bam文件说明 bam文件和sam文件内容其实是一样的,只是bam是二进制的压缩文件,需要通过特定的软件来进行查看,bam文件通常可以理解为12个字段组成 BAM格式分为header section(头部分,注释信息,以@开头,可有可无)和alignment section(比对结果)两个部分. alignment section由11个字段组成 1 序列的名字,也就是reads的名称 2 是一个标记的数字,是有需要转换成二进制才能知道代表的意思,各个数字分别代表 `1. 序列是一对序列中的一个

1)Sam (Sequence Alignment/Map) ------------------------------------------------- 1) SAM 文件产生背景 随着Illumina/Solexa, AB/SOLiD and Roche/454测序技术不断的进步,各种比对工具产生,被用来高效的将reads比对到参考基因组.因为这些比对工具产生不同格式的文件,导致下游分析比较困难,因此一个通用的格式可以提供一个很好的接口用于链接比对与下游分析(组装,变异等,基因分型等)

这算是第二讲了,前面一讲是:Edit Distance编辑距离(NM tag)- sam/bam格式解读进阶 MD是mismatch位置的字符串的表示形式,貌似在call SNP和indel的时候会用到. 当然我这里要说的只是利用它来计算mismatch的个数 MD = line.get_tag('MD') pat = "[0-9]+[ATGC]+" MD_list = re.findall(pat,MD) for i in MD_list: for j in i: if j == '

使用格式串先看例子:Configure channel 1 device type disk format 'd:/backup/orcl/backup_%U';在configure 命令中经常使用格式串,在backup,resotre,allocate channel 等其他RMAN 命令中也会经常看到格式串.RMAN 提供了与格式串关联的一些语法元素. 这些元素称: 占位符, rman 将使用相应的定义值来替换他们. 例如示例中的 %U 语法元素告诉RMAN要使用系统生成的唯一表示符替换文件

版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载. https://blog.csdn.net/Romantic_Energy/article/details/50508332本文需要读者对H.264流有一定的了解才可以理解2种格式差异.        首先要理解的是没有标准的H.264基本流格式.文档中的确包含了一个Annex,特别是描述了一种可能的格式Annex B格式,但是这个并不是一个必须要求的格式.标准文档中指定了视频怎样编码成独立的包,但是这些包是怎样存储和传输的却是开放的. 一.

json格式小巧玲珑,适合做配置文件,特别是大型项目中, 可以将配置信息分类保存到不同的json文件中, 然后再在配置文件中读取配置文件的数据进行赋值, 这里以python为例进行说明: 假设在yourfile.json文件中保存了如下信息: { "user_message":{ "name":"lowman", ", }, "database":{ "USER":"root"

说明: ①Elm格式: PLMD ID    Uniprot Accession    Position     Type     Sequence   Species    PMIDsPlMD编号 Uniprot数据库编号         位点 翻译后修饰类型 序列信息 物种 PMID PLMD-1   O00115     52     Ubiquitination  MIPLLLAALLCVPAGALTC Homo sapiens   21963094;23266961 ②代码说明:从上述

java web工程项目使用了Spring+Spring MVC+Hibernate的结构,在Controller中的方法都是用于处理前端的访问信息,Controller通过调用Service进行业务处理后给前端返回ModelAndView对象或者只返回Json格式数据.如果能够获得Http请求在后端程序中处理的相关信息,对于开发和调试时十分方便的.工程中使用了Spring MVC的Interceptor对所有Http请求及其响应进行拦截,从而获取到本次访问接口信息以及程序处理时长等信息,特意在

发送邮件来让用户激活,因此,邮件中需要包含用户信息.但用户信息需要加密才可以.因此加密采用的是itsdangerous中的TimedJSONWebSignatureSerializer. 参考链接:https://juejin.im/entry/56b30250df0eea0054375e1d 用法和JSON WEB 签名中的用法一样. 加密: from itsdangerous import TimedJSONWebSignatureSerializer as Serializer # 创建对

一.前言 最近关于微信中,朋友之间发送原图就可能暴露你的位置信息,其实这个问题不在于微信,微信是为了更好的体验效果,才有发送原图功能,而对于拍照,发送普通图片微信后台都会过滤图片的exif信息,这样就不会携带位置信息了.我们本身用手机自带的相机拍摄照片默认都是会在图片中添加位置信息的.当然我们也可以手动的关闭这个功能.这一点个人觉得不能怪微信.因为更好的逆向学习,和用户体验,本文将开发一套更加好用的插件,就是选择图片直接利用微信自带的地图功能,定位图片位置.这个过程会很麻烦.但是本文会逐一详细介

