曼哈顿图阈值线怎么画

2024-08-17

ggplot2|玩转Manhattan图-你有被要求这么画吗？

本文首发于“生信补给站”,ggplot2|玩转Manhattan图-你有被要求这么画吗?更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号. Manhattan图算是GWAS分析的标配图了,可参考Bio|manhattan图进行绘制. 由于Manhattan点太多,后期AI/PS修改的话难度有点大,如果可以“个性化”绘制的话那是极好的! 一载入R包,数据 1)载入数据处理的tidyverse包,使用qqman中gwasResults示例数据集 #载入R包#install.pac

R语言画全基因组关联分析中的曼哈顿图（manhattan plot）

1.在linux中安装好R 2.准备好画曼哈顿图的R脚本即manhattan.r,manhattan.r内容如下: #!/usr/bin/Rscript #example : Rscript plot_manhatom.r XXX.assoc XXX.pdf argv <- commandArgs() #define the function to plot the manhatton and quantitle-quantitle plot plot_manhatton<-function(

如何利用R包qqman画曼哈顿图？

如何利用R包qqman画曼哈顿图? 2017-07-10 lili 生信人众多周知,R语言提供了各种各样的包,方便实现我们的目的,下面给大家介绍一个可以便捷的画曼哈顿图的包:qqman install.packages(“qqman”) # 安装包 library(“qqman”) #加载包 data(package=“qqman”) # 查看qqman包中的测试数据,此包中包含gwasResults snpsOfInterest 两个测试数据 View(gwasResults) #查

如何画出高级感的曼哈顿图，Manhattan++工具介绍

欢迎来到"bio生物信息"的世界 BMC Bioinformatics前几天发布了一个画曼哈顿图的工具Manhattan++, 这个名字很好理解,Manhattan的升级版. 这个工具与之前画曼哈顿图的工具有什么区别呢. 最大的特点是能将显著的位点以及注释信息显示在曼哈顿图上. 可视化很漂亮,特别有高级感. 好了,以下进入主题,讲讲怎么画这个图. 1 准备需要的输入文件需要的输入文件有三个,分别是infile, configfile, snpfile infile的文件格式如下: i

GWAS | 全基因组关联分析 | Linkage disequilibrium (LD)连锁不平衡 | 曼哈顿图 Manhattan_plot | QQ_plot | haplotype phasing

现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp,大多数都找到了很多的snp,而且snp都落在非编码区了,这就导致对这些snp的解读非常的困难. 目前,已经有非常傻瓜式的GWAS pipeline了,比如:A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality contr

扩增子图表解读4曼哈顿图：差异分类级别Taxonomy

曼哈顿图 Manhattan Plot 曼哈顿图本质上是一个散点图,用于显示大量非零大范围波动数值,最早应用于全基因组关联分析(GWAS)研究展示高度相关位点.它得名源于样式与曼哈顿天际线相似(如下图). 近几年,在宏基因组领域,尤其是差异OTU结合分类学结果,采用Manhattan plot展示有非常好的效果,倍受推崇. 曼哈顿图优点大数据中,即展示数据全貌,又能快速找到目标基因或OTU,同时可知目标的具体位置和分类.显著程度等信息.绝对高端大气,而且还有内涵. 数据坐标轴介绍以上

GWAS: 曼哈顿图，QQ plot 图，膨胀系数（ manhattan、Genomic Inflation Factor）

画曼哈顿图和QQ plot 首推R包“qqman”,简约方便.下面具体介绍以下. 一.画曼哈顿图 install.packages("qqman") library(qqman) 1.准备包含SNP, CHR, BP, P的文件gwasResults(如果没有zscore可以不用管),如下所示: 2.上代码,如下所示: manhattan(gwasResults) 如果觉得不够美观,考虑添加一下参数: manhattan(gwasResults, main = "Manhat

R语言与医学统计图形-【33】生存曲线、森林图、曼哈顿图

1.生存曲线基础包survival+扩展包survminer. survival包内置肺癌数据集lung. library(survival) library(survminer) str(lung) #拟合模型 fit <- survfit(Surv(time,status)~sex,data=lung) #绘制生存曲线 ggsurvplot(fit, pval = TRUE, #添加log rank检验的p值 conf.int = TRUE, #添加置信区间 risk.table = TR

相机拍的图，电脑上画的图，word里的文字，电脑屏幕，手机屏幕，相机屏幕显示大小一切的一切都搞明白了！

相机拍的图,电脑上画的图,word里的文字,电脑屏幕,手机屏幕,相机屏幕显示大小一切的一切都搞明白了! 先说图片X×dpi=点数dotX是图片实际尺寸,简单点,我们只算图片的高吧,比如说拍了张图片144×144 72dpi,那么它的实际高就是144÷72=2吋dpi是每吋点数,在相机拍出一张图片之后它的dpi就确定了(右键属性摘要里就能看),比如最常见的72dpi,还说上面提到的144×144 72dpi的图片,72dpi的意思是说如果也按照72dpi打印图片的话打印出来还是高2吋(X)的可是我

