庐州月光 如何提取一个转录本的3'UTR区域的序列 在做microRNA 和 mRNA 相互作用预测的时候,大家都知道microRNA 作用的靶点是位于mRNA 的3'UTR取,所以只需要提取mRNA 对应的3'UTR 区的序列去做分析即可: 那么如何提取一个mRNA的3'UTR区呢? 在UCSC数据库中,提供了3'UTR区序列的下载,以人类hg19为例, 利用table browser 浏览器选择对应的序列 链接:http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables

参考: 分子生物学教材 再一次,翻看真核生物基因结构! mRNA基本结构特点 Structure and function of Messenger RNA (mRNA ) 基因结构 其实这个结构不完整,完整的如下: 主要注意UTR这个结构 真核生物的基因结构包括编码区和非编码区. 编码区 编码区其实是断裂基因结构,也就是不连续基因.具有蛋白编码功能的不连续 DNA 序列称为外显子,外显子之间的非编码序列为内含子. 每个外显子和内含子接头区都有一段高度保守的一致序列,即内含子5'末端大多数是 G

背景: miRNA通过和mRNA的3'UTR区结合,导致mRNA讲解或者抑制mRNA翻译,从而实现转录后调控的作用: 如果在miRNA和 mRNA的结合区域,发生了snp,就可能会影响miRNA和mRNA的结合:导致疾病或者其他的一些变化: 所以位于结合区域的snp 位点有极大的研究价值: 简介: PolymiRTS 数据库是一个miRNA 相关snp 位点的数据库,链接如下: http://compbio.uthsc.edu/miRSNP/ 数据库中收录的snp位点可以分成两种: 1)snp

ceRNA 不同于mRNA, lncRNA, ncRNA 等概念,其指的既不是某一种类型的RNA(比如mRNA, lncRNA), 也不是某一类的RNA(如ncRNA); ceRNA 其实指的是不同种类的RNA之间的调控机制,英文名为 competing endogenous RNA , 翻译成中文叫做 " 竞争性内源RNA "; 在这个概念中有两个关键词,竞争和内源, 内源指的是这个调控机制本来在生物体内就存在,而竞争就是这个调控机制的核心: 对于miRNA, 研究的都很成熟,其通过

ORF和CDS的区别 ORF的英文展开是open reading frame(开放阅读框). CDS的英文展开是coding sequences (编码区). CDS:DNA转录成mRNA,mRNA经剪接等加工后翻译出蛋白质,所谓CDS就是与蛋白质序列一 一对应的DNA序列,且该序列中间不含其它非该蛋白质对应的序列,不考虑mRNA加工等过程中的序列变化,总之,就是与蛋白质的密码子完全对应. ORF:理论上的氨基酸编码区,一般是在分析DNA核酸图谱中(主要是利用电脑程序)得到的.程序会自动在DNA

Strand Specific mRNA sequencing 之重要性与分析 发表评论 2,761 A+ 所属分类:Bioinformatics   收  藏 研究生物基因转录体的方法有许多种,而使用次代定序仪系统进行转录体定序是目前相当热门的一种方式,科学家们使用 RNA-seq 分析转录体表现主要期望能够获得三种重要信息: 1. 了解整个转录体构造.splicing 位置以及批注基因的功能. 2. 将所有转录体的表现量多寡定量. 3. 找出 alternative splicing 的可能

灵敏度高 == 假阴性率低,即漏检率低,即有病人却没有发现出来的概率低. 用于判断:有一部分人患有一种疾病,某种检验方法可以在人群中检出多少个病人来. 特异性高 == 假阳性率低,即错把健康判定为病人的概率低. 用于:被某种试验判定为患病的人中,又有多少是真的患了这种病的. 好的检测方法:有高的灵敏度(低的假阴性率).同时又有高的特异性(低的假阳性率). ROC 曲线: 横轴:100 — 特异性..即100减去特异性,特异性高,100减去特异性就低,故越小越好. 纵轴:灵敏度值. ROC分析图的

[UOJ#278][UTR #2]题目排列顺序 试题描述 “又要出题了.” 宇宙出题中心主任 —— 吉米多出题斯基,坐在办公桌前策划即将到来的 UOI. 这场比赛有 n 道题,吉米多出题斯基需要决定这些题目的难度,然后再在汪洋大海中寻找符合该难度的题目. 题目的难度可以用一个 1 到 n 的排列 a1,…,an 表示,其中 ai 表示第 i 道题目在这 n 道题目中是第 ai 简单的题目,即恰有 ai−1 道题目比第 i 道题目简单. 经验丰富的吉米多出题斯基早就悟出了一种科学地决定难度顺序的方

如何获取hg19的CDS.UTR.intergenic.intron等的位置信息? 参考手册: Hg19 regions for Intergenic, Promoters, Enhancer, Exon, Intron, 5-UTR, 3-UTR 怎么从gtf文件获取genome feature的区间 The coding region of a gene, also known as the CDS (from coding sequence), is that portion of a g

[UTR #1]ydc的大树 全网唯一一篇题解我看不懂 所以说一下我的O(nlogn)做法: 以1号点为根节点 一个黑点如果有多个相邻的节点出去都能找到最远的黑点,那么这个黑点就是无敌的 所以考虑每个黑点x的最远距离和最远点是否仅在一个“方向” 然后这个方向的一些连续白点割掉可以使得x不高兴 1.如果都在一个方向,假设是x的子树,那就是这个子树最远黑点们的lca到x路径上的任意白点割掉,都可以使得x不高兴 2.如果都在往父亲的方向,找到最浅的点p,使得每个最远黑点到x的路径都经过p,p到x的路径

