转载Part 2  Biopython的重头戏-生物学中序列的处理 Biopyhton的Seq和Python中标准字符串有两大重要的不同之处:首先,他们的处理方法不同.Seq适用于很多不同字符串的用的方法,如translate(),但是又有所不同.而且Biopython中加入了不同字符处理中没有的方法,如reverse_complement(); 第二,Seq模块中加入了重要的特性alphabet,这个对象可以解释序列代表的意思,即这个序列是一个DNA序列还是蛋白质序等. 是alphabet对象

在生物信息学分析中,经常对DNA序列进行一系列操作,包括子序列截取,互补序列获取,反向序列获取,反向互补序列获取.在python语言中,可编写如下函数完成这些简单功能. 子序列截取 python中对序列截取使用字符串切片功能就可以完成,例如: >>> seq="ATGATATAGtatatatgCAAGAGg" >>> subseq = seq[1:6] >>> subseq "TGATA" 注意,切片操作是“0

序列概览 在Python中有六种内建的序列:列表.元组.字符串.Unicode字符串.buffer对象和xrange对象.在这里暂时只讨论列表和元组.列表和元组的主要区别在于:列表可以修改,元组(不可变)不能. 1. 通用序列操作 所有的序列都可以进行某些特定的操作.这些操作包括: 索引(indexing) 分片(sliceing) 加(adding) 乘(multiplying) 检查某个元素是否属于这序列(index) 计算序列长度(len) 找出最大元素和最小元素(min/max) 1.1

第4章 序列的应用 4.1序列 序列是一块用于存放多个值的连续内存空间,并且按上一定顺序排列,每一个值(称为元素)都分配一个数字,称为索引或位置.通过该索引可以取出相应的值.例如,我们可以把一家酒店看作一个序列,那么酒店里的每个房间都可以看作是这个序列的元素.而房间号就相当于索引,可以通过房间号找到对应的房间. 在Python中,序列结构主要有列表.元组.集合.字典和字符串,对于这些序列结构有以下几个通用的操作.其中,集合和字典不支持索引.切片.相加和相乘操作. 4.1.1索引 序列中的每一个元

序列是用于存放多个值得连续空间,并按一定顺序排列,每一个值(称为元素)都分配一个数,称为索引或位置.通过该索引可以取出相应的值. 索引 序列中的元素都是有序的.拥有自己编号(从0开始),我们可以通过索引得到序列中对应的元素,索引也可以为负值,负数索引表示从右往左开始计数,最后一个元素索引为-1,倒数第二为-2,以此类推. 示例代码: """ [1, 2, 3, 4, 5, 6] 0 1 2 3 4 5 <--------索引(下标)对应关系 ""&q

第4章 序列的应用 python的数据类型分为:空类型.布尔类型.数字类型.字节类型.字符串类型.元组类型.列表类型.字典类型.集合类型 在python中序列是一块用于存放多个值的连续内存空间. python内置了5种序列分别是元组.列表.字典.集合.字符串. 本章将介绍元组.列表.字典.集合四种序列类型,字符串将在第5章介绍. 4.1 序列 序列类型支持索引.切片.相加.相乘.判断:集合和字典不支持索引.切片.相加.相乘 # 字典不支持索引.切片.相加.相乘 dict1 = {"year&qu

1. 什么作用 可以把JavaBean转换为(序列化为)xml 2. XStream的jar包 核心JAR包:xstream-1.4.7.jar: 必须依赖包:xpp3_min-1.1.4c(XML Pull Parser,一款速度很快的XML解析器): 3. 使用步骤 XStream xstream = new XStream(); String xmlStr = xstream.toXML(javabean); 4. 使用细节 别名:把类型对应的元素名修改了 xstream.alias("c

/************************ @HJ 2017/3/30 参考http://blog.sina.com.cn/s/blog_4b0020f301010qcz.html修改的代码 @主要调用opencv相关函数,从视频流中提取出图片序列 @需要注意的问题: cvReleaseImage(&pImg)释放内存出错的两种情况:具体可以参考http://www.cnblogs.com/grandyang/p/4615036.html 1)从摄像头获取的图片不能被修改和释放,所以如果

public interface Serializable {} 该接口没有任何实现方法,是一种标志,instance of  Serializable 会判断object类型 一.序列化和反序列化的概念 把对象转换为字节序列的过程称为对象的序列化. 把字节序列恢复为对象的过程称为对象的反序列化. 对象的序列化主要有两种用途: 1) 把对象的字节序列永久地保存到硬盘上,通常存放在一个文件中: 2) 在网络上传送对象的字节序列. 二.JDK类库中的序列化API java.io.ObjectOutp

python序列及函数入门认识: 0. 我们根据列表.元组和字符串的共同特点,把它们三统称为什么?    序列,因为他们有以下共同点: 1)都可以通过索引得到每一个元素 2)默认索引值总是从0开始(当然灵活的Python还支持负数索引) 3)可以通过分片的方法得到一个范围内的元素的集合 4)有很多共同的操作符(重复操作符.拼接操作符.成员关系操作符) 1. 请问分别使用什么BIF,可以把一个可迭代对象转换为列表.元组和字符串?  list([iterable]) 把可迭代对象转换为列表  tup

序列是指成员有序排列,可以通过下标偏移量访问的类型.Python序列包括:字符串.列表和元组.序列的每个元素可以指定一个偏移量得到,多个元素是通过切片操作得到的.下标偏移量从0开始计数到总数-1结束. 序列类型操作符这些操作符是对所有序列类型都适用的. 序列操作符  作用 seq[ind]  获得下标为ind的元素 seq[ind1:ind2]  获得下标从ind1到ind2的元素集合 seq * expr  序列重复expr次 seq1 + seq2  连接序列seq1和seq2 obj in

