转自http://www.dxy.cn/bbs/topic/35655953 1.OTU是什么? OTU(operational taxonomic units),即操作分类单元.通过一定的距离度量方法计算两两不同序列之间的距离度量或相似性,继而设置特定的分类阈值,获得同一阈值下的距离矩阵,进行聚类操作,形成不同的分类单元.专业解释太书面不好理解?没事儿,给你举个“栗子”就明白了! 2.OTU在16S测序中有何用? 高通量测序得到的16S序列有成千上万条,如果对每条序列都进行物种注释的话,工作量

一.Union并集操作相同的数据只显示一次 二.Concact连接 相同的数据也会重复显示 三.except差集 我有的你没有的显示 四.intersect交集相同的显示 五.zip序列的合并 六.distinct隐藏重复项 class Program { static void Main(string[] args) { List<,,,,,,,,}; list.Distinct().ToList().ForEach(i=>Console.WriteLine(i)); } }

韦恩图 Venn Diagram Venn Diagram,也称韦恩图.维恩图.文氏图,用于显示元素集合重叠区域的图示.   韦图绘制工具 常用R语言的VennDiagram包绘制,输出PDF格式方便修改.此外还有非常多的在线工具,使用方便.详见“轻松绘制各种Venn图”   韦恩图在扩增子中用途 展示各样品和组间共有.各组特有的OTU:由于此类结果缺少统计支持,假阳性率高,近年来使用越来越少. 展示各组间差异OTU共有或特有情况:较常用. 展示差异OTU所属的Taxonomy归类后的共有或特有

1. 关于 SequenceFile 对于日志文件来说,纯文本不适合记录二进制类型数据,通过 SequenceFile 为二进制键值对提供了持久的数据结构,将其作为日志文件的存储格式时,可自定义键(LongWritable)和值(Writeable的实现类)的类型. 多个小文件在进行计算时需要开启很多进程,所以采用容器文件 SequenceFile 按固定大小将多个小文件包装起来,使存储和处理更高效. 2. SequenceFile 说明 [SequenceFile 序列文件] 是由序列化 K-

时间序列相似性度量方法 时间序列相似性度量常用方法为欧氏距离ED(Euclidean distance)和动态时间规整DTW(Dynamic Time Warping).总体被分为两类: 锁步度量(lock-step measures) 和弹性度量(elastic measures) .锁步度量是时间序列进行 "一对一"的比 较; 弹性度量允许时间序列进行 "一对多"的比较. 欧氏距离属于锁步度量. 在时间序列中,我们通常需要比较两端音频的差异.而两段音频的长度大部

小明很喜欢数学,有一天他在做数学作业时,要求计算出9~16的和,他马上就写出了正确答案是100.但是他并不满足于此,他在想究竟有多少种连续的正数序列的和为100(至少包括两个数).没多久,他就得到另一组连续正数和为100的序列:18,19,20,21,22.现在把问题交给你,你能不能也很快的找出所有和为S的连续正数序列? 输出所有和为S的连续正数序列.序列内按照从小至大的顺序,序列间按照开始数字从小到大的顺序 import java.util.ArrayList; public class So

[题目]输出所有和为S的连续正数序列.序列为:1,2,3,4,5,6,7,8................ * 序列内按照从小至大的顺序,序列间按照开始数字从小到大的顺序 package com.exe9.offer; /** * [题目]输出所有和为S的连续正数序列.序列为:1,2,3,4,5,6,7,8................ * 序列内按照从小至大的顺序,序列间按照开始数字从小到大的顺序 * @author WGS * */ import java.util.ArrayList;

序列相加: [1,2] + [3,4] == [1,2,3,4] #字符串也是序列的一种 'hello' + 'world' == 'hello world' #但是序列相加只限于相同类型的序列间相加.所以 [1] + 'haha' #这样是会报错的 序列相乘: #数字乘以序列会产生新的序列: 'python' * 3 == 'pythonpythonpython' [1,2] * 3 == [1,2,1,2,1,2] #创建一个占用n个元素空间的列表: mylist = [None] * 4

