目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh cat $1 |while read gene chr from to do #echo $chr $from $to if echo $2 |grep -q '.*.vcf.gz$';then vcftools --gzvcf $2 --chr $chr --from-bp $f

下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式 如果只想提取指定位置(specifi

vcf文件的全称是variant call file,即突变识别文件,它是基因组工作流程中产生的一种文件,保存的是基因组上的突变信息.通过对vcf文件进行分析,可以得到个体的变异信息.嗯,总之,这是很重要的文件,所以怎么处理它也显得十分重要.它的文件信息如下: 文件的开头是一堆以“##”开始的注释行,包含了文件的基本信息.然后是以“#”开头的一行,共9+n个部分,前九部分标注的是后面行每部分代表的信息,相当于表头.后面部分是样本名称,可以有多个.注释行结束后是具体的突变信息,每一行分为9+n个部

前言   处理vcf文件的时候,需要多种切割,正则匹配,如果要自己写其实会比较麻烦,并且每次还得根据vcf文件格式或者需要读取的值不同要修改相应的代码.因此很多人会选择一些python的vcf的库,但是首先你得安装这个库, 并且有一些库它固定了能够读的内容,如果你的vcf的信息不在它固定的里面,就读不出来.比如最近我想读一个样本的AF,但是它放在最后样本的GT那列,不在INFO那一列,有一些库竟然无能为力.   因此我写了这个通用的读vcf的类,直接复制粘贴这部分代码就可以方便的用这个类进行vc

因为最近有一项工作是比较填充准确性的,中间有用到vcftools比较两个vcf文件. 使用命令也很简单: 1 vcftools --vcf file1.snp.vcf --diff file2.snp.vcf --diff-site --out Diff.site 运行结束会生成一个名为Diff.site.diff.sites_in_files的文件: pso1,ref1和alt1代表file1.snp.vcf文件中位点信息,IN_FILE列代表含有当前snp位置信息的文件,1代表file1.s

目录 1.cut命令说明 2.cut命令练习 (1)cut命令基本用法 (2)cut命令选取多列 (3)按字符来进行提取 (4)按指定分隔符进行截取数据 3.cut命令分隔符说明 1.cut命令说明 cut命令的作用是对文本中的内容进行截取. 一个文件里边有很多数据,grep命令是用来提取文本内容包含匹配规则的行,而cut命令是用来截取文本内容中的列数据. [root@localhost ~]# cut [选项] 文件名 选项: -f 列号:提取第几列. -d 分隔符:按照指定分隔符分割列,默认

经常会遇到将手机通讯录导出到电脑并转化为在电脑中可编辑的情况,在网上搜索了很久当前不外乎两种处理方式.1.使用电脑的outlook的通讯簿功能,将手机导出的vcf文件导入到outlook的通讯录中,然后再导出为可编辑文件:2.是使用专用软件直接打开vcf文件.很不幸两种都不适合我,第一种导出到outlook后人名部分全是乱码,第二种方式下载软件后就没打开成功(有可能下载的软件与我的电脑不兼容). 在网上也找了一些python的代码自己转化,一直没有找到合适的代码,我的vcf文件中的名称部分是QP

首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走. 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam). 这一步需要用到GATK里的GenomeAnalysisTK工具,见如下命令: java -Xmx8g -jar GenomeAnalysisTK.jar -T VariantsToBinaryPed -R GRCh37.fa -V file.vcf --metaData sampleID.fam -mgq 0 -bed

存在file1.txt,其内容如下: H aa 0 0 1 -9 H bb 0 0 2 -9 H cc 0 0 2 -9 存在file2.txt,其内容如下: H aa 0 0 0 -9 asd qwe H bb 0 0 0 -9 fgh rty H cc 0 0 0 -9 jkl uio 现希望根据file1和file2相同的列字符合并文件,要求如下:1.如果两个文件的第二列相同,则将file2的第三列.第四列.第五列.第六列修改为file1对应的第三列.第四列.第五列.第六列内容:2.新文件

