安装clustalw很简单,不提了. 找了几个蛋白序列进行比对,命名为dm.fasta 1.输入 ./clustalw2  进入交互模式 2.选择1 并输入文件名字 3.输入2, 进行多序列比对 4.如果要修改输入格式,则点9 5.若要输出格式为phylip,则点4,并关闭1 6.按下回车,后退 7.选择1进行比对, 因为phylip输入文件为名infile, 所以这里直接改名字infile,并退出软件即可 安装phylip 减压后,进入src 并输入 make -f Makefile.unx

VCF2Dis,是一款计算根据vcf文件计算距离矩阵的小工具 1 安装 下载后 tar -zxvf VCF2DisXXX.tar.gz cd VCF2DisXXX make # 添加环境变量即可 2 示例文件进行简单使用 Usage: VCF2Dis -i <in.vcf> -o <p_dis.mat> #1.0) Parameters can used as short letter Such as : [-i] short for [-InPut], [-o] for [-Ou

本文作者:余光创,目前就读于香港大学公共卫生系,开发过多个R/Bioconductor包,包括ChIPseeker, clusterProfiler, DOSE,ggtree,GOSemSim和ReactomePA. 进化树看起来和层次聚类很像.有必要解释一下两者的一些区别. 层次聚类的侧重点在于分类,把距离近的聚在一起.而进化树的构建虽然也可以说是一个聚类过程,但侧重点在于推测进化关系和进化距离(evolutionary distance). 层次聚类的输入是距离,比如euclidean或ma

分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们的OTU获得了物种注释,并学习OTU表的各种操作————添加信息,格式转换,筛选信息.   接下来我们学习对OTU序列的进化分析.同时计算Alpha和Beta多样性值.   16. 进化树构建 进化树是基于多序列比对的结果,可展示丰富的信息,我们将在R绘图中详细解读.此处只是建树,用于Alpha, Beta多样性分析的输入文件. # clustalo多序列比对,如果没有请安装Clustal Omega clustal

/* 本程序说明: Kolakoski序列是一个仅由1和2组成的无限数列,是一种通过“自描述”来定义的数列. 他的前几项为1,2,2,1,1,2,1,2,2,1,2,2,1,1,2,1,1,2,2,1,2, 如果相同数字是一组,则每一组的个数为1,2,2,1,1,2,1,2,2,1,2,2,1,1 a(n)等于第n组数的长度,因此是自描述的.目前没有递推公式,只能用自描述方式给出 本题为Kolakoski序列的变形,可输入任意一组数,构建Kolakoski序列 输入为 n m. n是长度,m是给

prufer序列 度娘的定义 Prufer数列是无根树的一种数列.在组合数学中,Prufer数列由有一个对于顶点标过号的树转化来的数列,点数为n的树转化来的Prufer数列长度为n-2. 对于一棵确定的无根树,对应着唯一确定的prufer序列 构造方法 无根树转化为prufer序列 找到编号最小的度数为\(1\)的点 删除该节点并在序列中添加与该节点相连的节点的编号 重复\(1,2\)操作,直到整棵树只剩下两个节点 如下图的prufer序列为\(3,5,1,3\) prufer序列转化为无根树

题目链接:https://nanti.jisuanke.com/t/38232 题目大意:给你一个字符串,然后再给你m个字符串,然后问你在第一个字符串中不连续的子串能不能构成输入的子串. 具体思路:构建一个序列自动机就可以了.刚接触,记录下 AC代码: #include<bits/stdc++.h> using namespace std; # define ll long long # define inf 0x3f3f3f3f ; ; char str[maxn]; ]; ]; void

HDU 1560 DNA sequence(DNA序列) Time Limit: 15000/5000 MS (Java/Others)    Memory Limit: 32768/32768 K (Java/Others)   Problem Description - 题目描述 The twenty-first century is a biology-technology developing century. We know that a gene is made of DNA. Th

构建进化树的工具有: muscle mega 进化树的可视化: 本地可视化软件 Figtree (网址:http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/) 该软件是java开发的,运行在JVM上,下载后解压即可,无需安转. 在线可视化软件http://www.evolgenius.info/evolview.html (已注册)http://itol2.embl.de/index.shtml (已注册)

文本和字节序列 人使用文本,计算机使用字节序列 1. 大纲: 字符.码位和字节表述 bytes.bytearray和memoryview等二进制序列的独特特性 全部Unicode和陈旧字符集的编解码器 避免和处理编码错误 处理文本文件的最佳实践 默认编码的陷阱和标准I/O的问题 规范化Unicode文本,进行安全的比较 规范化.大小写折叠和暴力移除音调符号的实用函数 使用locale模块和PyUCA库正确地排序Unicode文本 Unicode数据库中的字符元数据 能处理字符串和字节序列的双模式

