#http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2881355/ 一致聚类方法,采用重抽样方法来验证聚类合理性. library(ALL)data(ALL)d=exprs(ALL)d[1:5,1:5] #对上面这个芯片表达数据我们一般会简单的进行normalization (本次采用中位数中心化),然后取在各个样品差异很大的那些gene或者探针的数据来进行聚类分析 mads=apply(d,1,mad)# mad(x) 绝对中位数差 按行(1)取d数据的

使用limma.Glimma和edgeR,RNA-seq数据分析易如反掌 Charity Law1, Monther Alhamdoosh2, Shian Su3, Xueyi Dong3, Luyi Tian1, Gordon K. Smyth4 and Matthew E. Ritchie5 1The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, 1G Royal Parade, Parkville, VIC 3052, Melbo

箱线图 箱线图是能同时反映数据统计量和整体分布,又很漂亮的展示图.在2014年的Nature Method上有2篇Correspondence论述了使用箱线图的好处和一个在线绘制箱线图的工具.就这样都可以发两篇Nature method,没天理,但也说明了箱线图的重要意义.   下面这张图展示了Bar plot.Box plot.Volin plot和Bean plot对数据分布的反应.从Bar plot上只能看到数据标准差或标准误不同:Box plot可以看到数据分布的集中性不同:Violin

路由类 Gene\Router 介绍 Gene\Router 是gene框架的核心类之一,本框架区别于其他常见框架的最大地方就是独特.强大.简单的路由定义等.路由强大灵活,支持回调.类方法:支持rest.http请求方式(get,post,put,patch,delete,trace,connect,options,head)等: 支持定义全局.局部钩子,每个方法可以定义清理全局钩子等. 实例化 初始化路由,传递缓存key,将会把路由配置缓存起来.Gene\Router如果作为gene_appl

参考:高通量测序相关名词 Isotig 指在转录组de novo测序时,用454平台测序完成后组装出的结果,一个isotig可视为一个转录本. Isogroup 指转录组de novo测序中,用454平台测序完成后组装出的结果获得的可聚类到同一个基因的转录本群. alternative splicing:可变剪切 gene loci:基因座(wiki), 转录表达谱:又叫基因表达谱,翻译表达谱的话,就是蛋白表达谱. 表达谱差异分析(differential expression profilin

无生物学重复RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data without biological replicates BMC Bioinformatics 的一篇文章中提出了一种新的差异基因分析方法. 这篇文章提出了CORNAS(COverage-dependent RNA-Seq) 方法,利用贝叶斯方法来推断真实基因表达数的  后验分布. 其创新型之一该方法包括了由RNA样品浓度决定的

Gene Expression Omnibus(GEO)是一个公共存储库,可以存档和自由分发由科学界提交的全套微阵列,新一代测序和其他形式的高通量功能基因组数据. 除数据存储外,还提供一系列基于Web的界面和应用程序,以帮助用户查询和下载存储在GEO中的研究和基因表达模式. GEO的数据储存方式 GEO数据库具体存放四类数据:GSE.GDS.GSM.和GPL. 一个GSE号(GSExxx)对应的是整个研究项目的系列的数据,可能涉及不同平台: 一个GDS号(GDSxxx)对应的一个同一平台的数据集

#时间序列import pandas as pd import numpy as np # 生成一段时间范围 ''' 该函数主要用于生成一个固定频率的时间索引,在调用构造方法时,必须指定start.end.periods中的两个参数值,否则 报错. 时间序列频率: D 日历日的每天 B 工作日的每天 H 每小时 T或min 每分钟 S 每秒 L或ms U M BM MS BMS 每毫秒 每微秒 日历日的月底日期 工作日的月底日期 日历日的月初日期 工作日的月初日期 ''' date = pd.d

如果我想得到这样一个结果集:分组排序,并且每组限定记录集的数量,用一条SQL语句能办到吗? 比如说,我想找出学生期末考试中,每科的前3名,并按成绩排序,只用一条SQL语句,该怎么写? 表[TScore]的结构 code      学号 char subject  科目 int score     成绩 int 可以这样写: SELECT [code]        ,[subject]        ,[score]    FROM (        SELECT *        ,RANK(

xamarin的listview控件其实自带有分组方法,关于xamarin listview的自带分组方法请自行参考官方文档,我这里只写自己写的分组方法.xamarin自带的分组好是好,功能多,但是加载有点慢.而对于我的项目来说并不需要那么多的功能,但需要自定义的样式和快速反应.所以有如下方式,关键在于数据分组插入分组数据和定义样式模板,对应不同数据显示相应模板. 一:对model添加一个分组字段,并把字段值生成出来. 二:要分组先对数据按分组字段排序. 三:在每个分组数据前添加一个model,

