二代测序的分析过程中,经常需要统计原始下机数据的数据量,看数据量是否符合要求:另外还需要统计q20,q30,GC含量等反应测序质量的指标: 在kseq.h 的基础上稍加改造,就可以实现从fastq 文件中统计这些指标的功能,而且速度非常的快 #include <zlib.h> #include <stdio.h> #include <string.h> #include "kseq.h" // STEP 1: declare the type of

做一个项目,第一件事情就是问:“这个数据库多大?” 下面是统计数据库数据量大小的方法 通常我们会使用命令: "sp_helpdb @dbname" 例如,查询数据库"testdb3"的使用量 exec sp_helpdb testdb3   "sp_helpdb"是最常用的命令, 但是注意:该命令显示的数据库大小"db_size"并不是指现存有效数据的大小,而是指:数据库物理文件 “数据文件大小 + 日志文件大小”的总和  

做数据比较的时候,由于同一个样本测序数据量不一致,需要抽取数据,控制数据量基本一致. 自己写脚本速度较慢,后面发现一个不错的工具:seqtk 原始数据抽取 如果只控制原始数据量一致,过滤低质量数据后直接使用seqtk (Version: 1.3-r106) 的子模块seq, 配合参数 -s 设定随机种子,默认11: 配合参数 -f 设定抽取数据量比例. 例如: 1 seqtk seq -s 11 -f 0.6805888 $dir/CNR01/WGS.read1.fq.gz |gzip >new

概要: 计算HIVE BI库下每天数据表总大小及增量 输出: 总大小:xxxG 日同比新增数据量:xxxG 周同比新增数据量:xxxG 月同比新增数据量:xxxG 总表数:xxx 日新增表数:xxx 周新增表数:xxx 月新增表数:xxx 最大的20张表: ...... 表数据增量TOP20: ...... 代码: bi_report.sh #!/bin/bash GIGA=1000000000 content="\n" prefix='bi' today=`date -d"

MySQL的使用用法如下所示:格式:if(Condition,A,B)意义:当Condition为true时,返回A:当Condition为false时,返回B.作用:作为条件语句使用.mysql的if用法解决同一张数据表里面两个字段是否相等统计数据量.1.需求,主要是同一张数据表里面两个字段是否相等,判断这张表里面,实际数据和对账数据的值是否相等,可以判断合格率. SELECT s.source_code, sum( s.actual_count ) AS act_count, count(

感觉好久没有写sql语句了... 今天需要写一个统计某一天的数据时,考虑到字段的内容格式是:  2018-12-18 09:36:23 我开始写的是: select count(id) as reCount from t1 where dateValue(atTime)=" & sqlDate(theDate) 数据量在1万行记录的时候,尽然需要 3 秒+时间才能完成. 等所有代码完工后,我试着使用 Between  语句: select count(id) as reCount fro

转载请注明原文地址:http://www.cnblogs.com/ygj0930/p/6138288.html 在上一篇博文我们提到,分页有三种方法.其中,第三种是我们最常用的.然而,在实际应用过程中我们会发现,select count(*) from tname 语句在统计某表内记录总数时,如果表内数据量达到一定规模(比如100W条),这个语句就会执行得非常慢.有什么办法可以加快统计出表内记录总数呢? 这里,我们需要借助一个中间表来记录数据库内各表记录总数.然后,在我们需要知道某表的记录总数来

http://www.cnblogs.com/qinche/archive/2012/08/09/app.html 由于今天要监控数据,急需统计实例中1有多少库2库里有多少表3每个表有多少数据 --将写好的代码贴出来,用到如下的: --sysobjects:在数据库每个对象(约束.默认值.日志.规则.存储过程)占一行. --sysindexes:数据库中的每个索引和表在表中各占一行. --syscolumns:每个表和视图中的每列在表中占一行,存储过程中每个参数在表中占一行. select * 

工作过程中,如果一个数据库的表比较多,手工编写统计脚本就会比较繁琐,于是摸索出自动生成各表统计数据量脚本的通用方法,直接上代码: /* 脚本来源:https://www.cnblogs.com/zhang502219048/p/10970193.html */ ), Num int) exec sp_MSforeachtable 'insert into #t select ''?'', count(*) from ?' select replace(replace(TableName,'[',

sql server的数据库个数.表个数及表的数据量统计   --由于今天要监控数据,急需统计实例中1有多少库2库里有多少表3每个表有多少数据 --将写好的代码贴出来,用到如下的: --sysobjects:在数据库每个对象(约束.默认值.日志.规则.存储过程)占一行.  --sysindexes:数据库中的每个索引和表在表中各占一行.  --syscolumns:每个表和视图中的每列在表中占一行,存储过程中每个参数在表中占一行.  select * from sysobjects  selec

