目录 1 常用的缺失值预处理方式 1.1 不处理 1.2 剔除 1.3 填充 2 利用矩阵分解补全缺失值 3 矩阵分解补全缺失值代码实现 4 通过矩阵分解补全矩阵的一些小问题 References 矩阵补全(Matrix Completion),就是补上一个含缺失值矩阵的缺失部分. 矩阵补全可以通过矩阵分解(matrix factorization)将一个含缺失值的矩阵 X 分解为两个(或多个)矩阵,然后这些分解后的矩阵相乘就可以得到原矩阵的近似 X',我们用这个近似矩阵 X' 的值来填补原矩阵

Cell Ranger是一个"傻瓜"软件,你只需提供原始的fastq文件,它就会返回feature-barcode表达矩阵.为啥不说是gene-cell,举个例子,cell hashing数据得到的矩阵还有tag行,而列也不能肯定就是一个cell,可能考虑到这个才不叫gene-cell矩阵吧~它是10xgenomics提供的官方比对定量软件,有四个子命令,我只用过cellranger count,另外三个cellranger mkfastq.cellranger aggr.cellra

表达矩阵 要做两两样本的相关性散点图,并计算标明相关系数. 编写函数要点: 直接在aes中传参是不行的 线性回归表达式 函数 方法1:用!!ensym myplot <- function(indata, inx, iny){ nms <- names(indata) x <- nms[inx] y <- nms[iny] regression <- paste0(x, " ~ ", y) dat.lm <- lm(as.formula(regres

在数据挖掘的过程中,数据预处理占到了整个过程的60% 脏数据:指一般不符合要求,以及不能直接进行相应分析的数据 脏数据包括:缺失值.异常值.不一致的值.重复数据及含有特殊符号(如#.¥.*)的数据 数据清洗:删除原始数据集中的无关数据.重复数据.平滑噪声数据.处理缺失值.异常值等 缺失值处理:删除记录.数据插补和不处理 主要用到VIM和mice包 install.packages(c("VIM","mice")) 1.处理缺失值的步骤 步骤: (1)识别缺失数据:

Function (函数名) Use (函数用处) add 矩阵加法,A+B的更高级形式,支持mask scaleAdd 矩阵加法,一个带有缩放因子dst(I) = scale * src1(I) + src2(I) addWeighted 矩阵加法,两个带有缩放因子dst(I) = saturate(src1(I) * alpha + src2(I) * beta + gamma) subtract 矩阵减法,A-B的更高级形式,支持mask multiply 矩阵逐元素乘法,同Mat::mu

2. 创建一般的多维数组 import numpy as np a = np.array([1,2,3], dtype=int)  # 创建1*3维数组   array([1,2,3]) type(a)  # numpy.ndarray类型 a.shape  # 维数信息(3L,) a.dtype.name   # 'int32' a.size   # 元素个数:3 a.itemsize  #每个元素所占用的字节数目:4     b=np.array([[1,2,3],[4,5,6]],dtyp

xzcfightingup   python中的矩阵.多维数组----numpy 1. 引言 最近在将一个算法由matlab转成python,初学python,很多地方还不熟悉,总体感觉就是上手容易,实际上很优雅地用python还是蛮难的.目前为止,觉得就算法仿真研究而言,还是matlab用得特别舒服,可能是比较熟悉的缘故吧.matlab直接集成了很多算法工具箱,函数查询.调用.变量查询等非常方便,或许以后用久了python也会感觉很好用.与python相比,最喜欢的莫过于可以直接选中某段代码执

https://docs.scipy.org/doc/numpy-dev/user/quickstart.html  (numpy官网一些教程) numpy教程:数组创建 python中的矩阵.多维数组----numpy 1. 引言 最近在将一个算法由matlab转成python,初学python,很多地方还不熟悉,总体感觉就是上手容易,实际上很优雅地用python还是蛮难的.目前为止,觉得就算法仿真研究而言,还是matlab用得特别舒服,可能是比较熟悉的缘故吧.matlab直接集成了很多算法工

最近在将一个算法由matlab转成python,初学python,很多地方还不熟悉,总体感觉就是上手容易,实际上很优雅地用python还是蛮难的.目前为止,觉得就算法仿真研究而言,还是matlab用得特别舒服,可能是比较熟悉的缘故吧.matlab直接集成了很多算法工具箱,函数查询.调用.变量查询等非常方便,或许以后用久了python也会感觉很好用.与python相比,最喜欢的莫过于可以直接选中某段代码执行了,操作方便,python也可以实现,就是感觉不是很方便. 言归正传,做算法要用到很多的向量

题目链接 题意 :  给定长度为n的数组a,定义一次操作为: 1. 算出长度为n的数组s,使得si= (a[1] + a[2] + ... + a[i]) mod 1,000,000,007: 2. 执行a = s: 现在问k次操作以后a长什么样. 分析 : 这种不断求前缀和的操作.可以考虑构造操作矩阵.最后矩阵快速幂求答案 设 dp[k][i] 为第 k 次操作.第 i 个数的值 则可以得到递推式 dp[k][1] = dp[k-1][1] dp[k][2] = dp[k-1][2] + dp

每每以为攀得众山小,可.每每又切实来到起点,大牛们,缓缓脚步来俺笔记葩分享一下吧,please~ --------------------------- 笔者寄语:异常值处理一般分为以下几个步骤:异常值检测.异常值筛选.异常值处理. 其中异常值检测的方法主要有:箱型图.简单统计量(比如观察极值) 异常值处理方法主要有:删除法.插补法.替换法. 提到异常值不得不说一个词:鲁棒性.就是不受异常值影响,一般是鲁棒性高的数据,比较优质. 一.异常值检验 异常值大概包括缺失值.离群值.重复值,数据不一致.

