目录 1.混合测序基础 2. 点突变检测 3. BSA 4. BSR 5. 混合样本GWAS分析 6. 混合样本驯化研究 7. 小结 1.混合测序基础 测序成本虽然下降了,但对于植物育种应用研究来说还是很高,动不动就上百群体,小小植物个体价值又低,测完了很可能后面就用不到了.这时,混合样本测序是一种省钱的好办法. 混池测序(Pool-seq)相对于GWAS或其他精细定位策略而言,其实是一个初定位产品,其结果很有可能是跟性状相关的候选区域. 概念: 混合样本测序一般是选择表型极端或目标性状差异的个

相信各位在学习cnn的时候,常常对于卷积或者池化后所得map的的大小具体是多少,不知道怎么算.尤其涉及到边界的时候.   首先需要了解对于一个输入的input_height*input_widtht的图像,在卷积或者池化的时候,经常需要加padding,这是为了处理边界问题时而采用的一种方式,于是原输入就变成了下图所示:   对于输出的size计算 如下图: out_height=((input_height - filter_height + padding_top+padding_botto

特斯拉已成为美国汽车市场增速最快的厂商,且在中国建设工厂后又巩固了自身的地位:蔚来.小鹏等互联网造车企业迅速崛起,吸引着风投的强烈关注:全球范围内,纯电动汽车的销量节节攀升--从多个维度看,纯电动汽车正在蓬勃发展,且普及正在加速. 而这样的势头,不仅"吓坏"了不少传统车企,也对此前严丝合缝的零部件产业链带来巨大冲击.一时之间,汽车行业玩家集体转向纯电动汽车似乎要成为主要趋势.就在纯电动汽车步步紧逼的大环境下,身为传统车企巨头的丰田终于忍不住了.丰田尝试通过开放混动专利与其他车企&quo

本文技术难度★★★,初学自动化测试的朋友慎点!否则会引起焦虑等不适症状,严重者会怀疑自己技术人生! 来自Cypress官网首页! Web开发飞速换代! table控制页面OUT了! 原生态手写网页OUT了! 纯原生态JS写特效OUT了! 但是,司职网页自动化测试的Selenium,几乎没变化! 如果某一天你被告知,Selenium不能用了,网页自动化小伙伴何去何从?! 现实点儿吧,从现在开始,看看有什么能替代Selenium的才是真理! Cypress是一个选择! Cypress,基于Node.

https://www.cnblogs.com/zhangtan/p/5856573.html 检测正在使用的端口   这里就以win7为例进行讲解. 首先打开cmd,打开的方法很简单,在开始菜单中直接输入即可.同样也可以按下win+R打开运行,然后输入cmd即可. 在dos命令中输入以下命令查询正在被使用的端口号以及使用它的程序. 命令:netstat -ano 内容分析: 前面的程序占用的进程,冒号后面的就是我们要查找的端口.找到8080,因为我的已经解决了,所以这里图片就不能给大家了. 看

打开终端: sudo vi /etc/default/grub GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT原有配置后面添加 snd_hda_intel.dmic_detect=0 即GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT="splash quiet"改为GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT="splash quiet snd_hda_intel.dmic_detect=0" 然后执行命令,重启 sudo update-grub

BSA(Bulked Segregant Analysis)又称混合群体分离分析法,是利用极端性状进行功能基因挖掘的一种方法.主要思想是将两个具有极端性状的群体进行混池测序,比较两个群体在多态位点(SNP)的Allele Frequency(AF)是否具有显著差异.以植物株高性状为例,收集株高处于两个极端的样本分别混池测序,通过全基因组扫描,找到AF具有显著差异的位点,然后通过相关研究结果,对这些位点进行筛选,找到影响株高的功能位点.​ BSA在1991年就被提出(Giovannoni et a

本文可作为传智播客<张孝祥-Java多线程与并发库高级应用>视频的学习记录. 为什么需要并发池 之前写并发的时候 new Thread(new Runnable(){ public void run{ //.... } }).start(); 没有什么问题呀,为什么需要并发池呢? 我们拿tomcat来举个例子.每次我们对服务器做一个请求,tomcat就得分出一个线程来处理我们的事.那么是不是,我们每次发一个请求,tomcat就像上面那样启动一个线程,等到run方法执行完了,这个线程也就死了.如

卷积神经网络的应用:卷积神经网络使用卷积提取图像的特征来进行图像的分类和识别       分类                        相似图像搜索                                  目标识别                               语义分割 卷积神经网络与神经网络的形状对比, 卷积是有厚度的 卷积在提取特征时的图像变化,从刚开始较低水平的特征图,到最后较高水平的特征图的变化,原先提取的是图片的特征,后面提取到的是一些高级的分类特征 1.