我们在计算机视觉相关的实验中都需要视频与图片序列之间相互转换,在平时的实验中,经常需要将视频保存为一帧一帧的图片,以获取实验结果:另一方面,很多标准的算法测试数据库都是图片序列(文件名以帧号+图片扩展名),我们可能需要将其转换为视频,因此视频与图片之间的转换是很常见的操作.在网上找到比较好的测试程序,一方面将其封装为函数,方便调用:另一方面,视频转图片可以任意设定图片输出目录,函数会自动创建相关目录:图片序列转视频可以设定更多的参数,也就可以更好的控制,而且可以自行设定视频输出的目录,函数自动检

[题解]CJOI2019 登峰造鸡境 (Prufer序列+斯特林数) 题目背景 舒服了. 题目描述 你有一颗n个点的无根树,每个点有有一个标号(1~n). 现在你知道,总共有m个叶子节点,求不同的树的形态方案数. 答案对\(10^9+7\)取模. 下面是一些可能有用的定义: 叶子:度数为1的点. 不同:若对于两颗标号相同的树\(T1=(V,E_1),T2=(V,E_2)\),\(T1\neq T2\)当且仅当存在\((u,v) \in E_1 ,(u,v) \notin E_2\) 输入格式 一

参考资料: 1.matrix67 <经典证明:Prüfer编码与Cayley公式> 2.百度百科 3.Forget_forever prufer序列总结 4.维基百科 5.dirge的学习笔记 一.Cayley定理 我们先讲讲Cayley公式/定理?. 凯莱定理,是所有群 G 同构于在 G 上的对称群的子群. 什么鬼?! 其实定理还有另一种表述:过n个有标志顶点的树的数目等于n^(n-2),也即完全图K_n有n^(n-2)棵生成树. 此定理说明用n-1条边将n个一致的顶点连接起来的连通图的个数

序列   数据存储方式  数据结构 python 列表.元组.字典.集合.字符串 序列: 一块用于存放多个值的连续内存空间,并且按一定顺序排列,可以通过索引取值 索引(编号): 索引可以是负数 从左到右从0开始 从右到左从-1开始 切片 列表名[起始值:结束值:步长] 起始值从0开始 结束值需要获得位+1 步长位0不用写 序列相加 序列1 + 序列2 = 序列1序列2 只能是同类型的序列相加 列表+列表 元组+元组 字符串+字符串 序列乘法 序列 * 乘数 = 重复N次的序列 把序列的内容重复N

该软件对于处理FASTA/Q十分方便,省去自己编写脚本 安装 1 conda install seqkit 使用 序列操作(seq) 1 ## 取方向序列 2 seqkit seq test.fa -r > test_re.fa 3 4 ## 取互补序列 5 seqkit seq test.fa -p > test_com.fa 6 7 ## 取方向互补序列 8 seqkit seq test.fa -r -p > test_re_com.fa 9 10 ## RNA---> DN

转(http://www.codeceo.com/article/java-string-ansi-unicode-bmp-utf.html#0-tsina-1-10971-397232819ff9a47a7b7e80a40613cfe1) 概念总结 早期,互联网还没有发展起来,计算机仅用于处理一些本地的资料,所以很多国家和地区针对本土的语言设计了编码方案,这种与区域相关的编码统称为ANSI编码(因为都是对ANSI-ASCII码的扩展).但是他们没有事先商量好怎么相互兼容,而是自己搞自己的,这样

python 函数 函数是组织好的,可重复使用的,用来实现单一,或相关联功能的代码段. 函数能提高应用的模块性,和代码的重复利用率.你已经知道Python提供了许多内建函数,比如print().但你也可以自己创建函数,这被叫做用户自定义函数. 定义一个函数 在Python中,定义一个函数要使用def语句,依次写出函数名.括号.括号中的参数和冒号:,然后,在缩进块中编写函数体,函数的返回值用return语句返回. 函数式编程和面向过程编程的区别: 函数式:将某功能代码封装到函数中,日后便无需重复编

本节内容: 前言 相关概念 Python中的默认编码 Python2与Python3中对字符串的支持 字符编码转换 一.前言 Python中的字符编码是个老生常谈的话题,同行们都写过很多这方面的文章.有的人云亦云,也有的写得很深入.近日看到某知名培训机构的教学视频中再次谈及此问题,讲解的还是不尽人意,所以才想写这篇文字.一方面,梳理一下相关知识,另一方面,希望给其他人些许帮助. Python2的 默认编码 是ASCII,不能识别中文字符,需要显式指定字符编码:Python3的 默认编码 为Uni

Python基础 对于Python,一切事物都是对象,对象基于类创建         不同类型的类可以创造出字符串,数字,列表这样的对象,比如"koka".24.['北京', '上海', '深圳'] 数据类型 1.如何查找数据类型支持的方法 python终端: name=”koka“ type(name) <class 'str'> help(str) #即可显示所有字符串支持的方法或者dir(name) #也可以显示对象中的所有特性. 使用Pycharm: 在py文件中输

0 url :http://blog.csdn.net/youyou1543724847/article/details/52818339Redis一点基础的东西目录 1.基础底层数据结构 2.windows下环境搭建 3.java里连接redis数据库 4.关于认证 5.redis高级功能总结1.基础底层数据结构1.1.简单动态字符串SDS定义: ...47分钟前1 url :http://blog.csdn.net/youyou1543724847/article/details/52818