Scala基础语法总结:Scala 与 Java 的最大区别是:Scala 语句末尾的分号 ; 是可选的.如果一行里写多个语句那么分号是需要的 val s = "菜鸟教程"; println(s)A:区分大小写 -  Scala是大小写敏感的,这意味着标识Hello 和 hello在Scala中会有不同的含义.def main(args: Array[String]) - Scala程序从main()方法开始处理,这是每一个Scala程序的强制程序入口部分. 标识符字符数字和符号字符数

1. 主要观点 线性模型是线性回归和线性分类的基础 线性回归和线性分类模型的差异主要在于损失函数形式上,我们可以将其看做是线性模型在多维空间中“不同方向”和“不同位置”的两种表现形式 损失函数是一种优化技术的具体载体,影响损失函数不同形式的因素主要有: 和谁比:和什么目标比较损失 怎么比:损失比较的具体度量方式和量纲是什么 比之后如何修正参数:如果将损失以一种适当的形式反馈给原线性模型上,以修正线性模式参数 在这篇文章中,笔者会先分别介绍线性回归(linear regression)和线性分类(

matlab快速入门 1矩阵 生成矩阵 ​ % 直接法 a = [1,2,3;4,5,6;7,8,9]; % 冒号一维矩阵 a = 开始:步长:结束,步长为1可省略 b = 1:1:10; % 1,2,...10 b = 1:10; %与上一个等价 % 函数生成 c = linspace(0,15,5); % linspace(开始,结束,元素个数),等差生成指定元素数的一维矩阵,省略个数则生成100个 % 特殊矩阵 e = eye(4); % eye(维数)单位阵 z = zeros(1,4)

<SVDNet for Pedestrian Retrieval>理解 Abstract: 这篇文章提出了一个用于检索问题的SVDNet,聚焦于在行人再识别上的应用.我们查看卷积神经网络中全连接层的每一个权重向量,发现它们往往都高度相关.这导致了每个全连接描述中个体之间的相关性,在基于欧几里得距离时会影响检索性能.为了解决这个问题,这篇论文使用了SVD来优化深层表达学习.通过严厉和放松的迭代(RPI)训练框架,我们可以在CNN训练中迭代地整合正交性约束,生成所谓的SVDNet.我们在Marke

1.OpenCV4环境搭建 VS2017新建一个控制台项目 配置包含目录 配置库目录 配置链接器 配置环境变量 重新启动VS2017 2.第一个图像显示程序 main.cpp #include<opencv2/opencv.hpp> #include<iostream> using namespace cv; using namespace std; int main(int argc, char** argv) { Mat src = imread("D:/images

问题: Implement atoi to convert a string to an integer. Hint: Carefully consider all possible input cases. 官方难度: Easy 翻译: 实现atoi功能,将一个字符串转化成一个整数. 提示:仔细考虑各种可能出现的情况. 补充资料: 所谓atoi,是C语言库中的一个函数,其功能如下: Requirements for atoi: The function first discards as ma

对于芯片或者其它表达数据来说,最常见的莫过于quantile normalization啦. 那么它到底对我们的表达数据做了什么呢?首先要么要清楚一个概念,表达矩阵的每一列都是一个样本,每一行都是一个基因或者探针,值就是表达量咯.quantile normalization 就是对每列单独进行排序,排好序的矩阵求平均值,得到平均值向量,然后根据原矩阵的排序情况替换对应的平均值,所以normalization之后的值只有平均值了. 具体看下面的图: 转载:http://www.bio-info-t

主讲人 网络上的尼采 (新浪微博:@Nietzsche_复杂网络机器学习) 网络上的尼采(813394698) 9:16:05 今天的主要内容:Kernel的基本知识,高斯过程.边思考边打字,有点慢,各位稍安勿躁. 机器学习里面对待训练数据有的是训练完得到参数后就可以抛弃了,比如神经网络:有的是还需要原来的训练数据比如KNN,SVM也需要保留一部分数据--支持向量.很多线性参数模型都可以通过dual representation的形式表达为核函数的形式.所谓线性参数模型是通过非线性的基函数的线性

首先准备数据:表达矩阵 ACC.uncv2.mRNAseq_RSEM_normalized_log2.txt(以下载的TCGA的数据,log之后的) 上面数据中01为tumor,11为normal 我们进行差异分析,就是看两组的表达值,是否差异,而检验的方法就是T检验 a=AVERAGE(B2:G2)    ##求tumor组的平均表达量 b=AVERAGE(H2:O2)    ##求normal的平均表达量 c=tumor-normal          ##计算得到logFC值 d=AVER