在解决了asp.net core中访问memcached缓存的问题后,我们开始大踏步地向.net core进军——将更多站点向asp.net core迁移,在迁移涉及获取用户登录信息的站点时,我们遇到了一个问题——如何在asp.net core与传统asp.net之间共享保存用户登录信息的cookie? 对于cookie的加解密,传统asp.net用的是对称加解密算法,而asp.net core用的是基于公钥私钥的非对称加解密算法,所以asp.net core无法解密传统asp.net生成的co

读书笔记--[计算机病毒解密与对抗] 目录: 遍历进程&线程程序 终止进程 获取进程信息 获取进程内模块信息 获取进程命令行参数 代码运行环境:Win7 x64 VS2012 Update3 遍历系统中所有进程 #include <stdio.h> #include <windows.h> #include <TlHelp32.h> int main() { // 为进程的所有线程拍个快照 HANDLE hSnapshort = CreateToolhelp32

在 Apache error_log 中看到多个信息,提示 RSA server certificate CommonName (CN) 与服务器名不匹配. Article ID: 1500, created on 五月 28, 2012, last review on 五月 11, 2014   适用于: Web Presence Builder Plesk for Linux/Unix Plesk Automation 11.5 问题 Apache error_log 含有警告: [Mon

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CI中获取HTTP头信息的方法: $this->input->request_headers() 在不支持apache_request_headers()的非Apache环境非常有用.返回请求头(header)数组. $headers = $this->input->request_headers(); ------------------------------------------------------------------------------------------

iOS中忽略NSLog打印信息 解决办法: 1.新建PrefixHeader_pch文件,在该文件中定义一下宏 //通过DEBUG宏的定义来解决Debug状态下和Release状态下的输出 #ifdef DEBUG #define NSLog(...) NSLog(__VA_ARGS__) #else #define NSLog(...) #endif /* PrefixHeader_pch */ 2.找到程序Build Settings 搜索 Prefix Header,然后在Prefix H

一.需求描述 dedeCMS自带的模板中有互动中心模块,如下图所示: 由于会员登陆对我来说不是网站的重要模块且默认DedeCMS的会员中心模块的初始化很慢,常会显示“正在载入中,请稍候...”, 所以不想让它出现在首页上,而是想在顶层banner中显示自定义登录信息,如下图所示: 二.原理分析 我们来分析一下DedeCSM自带的模板是怎么实现会员中心及登录信息显示的内容的: 1.index.htm中定义了用户名密码模块: <dd id="uc_member" > <d

本文出处:http://www.cnblogs.com/wy123/p/6835939.html 什么是等待 简单说明一下什么是等待:当应用程序对SQL Server发起一个Session请求的时候,这个Session请求在数据库中执行的过程中会申请其所需要的资源,比如可能会申请内存资源,表上的锁资源,物理IO资源,网络资源等等,如果当前Session运行过程中需要申请的某些资源无法立即得到满足,就会产生等待.SQL Server会以不用的方式来展现这个等待信息,比活动Session的等待信息,

Salesforce 的数据模型是基于 sObject 的.在 Apex 中,所有的标准对象.自定义对象都是继承自 sObject 的. 关于在 Apex 中得到 sObject 的信息,我们要基于两点来使用: 系统类 Schema 中定义了 DescribeSObjectResult 类来保存一个 sObject 的信息,也提供了若干方法来得到 sObject 的信息 每个 sObject 对象都是一个类,其中有固定的静态变量和方法来得到 sObject 自身的信息 详细的方法可以查阅官方文档

在C#的文件相关操作中,往已有的文件中追加相关内容信息也是常有的操作,例如我们在写网站日志文件的时候,很多时候是1天的日志存放在一个txt文件中,此时就涉及到往原有文件中追加写入文本内容信息,追加文本内容信息主要通过 File.AppendText方法以及 StreamWriter.Write方法来实现,具体的代码内容参见详细代码. /// <summary> /// 追加文件 /// </summary> /// <param name="Path"&g

第一个查询看看库里有多少个表,表名等select * from INFORMATION_SCHEMA.TABLES information_schema这张数据表保存了MySQL服务器所有数据库的信息.如数据库名,数据库的表,表栏的数据类型与访问权限等.再简单点,这台MySQL服务器上,到底有哪些数据库.各个数据库有哪些表,每张表的字段类型是什么,各个数据库要什么权限才能访问,等等信息都保存在information_schema表里面. Mysql的INFORMATION_SCHEMA数据库包含