1.在linux中安装好R 2.准备好画曼哈顿图的R脚本即manhattan.r,manhattan.r内容如下: #!/usr/bin/Rscript #example : Rscript plot_manhatom.r XXX.assoc XXX.pdf argv <- commandArgs() #define the function to plot the manhatton and quantitle-quantitle plot plot_manhatton<-function(

现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp,大多数都找到了很多的snp,而且snp都落在非编码区了,这就导致对这些snp的解读非常的困难. 目前,已经有非常傻瓜式的GWAS pipeline了,比如:A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality contr

画曼哈顿图和QQ plot 首推R包“qqman”,简约方便.下面具体介绍以下. 一.画曼哈顿图 install.packages("qqman") library(qqman) 1.准备包含SNP, CHR, BP, P的文件gwasResults(如果没有zscore可以不用管),如下所示: 2.上代码,如下所示: manhattan(gwasResults) 如果觉得不够美观,考虑添加一下参数: manhattan(gwasResults, main = "Manhat

如何利用R包qqman画曼哈顿图? 2017-07-10 lili 生信人 众多周知,R语言提供了各种各样的包,方便实现我们的目的,下面给大家介绍一个可以便捷的画曼哈顿图的包:qqman install.packages(“qqman”)  # 安装包 library(“qqman”)  #加载包 data(package=“qqman”)  # 查看qqman包中的测试数据,此包中包含gwasResults snpsOfInterest 两个测试数据 View(gwasResults)  #查

曼哈顿图 Manhattan Plot 曼哈顿图本质上是一个散点图,用于显示大量非零大范围波动数值,最早应用于全基因组关联分析(GWAS)研究展示高度相关位点.它得名源于样式与曼哈顿天际线相似(如下图). 近几年,在宏基因组领域,尤其是差异OTU结合分类学结果,采用Manhattan plot展示有非常好的效果,倍受推崇.   曼哈顿图优点 大数据中,即展示数据全貌,又能快速找到目标基因或OTU,同时可知目标的具体位置和分类.显著程度等信息.绝对高端大气,而且还有内涵.   数据坐标轴介绍 以上

1.生存曲线 基础包survival+扩展包survminer. survival包内置肺癌数据集lung. library(survival) library(survminer) str(lung) #拟合模型 fit <- survfit(Surv(time,status)~sex,data=lung) #绘制生存曲线 ggsurvplot(fit, pval = TRUE, #添加log rank检验的p值 conf.int = TRUE, #添加置信区间 risk.table = TR

一个交互比较多的UI图里面可能会有很多小图标,一般可用sprites图将多个小图标弄成一张大图,或者其它的办法,各种方法的比较可参见博主的另外一篇博客使用css3新属性clip-path制作小图标,本文深入讨论使用icon-font的的制作方法:在PS里面导出svg,制作字体图标.这种方法既有sprites图不需要浏览器发多次请求的优点,也有使用clip-path/svg矢量无损的优点,并且支持IE6及以上. 使用sprites图可以自行用PS将多个小图标放至一张图: sprites图的缺点是不

欢迎来到"bio生物信息"的世界 BMC Bioinformatics前几天发布了一个画曼哈顿图的工具Manhattan++, 这个名字很好理解,Manhattan的升级版. 这个工具与之前画曼哈顿图的工具有什么区别呢. 最大的特点是能将显著的位点以及注释信息显示在曼哈顿图上. 可视化很漂亮,特别有高级感. 好了,以下进入主题,讲讲怎么画这个图. 1 准备需要的输入文件 需要的输入文件有三个,分别是infile, configfile, snpfile infile的文件格式如下: i

前言 代码写了那么多,你知道 a = 1 + 2 这条代码是怎么被 CPU 执行的吗? 软件用了那么多,你知道软件的 32 位和 64 位之间的区别吗?再来 32 位的操作系统可以运行在 64 位的电脑上吗?64 位的操作系统可以运行在 32 位的电脑上吗?如果不行,原因是什么? CPU 看了那么多,我们都知道 CPU 通常分为 32 位和 64 位,你知道 64 位相比 32 位 CPU 的优势在哪吗?64 位 CPU 的计算性能一定比 32 位 CPU 高很多吗? 不知道也不用慌张,接下来就

如果让你实现下图的样式(图片里面插入文字),你会怎么做呢? 我总结了2种方式 ①:用 img src属性直接引入图片 + 定位 ②:用背景图且不使用定位 第一种: HTML <div class="download-explain"> <img class="download-explain-img" src="../../assets/img/download-bg.png"/> <span class="

注: ERWin 与 ERStudio 中这一点的描述方法是一样的. ERWin里面线代表实体间的三种关系:决定关系(Identifying Relationship),非决定关系(None-Identifying Relationship),多对多(Many-To-Many Relationship)关系. 以客户(Customer)和订单(Order)的关系为例,客户拥有唯一的识别信息CustomerID,订单拥有一个流水号. 第一种情况,假如该流水号是整个系统范围内的,那么仅仅流水号字段就

