法 返回 含义 firstChild Node 返回子节点列表中的第一个节点 lastCh
Electron使用与学习--(基本使用与菜单操作)
对于electron是个新手,下面纯属个人理解.如有错误,欢迎指出. 一.安装 如果你本地按照github上的 # Install the `electron` command globally in your $PATH npm install electron-prebuilt -g 安装不起来的话,没事.按照这个博友的方法来安装即可.Electron安装 二.Electron是什么 类似NW.js.但是好像比它强大很多.而且社区很活跃,很有前途. 三.废话不多说,直接上实例.
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