版权声明:本文源自 解螺旋的矿工, 由 XP 整理发表,共 13781 字. 转载请注明:从零开始完整学习全基因组测序(WGS)数据分析:第4节 构建WGS主流程 | Public Library of Bioinformatics 转载地址:https://www.plob.org/article/11698.html WGS数据分析的目的是准确检测出每个样本(这里特指人)基因组中的变异集合,也就是人与人之间存在差异的那些DNA序列.我把整个分析过程按照它们实际要完成的功能,将其分成了三个大的

目录 问题 思路 问题 原问题来自:How to calculate overlapping genes between two genome annotation versions? 其实可分为两个问题: 一是我组装了一个新的基因组,做了多个注释版本,如何比较它们的feature?比如gene 二是我组装了一个新的参考基因组,并做了注释,想和其他已有的同物种参考基因组比较,如何寻找共有和特有的基因(或其他feature)? 思路 第一个问题是比较好解决的,使用bedtools即可. bedto

一.题目大意 给你一个数n,要求返回第n个丑数.其中,丑数的定义如下: 丑数是指只包含因子2.3和5的数.(数字1也是丑数,不过是个特例)引用<剑指offer>上的话来说,对于一个数M,如果M能被2整除,就连续除以2:若果能被3整除,就连续除以3:如果能被5整除,就连续除以5.如果最终的结果是1的话,那么M就是丑数,否则M不是丑数.以下是判断一个数是否为丑数的代码: bool IsUglyNumber(int num) { while(num % 2 == 0) num /= 2; while

安装了1.7之后修改了JAVA_HOME的环境变量 修改成功之后,在cmd输入java -verson还是出现1.8的版本号 解决办法:将环境变量Path中的%JAVA_HOME%/bin 移到最前面,即可解决. 因为安装Oracle之类的带有jdk的软件时,会自动在Path里最前面写入一段jdk路径的变量值,我这里的Oracle指向的jdk就是1.8版本的jdk,在cmd输入java -version还是显示1.8的版本号.

题目描述: 牛客最近来了一个新员工Fish,每天早晨总是会拿着一本英文杂志,写些句子在本子上.同事Cat对Fish写的内容颇感兴趣,有一天他向Fish借来翻看,但却读不懂它的意思.例如,“student. a am I”.后来才意识到,这家伙原来把句子单词的顺序翻转了,正确的句子应该是“I am a student.”.Cat对一一的翻转这些单词顺序可不在行,你能帮助他么? 分析: 同上一题的解法.剑指Offer——左旋转字符串. 代码: class Solution { public: str

题目: 牛客最近来了一个新员工Fish,每天早晨总是会拿着一本英文杂志,写些句子在本子上.同事Cat对Fish写的内容颇感兴趣,有一天他向Fish借来翻看,但却读不懂它的意思.例如,“student. a am I”.后来才意识到,这家伙原来把句子单词的顺序翻转了,正确的句子应该是“I am a student.”.Cat对一一的翻转这些单词顺序可不在行,你能帮助他么? 分析: 这道题的原理和剑指Offer-43.左旋转字符串(C++/Java)类似,先将字符串整体翻转一次,然后根据空格划分单词

题目描述 牛客最近来了一个新员工Fish,每天早晨总是会拿着一本英文杂志,写些句子在本子上.同事Cat对Fish写的内容颇感兴趣,有一天他向Fish借来翻看,但却读不懂它的意思.例如,"student. a am I".后来才意识到,这家伙原来把句子单词的顺序翻转了,正确的句子应该是"I am a student.".Cat对一一的翻转这些单词顺序可不在行,你能帮助他么?   解题思路 第一步反转句子中所有的字符,比如反转上例可得:".tneduts a

题目描述 牛客最近来了一个新员工Fish,每天早晨总是会拿着一本英文杂志,写些句子在本子上.同事Cat对Fish写的内容颇感兴趣,有一天他向Fish借来翻看,但却读不懂它的意思.例如,"student. a am I".后来才意识到,这家伙原来把句子单词的顺序翻转了,正确的句子应该是"I am a student.".Cat对一一的翻转这些单词顺序可不在行,你能帮助他么? 思路 用栈,单词依次进栈出栈实现翻转 代码实现 package String; import

时间限制:1秒 空间限制:32768K 热度指数:276854 本题知识点: 字符串 题目描述 牛客最近来了一个新员工Fish,每天早晨总是会拿着一本英文杂志,写些句子在本子上.同事Cat对Fish写的内容颇感兴趣,有一天他向Fish借来翻看,但却读不懂它的意思.例如,“student. a am I”.后来才意识到,这家伙原来把句子单词的顺序翻转了,正确的句子应该是“I am a student.”.Cat对一一的翻转这些单词顺序可不在行,你能帮助他么? class Solution { pu

原创文章,转载请注明出处! 本题牛客网地址 博客文章索引地址 博客文章中代码的github地址 1.题目 输入一个整数数组,判断该数组是不是某二叉搜索树的后序遍历的结果.如果是则输出Yes,否则输出No.假设输入的数组的任意两个数字都互不相同. 举例:序列{5,7,6,9,11,10,8}是下图二叉搜索树的后序遍历结果. 2.思路 性质: 二叉排序树的性质:左子树上所有节点的值均小于它的根节点:右子树上所有节点的值均大于它的根节点. 二叉排序树后序遍历的性质:序列最后一个数字是根节点,序列剩余部

