你能给别人讲清楚这个概念吗? 二代测序中,每测一个碱基会给出一个相应的质量值,这个质量值是衡量测序准确度的.碱基的质量值13,错误率为5%,20的错误率为1%,30的错误率为0.1%.行业中Q20与Q30则表示质量值≧20或30的碱基所占百分比.例如一共测了1G的数据量,其中有0.9G的碱基质量值大于或等于20,那么Q20则为90%.         Q20值是指的测序过程碱基识别(Base Calling)过程中,对所识别的碱基给出的错误概率.         质量值是Q20,则错误识别的概率

文章转载于 Original 2017-07-06 Jolvii 生信百科 介绍一下如何理解 FastQC 各模块的结果 FastQC 的使用 FastQC的安装介绍请看这里.FastQC 支持 fastq.gzip 压缩的 fastq.SAM.BAM 等格式,在不指定文件类型的情况下,FastQC 会根据文件的名字来推测文件的类型: 以 .sam 或者 .bam 结尾的文件会被当作 SAM/BAM 文件来打开,并统计 mapped 和 unmapped reads 在内的所有 reads:其它

名词解释 De novo:拉丁文,从头开始的意思,de nove测序则是指在不需要任何参考序列的情况下对某一物种进行基因组测序,然后将测得的序列进行拼接.组装,从而绘制该物种的全基因组序列图谱. 重测序概念:重测序是全基因组重新测序的简称,是指是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析.(没有组装的短的Reads序列) . . Reads:即我们通常说的读长的意思,它是指高通量测序平台直接产生的DNA序列. Contig:是指Reads基于Overl

通常我们下机得到的数据是raw reads,但是公司通常会质控一份给我们,所以到很多人手上就是clean data了.我们再次使用fastqc来进行测序数据质量查看以及结果分析. fastqc的操作: 1. FastQC使用 fastqc -f [bam | sam | fastq] -o [output] [filename1 filename2] 常用选项: -f --format:输入文件格式.[bam,sam,fastq文件格式] -o --outdir:输出文件夹指定 -t --thr

操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc的全部报告,搜索中文教程 具体步骤 [1]SRA文件转换成fastq文件 -----单个文件转换 fastq-dump -- -O outputdir -A file1.sra -----多个文件批量转换 # .编写一个脚本 sra_to_fq.sh ` do fastq-dump -- -O ./

系统名称:学生公寓管理系统 首先介绍一下学生公寓管理系统,在学生公寓管理方面,针对学生有关住宿信息问题进行管理,学生公寓管理系统主要包含了1)学生信息记录:包括学号.姓名.性别.院系.班级:2)住宿信息记录:包括宿舍楼号.宿舍号.电费信息.维修记录:3)报修信息记录:包括宿舍楼号.宿舍号.报修品.时间.维修状态:4)后勤人员记录:包括工号.姓名.联系方式:5)电费信息记录:包括宿舍楼号.宿舍号.电剩余量.使用量.缴费金额.剩余金额:6)学生晚归记录:晚归学生的学号.姓名.时间.宿舍号.日期.和原

根据前面的博客,我们已经大致了解了ssh架构开发整体概念:Struts是一个实现了MVC模式的经典的框架:Hibernate是轻量级Java EE应用的持久层解决方案,以面向对象的方式提供了持久化类到数据表之间的映射,是优秀的ORM框架:Spring为企业应用提供了轻量级的解决方案:它的Ioc容器,AOP思想,以它为核心,整合持久层框架和Web MVC框架.通过三个框架的整合,可以构建可扩展.可复用.可移植.可维护的软件系统.其中可扩展.可复用.可移植.可维护的等等这些形容词是我们用来评判一个系

RNAseq测序reads定位 发表评论 3,210 A+ 所属分类:Transcriptomics   收  藏 获得RNA-seq的原始数据后,首先需要将所有测序读段通过序列映射(mapping)定位到参考基因组上,这是所有后续处理和分析的基础.在读段定位之前,有时还需要根据测序数据情况对其做某些基本的预处理. 例如,过滤掉测序质量较差的读段,对miRNA测序读段数据去除接头序列等. 高通量测序的海量数据对计算机算法的运行时间提出了很高的要求.针对诸如Illumina/Solexa等测序平台

横坐标代表每个每个碱基的位置,反映了读长信息,比如测序的读长为150bp,横坐标就是1到150: 纵坐标代表碱基质量值, 图中的箱线图代表在每个位置上所有碱基的质量值分布, 中间的红线代表的是中位数 用黄色填充的区域的上下两端分别代表上四分位数和下四分位数: 箱线图最上方的短线代表90%,最下方的短线代表10% 蓝色的线代表平均值 背景色从上到在下依次为green, orange, red; 分别代表very good, reasonable, poor;将碱基质量分成3个不同的标准 当有一个位

日常音视频开会中我们或多或少会遭遇这些场景:"喂喂喂,可以听到我说话吗?我听你的声音断断续续的","咦,我怎么可以听到回声?","太吵啦,我听不清楚你在说啥" 等等.这些语音质量问题影响音视频开会体验,如若是重要的会议,那足够让人 "恼羞成怒".那么如何有效的减少这些问题发生呢?本系列文章就将为大家分享阿里云视频云在保障 RTC 语音质量方面的测试经验. 作者|柯淮 审校|泰一 背景介绍 音频质量是指正常网络下的听觉质量和音频

