B(Baseline):峰在基线处开始或结束V(Valley):峰在谷点线处开始或结束P(Peak): 峰开始或结束与基线贯穿点BB就代表标准的峰:从基线开始出峰,最后峰到基线结束(from baseline to baseline)BP或PB就代表峰一端在基线之下,其中,BP代表峰的尾端在基线之下,而PB代表峰的前端在基线之下.BV代表峰起始于基线但结束在峰的谷点,在基线之上.VB相对于BV则反之,即代表峰起始于峰的谷点但结束在基线,在基线之下.其中BB代表峰型最好,最对称,理想,是对称的流出

snow 255 250 250 #fffafa ghostwhite 248 248 255 #f8f8ff whitesmoke 245 245 245 #f5f5f5 gainsboro 220 220 220 #dcdcdc floralwhite 255 250 240 #fffaf0 oldlace 253 245 230 #fdf5e6 linen 250 240 230 #faf0e6 antiquewhite 250 235 215 #faebd7 papayawhip 255

生物医学大数据-蛋白质定量 现今肽段定量效率存在巨大差异.比如相同质量蛋白质,但是肽段和蛋白信号不均一,在物理条件一致时,仅有70%的重复率,并且当重复次数变多时,overlapping在变少. 无标定量法 方法一是针对二级色谱的谱图计数,即统计二级色谱的数量,数量越多则蛋白丰度越高,但相同丰度蛋白也有不同的二级色谱数,所以算法目的是减少噪音. 方法二是针对一级色谱的离子流色谱峰XIC,即每个肽段的离子流色谱峰,可以取同一个肽段不同时间点上的信号强度,连接成峰,通过求该曲线的曲线下面积获取曲线信

代谢是生命体内化学反应的总称,其所包含的代谢物变化规律可直接反映生命体的健康状态.非靶向代谢组学(untargeted metabolomics)可以在系统水平测量生命体内生理或病理状态下所有代谢物的含量变化,为研究其生物学机理提供依据.液相色谱-质谱联用(LC-MS)技术是代谢组学研究的主要工具之一.为了能够将采集的质谱数据信息转变为有效的生物学信息,首先就必须对代谢峰进行代谢物的结构鉴定.然而,到目前为止,在基于 LC-MS 的非靶向代谢组学中,大规模的代谢物结构鉴定仍然是一项非常具有挑战性

文献名:iHPDM: In Silico Human Proteome Digestion Map with Proteolytic Peptide Analysis and Graphical Visualizations 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:(2019年12月) IF:3.86 单位: 资讯科学研究院,中央研究院,台湾 物种:人 技术:蛋白质组生物信息学   一. 概述:(用精炼的语言描述文章的整体思路及结果) 在有关丢失蛋白(MP,m

文章题目:Constructing a Tandem Mass Spectral Library for Forensic Ricin Identification 构建用于鉴定蓖麻毒素的串联质谱库 解读人:马臻 Doi号:https://doi.org/10.1021/acs.jproteome.9b00377 文章链接:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jproteome.9b00377 文章的实验室和主要参与人员: 实验室:美国西北太平洋国家实验室化

文献名:Bisecting GlcNAc is a general suppressor of terminal modification of N-glycan(平分GlcNAc是N-聚糖末端修饰的一般抑制剂) 期刊名:MCP 发表时间:(2019年10月) 单位: 广岛大学物质科学研究科 爱尔兰国立大学糖业科学小组 RIKEN-Max Planck联合研究中心结构糖生物学小组 物种:小鼠大脑组织.肾组织 技术:转染.蛋白印迹.凝集素印迹.免疫荧光.定量PCR.糖基转移酶化验.LC-MS\MS

Proteoforms/Protein species这个概念还是比较有意义的. 人类结构基因组测序接近尾声,人们就从结构基因组学研究转向功能基因组学研究,即对转录组和蛋白质组进行研究.1995年正式提出了"蛋白质组"和"蛋白质组学"的概念,距今已有25年历史了. 蛋白质组学的主要技术包括蛋白质组的分离技术.鉴定技术和蛋白质组信息学技术. 蛋白质组的分离技术主要有双向凝胶电泳(2DE)和多维液相色谱(2DLC). 蛋白质组的鉴定技术主要是基于质谱(MS)的技术,主要

发表时间:2019年4月 IF:3.950 单位: 威斯康星医学院生物化学系 威斯康星医学院生物医学质谱研究中心 物种:人(人体肾脏细胞和蛋白) 技术:肽段清理 一. 概述:(用精炼的语言描述文章的整体思路及结果) 肽段清理对于去除在自下而上(也称为鸟枪法)蛋白质组工作流程中样品制备阶段可能引入的污染物很重要.近些年的研究表明在去除洗涤剂和聚合物污染时,相较于传统的反相洗涤方法,使用羧酸盐修饰的顺磁颗粒有多种益处.但是,也面临实验结果可重复与否的挑战,实验的可重复性限制了这种方法在实验室的广泛实

文献名: DIAlignR provides precise retention time alignment across distant runs in DIA and targeted proteomics(DIAlignR 为DIA和靶向蛋白质组学提供了准确的保留时间对齐的算法) 期刊名:MCP 发表时间:(2019年1月) 单位: 多伦多大学 斯坦福大学   一. 概述:(用精炼的语言描述文章的整体思路及结果) 我们提出了一种新的保留时间算法,直接比对原始swathm – ms的二级色