一个例子 public class TestString{ public static void main(String[] args){ String a = "a"; String b = a+"b"; String c = "ab"; String d = "a" + "b"; System.out.println(c == d); //true!!!! System.out.println(c ==

SNP问题大集锦 [2017-01-19]       最近小编对基因检测很感兴趣,也跟风去测了一下,这一测不要紧,吓得小编几天没睡着觉,这不,检测报告上称小编的减肥能力弱,虽然小编一家都是胖子,唯有小编一个瘦子,原本以为是基因发生了突变,然并卵,是未到时候...... 难过之后小编恢复了理智,凭什么你说小编减肥能力弱,小编表示不服,仔细读了报告后发现,原来是这些SNP位点搞的鬼,又是SNP! 话说小编最近收到许多关于SNP的问题,现整理如下: 1.什么是SNP? 单核苷酸多态性(single

最近有需求,对WGS测序获得SNP信息进行筛减,可问题是测序个体少,call rate,maf,hwe,等条件过滤后,snp数量还是千万级别,所以后面利用plink工具根据LD信息来滤除大量SNP标记. 工具版本:PLINK v1.90b4.6 64-bit (15 Aug 2017) 一.格式转换 首先将准备好的vcf文件转换下格式,map和ped格式: 1 plink --allow-extra-chr --recode --chr-set 18 --vcf test.gz --out s_

二代测序原理: 1.DNA待测文库构建. 超声波把DNA打断成小片段,一般200--500bp,两端加上不同的接头2.Flowcell.一个flowcell,8个channel,很多接头3.桥式PCR扩增.每个DNA片段将在各自位置集中成束,每一束含有单个DNA模板的很多拷贝,目的:将碱基的信号强度放大,达到测序所需的信号要求.4.测序.边合成边测序.反应所需材料,dNTP的3’端特殊处理,不能继续反应,因此每次只能添加一个碱基,另外每个碱基有一种颜色.dNTP添加到链上后,所有未使用游离dNT

1,Fastq数据质控 2,Fastq转化成bam,包含头文件 bwa aln ref.fa test_1.fq > test_1.sai bwa aln ref.fa test_2.fq > test_2.sai bwa sampe ref.fa -r "@RG\tID:<ID>\tLB:<LIBRARY_NAME>\tSM:<SAMPLE_NAME>\tPL:ILLUMINA" test_1.sai test_2.sai test_1

以下来源http://www.cnblogs.com/JCSU/articles/1051826.html 程序员们经常编写内存管理程序,往往提心吊胆.如果不想触雷,唯一的解决办法就是发现所有潜伏的地雷并且排除它们,躲是躲不了的.本文的内容比一般教科书的要深入得多,读者需细心阅读,做到真正地通晓内存管理.      内存分配方式     (1)从静态存储区域分配.内存在程序编译的时候就已经分配好,这块内存在程序的整个运行期间都存在.例如全局变量,static变量.    (2)在栈上创建.在执行

String s1 = "Hello"; String s2 = "Hello"; String s3 = "Hel" + "lo"; String s4 = "Hel" + new String("lo"); String s5 = new String("Hello"); String s6 = s5.intern(); String s7 = "H&q

String s1 = "Hello"; String s2 = "Hello"; String s3 = "Hel" + "lo"; String s4 = "Hel" + new String("lo"); String s5 = new String("Hello"); String s6 = s5.intern(); String s7 = "H&q

总览 开篇来一些废话.下图是 java 线程池几个相关类的继承结构: 先简单说说这个继承结构,Executor 位于最顶层,也是最简单的,就一个 execute(Runnable runnable) 接口方法定义. ExecutorService 也是接口,在 Executor 接口的基础上添加了很多的接口方法,所以一般来说我们会使用这个接口. 然后再下来一层是 AbstractExecutorService,从名字我们就知道,这是抽象类,这里实现了非常有用的一些方法供子类直接使用,之后我们再细

​深度解读 java 线程池设计思想及源码实现 转自 https://javadoop.com/2017/09/05/java-thread-pool/hmsr=toutiao.io&utm_medium=toutiao.io&utm_source=toutiao.io 我相信大家都看过很多的关于线程池的文章,基本上也是面试必问的,好像我写这篇文章其实是没有什么意义的,不过,我相信你也和我一样,看了很多文章还是一知半解,甚至可能看了很多瞎说的文章.希望大家看过这篇文章以后,就可以完全掌握

生物信息学 Sanger采用链终止法进行测序 带有荧光基团的ddXTP+其他四种普通的脱氧核苷酸放入同一个培养皿中,例如带有荧光基团的ddATP+普通的脱氧核苷酸A.T.C.G放入同一个培养皿,以此类推,存在4种不同类型碱基的识别机制,同时,该ddXTP一旦结合在互补链上则会迫使复制停止. 高通量测序是二代测序,先建库后测序: 建库方法: 单末端测序:将DNA双链打碎并接上接头序列,通过改变条件使双链变单链,将待测的单链固定在flowcell上,再加入游离的脱氧核苷酸,采用边合成边测序方法比配并