前言 关于选用多少个PCA做群体分层校正,各大期刊并没有一个统一的说法. 故做了如下综述. 1 随心所欲型,想选多少就选多少 PCA想选多少就选多少,这个真的不是开玩笑.有文献出处有真相! 比如下面文献直接选用10个PCA校正群体分层. Largest GWAS of PTSD (N=20070) yields genetic overlap with schizophrenia and sex differences in heritability 比如选用前5个主成分校正群体分层. Acco
假如你的GWAS结果出现如下图的时候,怎么办呢?GWAS没有如预期般的扫出完美的显著信号,也就没法继续发挥后续研究的套路了. 最近,nature发表了一篇文献“Common genetic variants contribute to risk of rare severe neurodevelopmental disorders”,活生生的演绎了怎么将糟糕的结果自圆其说. 研究发现队列:英国人群 6,987cases and 9,270 controls of European ancestr
GWAS Catalog The NHGRI-EBI Catalog of published genome-wide association studies EBI负责维护的一个收集已发表的GWAS研究的数据库 Catalog stats Last data release on 2019-09-24 4220 publications 107486 SNPs 157336 associations Genome assembly GRCh38.p12 dbSNP Build 151 Ense