本文转自Y叔公众号 自己KEGG数据库好处: 可重复性好 没网也可以进行分析 步骤 1 在KEGG官网找到自己物种的3字符缩写 2 加载Y叔获取kegg.db 的R包 1 ##安装Y叔的包 2 library(remotes) remotes::install_github("YuLab-SMU/createKEGGdb") #若报错 force ,则强制安装 remotes::install_github("YuLab-SMU/createKEGGdb", for

一直都搞不清楚这两者的具体区别. 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库. 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别. (抱歉之前没讲清楚,甚至有可能误导大家了) 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 http://www.webgestalt.org/option.php GCLC TFPI HSPB6 TSPOAP1 ITGA2B OSBPL7 BAIAP2L1 NOS

clusterProfiler没有显性的接口,但是可以直接扣取clusterProfiler里的函数. 核心函数就是get_GO_data GO_DATA <- get_GO_data("org.Hs.eg.db", "BP", "SYMBOL") 可以看到输入的是GO数据库,选定类别,基因名字类型,输出的就是整个数据库. 但是想调用这个函数没那么简单,得导入一系列的基础函数. 一个常见的任务就是获取GO数据库里所有的cell cycle相

RNA-seq是利器,大部分做实验的老板手下都有大量转录组数据,所以RNA-seq的分析需求应该是很大的(大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧). 普通的转录组套路并不多,差异表达基因.富集分析.WGCNA network以及一些没卵用的花式分析.DEG分析是基础,up and down,做个富集,了解一下处理后到底是什么通路被改变了:WGCNA主要就是根据相关性来找出一些co-express的gene module. 单细胞的转录组的玩法就比较多了,可以理解为超多样本的普通转录组,普通转录

http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)是一种生物信息学的计算方法,用于确定是否存在这样一个基因集,能在两个生物学状态中显示出显著的一致性的差异.表达谱数据里的基因数目众多,我们需要对基因进行功能注释,看哪些基因属于同一通路,以及该通路上的上调.下调情况,这就是富集分析了. 例如2019年4月在Cancer cell(PMID 30991027)上发表的一篇文章中有一张

在我之前的帖子单细胞分析实录(7): 差异表达分析/细胞类型注释里面,我已经介绍了如何使用SingleR给单细胞数据做注释,当时只讲了SingleR配套的参考集.这次就讲讲如何使用自己定义/找到的基因集做注释,使用场景还是比较多的,比如想根据某篇论文里面的注释结果,给自己的数据做注释.本文配套的视频讲解已上传到B站,新手UP: TOP菌.gongzhong号后台回复20211023可获取本文所用到的示例数据和代码. 本次演示用到的数据集来自2020年发表在Nature Genetics的一篇结直

自定义控件学习 https://github.com/GcsSloop/AndroidNote/tree/master/CustomView 小良自定义控件合集 https://github.com/Mr-XiaoLiang 自定义控件三部曲 http://blog.csdn.net/harvic880925?viewmode=contents Android 从0开始自定义控件之View基础知识与概念 http://blog.csdn.net/airsaid/article/details/5

下面就来说一下 mybatis 是通过什么来实现多表联合查询的.首先看一下表关系,如图: 这 里,我已经搭好了开发的环境,用到的是 SpringMVC + Spring + MyBatis,当然,为了简单期间,你可以不用搭前端的框架,只使用 Spring + MyBatis 就可以,外加 junit 测试即可.环境我就不带大家搭了,这里只说涉及到联合查询的操作. 设计好表之后,我用到了 mybatis 的自动生成工具 mybatis generator 生成的实体类.mapper 接口.以及 m

'--与文件及文件夹操作相关的函数 '--必须引用FSO的ACTIVE OBJECT Dim strList As String '--列表串,返回文件列表 '================ '--文件操作区 Public Function CopyFile(SourseStr As String, WhereStr As String, Optional WhereStr2 As String = "") As Boolean On Error Resume Next Dim my

随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成,人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多样性倾斜.通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析,研究相应基因在生物体内的功能,阐明不同层次多基因协同作用的机理,进而在人类重大疾病如癌症.心血管疾病的发病机理.诊断治疗.药物开发等方面的研究发挥巨大的作用.它将大大推动人类结构基因组及功能基因组的各项基因组研究计划.生物信息学在基因组

转自:http://blog.csdn.net/hanxuemin12345/article/details/38763057 项目中我们经常遇到这样的需求——页面部分刷新,例如:添加用户,转到添加用户页面时,页面自动加载了所有部门. 完整流程:选择所属部门,填写用户名和密码,点击“注册”,填写用户名后,需要立即检查数据库是否存在此用户名,如何在不刷新页面的情况下实现此效果? 但看上面提出的问题并不难,情况很常见,都知道使用ajax实现,但是如何在struts中自定义结果集来实现ajax——这是