统计各部门人数很简单,通过部门分组即可,要统计部门以下下级部门的人数也简单,通过递归.要统计所有有下级部门的部门人数(包含下级)页比较简单, 先查询出有下级的部门,在对每个部门进行递归查询,如下: ) s ,b.b0200 from a01 a, ( start connect by prior d.b0200=d.b0203) b /*查询工会id为1的所有有下级的工会*/ connect by prior d.b0200=d.b0203) group by b.b0200 这个方法是最简单的

表结构 SELECT t1.TABLE_NAME, t1.COLUMN_NAME, t1.DATA_TYPE || '(' || t1.DATA_LENGTH || ')', t2.COMMENTS -- missing_count(t1.TABLE_NAME, t1.COLUMN_NAME) counts FROM USER_TAB_COLS t1, USER_COL_COMMENTS t2 WHERE t1.TABLE_NAME = t2.TABLE_NAME AND t1.COLUMN_N

需求:添加创建了分库分表后,业务可能将数据已经写入,但未来得及接入到otter汇总库.接入汇总库前需要初始化这部分数据. 1.导出 ip_port_list ) len=${#ip_port_list[@]} ;i;i++)) do db_ip=`echo ${ip_port_list[i]} | awk -F[:] '{print $1}'` db_port=`echo ${ip_port_list[i]} | awk -F[:] '{print $2}'` mysql >/dev/null

本过程适用于Oracle数据量统计. create or replace procedure SP_GET_TAB_COUNT as v_tableName HDSD_TJ.Tablename%type; v_tableCount HDSD_TJ.Tablecount%type; v_tmp varchar2(500); v_tmp2 varchar2(500); v_tmp3 varchar2(500); cursor cur_tab is select tableName from HDSD

场景:HBase存储在Azure上,现在通过访问Azure Storage的接口,获取HBase中各个表的数据量. 注意: 1.Azure存储,默认的副本数为2,即共存3份,但只收1份的费用,取到的size也是1份的大小.如果是自建HDFS,则不同. 2.此处访问的是Azure Storage的接口,还可以访问HBase的接口来获取数据量(另行验证). c#代码: using Microsoft.WindowsAzure.Storage;using Microsoft.WindowsAzure.

操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc的全部报告,搜索中文教程 具体步骤 [1]SRA文件转换成fastq文件 -----单个文件转换 fastq-dump -- -O outputdir -A file1.sra -----多个文件批量转换 # .编写一个脚本 sra_to_fq.sh ` do fastq-dump -- -O ./

高通量测序数据下机后得到了fastq的raw_data,通常测序公司在将数据返还给客户之前会做"clean"处理,即得到clean_data.然而,这些clean_data是否真的"clean"呢?首先,我们应该做一下质控.如果质控不合格,就需要一些处理,比如去接头.去除量的reads.(1)去除测序数据中的接头(用到的是fastx_toolkit里面的fastx_clipper工具): Usage: fastx_clipper [-h] [-a ADAPTER]

通常我们下机得到的数据是raw reads,但是公司通常会质控一份给我们,所以到很多人手上就是clean data了.我们再次使用fastqc来进行测序数据质量查看以及结果分析. fastqc的操作: 1. FastQC使用 fastqc -f [bam | sam | fastq] -o [output] [filename1 filename2] 常用选项: -f --format:输入文件格式.[bam,sam,fastq文件格式] -o --outdir:输出文件夹指定 -t --thr

分享一个SQLSERVER脚本(计算数据库中各个表的数据量和每行记录所占用空间) 很多时候我们都需要计算数据库中各个表的数据量和每行记录所占用空间 这里共享一个脚本 CREATE TABLE #tablespaceinfo ( nameinfo ) , rowsinfo BIGINT , reserved ) , datainfo ) , index_size ) , unused ) ) ); DECLARE Info_cursor CURSOR FOR SELECT '[' + [name]

http://blog.csdn.net/kingsix7/article/details/38928685 1.CI 控制器添加方法 $this->show_fields_array=array(            "truename"=>"列1",            "item_goods"=>"列2",            "item_store"=>"列3

Mysql 大数据量高并发的数据库优化 一.数据库结构的设计 如果不能设计一个合理的数据库模型,不仅会增加客户端和服务器段程序的编程和维护的难度,而且将会影响系统实际运行的性能.所以,在一个系统开始实施之前,完备的数据库模型的设计是必须的. 在一个系统分析.设计阶段,因为数据量较 一.数据库结构的设计 如果不能设计一个合理的数据库模型,不仅会增加客户端和服务器段程序的编程和维护的难度,而且将会影响系统实际运行的性能.所以,在一个系统开始实施之前,完备的数据库模型的设计是必须的. 在一个系统分析.