关于RNA-Seq数据去接头(Adapter)这事需要讲一讲 RNA-Seq adapter barcode cutadapt 首先来了解一下三个概念: 1.adapter是一段短的序列已知的核酸链,用于链接序列未知的目标测序片段. 2.barcode,也称为index,是一段很短的寡居核酸链,用于在多个样品混合测序时,标记不同的样品. 3.insert是用于测序的目标片段,因为是包括在两个adapter之间,所以被称为“插入”片段. 首先来了解一下三个概念: 1.adapter是一段短的序列已

一开始拿到三代测序的下机数据时,蒙了,readme ?三代测序的下机数据都有哪些,以及他们具体的格式是怎么样的(以sequel 平台为主). 测序过程 SMRTbell A adapter通用接头,两端的接头可以一样也可以不一样    B barcode(客户自己设计)    I insert 插入片段,即我们测序的目的片段    由于SMRTbell是环状的,测序过程是边合成边测序,因此可以沿着新链合成的方向不停地读取序列,读取一圈又一圈,直到聚合酶累趴下了… 测序结果 根据SMRTbell的

转载:http://www.cnblogs.com/jinhh/p/8328818.html 三代测序的下机数据都有哪些,以及他们具体的格式是怎么样的(以sequel 平台为主). 测序过程 SMRTbell A adapter通用接头,两端的接头可以一样也可以不一样    B barcode(客户自己设计)    I insert 插入片段,即我们测序的目的片段    由于SMRTbell是环状的,测序过程是边合成边测序,因此可以沿着新链合成的方向不停地读取序列,读取一圈又一圈,直到聚合酶累趴

声明:原创作品,转载时请注明文章来自SAP师太技术博客( 博/客/园www.cnblogs.com):www.cnblogs.com/jiangzhengjun,并以超链接形式标明文章原始出处,否则将追究法律责任!原文链接:http://www.cnblogs.com/jiangzhengjun/p/4291276.html 第一代:基于源码增强(子过程subroutine:Form)... 2 通过SPRO->IMG查找用户出口... 3 通过开发类查找用户出口... 5 用户出口子程序所能使

最近的一次面试中,被问到桥接模式,以前呢并没有很仔细的研究过这个设计模式,借此机会剖析一下. 先给出自己对这个模式理解后的源码: interface A{ void methodA(); } interface B{ void methodB(); } Class AImpl implements A{ Interface B; void methodA{ B.methodB(); } } 那么设个设计模式的应用场景呢? 从参考资料1中的解释是,调制解调器Modem,旧版OldModem采用的的

Java 基础知识 面向对象的基本思想 Object类相关:Object类的几个关键函数.String涉及到的常量池概念,序列化 & 反序列化. 重要关键字:final.static. 内部类:内部类的分类.应用场景.内部类编译成class后是怎么样的. 抽象类 & 接口:区别.应用场景. 编码:编码的目的.分类. 异常:异常体系.自定义异常. 注解:注解的基本概念.分类.编译时注解 & 运行时注解. 容器:重要容器的内部实现.容器间的对比. 内存模型. 垃圾回收. 类加载的过程.

转载:http://pacbiofileformats.readthedocs.io/en/5.1/Primer.html 转载:http://pacbiofileformats.readthedocs.io/en/5.1/#legacy-formats PacBio SMRT sequencing operates within a silicon chip (a SMRTcell) fabricated to contain a large number of microscopic hol

第一代:基于源码增强(子过程subroutine) 第一代增强基于源代码,是SAP提供的一个空代码的子过程.在这个子过程中用户可以添加自己的代码,控制自己的需求.这类增强集中在一些文件名倒数第二个字符为Z的包含程序中. 一般是以UserExit_打头的子过程,因此形象地称其为用户出口. 用户出口Include在SAP标准程序的源代码里,可以说是源代码的一部分,更改用户出口就相当于更改SAP标准程序,是需要在SAP Service MarketPlace里申请对象键(Access Key)才能更改

1 确保虚拟机中的Linux是NAT联网方式   2确保Vmware Network Adapter VMnet1和 VMnet8 都是"已启用"状态,如果是"未识别的网络",参考我的另一篇文章"VMware Network Adapter VMnet1和VMnet8 未识别的网络怎么办.doc".然后开一个CMD窗口,输入IPCONFIG /ALL 看到Vmnet8的IP,这里看到是192.168.23.1 VMware Network Ada

大家应该看过很多分享面试成功的经验,但根据幸存者偏差的理论,也许多看看别人面试失败在哪里,对自己才更有帮助. 最近跟一个朋友聊天,他准备了几个月,刚刚参加完字节跳动面试,第二面结束后,嗯,挂了- 所以啊,不管怎么样,不论是什么样的大小面试,要想不被面试官虐的不要不要的,只有刷爆面试题题做好全面的准备,当然除了这个还需要在平时把自己的基础打扎实,这样不论面试官怎么样一个知识点里往死里凿,你也能应付如流~ 字节跳动Android实习面试凉凉经 一面问的 Java 和 Android 基础 1.Jvm

背景 首先介绍一下自己的情况.目前所在的是一家小的创业公司,待了5年多,薪资一般吧.由于这几年公司也在转型.工作经历大概可以分为 3 个阶段. 第一阶段是从进公司开始做 android app 开发,无论是外包或者公司的主力产品都做过. 第二阶段是做 ROM 开发,由于公司规模不大,除了硬件和底层的东西外,基本上是一个人负责了整个 ROM 的修改,编译,发布(基于 MTK 的某一个 rom,然后做一些 android framework 层面上"奇奇怪怪"的定制). 第三阶段,也就是当

说在前面,面试时最好不要虚报工资.本来字节跳动是很想去的,几轮面试也通过了,最后没offer,自己只想到几个原因:1.虚报工资,比实际高30%:2.有更好的人选,这个可能性不大,我看还在招聘.我是面试Android开发的,3年经验,下面是面试流程: 一面 1.插件化.启动activity的hook方式.taskAffity.2.okhttp支持HTTP2?http2的功能有哪些?tcp方面拥塞控制?tsl的握手和具体的非对称加密算法.非对称名称3.handler的post(Runnable)如何

中国农业大学等多家单位2017年合作发表在<遗传>杂志上的综述,笔记之. 作者中还有李宁院士,不胜唏嘘. 1.概述 GS的两大难题:基因组分型的成本,基因组育种值(genomic estimted breeding value, GEBV)的准确性. 基于个体的基因组估计育种值GEBV比传统基于系谱的估计育种值(estimted breeding value, EBV)准确性更高. GS实施示意图: 基于单点SNP标记的GEBV估计方法 一类基于估计等位基因效应来计算GEBV: ①最小二乘法

一直很好奇,notifyDataSetChanged究竟是重绘了整个ListView还是只重绘了被修改的那些Item,它与重新设置适配器即调用setAdapter的区别在哪里?所以特地追踪了一下源码,过程如下: 一.notifyDataSetChanged实现机制 自定义Activity中有如下调用语句: checkoutAdapter.notifyDataSetChanged(); 点击notifyDataSetChanged()进行代码跟踪.首先,进入到BaseAdapter的notifyD

Adapter常用的实现类如下: 1.ArrayAdapter:简单.易用的Adapter,通常用于将数组或List集合的多个值包装成多个列表项. 2.SimpleAdapter:并不简单.功能强大的Adapter,可用于将list集合的多个对象包装成多个列表项. 3.SimpleCursorAdapter:与SimpleAdapter基本相似,只是用于包装Cursor提供的数据. 4.BaseAdapter:通常用于被扩展.扩展BaseAdapter可以对各列表项进行最大限度的定制.

区别: NAT模式下,虚拟机仍然可以访问网络,但是从网络接收者的眼中看来,这些网络请求都来自宿主机,而感知不到虚拟机.外网也无法访问虚拟机网络.虚拟机和宿主机器的IP地址在不同的子网,比如192.168.1.1和192.168.1.2. 帮助文档提到,如果你只是想单纯的在虚拟机里访问网络,使用NAT足够了. Host-Only: 虚拟机仍然被分配一个IP地址,但是只有在虚拟机运行的环境里可以访问这个IP地址.该地址对外界不可见. Bridged:虚拟机有独立的IP地址,能被网络上其他主机访问.

Bridge和Adapter是没有关系的,而和Facade比较象,但在我的经验中更多的时候是会混淆Bridge和adapter而不是Facade,这里详细的列出三个模式的比较. 一. 定义: 1.Facade模式是为一个复杂系统提供一个简单的接口.比如你要去博物馆参观,很多东西,你一个个到处去问每个东西的管理员很麻烦,所以你找一个导游,让他给你一个个介绍,你只要找到导游就好了.导游就是门面.2.适配器模式,适配器模式是把一个类的接口变换成客户端所期待的另一种接口,从而使原本因接口不匹配而无法工作

1.adapter是一段短的序列已知的核酸链,用于链接序列未知的目标测序片段. 2.barcode,也称为index,是一段很短的寡居核酸链,用于在多个样品混合测序时,标记不同的样品. 3.insert是用于测序的目标片段,因为是包括在两个adapter之间,所以被称为“插入”片段. 一个常见测序片段类似与adapter--barcode--insert--adapter.测序开始时前几个碱基无法测得,第一个adapter在数据输出时被去除:由于测序仪读长限制,第二个adapter通常无法测得.

本节课程,需要完成扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并 先看一下扩增子分析的整体流程,从下向上逐层分析 分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们拿到了双端数据,进行了质控.并对实验设计进行了填写和检查.最后将双端数据合并为单个文件进行下游分析.   接下来我们将序列末端的barcode标签切下来,因为它们是人为添加的,不属于实验对象:再根据标签序列与实验设计文件比对,对每条序列属于哪个样品进行分类:最后我们切除掉扩增使用的引物,因为它们是人工合成的

生物信息学 Sanger采用链终止法进行测序 带有荧光基团的ddXTP+其他四种普通的脱氧核苷酸放入同一个培养皿中,例如带有荧光基团的ddATP+普通的脱氧核苷酸A.T.C.G放入同一个培养皿,以此类推,存在4种不同类型碱基的识别机制,同时,该ddXTP一旦结合在互补链上则会迫使复制停止. 高通量测序是二代测序,先建库后测序: 建库方法: 单末端测序:将DNA双链打碎并接上接头序列,通过改变条件使双链变单链,将待测的单链固定在flowcell上,再加入游离的脱氧核苷酸,采用边合成边测序方法比配并