文献名:Data-independent acquisition improves quantitative cross-linking mass spectrometry (DIA方法可提升定量交联质谱分析) 期刊名:Mol Cell Proteomics 发表时间:(2019年4月) IF:5.232 单位: 1.      德国柏林技术大学生物技术研究所 2.      英国爱丁堡大学生命科学学院 3.      瑞典 Biognosys 公司 技术:DIA交联质谱定量 一.概述:(用精炼

文献名:Label-Free Proteomic Analysis of Exosomes Secreted from THP-1- Derived Macrophages Treated with IFN‑α Identifies Antiviral Proteins Enriched in Exosomes 期刊名:Journalof Proteome Research 发表时间:December 14, 2018 DOI: 10.1021/acs.jproteome.8b00514 单位:

题目:Metabolic Signatures of Cystic Fibrosis Identified in Dried Blood Spots For Newborn Screening Without Carrier Identification(新生儿筛查(不含携带者鉴定)中使用干血片鉴定囊性纤维化的代谢特征) 期刊:Journal of Proteome Research 发表时间:December 3, 2018 DOI:10.1021/acs.jproteome.8b00351

期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:(2019年9月) IF:3.78 单位: 中国科学院大连化学物理研究所 中国科学院大学 大连医科大学第二附属医院 物种:人血浆 技术:用组氨酸修饰的具有可变换表面电荷的亲水性智能材料(组氨酸键合的二氧化硅,HBS)可选择性地从复杂的生物样品中富集唾液酸化的糖肽(SGP)   一. 概述: 糖蛋白的异常唾液酸化与许多恶性疾病密切相关,唾液酸化的分析对于揭示这些疾病的现状具有很大的潜力.然而,深入分析唾液酸化仍然具有挑战性

文献名:Mass Spectrometry-Compatible Subcellular Fractionation for Proteomics(质谱兼容的蛋白质组学的亚细胞分离) 期刊名:Jpornal of Proteome research 发表时间:(2020年1月) IF:4.173 单位: 熊本大学 京都大学 庆应大学 物种:人的细胞 技术:磷酸化蛋白质组学和蛋白质组学   一. 概述:(用精炼的语言描述文章的整体思路及结果) 本研究选取细胞进行免疫印迹法和间接免疫荧光法.Nano

本文是马克思普朗克心肺研究所的三名研究者Marina Kiweler.Mario Looso和Johannes Graumann发表在8月刊的MCP的一篇文章. 由于Omics实验经常涉及数百个数据文件,元数据信息对于结果的评估和再现至关重要:然而数据通常以二进制或专有文件格式存在,元数据信息提取过程繁琐.以Thermo Fischer Scientific质谱仪生产的RAW文件为例,除了光谱数据之外,还包括了仪器设置,这都是实验评估和结果再现所必需的.目前提取RAW文件信息的方法是使用特定供应

目录 1. 简介 2. 近几年发表的主要工具 1.DeepRT 2.Prosit 3. DIANN 4.DeepDIA 1. 简介 基于串联质谱的蛋白质组学大部分是依赖于数据库(database search)的bottom-up策略研究.也就是实际谱图和理论谱图进行匹配打分,从而实现肽段和蛋白的鉴定和定量.如果是DDA的数据,因为一张二级谱是一条肽段,直接将数据库理论酶切碎裂后的理论谱和实际谱图匹配即可.但如果是DIA的数据,因为二级谱是混合谱,即来源于很多肽段,而且碎片离子还会受到未碎裂的母

一,介绍 CMYK也称作印刷色彩模式,顾名思义就是用来印刷的. 它和RGB相比有一个很大的不同:RGB模式是一种发光的色彩模式,CMYK是一种依靠反光的色彩模式. CMYK——即青.洋红(品红).黄.黑四种色彩,在印刷中通常可由这四种色彩再现其它成千上万种色彩: 二,CMYK转RGB R = 255*(100-C)*(100-K)/10000: G = 255*(100-M)*(100-K)/10000: B = 255*(100-Y)*(100-K)/10000:   三,色谱     红RE

命令格式 file [-bchikLNnprsvz0] [--apple] [--mime-encoding] [--mime-type] [-e testname] [-F separator] [-f namefile] [-m magicfiles] file ... file -C [-m magicfiles] file [--help] 命令参数 -b, --brief 不输出文件名(简要模式). -L, --dereference 直接显示符号连接所指向的文件的类型. -v, --

原文:[CLR via C#]5.3 值类型的装箱和拆箱 在CLR中为了将一个值类型转换成一个引用类型,要使用一个名为装箱的机制. 下面总结了对值类型的一个实例进行装箱操作时内部发生的事: 1)在托管堆中分配好内存.分配的内存量是值类型的各个字段需要的内存量加上托管堆上的所有对象都有的两个额外成员(类型对象指针和同步块索引)需要的内存量. 2)值类型的字段复制到新的分配的堆内存. 3)返回对象的地址.现在,这个地址是对一个对象的引用,值类型现在是一个引用类型. 拆箱不是直接将装箱过程倒过来.拆箱