题目: 输出所有和为S的连续正数序列.序列内按照从小至大的顺序,序列间按照开始数字从小到大的顺序 思路: small代表序列最小数字,large代表序列最大数字.初始化small为1,large为2. 如果序列当前和curSum大于要找的数s,则small往前移:如果序列当前和小于s,则large往前移.当然每次要更新curSum. 注意的是当curSum等于s时,要更新large 注意:有循环的,要注意循环内的各个分支,不要出现死循环.(连续两题了) 代码: class Solution {

1.序列类型操作符 序列操作符 作用 seq[ind] 获得下标为ind 的元素 seq[ind1:ind2] 获得下标从ind1 到ind2 间的元素集合 seq * expr 序列重复expr 次 seq1 + seq2 连接序列seq1 和seq2 obj in seq 判断obj 元素是否包含在seq 中 obj not in seq 判断obj 元素是否不包含在seq 中 2.序列类型可用的内建函数 函数名 功能 enumerate(iter) 接受一个可迭代对象作为参数,返回一个en

题目描述 小明很喜欢数学,有一天他在做数学作业时,要求计算出9~16的和,他马上就写出了正确答案是100.但是他并不满足于此,他在想究竟有多少种连续的正数序列的和为100(至少包括两个数).没多久,他就得到另一组连续正数和为100的序列:18,19,20,21,22.现在把问题交给你,你能不能也很快的找出所有和为S的连续正数序列? Good Luck! 输出描述: 输出所有和为S的连续正数序列.序列内按照从小至大的顺序,序列间按照开始数字从小到大的顺序 题目链接 https://www.nowc

序列模式分析算法GSP的实现 一.算法简介 序列模式定义:给定一个由不同序列组成的集合,其中,每个序列由不同的元素按顺序有序排列,每个元素由不同项目组成,同时给定一个用户指定的最小支持度阈值,序列模式挖掘就是找出所有的频繁子序列,即该子序列在序列集中的出现频率不低于用户指定的最小支持度阈值. GSP是序列模式挖掘的一种算法.其主要实现步骤描述如下: 1)扫描序列数据库,得到长度为1的序列模式L1,作为初始的种子集 L1 C2 L2 C3 L3 C4 L4  -- 2)根据长度为i 的种子集Li 

题目描述 小明很喜欢数学,有一天他在做数学作业时,要求计算出9~16的和,他马上就写出了正确答案是100.但是他并不满足于此,他在想究竟有多少种连续的正数序列的和为100(至少包括两个数).没多久,他就得到另一组连续正数和为100的序列:18,19,20,21,22.现在把问题交给你,你能不能也很快的找出所有和为S的连续正数序列? Good Luck! 输出描述: 输出所有和为S的连续正数序列.序列内按照从小至大的顺序,序列间按照开始数字从小到大的顺序 题目分析 假设序列的开始数字为a,结束数字

题目描述 小明很喜欢数学,有一天他在做数学作业时,要求计算出9~16的和,他马上就写出了正确答案是100.但是他并不满足于此,他在想究竟有多少种连续的正数序列的和为100(至少包括两个数).没多久,他就得到另一组连续正数和为100的序列:18,19,20,21,22.现在把问题交给你,你能不能也很快的找出所有和为S的连续正数序列? Good Luck! 输出描述: 输出所有和为S的连续正数序列.序列内按照从小至大的顺序,序列间按照开始数字从小到大的顺序 题目地址 https://www.nowc

31.前言 3.1.两个序列间的核苷酸差异 来自同一祖先序列的两条后裔序列,之间的核苷酸的差异随着时间的增加而变大.简单的计量方法,p距离 3.2.核苷酸代替数的估计 3.3.Jukes和Cantor模型 该模型假定任一位点的核苷替代都已相同频率发生,且每一位点的核苷酸每年以α概率演变为其它任意3种核苷酸中的一种.因此,每个位点每年的核苷酸代替率γ=3α 3.4.Kimura两参数法 在实际情况中,转换替代速率大于颠换速率.考虑到该情况,Kimura提出了新模型,来计算每个位点的氨基酸替代数.