一些参考资料 http://www.360doc.com/content/17/0528/22/19913717_658086490.shtml https://www.cnblogs.com/triple-y/p/9338890.html 一.对miRNA进行分析  1.bowtie比对 "bowtie -q -v 2 -l 10 -k 15 /data/pub/shehb/Spinach_genome/spinach_genome_v1.fa "+fq+" -S &quo

直接上图:原因:该div包含的内容是靠后台进行print操作,输出的.如果没有输出任何内容,浏览器会默认给该空白区域添加空白符.在IE6.7下,浏览器解析渲染时,会认为空白符也是占位置的,默认其具有字体的属性,所以也就出现“多余占位”的bug. 解决方法: 一.让html标签相接输出.例如:<div></div>. ——太过麻烦,代码也不规则,不好维护. 二.设置font-size:0; ——不能完美fix~ 二.使用注释符<!-- -->.例如:<div>

常用技能:http://www.cnblogs.com/dunitian/p/4822808.html#skill 逆天博客:http://dnt.dkil.net 逆天通用水印扩展篇~新增剪贴板系列的功能和手动配置,卸除原基础不常用的功能:http://www.cnblogs.com/dunitian/p/5377097.html 好几天没上QQ了,今天上了个QQ,,额....额...貌似消息还挺多,没及时回复的还请见谅~~刚好昨天无聊把水印这快封装出来了,支持图片水印,文字水印,索引图水印和

最为一个刚入职不久的小白...慢慢磨练吧... JS实现页面返回定位到具体位置 其实浏览器也自带了返回的功能,也就是说,自带了返回定位的功能.正常的跳转,返回确实可以定位,但是有些特殊场景就不适用了.例如,某些元素是在某种情况下才加上的,又或者多级定位. 目前,我知道的返回定位到具体位置有两种方法: ①利用id定位,在跳转的时候带上某个模块的id,返回的时候定位到该处. ②利用距离顶部的距离,在跳转的时候带上当前位置滚动过的距离,返回的时候定位到该处. 一般应用场景: 定位到某一个模块的时候,有

返回<.Net中的AOP>系列学习总目录 本篇目录 位置拦截 .Net中的字段和属性 PostSharp位置拦截 真实案例--懒加载 .Net中的懒加载 使用AOP实现懒加载 如何懒加载字段? 真实案例--INotifyPropertyChanged 小结 本节的源码本人已托管于Coding上:点击查看. 本系列的实验环境:VS 2013 Update 5(建议最好使用集成了Nuget的VS版本,VS Express版也够用),安装了PostSharp. 至今,我们的关注点都是集中在方法上,本

0x00 前言: 匹夫在日常和别人交流的时候,常常会发现一旦讨论涉及到“类型”,话题的热度就会立马升温,因为很多似是而非.或者片面的概念常常被人们当做是全面和正确的答案.加之最近在园子看到有人翻译的<C#堆vs栈>系列,觉得也挺有趣,挺不错的,所以匹夫今天也想从存储位置的角度聊聊所谓的值类型,同时也想反驳一下单纯的把值类型当成总是存储在栈上的观点. 0x01 堆vs栈? 很多看官在想到存储空间的分配的时候,往往会想到有一个东西叫内存,当然如果知识更牢靠的朋友能进一步知道还有所谓的堆和栈的概念.

日常的网页开发调试工作中,经常需要知道指定的某个网页元素绑定了哪些事件以及绑定代码的位置,下面介绍三种用来跟踪页面中的事件的方法. 1.使用firefox调试 我们可以使用firefox的debug工具,找到指定元素,然后查看事件面板 2.使用chrome调试 在要检查的元素上单击右键选择查看元素,然后,右边的面板中会显示style标签,切换到EventListenrs标签,可以看到相关的事件绑定信息.点击最右边的文件名称还可以跳转到事件定义代码在脚本文件中的位置.不过这种方法并非总是可用,下面

1.你在网上搜索的时候,可能会搜索到div固定在页面上,不随滚动条滚动而滚动是用CSS写的,写法是position:fixed;bottom:0; 但是这个在iframe满地跑的页面实际开发中,有啥用呢?反正我用了感觉没啥用. 2.还有一种就是JS控制了.我写的是随着滚动滚动 ,计算div的绝对与可视页面的位置不变. $(window.parent).on('scroll',function(){ $(返回顶部所在div选择器).css('top',parent.document.documen

今天在公司要求的代码中,要求显示的提示能够更加具有多样化,而不是简单的Toast字样,第一想法肯定是自定义View呀,结果在浏览中发现还有这样的一个开源代码——Crouton. 几经折腾,发现这个东西还真是好用.不但可以给Toast置底色,还可以随意定义显示位置,而且还可以让你自己去自定义. Demo代码已同步至:https://github.com/nanchen2251/CroutonDemo 上个简单的运行图 : Crouton有三种底色:Alert(红色),Info(蓝色),Confir

微信JS-SDK开发过程中,使用getLocation获取坐标位置,如何将微信获取的坐标直接应用到百度地图中,显示以下效果: 说明:红色图标是从微信转换过来的位置,蓝色图标是周边位置.首先从微信开发流程讲解. 1.微信JS-SDK开发文档 首先进入官网的帮助文档:https://mp.weixin.qq.com/wiki?t=resource/res_main&id=mp1421141115&token=&lang=zh_CN 可对文档进行详细的研读,要获取位置信息,分以下步骤: