在上一篇帖子中,我介绍了CellPhoneDB的原理.实际操作,以及一些值得注意的地方.这一篇继续细胞通讯分析的可视化. 公众号后台回复20210723获取本次演示的测试数据,以及主要的可视化代码. 所有的数据和结果文件均已打包,下载后直接就能跑下面的代码画图. 下面的代码可以绘制对称热图 (如果你不清楚为啥热图要沿着对角线对称,可以看一下之前的推文) library(tidyverse) library(RColorBrewer) library(scales) pvalues=read.ta

细胞通讯分析可以给我们一些细胞类群之间相互调控/交流的信息,这种细胞之间的调控主要是通过受配体结合,传递信号来实现的.不同的分化.疾病过程,可能存在特异的细胞通讯关系,因此阐明这些通讯关系至关重要. CellPhoneDB配有详实的受配体数据库,其整合了此前的公共数据库,还会手动矫正,以得到更加准确的受配体注释.此外,针对受配体有多个亚基的情况,也进行了注释.下面这张图显示了CellPhoneDB配有的数据库包含多少种分泌蛋白和膜蛋白.蛋白质复合物.受配体关系,以及它们来源于什么数据库. 1.

VisualStudio中自带有Profile工具进行性能性能分析,其中用得比较多的数据是函数调用时间,它主要有独占样本数和非独占样本数两个指标,关于这两个指标代表的意义,MSDN的解释比较文艺: 非独占样本数: 为函数收集的性能数据的总数,其中包括该函数调用的其他函数的性能数据. 非独占转换次数: 在此函数(包括此函数调用的函数)的所有实例中发生操作系统(转换)事件的次数. 其它性能数据解释可以参看:http://msdn.microsoft.com/zh-cn/library/ms24274

0x01 前言 CVE-2010-2883 漏洞的成因是由于 CoolType.dll 这个动态链接库在解析 SING 表中的 uniqueName 这个项时没有对长度进行限制,导致使用 strcat 函数拼接字符串时造成了溢出 分析工具:OD.Immunity Debutter(基于 OD 的漏洞调试工具).PdfStreamDumper(PDF文档分析工具) 环境:Windows 7 家庭版(虚拟机).开启了 ASLR 和 DEP 保护 样本:触发漏洞的 PDF 文件(提取码:95h4,请在

一个DOS攻击木马的详细分析过程 0×01 起因 网路流量里发现了大量的的1.exe的文件,而且一直在持续,第一感觉就像是一个木马程序,而且每个1.exe的MD5都不一样,对比发现只有几个字节不一样(如下图),按了几下PgDn就到尾了!一看大小,只有5k.一下想到了以前分析的一个老外写的兼容xp,win7,x86,x64系统的非常小的MBR bootkit木马,当时分析的时候真的是忍不住拍手叫绝.喜欢“小而美”的东西,后面分析里有段代码,也可以看出作者写代码的确比较讲究:检查http方法是POS

1.样本概况 病毒名称 Virus.Win32.Virut.ce MD5 6A500B42FC27CC5546079138370C492F 文件大小 131 KB (134,144 字节) 壳信息 无壳 文件名 9-29_vir.exe(感染程序) 数字签名 NO 时间戳 2000年1月10日, 12:00:00 1.1 样本行为 恶意代码为感染型病毒,母体病毒通过将正常的PE文件进行加密,然后每个受感染的文件又可以进行全盘传播,通过连接国外IP服务器发送上线报文. 1.2 测试环境及工具 操作

第一章 分析概述 该恶意木马样本为运行于winodws平台上的PE文件(名称:evtdiag.exe).文件大小为64KB,编译时间是2016年2月5日. 经分析,该样本为定制的攻击SWIFT客户端程序的恶意木马程序,未做加壳和代码混淆处理,主要功能是与本地的SWIFT客户端软件Alliance交互.该木马以windows服务形式运行,通过遍历读取SWIFT客户端软件Alliance安装目录下的配置文件和交易记录文件,从而获取Alliance的重要授权等配置文件.通过监控Alliance软件的收

基因组表达分析:如何选择RNA-seq vs. 芯片 发布日期:2017-03-29 10:00 DNA 芯片(上图左侧)由附着在表面的核酸探针组成.首先,从样品中提取 RNA 并转化为互补 DNA(cDNA),用荧光标签(1)进行标记. 接下来标记的 cDNA 片段与芯片(2)上的核酸杂交. 扫描芯片检测每个斑点的荧光水平,从而得到基因表达水平(3). 在 RNA-seq 中,RNA 也从样品中提取并转化为 cDNA,以备用于测序(A). 接下来对 cDNA 文库进行测序(B),将所得读数与基

一.生存分析(survival analysis)的定义 生存分析:对一个或多个非负随机变量进行统计推断,研究生存现象和响应时间数据及其统计规律的一门学科. 生存分析:既考虑结果又考虑生存时间的一种统计方法,并可充分利用截尾数据所提供的不完全信息,对生存时间的分布特征进行描述,对影响生存时间的主要因素进行分析. 生存分析不同于其它多因素分析的主要区别点:生存分析考虑了每个观测出现某一结局的时间长短. 应用场景 什么是生存?生存的意义很广泛,它可以指人或动物的存活(相对于死亡),可以是患者的病情正

工作中有个真理:如果你连自己所做的工作的来龙去脉都讲不清楚,那你是绝对不可能把这份工作做好的. 这适用于任何行业.如果你支支吾吾,讲不清楚,那么说难听点,你在混日子,没有静下心来工作. 检验标准:随时向别人解释你的工作,让别人提出尖锐的问题,看你是不是答不上来. 16S概念 什么是16S?S是什么意思? 16S分析是用来干嘛的?能分析什么? 16S大致的分析原理是什么? 有点生物学基础的会知道16S和核糖体有关,但大多数还是搞不清楚它们之间的关系. 先明确一些概念: 核糖体:Ribosome,由

