本文首发于公众号“生信补给站”,https://mp.weixin.qq.com/s/WG4JHs9RSm5IEJiiGEzDkg 之前介绍了使用maftools | 从头开始绘制发表级oncoplot(瀑布图) R-maftools包绘制组学突变结果(MAF)的oncoplot或者叫“瀑布图”,以及一些细节的更改和注释. 本文继续介绍maftools对于MAF文件的其他应用,为更易理解和重现,本次使用TCGA下载的LIHC数据. 一 数据部分 setwd("C:\\Users\\Maojie\

本文首发于微信公众号 **“ 生信补给站 ”** ,期待您的关注!!! 原文链接:https://mp.weixin.qq.com/s/G-0PtaoO6bYuhx_D_Rlrlw 对于组学数据的分析和展示来说,maftools算是一个宝藏“R包”,可用于MAF格式的组学数据的汇总,分析和可视化展示. ​ 随着癌症基因组学的进步, 突变注释格式+Specification) (MAF) 被广泛用于存储检测到的somatic variants.The Cancer Genome Atlas 项目对

最近准备给组内的新同学们分享下 Fiddler 这枚神器,可以讲的地方太多,我打算把一节课讲不完的内容写在博客上,大家可以随便看看.今天先介绍下 Fiddler 的瀑布图. 每个网络请求都会经历域名解析.建立连接.发送请求.接受数据等阶段.把多个请求以时间作为 X 轴,用图表的形式展现出来,就形成了瀑布图.在 Fiddler 中,只要在左侧选中一些请求,右侧选择"Timeline"标签,就可以看到这些请求的瀑布图,如下(点击查看大图): 看到这张图,你是否可以回答这些问题: 图标的 Y

Tableau绘制漏斗图.甘特图.瀑布图.镶边面积图.阴影坡度图 本文首发于博客冰山一树Sankey,去博客浏览效果更好.直接右上角搜索该标题即可 一. 漏斗图 数据源 1.1 分色直条漏斗图 (1)导入数据 (2)将[数量]拖到行这一栏,将[阶段]拖到标记下的颜色选项卡吗,之后对数量进行降序排列. (3)把[数量]拖到标记下的大小选项卡,视图设置为整个视图 (4)把[阶段],[数量]拖到标签选项卡,并对数量进行快速表计算--合计百分比. (5)下面的图形由于太少而导致无法显示标签,对此可手动的

介绍 对于绘制某些类型的数据来说,瀑布图是一种十分有用的工具.不足为奇的是,我们可以使用Pandas和matplotlib创建一个可重复的瀑布图. 在往下进行之前,我想先告诉大家我指代的是哪种类型的图表.我将建立一个维基百科文章中描述的2D瀑布图. 这种图表的一个典型的用处是显示开始值和结束值之间起“桥梁”作用的+和-的值.因为这个原因,财务人员有时会将其称为一个桥梁.跟我之前所采用的其他例子相似,这种类型的绘图在Excel中不容易生成,当然肯定有生成它的方法,但是不容易记住. 关于瀑布图需要记

Linux系统下,我们可以利用以下命令来获取特定进程的运行情况: cat /proc/$PID/status 其中PID是具体的进程号,这个命令打印出/proc/特定进程/status文件的内容,信息比较多,包含了物理内存/虚拟内存的使用状况,监控进程是否有内存泄露的问题,一般查看进程占用物理内存的情况: VmRSS: xxxkB 可以采用grep命令过滤出我们需要的信息: cat /proc/$PID/status | grep RSS >> "$LOG" #过滤包含RS

.gitignore只能忽略那些原来没有被track的文件,如果某些文件已经被纳入了版本管理中,则修改.gitignore是无效的.正确的做法是在每个clone下来的仓库中手动设置不要检查特定文件的更改情况.git update-index —assume-unchanged logs/*.loggit update-index —assume-unchanged PATH 在PATH处输入要忽略的文件. 也可以先移出版本控制,然后加入.gitignore ​

IBCS图表,每个细节都值得反复琢磨参悟,此篇给大家送上详尽的瀑布图方式下的利润数据观察.请不要拿Excel2016版提供的瀑布图与IBCS版的瀑布图作对比,那完全不是一个级别的,可以类比为拿一辆经济型小车和一辆特拉斯来对比,没有可比性. Excel原生的设计图表从来都只有被吐槽的份 千呼万唤出来的Excel新图表,真的好用么?真的够用么?从来对图表有点追求的人都很不屑于用Excel原生图表出来的效果,颜色丑,看多两眼就显呆板,就连新出的一堆瀑布图.树状图.漏斗图等也不出例外. 当一般普通用户用

实现方式一: 将数据(Point[])根据索引沿X轴使用虚拟画布进行绘制,每个数据绘制大小为1px * 1px:最终绘制出的宽度等于数据的总长度.标记并存储当前绘制的图为PreviousBitmap; 继续置顶绘制第二组数据,第二组数据绘制完后,将标记的PreviousBitmap作为Image在Y轴距离顶部距离为1px的地方用DrawingContext.DrawImage()方式绘制,以此类推.核心代码如下: private void DoAddDataArray(Point[] arrPo

一.将子类别拖至列,利润拖拽至行,类型改为甘特条形图 二 右键利润-快速表计算-汇总(数据会从左向右显示累计汇总) 三.创建计算字段-[利润] 四.将负利润拖拽到大小,利润拖拽到颜色 分析-合计-显示行综合 五.右键子类别-排序-按照利润字段降序排序 六.其它细节调整

