相比动物miRNA 而言, 植物miRNA 的研究相对较少. 植物miRNA 相比动物miRNA , 有以下特点: 1) 植物miRNA 的长度为 21 nt 左右, 动物miRNA 长度在 22 ~ 23 nt; 2)   植物 miRNA 与 靶标转录本几乎完全互补配对,而动物 miRNA 不是: 3) 植物 miRNA 结合的区域可以位于任何区域,而动物 miRNA 主要在3‘ UTR 区结合: 植物miRNA 的形成过程: pri-miRNA          =>          

之前讲过预测植物miRNA的一款软件miR-PREFER, 今天在介绍一款软件miRDeep-p2, 也叫miRDP2 安装 在此之前,应安装一下软件 Bowite, Bowtie2, Vienna (RNA二级结构预测软件大礼包) 安装以上软件以后,在mirdp2下载最新版的miRDP2,以及ncRNA_rfam.tar.g 1 tar -xf miRDP2-v1.1.4.tar 2mv 1.1.4 miRDP2-v1.1.4 在TestData下载测试数据集--TestData.tar.gz

miRNA分析--数据过滤(一) 在比对之前为了减少比对时间,将每一个样本中的reads进行合并,得到fasta格式,其命名规则如下: 样本_r数子_x数字 r 中的数字表示reads序号: x 中的数字表示该条reads重复次数 比对分为两条策略 1.根据本物种已有的miRNA序列进行比对, 已知当miRNA序列从 miRBase或者 sRNAanno得到 (应该将clean reads比对到所研究物种到tRNA, rRNA, snoRNA,mRNA等数据,允许一个错配,将比对上等reads过

List 25 ❤arable a.可耕作的 n.耕地 ❤congested a.拥挤不堪的:充塞的 ❤split v.(使)分裂,分离:(被)撕裂:裂开:劈开:分担,分享n.裂口:分化 ,分裂 ❤negotiate v.洽谈,协商:商定,达成:顺利通过 ❤cruel a.残忍的,残暴的 ❤Nordic a.北欧人的:北欧国家的 ❤womb n.子宫:发源地 ❤manoeuvre  n.移动:策略,手段 v.移动,移动:操纵,控制 ❤predatory a.食肉的:掠夺的 ❤dearth n.缺

开篇 面向过程编程和面向对象编程是两种基本的编程思想. 很多人学习python,不知道从何学起.很多人学习python,掌握了基本语法过后,不知道在哪里寻找案例上手.很多已经做案例的人,却不知道如何去学习更加高深的知识.那么针对这三类人,我给大家提供一个好的学习平台,免费领取视频教程,电子书籍,以及课程的源代码!QQ群:1097524789 在这之前,你学习到的都是面向过程编程,即:首先分析出解决问题的每个步骤 ,然后编写函数实现每个步骤,最后通过合适的顺序依次调用函数来解决问题. 不同于面向过

一.从URL读取并返回html树     1.1 Rcurl包         使用Rcurl包可以方便的向服务器发出请求,捕获URI,get 和 post 表单.比R socktet连接要提供更高水平的交互,并且支持 FTP/FTPS/TFTP,SSL/HTTPS,telnet 和cookies等.本文用到的函数是basicTextGatherer和getURL.想详细了解这个包的可以点击参考资料的链接. R命令: h <- basicTextGatherer( )   # 查看服务器返回的头

CHAPTER 5 ‘The Master of Those Who know’ Aristotle 第5章 “有识之士的大师” 亚里士多德 ‘All men by nature desire to know’, said Aristotle. You have probably met someone like this, always keen to learn more. Perhaps you've also come across know-it-alls who have lost

DOM,文档对象模型(Document Object Model),是W3C组织推荐的处理可扩展标志语言的标准编程接口. API,应用程序接口 (API:Application Program Interface),API就是操作系统留给应用程序的一个调用接口,应用程序通过调用操作系统的API而使操作系统去执行应用程序的命令或动作. CSS,层叠样式表(Cascading Style Sheets)是一种用来表现HTML(标准通用标记语言的一个应用)或XML(标准通用标记语言的一个子集)等文件样

领导力 / LeaderShip 什么是领导力? 结合我自己的经验,谈谈理解. 我们人类社会,发展到现在,已经成为了一个集合体,这一点在工业革命之前,表现的极为明显. 常见的社会发展形态,会按照人与人之间的组织关系来划分,例如 原始社会/奴隶社会/封建社会/资本主义社会/共产主义社会(此处我是存疑的).但是,还可以按照人与自然之间的关系来划分.自然,不仅仅是非生命的,也包括除了人类物种之外的其他生命.因此,人与自然之间的关系,可以表达人类这个物种相对于其他非生命以及生命物种之间的交互方式,可以展

全基因组选择(Genomic selection, GS)是一种利用覆盖全基因组的高密度标记进行选择育种的新方法,可通过早期选择缩短世代间隔,提高育种值(Genomic Estimated Breeding Value, GEBV)估计准确性等加快遗传进展,尤其对低遗传力.难测定的复杂性状具有较好的预测效果,真正实现了基因组技术指导育种实践. 原理 常规育种手段主要利用性状记录值.基于系谱计算的个体间亲缘关系,通过最佳线性无偏估计(best linear unbiased predication

生物信息学-miRNA 转录组的分类: Noncoding RNA可分为负责Regulatory和housekeeping,housekeeping就是组织日常功能miRNA便是Regulatory RNA中的一种,长度18-22bp,具有短序列特异性,数量少于lncRNA,在相关物种中保守,20%-30%的miRNA可通过对non-coding RNA的靶向结合,达到调控编码蛋白质过程,从而调控制造蛋白质. miRNA参与生命活动,RNAi(RNA interference)是miRNA的一种