{pc:get sql="select * from v9_picture_data where id = '$id'"} {loop $data $n $r} {loop string2array($r['pictureurls']) $pic_k $v} <a href="{$r[url]}"><img src="{$v[url]}" alt="{$v[alt]}"/></a> {/lo

俗话说,自己写的代码,6个月后也是别人的代码……复习!复习!复习! 软件工程的一般开发过程:愿景分析.业务建模,需求分析,健壮性设计,关键设计,最终设计,实现…… 时序图也叫序列图(交互图),属于软件工程里的第二步——业务建模阶段里的图,业务建模要求我们把视角从系统转向组织,要站在客户的角度看问题,以达到清晰准确地“知彼”,术语就是从组织的角度来定位系统的价值,从而避免软件项目的失败,因为大量软件项目失败的原因都是一个——最终实现和用户需求不一致!故业务建模也叫组织建模,切记在业务建模和需求分析

这篇文章是对SNP位点功能注释在线网站的一个总结帖. 软件排名不分先后,优先顺序可以看推荐指数. 彩蛋在最后,请坚持看完 1.GWAS4D, 推荐指数:**** 网址:http://mulinlab.tmu.edu.cn/gwas4d 支持输入格式 1) Variants Coordinates: Chr, Pos, [P-value] 支持输入格式 2) VCF-like Map: Chr, Pos, SNPID, Ref, Alt, [P-value] 支持输入格式 3) Single SN

90%的前端或者js程序员或者老师们对Javascript懂得不比这个多 给手机看的 但是这个图里的所有褐色单向箭头链就是Javascript的原型链(颜色标注对理解js原型链很关键) 这图中的各个__proto__ constructor .prototype 都是内部对象 这样画是为了简洁 举个例子 如果考虑__proto__ 作为内部对象 上图变为 原型链就是 constructor 和 prototype如果作为内部对象 放到相应的位置 图就变大麻团了 保证晕倒什么也记不住 不服请看 这

聊聊近况: 距离上一篇文章已经过了好久,主要原因是我懒了.公司项目也到了开始优化的阶段,上网找的资料,看过了就忘.还是想把它整理一下,写出来.其实我说的东西,网上都有,我只是搬运工而已. 贴图压缩: Android平台使用ETC1格式压缩. 目前主流的Android机型基本都支持ETC1格式压缩.但ETC1只能支持非Alpha通道的图片压缩. 所以一般把RGB和ALPHA分离出来,r值,g值,b值从RGB图获取,a值从Alpha图里获取. 随着OPENGL ES 3.0的发布,etc2也出了,支

1.前言 作为应用层开发人员,接触最多的网络协议通常都是传输层的TCP(与之同处一层的另一个重要协议是UDP协议),但对于IP协议,对于应用程序员来说更多的印象还是IP地址这个东西,再往深一点也就很难说的清楚. 本文将简要回故TCP/IP协议的过去.简单介绍TCP/IP协议族的关系,并与大家一起直观地分享由TCP/IP协议族所构建的虚拟网络与真实世界的“连接”情况.(本文同步发布于:http://www.52im.net/thread-520-1-1.html) 2.TCP/IP协议简介 互联网

导言(可以不看): 不吹不黑,也许是东半球最简单的iOS轮播图拆分注释(讲解不敢当)了(tree new bee).(一句话包含两个人,你能猜到有谁吗?提示:一个在卖手机,一个最近在卖书)哈哈... 我第一次项目中需要使用轮播图的时候我是用的别人写好的一个轮子,那个轮播封装很多东西,包括比如可以设置pageControl的位置,可以传图片url或本地图片,缓存网络图片等等.但是我觉得没必要搞那么复杂,我喜欢简单并足够做事的东西.现在有时间便想自己把它拆解一下.看了一些简书上一些作者写的关于轮播图

​用例图.顺序图.状态图.类图.包图.协作图 面向对象的问题的处理的关键是建模问题.建模可以把在复杂世界的许多重要的细节给抽象出.许多建模工具封装了UML(也就是Unified Modeling Language™),这篇课程的目的是展示出UML的精彩之处. UML中有九种建模的图标,即: 用例图 类图 对象图 顺序图 协作图 状态图 活动图 组件图 配置图 本课程中的某些部分包含了这些图的细节信息的页面链接.而且每个部分都有一个小问题,测试一下你对这个部分的理解. 为什么UML很重要? 为了回

咳咳,好久没有更新了,一来是这段时间很忙很忙,再来就是自己有些懒了,这个要不得啊,赶紧补上.在前面我们已经介绍过了漫反射和镜面反射,这两个是基本的光照类型,仅仅依靠它们就想制作出精美的效果是远远不够的,这一篇我们就来了解一下如何利用一种叫做法线贴图的技术并结合我们前面讲过的知识来制作出更精细的效果. 法线贴图NormalMap 首先要提到的是,什么是法线贴图,如果大家想看更专业的解释可以自行求助搜索引擎,这里我说一下我的个人理解:在游戏中,如果角色或物体模型做的越精细(面数越多),那么渲染后效果