通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的,这里就需要我们将不同samples的文件进行合并,可以通过vcftools的perl模块进行,但是这种方式对perl的要求较高,且操作比较复杂,这里我们选择使用Bcftools,操作简便. 分三步: 将vcf进行压缩,批量压缩的方法: bgzip -c -f -@ merge.vcf > merg

a文件为 a a a s s d .怎么把a文件变为 a s d .怎么把a文件变为 a a a s s d 解题方法如下: 解题思路 [root@localhost study]# awk 'NR==FNR{a[$2]++}NR!=FNR&&++b[$2]==1{print $1,$2,a[$2]}' a a1 a 34 s 26 d 1 NR=FNR处理第一个文件a----->  {a[$2]++} a[$2]++相当于a[$2]=a[$2]+1 a[a]=a[a]+1=0+1=

VIM 用正则表达式 批量替换文本,多行删除,复制,移动 在VIM中 用正则表达式 批量替换文本,多行删除,复制,移动 :n1,n2 m n3     移动n1-n2行(包括n1,n2)到n3行之下: :n1,n2 co n3    复制n1-n2行(包括n1,n2)到n3行之下: :n1,n2 d        删除n1-n2行(包括n1,n2)行: vi替换使用规则: :g/s1/s/s2/s3/g 第一个g表示对每一个包括s1的行都进行替换,第二个g表示对每一行包括s1的行所有的s2都用s

8．cut命令 cut命令用于按"列"提取文本字符,格式为"cut [参数] 文本". 在Linux系统中,如何准确地提取出最想要的数据,这也是我们应该重点学习的内容.一般而言,按基于"行"的方式来提取数据是比较简单的,只需要设置好要搜索的关键词即可.但是如果按列搜索,不仅要使用-f参数来设置需要看的列数,还需要使用-d参数来设置间隔符号.passwd在保存用户数据信息时,用户信息的每一项值之间是采用冒号来间隔的,接下来我们使用下述命令尝试提取出

tabix 可以对NGS分析中常见格式的文件建立索引,从而加快访问速度,不仅支持VCF文件,还支持BED, GFF,SAM等格式. 下载地址: 1 https://sourceforge.net/projects/samtools/files/tabix/ 2 3 ##安装 4 wget https://sourceforge.net/projects/samtools/files/tabix/tabix-0.2.6.tar.bz2 5 tar xjvf tabix-0.2.6.tar.bz2

awk删除文件第一列 1.采用awk awk '{$1="";print $0}' file 2.采用sed sed -e 's/[^]* //' file sort -R file 随机排列文件

js代码如以下代码:在initAllGrid函数colModel1加入属性设置:frozen:true:然后在_initGrid('task_con_grid_div',colModel1)函数里面加入$("#"+gridType+"_grid").jqGrid('setFrozenColumns');即可. eastcom.modules.workorderQuery = (function() { //其他方法省略 ...... //初始化所有grid func

plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --recode vcf-iid --out new_vcf 生成的vcf为4.2版本 对于plink2.0版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --export vcf --out new_vcf 生成

1.找出第一列中不包含的第二列数据:=IFERROR(VLOOKUP(A:A,B:B,1,0),"无") 2.A列相同,B列相加:＝SUMIF(G:G,G1,J:J)

 Android vcard使用示例,生成vcf文件 我们备份手机联系人时,导出到SD卡时,会在SD卡中生成一个vcf文件,用于保存联系人姓名,手机号码. vCard 规范容许公开交换个人数据交换 (Personal Data Interchange PDI)信息,在传统纸质商业名片可找到这些信息.规范定义电子名片(或叫vCard)的格式. 而在Android上使用vcard就要借助第三方包: 将它复制进工程,然后Add jar即可,实现代码很简单,如下: if (Environment.get

file1. 1 2 2 3 3 4 4 5 5 6 file2. a b b c c d d e e f 需要把file2的第二列合并到file1,使File1并成三列. 第一种方法:paste paste -d " " file1 file2 第二种方法:awk awk 'NR==FNR{a[i]=$0;i++}NR>FNR{print a[j]" "$0;j++}' file1 file2