前言 今天有一个新需求, 是对一个List进行分组, 于是便百度到一些可用的代码以及我们项目使用的一些tools, 在这里总结下方便以后查阅. 一: 需求 现在我们一个数据库表t_series_value_rate存储的是每个汽车对应的保值率. 其中一个车系id可以对应多条数据.表内容部分截取如下: 其中series_id是车系id, car_year代表这个车的年限. 比如说车系id为1的车1年的保值率为81.5%, 2年的保值率为73.7%. 那么现在我需要传递过来一个series_id l

分组集(Grouping Sets)是多个分组的并集,用于在一个查询中,按照不同的分组列对集合进行聚合运算,等价于对单个分组使用“union all”,计算多个结果集的并集.使用分组集的聚合查询,返回的select 子句相同,由于select子句只能引用分组列,因此,在单个分组中缺失的分组列,TSQL返回NULL值. TSQL使用 group by 子句分组,有4种不同的语法: group by a,b group by rollup(a,b) group by cube(a,b) group

一.本文所涉及的内容(Contents) 本文所涉及的内容(Contents) 背景(Contexts) 实现代码(SQL Codes) 方法一:使用拼接SQL,静态列字段: 方法二:使用拼接SQL,动态列字段: 方法三:使用PIVOT关系运算符,静态列字段: 方法四:使用PIVOT关系运算符,动态列字段: 扩展阅读一:参数化表名.分组列.行转列字段.字段值: 扩展阅读二:在前面的基础上加入条件过滤: 参考文献(References) 二.背景(Contexts) 其实行转列并不是一个什么新鲜的

前言 如果你在系统中用到了Solr的话,那么肯定会碰到从Solr中反推数据的需求,基于数据库数据生产索引后,那么Solr索引的数据相对准确,在电商需求中经常会碰到菜单.导航分类(比如电脑.PC的话会有很多品牌).新车二手车导航会有车的品牌.还会根据价格区间自由组合组成自定义查询条件.常用高级用法如下: 1.根据基础数据反推数据分类用于导航(电脑品牌.手机品牌.车的品牌). 2.数据量大的要分页. 3.自定义价格区间. 4.时间段分组. 5.高亮. 以下我罗列三个我遇到的实际问题用来演示下Solr

转载请在页首注明作者与出处 一:分组汇总 1.1:SQL样例 分组汇总的应用场景非常多,比如查询每个班级的总分是多少,如果用关系形数据库,那么sql是这样子的 ),class from score group by class 得到的结果就是每个班分别的总分是多少,那么在mongodb这种非关系数据库要怎么做呢? 1.2:数据样例 假如我们有如下数据若干 { "_id" : "4fe31003-0ee3-47b8-8a1d-0e9f8561c37e", "

-- ================================================ -- Description:合并分组内容 -- Author:夏保华 -- Date:2009-08-06 -- ================================================ create table Employees(DepartmentName varchar(50),EmpoyeeName varchar(20)) insert into Empl

SQL Server 2005后之后,引入了row_number()函数,row_number()函数的分组排序功能使这种操作变得非常简单 分组取TOP数据是T-SQL中的常用查询, 如学生信息管理系统中取出每个学科前3名的学生.这种查询在SQL Server 2005之前,写起来很繁琐,需要用到临时表关联查询才能取到.SQL Server 2005后之后,引入了row_number()函数,row_number()函数的分组排序功能使这种操作变得非常简单.下面是一个简单示例: --1.创建测试

Linq to SQL 语法查询(链接查询,子查询 & in操作 & join,分组统计等) 子查询 描述:查询订单数超过5的顾客信息 查询句法: var 子查询 = from c in ctx.Customers where (from o in ctx.Orders group o by o.CustomerID into o where o.Count() > 5 select o.Key).Contains(c.CustomerID) select c; in 操作 描述:查

在前面几篇文章中,逐步从原有微信的API封装的基础上过渡到微信应用平台管理系统里面,逐步介绍管理系统中的微信数据的界面设计,以及相关的处理操作过程的逻辑和代码,希望从更高一个层次,向大家介绍微信的应用开发过程.本篇主要介绍在管理系统中,如何实现微信用户分组信息的同步操作. 其实微信能够风风火火的原因,主要就是因为有用户信息,所以同步并管理好微信账号的关注用户数据是非常重要的.有了微信用户的数据,你可以和你任何应用系统对接,实现系统-手机客户端的数据整合,还可以对用户进行营销管理,如发送用户感兴趣

在上个月的对C#开发微信门户及应用做了介绍,写过了几篇的随笔进行分享,由于时间关系,间隔了一段时间没有继续写这个系列的博客了,并不是对这个方面停止了研究,而是继续深入探索这方面的技术,为了更好的应用起来,专心做好底层的技术开发.本篇继续上一篇的介绍,主要介绍分组管理方面的开发应用,这篇的内容和上一篇,作为一个完整的用户信息和分组信息管理的组合. 1.用户分组管理内容 用户分组的引入,主要是方便管理关注者列表,以及方便向不同的组别发送消息的操作的,一个公众账号,最多支持创建500个分组. 用户分组