题目描述 小明很喜欢数学,有一天他在做数学作业时,要求计算出9~16的和,他马上就写出了正确答案是100.但是他并不满足于此,他在想究竟有多少种连续的正数序列的和为100(至少包括两个数).没多久,他就得到另一组连续正数和为100的序列:18,19,20,21,22.现在把问题交给你,你能不能也很快的找出所有和为S的连续正数序列? 输出所有和为S的连续正数序列.序列内按照从小至大的顺序,序列间按照开始数字从小到大的顺序. 思路 双指针技术,就是相当于有一个窗口,窗口的左右两边就是两个指针,我们根

一.题目   题目描述:小明很喜欢数学,有一天他在做数学作业时,要求计算出9~16的和,他马上就写出了正确答案是100.但是他并不满足于此,他在想究竟有多少种连续的正数序列的和为100(至少包括两个数).没多久,他就得到另一组连续正数和为100的序列:18,19,20,21,22.现在把问题交给你,你能不能也很快的找出所有和为S的连续正数序列? Good Luck! 输出描述:输出所有和为S的连续正数序列.序列内按照从小至大的顺序,序列间按照开始数字从小到大的顺序 二.思路 双指针问题.当总和小

import java.util.ArrayList; /** * 面试题41-题目2:和为S的连续正数序列 * 小明很喜欢数学,有一天他在做数学作业时,要求计算出9~16的和,他马上就写出了正确答案是100. * 但是他并不满足于此,他在想究竟有多少种连续的正数序列的和为100(至少包括两个数).没多久,他就得到另一组连续正数和为100的序列:18,19,20,21,22. * 现在把问题交给你,你能不能也很快的找出所有和为S的连续正数序列? Good Luck! * 输出描述: * 输出所有

题目描述 小明很喜欢数学,有一天他在做数学作业时,要求计算出9~16的和,他马上就写出了正确答案是100.但是他并不满足于此,他在想究竟有多少种连续的正数序列的和为100(至少包括两个数).没多久,他就得到另一组连续正数和为100的序列:18,19,20,21,22.现在把问题交给你,你能不能也很快的找出所有和为S的连续正数序列? Good Luck!   输出描述: 输出所有和为S的连续正数序列.序列内按照从小至大的顺序,序列间按照开始数字从小到大的顺序 解题思路: 思路一: 自己想了一个复杂

题目: 输入一个正数s,打印出所有和为s的连续正数序列(至少含有两个数).例如输入15,由于1+2+3+4+5=4+5+6=7+8=15,所以结果打印出3个连续序列1-5,,4-6和7-8. 思路: 题目求的是连续正数序列,而且至少含有两个数,那么我们可以从1,2这两个数开始, 以求和为9的所有连续序列为例,假设两个指针pSmall和pBig,分别指向正数序列的首尾,pSum表示序列之和,一开始pSmall=1,pBig=2,,pSum=3<9,序列需要包含更多的数,于是pBig+1,此时pSu

题目描述: 小明很喜欢数学,有一天他在做数学作业时,要求计算出9~16的和,他马上就写出了正确答案是100.但是他并不满足于此,他在想究竟有多少种连续的正数序列的和为100(至少包括两个数).没多久,他就得到另一组连续正数和为100的序列:18,19,20,21,22.现在把问题交给你,你能不能也很快的找出所有和为S的连续正数序列? Good Luck!   输入描述: 输出所有和为S的连续正数序列.序列内按照从小至大的顺序,序列间按照开始数字从小到大的顺序 分析: 假设 i,j 分别是第一个数