NGS又称为下一代测序技术,高通量测序技术 以高输出量和高解析度为主要特色,能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列读取,在提供丰富的遗传学信息的同时,还可大大降低测序费用.缩短测序时间的测序技术. Sanger法测序(一代测序):是一种利用DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物的测序技术.每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP).由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团,使延长的

背景: 1.为什么要从头测序组装基因组? 基因组是不同表型的遗传基础:获得参考基因组是深入研究一个生物体全基因组的第一步也是必须的一步:从头测序组装能够对新的测序物种构建参考基因组: 2.为什么要研究全基因组? 确定基因组中缺失了什么:确定难以生化研究的基因和pathways:研究感兴趣的pathway通路中的每一个基因:研究基因组的非编码区域(introns内含子.promoters启动子.telomeres端粒等)的调控机理和结构特征:基因组提供了一个可以进行各种统计的大型数据库(provi

0. 该软件原理 它以kerm为节点单位,利用de Bruijn图的方法实现全基因组的组装.何为de Bruijn............... contig 的构建过程: (1)选取初始Kmer, 满足两个条件. ①给定阈值,min_read_num, 出现在几条reads上面: ②Kmer出现在reads的第一位,就可以开始参与拼接:如图2-4. 表中,Kmer为4, reads长12,出现在5条reads上 (2)选取后继Kmer 满足一下条件: ①后继Kmer的前k-1个碱基与当前Kme

在很多情况下,我们需要把多个样本混合在一起,在同一个通道(lane)里完成测序.像转录组测序.miRNA测序.lncRNA测序.ChIP测序等等,通常每个样本所需要的数据量都比较少,远少于HiSeq一个通道的产出能力,混合样本是普遍作法.以转录组测序为例,一个样本测序20 M片段(reads),就能够满足绝大部分研究所需.而HiSeq 2000的一条通道,使用v3试剂,数据产出>175 M片段(如果双端分别计算,则为350M).为了充分利用测序仪产能,节约成本,需要把8个RNA样本混合起来.如果

RNA_seq pipline RNA_seq pipline PeRl 2018年3月7日 首先说明一下我做RNA-seq处理流程的文件树格式: RNA-seq/ data/ GRCh38.gtf chroms/ hg38/ samples/ SraAccList.txt sra/ fasta/ fastqc/ cufflinks_result/ tophat_result/ HTSeq_result/ tools/ Trimmomatic-0.36/ 1. 下载参考基因组序列信息及注释文件G

二代测序的分析过程中,经常需要统计原始下机数据的数据量,看数据量是否符合要求:另外还需要统计q20,q30,GC含量等反应测序质量的指标: 在kseq.h 的基础上稍加改造,就可以实现从fastq 文件中统计这些指标的功能,而且速度非常的快 #include <zlib.h> #include <stdio.h> #include <string.h> #include "kseq.h" // STEP 1: declare the type of

数据分析流程 来自知乎孟浩巍的“快速入门生物信息学的”Live,超棒的~ 1.数据质控 首先是质控部分,使用fastqc进行对结果分析. 对于Illumia二代测序的结果质控包括两个方面,去掉测序质量不好的序列,即Quality Control:二是需要去掉连在玻璃上的短的接头,cut adaptor. -t 8表示调用8个核心去运算. 之后,对每一个序列文件都生成一个zip和一个html文件. 例如: 那么这2500000肯定是不同的基因,只不过这个机器的测序长度是150,所以所有的基因长度都

Quality 是什么? 通常,我们谈及 Quality(质量)时,最常见的问题就是:Quality 是什么? 有很多业界先驱和研究人员已经回答了这个问题,我在这里并不会再给出一个新的答案.在学习总结了这些关于质量的定义后,可将问题的答案分为两个阵营: 符合要求(Conformance To Requirements):质量就是指产品或服务的可测量的属性满足一组固定的要求,也就是说,符合预先定义的要求. 满足客户需求(Meeting Customer Needs):质量独立于任何可测量的属性,也

1.PDCA循环原理:plan  do  check action 以pdca质量环模型为质量控制和保证的理论依据,对软件质量进行把控. plan计划阶段:项目质量规划 1.分析现状,找出质量问题 2.分析影响质量的原因 3.找出主要原因 4.制定措施计划 do实施阶段:对质量进行控制 执行措施计划 check 检查阶段:质量形成过程管理 检查效果,发现问题 action处理阶段:精益化管理 总结经验,纳入标准 2.项目质量 2.1项目质量:质量是指一组固有特性满足要求的程度,而项目质量是指项目

一. 运行meerkat 前面已经依序安装了meerkat 的环境和meerkat,运行了预处理一步,在相对应的bam文件目录下生成了大批文件,因此,当要用meerkat处理某个bam文件时,应先将该bam文件移动到专有的一个文件夹,manual中也建议这样用. 预处理生成的文件包括: 黑名单文件.gz isinfo文件:包括插入大小信息 pdf文件:插入大小的分布图,unmapped reads长度的分布图,softclip reads长度分布图 pre.log文件:日志文件,包括输入的参数,