纯JS画点、画线、画圆的方法

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd"><html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml"><head><meta http-equiv="Content-Typ

silverlight chart 折线图的线颜色如何修改？？？

silverlight chart 折线图的线颜色如何修改??? 我做出来都是这些偏黄色,请问如何修改线的颜色,以及线的宽度?谢谢

在MPAndroidChart库K线图的基础上画均线

CombinedChart 可以直接使用MPAndroidChart库里面提供的CombinedChart实现组合图形 Demo:CombinedChartDemo ------分割线(如果想在一个图形上实现,可以参考下面的实现方式)------ 推荐直接使用CombinedChart实现在GandleStickChart的基础上画均线之前出过一篇MPAndroidChart的K线图上添加均线,但是在画均线的逻辑上有点问题,画出的均线永远是屏幕上显示的数据的均线,而不是全部数据的均线在此调

Python 使用 Matplotlib 做图时，如何画竖直和水平的分割线或者点画线或者直线？

作者:看看链接:https://www.zhihu.com/question/21929761/answer/164975814 可以使用: vlines(x, ymin, ymax) hlines(y, xmin, xmax) import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np def Laplacian_Prior(x, u, b): return 1.0/(2*b)*np.exp(-abs(x - u)/b) if __name__ ==

H5中画图标签Canvas---画矩形，画线，画圆，渐变色，图形载入

一: 1.鼠标监视坐标值 <!DOCTYPE html> <head> <meta charset=UTF-8> <title>canvas的演示</title> <script src="D:\jquery\jquery-1.12.4.min.js""></script> </head> <body> <canvas id="tt" widt

IOS 绘制基本图形（画圆、画线、画圆弧、绘制三角形、绘制四边形）

// 当自定义view第一次显示出来的时候就会调用drawRect方法- (void)drawRect:(CGRect)rect { // 1.获取上下文 CGContextRef ctx = UIGraphicsGetCurrentContext(); // 画圆 CGContextAddArc(ctx, , , , , * M_PI, ); // 3.渲染 (注意, 画线只能通过空心来画) CGContextFillPath(ctx); } - (void)test3 { // 1.获取上下

R & ggplot2 & Excel绘图（直方图/经验分布图/QQ图/茎叶图/箱线图）实例

持续更新~ 散点图条形图文氏图饼图盒型图频率直方图热图 PCA图 3D图火山图分面图分面制作小多组图地图练习数据: year count china Ame jap '12 2.800000 1.500000 4.500000 2.500000 '13 2.941956 1.587559 5.342547 2.814862 '14 3.508838 1.648075 5.429438 2.701108 '15 4.011208 1.533966 5.419301 2.660

【前端切图】用css画一个卡通形象-小猪佩奇

最近在腾讯云技术社区遇到了一位奇才,用css画出了一个社会人小猪佩奇,不得不服.研究了一下他的文章https://segmentfault.com/a/1190000014909658,感觉甚是有趣,果断收藏.话不多说,直接贴一张生动到一塌糊涂的图. 前端代码如下: <!DOCTYPE html> <html> <head> <title>用css画一个小猪佩奇</title> <style type="text/css"

WPF绘制深度不同颜色的3D模型填充图和线框图

原文:WPF绘制深度不同颜色的3D模型填充图和线框图在机械测量过程中,测量的数据需要进行软件处理.通常测量一个零件之后,需要重建零件的3D模型,便于观察测量结果是否与所测工件一致. 重建的3D模型需要以填充图和线框图两种方式切换显示,其中填充图的材质需要根据不同深度进行着色,线框图需要消隐(不能透视).以圆柱为例,如下图: 由于WPF对DirectX进行了封装,并构建出一套简单的3D绘图框架,因此我们可以快速的创建所需要的3D模型,便于像我这样的对三维计算机图形学不太了解的人进行开发. 关于W

比率(ratio)|帕雷托图|雷达图|轮廓图|条形图|茎叶图|直方图|线图|折线图|间隔数据|比例数据|标准分数|标准差系数|离散系数|平均差|异众比率|四分位差|切比雪夫|右偏分布|

比率是什么? 比率(ratio) :不同类别数值的比值在中文里,比率这个词被用来代表两个数量的比值,这包括了两个相似却在用法上有所区分的概念:一个是比的值:另一是变化率,是一个数量相对于另一数量的变化量,例如,速率是物体的移动距离相对于时间的变化量,以每单位时间的移动距离来表示:心跳率是每分钟的心跳次数:税率则是每单位收入所应缴的税金. 为什么顺序数据不适用帕雷托图? 因为这样会打破顺序雷达图.轮廓图如何反映多组数据多个变量的或某一特征值? 当多个变量的取值相差较大或量纲不同时,可进行变换处

5分钟K线图压力线买点怎么看？

某开盘后底开一直呈现形成了一个长时间的箱体振荡的走势,K线在底位振荡时,其波动底点总是在不断抬高的话,这种走势说明有资金在场中积极运作,正是由于资金悄然建仓导致了底点慢慢抬高的走势,在底点不断抬高时,投资者就需要重点关注了,一旦后期出现放量加速上涨,投资者便可以及时入场操作. 振荡结束后,在成交量放大的推动下,五分钟K线明确向上突破了箱体振荡的上行压力线,突破走势的形成意味着原有的振荡结束,新一轮的上涨行情将会就此展开.在五分钟放量突破前期高点以及重要压力位时,投资者便可以入场了,在放量同时,K