什么是 prufer 序列 是可以和 \(n\) 个有标号节点的无根树一一对应的长度为 \(n-2\) 的序列. 一般来说是用于和树相关的组合计数问题,但是可能会出现一些变形,所以除了要了解一些性质,大致的构造思路也要知道. 如何构建 prufer 序列 每次选择一个编号最小的叶结点并删掉它,然后在序列中记录下它连接到的那个结点. 重复 \(n-2\) 次后就只剩下两个结点,算法结束. 如何还原 prufer 序列 每次选择一个度数为 \(1\) 的最小的结点编号,与当前枚举到的 Prufer

shannon菌群多样性指数 H=-∑(Pi)(㏑Pi) Pi=样品中属于第i种的个体的比例,如样品总个体数为N,第i种个体数为ni,则Pi=ni/N: 各种之间,个体分配越均匀,H值就越大.如果每一个体都属于不同的种,多样性指数就最大:如果每一个体都属于同一种,则其多样性指数就最小 Dominance:随即取两条序列,来自同一个样品的概率Σ (Si(Si-1))/N(N-1): simpson 菌群多样性指数 随机取样的两个个体属于不同种的概率=1-随机取样的两个个体属于同种的概率:越均匀,值

qiime 本身不提供聚类的算法,它只是对其他聚otu软件的封装 根据聚类软件的算法,分成了3个方向: de novo:                   pick_de_novo_otus.py  closed-reference:      pick_closed_reference_otus.py open-reference OTU: pick_open_reference_otus.py    不同算法的优缺点: de novo:    pick_de_novo_otus.py  优

激活qiime2的执行环境:source activate qiime2-2019.4如何查看conda已有的环境:conda info -e 以下分析流程参考:https://docs.qiime2.org/2019.4/tutorials/qiime2-for-experienced-microbiome-researchers/ 1.数据准备 现在我们常用的就是这种格式的数据,每个样品一对数据文件 数据来源:https://docs.qiime2.org/2019.7/tutorials/

目录 一.来源 研究一:Draft genome sequence of adzuki bean, Vigna angularis 研究二:Genome sequencing of adzuki bean (Vigna angularis) provides insight into high starch and low fat accumulation and domestication 二.研究一(小豆基因组草图) 基因组组装 基因与重复序列预测 小豆驯化痕迹 标记开发及育种应用 红豆基因

一.插入排序介绍 插入排序(Insertion Sort)是一种简单直观的排序算法.它的工作原理是通过构建有序序列,对于未排序数据,在已排序序列中从后向前扫描,找到相应位置并插入.插入排序在实现上,通常采用in-place排序(即只需用到O(1)的额外空间的排序),因而在从后向前扫描过程中,需要反复把已排序元素逐步向后挪位,为最新元素提供插入空间.时间复杂度:O(n^2); 算法描述:     1.排序从第二个元素开始,第一个元素默认为有序的.     2.取出下一个元素(第一次取第二个,后面依

1.Maven安装 Maven和ant同为apache出版的构建工具,与gradle是一类东西,与C语言中的make是同一类产品.从apache官网上下载maven的zip安装包,解压即可使用,需要把解压后的bin目录添加到环境变量中去. Eclipse是自带maven的,如果不想使用eclipse的内置maven,可以在preference->maven->installations中进行设置. 2.最简的pom.xml文件 pom的意思是project object model项目对象模型

前言 算法这个东西其实在开发中很少用到,特别是web开发中,但是算法也很重要,因为任何的程序,任何的软件,都是由很多的算法和数据结构组成的.但是这不意味着算法对于每个软件设计人员的实际工作都是很重要的.每个项目特点和需求特殊也导致算法运用场景上不同.但是个人觉得算法运用的好的话会给自己在程序设计的时候提供比较好的思路.下面就对一些排序算法小结一下,就当做自己的一个笔记吧. 插入排序  1.简介 插入排序(Insertion Sort)的算法描述是一种简单直观的排序算法.它的工作原理是通过构建有序

前言 读者自行尝试可以想看源码戳这,博主在github建了个库,读者可以Clone下来本地尝试.此博文配合源码体验更棒哦~~~ 个人博客:Damonare的个人博客 原文地址:十大经典算法总结 这世界上总存在着那么一些看似相似但有完全不同的东西,比如雷锋和雷峰塔,小平和小平头,玛丽和马里奥,Java和javascript....当年javascript为了抱Java大腿恬不知耻的让自己变成了Java的干儿子,哦,不是应该是跪舔,毕竟都跟了Java的姓了.可如今,javascript来了个咸鱼翻身

本篇主要实现九(八)大排序算法,分别是冒泡排序,插入排序,选择排序,希尔排序,归并排序,快速排序,堆排序,计数排序.希望大家回顾知识的时候也能从我的这篇文章得到帮助. 为了防止误导读者,本文所有概念性内容均截取自对应Wiki 冒泡排序 原理 冒泡排序(Bubble Sort)是一种简单的排序算法.它重复地走访过要排序的数列,一次比较两个元素,如果他们的顺序错误就把他们交换过来.走访数列的工作是重复地进行直到没有再需要交换,也就是说该数列已经排序完成.这个算法的名字由来是因为越小的元素会经由交换慢