随着云原生时代的到来,用户应用.业务上云的需求也越来越多,不同的业务场景对容器平台的需求也不尽相同,其中一个非常重要的需求就是使用自定义镜像创建ACK集群. ACK支持用户使用自定义镜像创建Kubernetes集群,但用户在制作打包自定义镜像时,往往会遇到以下痛点:(1)人工操作步骤,效率低(2)镜像变更历史记录缺失,不便于故障定位(3)无法对自定义镜像进行校验并判断是否符合ACK集群节点要求 基于以上痛点,我们开源了ack-image-builder项目帮助用户快速制作符合ACK集群节点要求的

但凡是做过基因表达数据分析的(芯片.RNA-seq,scRNA-seq),肯定是跑过基因集功能注释和通路富集的,因为它是研究未知基因集的利器. 但跑过之后老板肯定会给反馈,通常得到的注释都是没有太多意义的,偶尔能随缘得到一些满意的注释,所以常见的注释数据库是有显而易见的缺点的. 而往往我们是在验证时才使用注释,这种拿不准确数据来验证新的数据的方法确实值得思考. 那么GO和KEGG常见注释库到底有些什么缺点呢? 那就不得不去了解GO.KEGG是怎么来的 The Gene Ontology Cons

引用自https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU4NjU4ODQ2MQ==&mid=2247484662&idx=1&sn=194668553f954e231f4526f5c944a195&chksm=fdf84cb4ca8fc5a2c0e8355377f9d6abdc4fa36b304aa8c533b5e82e49de30d443366ff3346a&mpshare=1&scene=1&srcid=09097IKbsc

KEGG, 简称京都基因组百科全书,包含了许多的数据库,对于研究基因功能来说,KEGG orthology 数据库是最基本的一个数据库: KEGG Orthology 简称KO, 对于每个功能已知的基因,会把和其同源的基因所有基因都归为一类,就是每一个KO, 并赋予一个K number, 用该基因的功能作为这个KO的功能: 基于同源基因具有相似功能的假设,把每个基因的功能进行了扩充,对于某个物种中功能研究的很清楚的基因,在不同的物种间搜寻该基因的同源基因,将这些同源基因定义为一个ortholog

转载于 Original 2017-06-20 liuhui 生信百科 KEGG 数据库中,把功能相似的蛋白质归为同一组,然后标上 KO 号.通过相似性比对,可以为未知功能的蛋白序列注释上 KO 号.通过KEGG数据库的注释极大的方便我们进行生物学通路的研究,可以直接查看物种某条生物学通路上基因的存在情况. 最简单的方法是看公司给的KEGG注释或者直接下载本物种每个基因的注释结果(比如,植物Phytozome:动植物Ensemble),然后对应到自己的差异基因集里面. 当然如果自己的物种没有KE

前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了,网红教授宣传得很成功,功能也比较强大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化.简单总结下用法,以后用时可直接找来用. 首先考虑一个问题:clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注释信息来自哪里? GO的注释信息来自Bioconductor,提供了19个物种的org类型的GO注释信息,如下表所示.Bioconductor中更多的注释包可参考http://www.bioconductor.org/packages/rel

1.安装,加载所用到到R包 用BiocManager安装,可同时加载依赖包 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") BiocManager::install("clusterProfiler") library(clusterProfiler) ##富集分析library(topGO) ###画GO图library(AnnotationHub) ##获取数据库library(BiocFileCache) ##依赖包

项目中我们常常遇到这种需求--页面部分刷新.比如:加入用户,转到加入用户页面时,页面自己主动载入了全部部门. 完整流程:选择所属部门,填写username和password,点击"注冊" 填写username后,须要马上检查数据库是否存在此username,怎样在不刷新页面的情况下实现此效果? 但看上面提出的问题并不难.情况非经常见,都知道使用ajax实现.可是怎样在struts中自己定义结果集来实现ajax--这是这篇博客的重点. (注:servlet要么转发要么重定向.struts

Slithice 基于 集群 的 自动容错 Slithice容错概述: Slithice 支持 非集群 的 独立服务端: 支持 基于 中央服务器 的 集群服务端: 支持 基于 自定义配置 的 集群服务端: 在容错方面, 独立服务端 不支持 容错:出现错误,就得不到正确结果: 中央服务器 或 自定义配置 的 集群,是支持容错的:一台服务端执行异常,会自动转交 另外服务端 执行 —— 直到 所有可供调度的 服务端 全部错误,才会返回 错误信息: 自动容错原理: 在 <004 Slithice 集群分

工作原理 1.副本集之间的复制是通过oplog日志现实的.备份节点通过查询这个集合就可以知道需要进行复制的操作 2.oplog是节点中local库中的一个固定的集合,在默认情况下oplog初始化大小为空闲磁盘的5%.oplog是capped collection,所以当oplog的空间被占满时,会覆盖最初写入的日志 3.通过改变oplog文档的大小直接改变local所占磁盘空间的大小.可以在配置文件中设置oplogSize参数来指定oplog文档的大小. 4.通过oplog中的操作记录,把数据复