2015306 白皎 <网络攻防>Exp4 恶意代码分析 netstat [Mac.Linux.Win] sysinteral [MS]:1 2 3 一.系统监控--Windows计划任务schtasks 1.创建计划任务,使系统每5分钟自动检测到哪些有哪些程序在连接我们的网络. 注:任务将创建于当前登录的用户名文件夹下. C:\schtasks /create /TN netstat /sc MINUTE /MO 5 /TR "cmd /c netstat -bn > c:\

RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool   RNA-Seq差异表达分析: 扩展评论和软件工具 正确鉴定特定条件之间的差异表达基因(DEG)是理解表型变异的关键.高通量转录组测序(RNA-Seq)已成为这些研究的主要选择. 因此,用于RNA-Seq数据的差异表达分析的方法和软件的数量也迅速增加. 但是,对于最合适的管道还是没有达成共识用于从RNA-Seq数据鉴定差异表达基因的方

//文章来源:http://www.2cto.com/Article/201312/265217.html by Kungen@CyberSword 想要查找恶意样本,首先要知道查找样本所需的基本信息,包括病毒名称.样本文件名.HASH值.对于最新发现的病毒,SECURELIST.VirusTotal网站会第一时间放出病毒和样本的分析报告,这些分析报告中包含我们查找样本所需要的信息,以红色十月(Red October)病毒样本为例: SECURELIST上关于“红色十月”的分析文章中包含了样本文

差异研究的目的在于比较两组数据或多组数据之间的差异,通常包括以下几类分析方法,分别是方差分析.T检验和卡方检验. 三个方法的区别 其实核心的区别在于:数据类型不一样.如果是定类和定类,此时应该使用卡方分析:如果是定类和定量,此时应该使用方差或者T检验. 方差和T检验的区别在于,对于T检验的X来讲,其只能为2个类别比如男和女.如果X为3个类别比如本科以下,本科,本科以上:此时只能使用方差分析. 进一步细分 三种方法的具体分类汇总 1)方差分析 根据X的不同,方差分析又可以进行细分.X的个数为一个时

一.基本信息 样本名称:1q8JRgwDeGMofs.exe 病毒名称:Worm.Win32.Agent.ayd 文件大小:165384 字节 文件MD5:7EF5D0028997CB7DD3484A7FBDE071C2 文件SHA1:DA70DDC64F517A88F42E1021C79D689A76B9332D 二.分析样本使用的工具 IDA5.5 OnlyDebug RadASM Notepad++以及EditPlus 三.样本文件信息简介 PE文件的感染的方式比较多,很多PE感染的方式是

某安全公司移动病毒分析报告的面试题目,该病毒样本的代码量比较大,最大的分析障碍是该病毒样本的类名称和类方法名称以及类成员变量的名称被混淆为无法辨认的特殊字符,每个被分析的类中所有的字符串都被加密处理了并且每个类的加密算法还不是一样的,人肉还原出被加密的字符串是很不现实的,该样本大约有100多个类,需要处理的加密字符串的解密高达几千个之多,有兴趣和能拿到样本的同学可以挑战一下自己,暂不提供样本.经过对该木马病毒进行深入和全面的分析,发现该木马病毒还是很厉害的,远控的功能比较多,盗取用户手机上的用户

0x01 前言 CVE-2011-0104 是 Microsoft Office 中的 Excel(没有打补丁的情况下)表格程序在处理 TOOLBARDEF 中的 Record 字节时没有对 Len 字段和 Cbtn 字段做过滤导致可以将任意大小的数据复制到任意地址的空间去,从而导致栈溢出漏洞.若攻击者通过构造恶意的 XLB 文件,受害者在未知的情况下打开恶意文件,受害者主机可能会被完全控制.到目前为止 CVE-2011-0104 漏洞还未收录在 metasploit 中 0x02 分析环境 虚

原文网址:http://www.blogjava.net/sound/archive/2008/08/21/40499.html 现在的计算机图书发展的可真快,很久没去书店,昨日去了一下,真是感叹万千,很多陌生的出版社,很多陌生的作者,很多陌生的译者,书名也是越来越夸张,什么××天精通××,精通××编程, ××宝典等等,书的印刷质量真的很好,纸张的质量也是今非昔比啊,但书的内容好象却是越来越让人失望,也许是我老了,我的思想我的观念已脱离现实社会,也许是外面的世界变化得太快,我编程数月,出去一走,

原文网址:http://www.blogjava.net/sound/archive/2008/08/21/40499.html 现在的计算机图书发展的可真快,很久没去书店,昨日去了一下,真是感叹万千,很多陌生的出版社,很多陌生的作者,很多陌生的译者,书名也是越来越夸张,什么××天精通××,精通××编程, ××宝典等等,书的印刷质量真的很好,纸张的质量也是今非昔比啊,但书的内容好象却是越来越让人失望,也许是我老了,我的思想我的观念已脱离现实社会,也许是外面的世界变化得太快,我编程数月,出去一走,

TCGA的关键数字:图片来源<细胞> 由美国政府发起的癌症和肿瘤基因图谱(Cancer Genome Atlas,TCGA)计划于2006年联合启动,目前已经收录了来自1万多例病人的33种癌症的数据,2.5PB的数据量.全世界无数顶尖肿瘤学家经过10多年的辛苦工作,于近期公布了TCGA研究的收官之作:“Pan-Cancer Atlas”泛癌症图谱.这些研究精华共发表了27篇相关论文,涉及基因组测序,转录组测序,甲基化等表观组学测序以及最终的整合分析,同时研究者也将它们与临床和影像数据相关联,展