博客:www.jiaopengzi.com 焦棚子的文章目录 请点击下载附件 一.效果 二.data 三.添加字段 注意红色框标注地方 四.code # 下面用于创建数据帧并删除重复行的代码始终执行,并用作脚本报头: # dataset <- data.frame(dim, wd, values) # 在此处粘贴或键入脚本代码: ====================================================================================

zaish上一节讲了线性回归中L2范数的应用,这里继续logistic回归L2范数的应用. 先说一下问题:有一堆二维数据点,这些点的标记有的是1,有的是0.我们的任务就是制作一个分界面区分出来这些点.如图(标记是1的样本用+表示,0的用红点表示): 这其实是一个二分类问题,然后我们就想到了logistic回归模型.这是一个概率模型, 即预测在x已知时,标记为1的概率:那么标记为0的概率为:. 那么分别根据每个样本的标记y是1还是0分别带入到每个概率模型(每个样本只带入一个模型,而不是两个都带入)

本文首发于“生信补给站”:https://mp.weixin.qq.com/s/8kz2oKvUQrCR2_HWYXQT4g 如果有maf格式的文件,可以直接oncoplot包绘制瀑布图,有多种展示和统计maftools | 从头开始绘制发表级oncoplot(瀑布图)和maftools|TCGA肿瘤突变数据的汇总,分析和可视化,如果只有多个样本的基因突变与否的excel,不用担心,也可以用complexheatmap包绘制. 这个包功能很强大,本次只简单的介绍如何绘制基因组景观图(瀑布图).

目录 0,可视化的重要性: 1,特征图(feture map) 2,卷积核权重 3,卷积核最匹配样本 4,类别激活图(Class Activation Map/CAM) 5,网络结构的可视化 0,可视化的重要性: 深度学习很多方向所谓改进模型.改进网络都是在按照人的主观思想在改进,常常在说模型的本质是提取特征,但并不知道它提取了什么特征.哪些区域对于识别真正起作用.也不知道网络是根据什么得出了分类结果.为了增强结果的可解释性,需要给出模型的一些可视化图来证明模型或新methods对于任务的作用,

之前写过三篇和CNV相关的帖子,如果你做肿瘤单细胞转录组,大概率看过: 单细胞分析实录(11): inferCNV的基本用法 单细胞分析实录(12): 如何推断肿瘤细胞 单细胞分析实录(13): inferCNV结合UPhyloplot2分析肿瘤进化 其中,第三篇帖子里面有两个注释代码,可以在基因和染色体长短臂两个层面对CNV做注释 这次对tree_anno.R代码做了更新,简单来说就是对原始CNV region的长度做了限制,最后的结果会输出更少更明显的CNV 之前在我这里拿过代码的读者如果需

前言 本文的文字及图片来源于网络,仅供学习.交流使用,不具有任何商业用途,版权归原作者所有,如有问题请及时联系我们以作处理. 作者: 我被狗咬了 在谈及数据可视化的时候,我们通常都会使用到matplotlylib,pyecharts这些可视化的手段.但是,今天我主要来介绍Plotly这款可视化的库. 这个库是使用js写的前端,所以画出来的图非常的漂亮,不像matplotlylib画出来的那么生硬.plotly提供了Python的支持库,使用pip直接安装就可以: pip install plot

最近,在全球安全领域的殿堂级盛会 DEF CON 2018 上,GeekPwn 拉斯维加斯站举行了 CAAD CTF 邀请赛,六支由国内外顶级 AI 学者与研究院组成的队伍共同探讨以对抗训练为攻防手段的 CTF.TSAIL 团队的庞天宇.杜超作为代表获得该项比赛的冠军,参加比赛的骨干成员还包括董胤蓬.韦星星等,TSAIL 团队来自于清华大学人工智能研究院,主要研究领域为机器学习. 同样在去年,该团队在 NIPS 2017 AI 对抗性攻防竞赛的三项比赛任务中(有/无特定目标攻击:攻击检测),全部

本文首发于“生信补给站”微信公众号,https://mp.weixin.qq.com/s/2W1W-8JKTM4S4nml3VF51w 更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号,给您干货. 上一篇简单的介绍了COX生存分析结果绘制森林图Forest plot(森林图) | Cox生存分析可视化,本文将介绍根据数据集合的基本信息以及点估计值(置信区间区间)的结果直接绘制森林图的方法. 其中点估计值(置信区间)的结果可以是COX也可以是logistic回归等其他方法的结果,适

出处:https://brucezhaor.github.io/blog/2016/06/13/excel2ggplot/#%E5%89%8D%E8%A8%80 目录 前言 1.用到的包 2.数据准备 3.数据转换 柱形图 1.簇状柱形图 2.堆积柱形图 3.百分比堆积柱形图 4.三维簇状柱形图 5. 三维堆积柱形图 6.三维百分比堆积柱形图 7.三维柱形图——用分面替代 折线图 1.折线图 2.堆积折线图 3.百分比堆积折线图 4.带标记的折线图 5.带标记的堆积折线图 6.带标记的百分比堆积

作者 | Doreen 01 介绍 深度学习之所以能在图像分类.自然语言处理等方面取得巨大成功的原因在于大量的训练数据得到了高质量的标注. 然而在一些极其复杂的场景(例如:无人驾驶)中会产生海量的数据,对这些数据进行标注将会产生大量的时间成本和人工成本. 近些年,研究人员提出了active learning, crowd labeling, distant supervision,semi/weak/self-supervision等方法试图缓解人工标记的工作量.其中,半监督学习 (SSL)是运