1 题目描述 输入两个整数序列,第一个序列表示栈的压入顺序,请判断第二个序列是否可能为该栈的弹出顺序.假设压入栈的所有数字均不相等.例如序列1,2,3,4,5是某栈的压入顺序,序列4,5,3,2,1是该压栈序列对应的一个弹出序列,但4,3,5,1,2就不可能是该压栈序列的弹出序列.(注意:这两个序列的长度是相等的) 2 思路和方法 借用一个辅助栈,遍历压栈顺序,先将第一个放入栈中,这里是1,然后判断栈顶元素是不是出栈顺序的第一个元素,这里是4,很显然1≠4,所以我们继续压栈,直到相等以后开始出栈

/* 题目: 数字以0123456789101112131415…的格式序列化到一个字符序列中. 在这个序列中,第5位(从0开始计数,即从第0位开始)是5,第13位是1,第19位是4,等等. 请写一个函数,求任意第n位对应的数字. */ #include<iostream> #include<string.h> using namespace std; //自己实现pow,使用codeblocks中的pow,会转化为浮点数进行截断,得到的结果不准确. int pow(int num

全基因组测序 全基因组测序分为从头测序(de novo sequencing)和重测序(re-sequencing). 从头测序(de novo)不需要任何参考基因组信息即可对某个物种的基因组进行测序,利用生物信息学分析方法进行拼接.组装,获得该物种的基因组序列图谱,从而推进该物种的后续研究.基因组重测序 是对有参考基因组物种的不同个体进行的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析. 基因组重测序主要用于辅助研究者发现单核苷酸多态性位点(SNPs).拷贝数变异(CNV).插入/缺失(I

第三章 RNA测序   RNA测序(RNA Sequencing,简称RNA-Seq,也被称为全转录物组鸟枪法测序Whole Transcriptome Shotgun Sequencing,简称WTSS),是基于二代测序技术研究转录组学的方法,可以快速获取给定时刻的一个基因组中RNA的种类和数量. RNA-Seq有助于查看基因的不同转录本.转录后修饰.基因融合.突变/SNP和基因表达随时间的变化,或在不同组中基因表达的差异. RNA-Seq除了可以查看mRNA转录本,还可以查看总RNA.小RN

DART: a fast and accurate RNA-seq mapper with a partitioning strategyDART:使用分区策略的快速准确的RNA-seq映射器 Abstract Motivation(动机): 近年来,大规模并行cDNA测序(RNA-Seq)技术已成为提供高分辨率测量表达和检测低丰度转录本的高灵敏度的强大工具. 但是,RNA-seq数据需要大量的计算量. 最根本和关键的步骤是将每个序列片段与参考基因组进行比对.近年来已经开发了各种从头拼接的RNA

PASA, acronym for Program to Assemble Spliced Alignments, is a eukaryotic genome annotation tool that exploits spliced alignments of expressed transcript sequences to automatically model gene structures, and to maintain gene structure annotation cons

Exadata X2-2中的F20 Flash卡含有电源存储模块ESM(Energy Storage Module ), 也就是我们常说的电池,当主机异常断电时,ESM给Flash模块提供备用电源.实际上它并不是常规意义上的电池,而是一个叫做超级电容(supercapacito)的东西.它和普通的电池相比,具有寿命更长,充放电率高,功率更高的优点.Sun Flash Accelerator F20 Energy Storage Module (ESM) Lifespan. [ID 1327000

早就装上VS2012了,可是除了在家里练习玩玩的时候使用外,在公司都还在用2010,也没好好研究过2012.这两天把公司的电脑换了系统,也就把vs换成了2012.可是看着不是白白的皮肤就是深色的皮肤,默认情况下只有这两种如下图(在哪设置也在图中): [caption id="attachment_1201" align="alignnone" width="758"] vs2012设置主题[/caption] 那我们可以可以多自动设置主题呢?答案

http://www.freehao123.com/discuz-x2-5-banjia/由于我放在hawkhost老鹰主机主机的部落论坛就要到期了,而老鹰主机的续费价格却是按照原价来的,没有任何优惠可言.所以如果按照原价来续费的话,老鹰主机的性价比还不如首年购买主机5折优惠要划算些. 为了省钱,我又重新购买了一个老鹰主机的Basic套餐,将原来的Discuz! X2.5搬家到新的空间的上,整个过程从购买空间成功到等待激活,再到空间完成搬家和域名解析大概没用过12小时. 恰好有朋友咨询我关于如何

该DEMO将会通过AlarmManager来周期的调用ChangeService,从而让系统实现定时更换壁纸的功能. 更换壁纸的API为android.app.WallpaperManager,它提供了clear()方法来清除壁纸,还提供了如下方法来设置壁纸. setResource(int resid)将壁纸设置为resid资源所代表的图片 setBitmap(Bitmap bitmap)将壁纸设置为bitmap所代表的位图 setStream(InputStream data)将壁纸设置为d