MicroRNA (miRNA)  是一类内生的.长度约为20-24个核苷酸的小 RNA,其在细胞内具有多种重要的调节作用.每个 miRNA 可以有多个靶基因的表达,而几个 miRNA 也可以调节同一个基因的表达.据推测,miRNA 调节着人类三分之一的基因. miRNA命名 1.物种 hsa.mmu.rno分别代表人.小鼠.大鼠. 2.类别 mir.MIR.miR分别代表动物未成熟miRNA.植物未成熟miRNA.成熟 RNA. 3.序号 即阿拉伯数字.代表miRNA发现的先后顺序.一般情况下

miRNA MicroRNA (miRNA)  是一类内生的.长度约为20-24个核苷酸的小 RNA,其在细胞内具有多种重要的调节作用.每个 miRNA 可以有多个靶基因的表达,而几个 miRNA 也可以调节同一个基因的表达.据推测,miRNA 调节着人类三分之一的基因. 1.物种 hsa.mmu.rno分别代表人.小鼠.大鼠. 2.类别 mir.MIR.miR分别代表动物未成熟miRNA.植物未成熟miRNA.成熟 RNA. 3.序号 即阿拉伯数字.代表miRNA发现的先后顺序.一般情况下,数

### miRNA特点 (1)广泛存在于真核生物中, 是一组不编码蛋白质的短序列RNA,它本身不具有开放阅读框架(ORF),并且由不同于mRNA的独立转录单位表达. (2)通常的长度为20-24 nt,但在3′端可以有1-2 个碱基的长度变化(对miRNA 的具体长度范围尚无统一标准). (3)成熟的miRNA , 5′端有磷酸基团, 3′端为羟基,且具有独特的序列特征.它们可以和上游或下游的序列不完全配对形成茎环结构. (4)miRNA5′端第一个碱基对U有强烈的倾向性,而对G却有抗性,但第2

PHP代码 lazycms::$sysname 第一次见到这种表现方式,请问是双冒号什么意思 答:直接属类的方法或属性.也就是static 静态方法或属性的使用.域运算符,一般用于在B类对象中使用A类对象的属性/方法! 本文描述 PHP V5 中对象和类的基础知识,从最基本的概念一直讲到继承,主要针对经验丰富的面向对象程序员和尚未接触过对象的读者.作为 PHP 程序员,您肯定知道变量和函数.但类和对象可能就是另一回事.不定义单个类,就可以创建完美的系统.但即使您决定在自己的代码中不使用面向对象的

前言 前一篇浅显的述说了一下c#接口的作用,并用了一个不怎么好的例子述说了一下.时隔一天,在看完大家的评论后我在论坛中查看了很多前辈们对c#接口的描述,发现大家对例子的说明不是太容易让我们这些新人理解.接下来,就用我这个新手的角度再来阐述一遍.哈哈哈哈…… 理论改编故事 A公司在经过“百兽齐鸣”的事件后汲取了教训,老王也开始用接口这个东西来进行项目的管理.为此,他轻松了不少,沾沾自喜中也就没有去探究接口的其它作用了(没有影射大家,纯属为了编故事). 这天,A公司下达了一个新的需求,需要实现由某一

combine和partition都是函数,中间的步骤应该只有shuffle! combine分为map端和reduce端,作用是把同一个key的键值对合并在一起,可以自定义的.combine函数把一个map函数产生的<key,value>对(多个key,value)合并成一个新的<key2,value2>.将新的<key2,value2>作为输入到reduce函数中这个value2亦可称之为values,因为有多个.这个合并的目的是为了减少网络传输. partitio

美德科学家独立进行的两项最新研究表明,单个神经元的激发就足以影响学习和行为.这一结论挑战了人们长期以来的认识,即数千个神经元的有序排列才能够产生一个行为反应.这两篇论文12月19日在线发表于<自然>杂志上. 进行最新研究的是美国霍华德•休斯医学院的神经生物学家Karel Svoboda和同事,以及洪堡大学Michael Brecht领导的一个独立研究小组.他们的研究结论为一项饱受争议的神经理论---神经元“稀疏编码”假说(sparse-coding hypothesis)提供了依据和支持,该理

一, 什么是虚函数(如果不知道虚函数为何物,但有急切的想知道,那你就应该从这里开始) 简单地说,那些被virtual关键字修饰的成员函数,就是虚函数.虚函数的作用,用专业术语来解释就是实现多态性(Polymorphism),多态性是将接口与实现进行分离:用形象的语言来解释就是实现以共同的方法,但因个体差异而采用不同的策略.下面来看一段简单的代码 class A{ public: void print(){ cout<<”This is A”<<endl;} }; class B:p

虚函数联系到多态,多态联系到继承.所以本文中都是在继承层次上做文章.没了继承,什么都没得谈. 下面是对C++的虚函数这玩意儿的理解. 一, 什么是虚函数(如果不知道虚函数为何物,但有急切的想知道,那你就应该从这里开始) 简单地说,那些被virtual关键字修饰的成员函数,就是虚函数.虚函数的作用,用专业术语来解释就是实现多态性(Polymorphism),多态性是将接口与实现进行分离:用形象的语言来解释就是实现以共同的方法,但因个体差异而采用不同的策略.下面来看一段简单的代码 class A{