最近需要做转座子分析,查找发现可以使用 TransposonPSI 来进行分析.但是登陆官网,该软件 update 时间为 2013 年,但是因为时间紧迫,暂时还没有进行其他方法的调研,所以先选用该软件进行了分析. 一.TransposonPSI 安装及使用 1. TransposonPSI 安装 官网: http://transposonpsi.sourceforge.net 下载地址:https://sourceforge.net/projects/transposonpsi/ 压缩包非常小

最近在上生物信息学原理,打算记录一些课上的作业.第一次作业:如题. 基本思路: 1.从GFF中读取CDS的起始终止位置以及正负链信息.GFF格式见http://blog.sina.com.cn/s/blog_8a4f556e0102yd3l.html. 2.利用起始/终止位置等信息从FNA文件中提取CDS序列.FNA格式见 http://boyun.sh.cn/bio/?p=1192. 3.利用CDS序列及密码子表得到FAA文件并输出. 注意:最需要注意的一点是:当GFF中CDS位于负链时,需要

我们在做生物分析的时候,经常会碰到GFF格式的文件以及GTF格式的注释文件.他们有着相似的名字,甚至连内容都极为相似~那么,他们究竟差在哪里呢? GFF全称为general feature format,这种格式主要是用来注释基因组. GTF全称为gene transfer format,主要是用来对基因进行注释. 数据结构 GTF文件以及GFF文件都由9列数据组成,这两种文件的前8列都是相同的(一些小的差别) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 reference sequence name

Word文件跟纸质文件想要添加注释相信大家都知道该怎么添加,那么现在也使用频率挺高的PDF格式的文件要怎么添加注释呢?添加注释的方法有什么呢?有许多的小伙伴们都想知道吧,今天小编就来跟大家分享一下,想知道的小伙伴就一起来看看吧. 操作软件:PDF编辑器http://bianji.xjpdf.com/   1.我们需要在百度中搜索并下载并安装一款PDF编辑器.   2.打开运行迅捷PDF编辑器,在编辑器中打开需要编辑的PDF文件.   3.PDF文件打开之后我们就需要找到注释工具.在编辑器最上面的

原创文章,欢迎转载.转载请注明:关东升的博客 前面说到Swift注释的语法有两种:单行注释(//)和多行注释(/*...*/).这里来介绍一下他们的使用规范. 1.文件注释 文件注释就在每一个文件开头添加注释,文件注释通常包括如下信息:版权信息.文件名.所在模块.作者信息.历史版本信息.文件内容和作用等. 下面看一个文件注释的示例: /* Copyright (C) 2015 Eorient Inc. All Rights Reserved. See LICENSE.txt for this s

一.摘要 在本系列的第一篇文章介绍了.NET中XML注释的用途, 本篇文章将讲解如何使用XML注释生成与MSDN一样的帮助文件.主要介绍NDoc的继承者:SandCastle. .SandCastle简介 在上一篇文章中的帮助文件截图都是使用SandCastle生成的,比如下面的截图: SandCastle是一个微软发布的工具,它通过反射程序集中的源代码以及添加代码中的XML注释来创建MSDN形式的API文档. 这个工具的源代码可以在CodePlex中以微软公开许可协议(Microsoft Pu

背景: 实际上并不是生成带有注释的DLL文件,而是同时生成一个XML文件,用来显示注释. 为什么要使用DLL文件,在C#编程的过程中,一直在使用DLL文件,如System.dll 方法: 1,创建类库项目. 2,在项目中创建相关的类和方法.并对代码进行注释. 3,类库项目上,右键属性——生成——输出,勾选XML文档文件,选择文档名称,以及DLL文件的输出路径,如图: 4,对项目进行生成,即可获得对应的DLL文件和XML文件.如图: 5,在其他的项目中,对这个DLL文件引用即可.F12找到源文件时

App.config: <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> <configuration> <startup> <supportedRuntime version="v4.0" sku=".NETFramework,Version=v4.5" /> </startup> <connectionStrings> &

#!/usr/bin/perl use strict; use warnings; ########input######## ];my $cut = &cut($gff);my %cut = %$cut; ],],]); #########main####### my %hash_2 = %{$cut{$gene_name}}; foreach my $key_2(keys %hash_2) { ][]+-;][]-+; print "$gene_name\t$key_2\t$arr[

首先查看环境变量 export declare -x HOME="/home/piperck" declare -x LANG="en_US.UTF-8" declare -x LC_CTYPE="en_US.UTF-8" 格式:declare -x var 格式:typeset -x var 格式:export var 将变量var设置成环境变量,这样在随后的脚本和程序中可以使用. 统一使用en_US.UTF-8 否则安装软件会出现无法预估的错

import os,re #代码所在位置 FILE_PATH = './' def analyze_code(codefilesource): ''' 打开一个py文件统计其中的代码行数,包括空格和注释 返回该文件总行数,注释函数,空行输 :param codefilesource: :return: ''' total_line = 0 comment_line = 0 black_line = 0 with open(codefilesource,'r', encoding='UTF-8')

后记: ************************************************************************ 在使用cufflinks和cuffmerge中 我使用的都是gff3, 海宝说最好用gtf, 无论怎么样gtf一定是可以用的. 由gff3转化为gtf用gffread: 命令: gffread Osativa_204_gene.gff3 -T -o Osativa_204_gene.gtf 转化后gff3文件中的信息都会被保留. 虽然featu

1,jbrowse 是什么东西 ? JBrowse is a genome browser with a fully dynamic AJAX interface, being developed as the eventual successor to GBrowse. It is very fast and scales well to large datasets. JBrowse is javascript-based and does almost all of its work di

基因组注释工具ANNOVAR是一款非常好用的注释软件,功能强大,输出数据简单美中不足就是对于非人类物种来说UI不够完善,因此总结一下整个注释的过程,帮助别人快乐自己. 首先我们需要明确我们需要的数据和软件: 数据包括: all.gff3 #MSU的v7.0版本组装的注释文件 all.con #基因组序列 这样就是所有的输入文件了,现在我们列举一下需要用到的软件: gffread #gff3 to gtf gtfToGenePred #gtf to genePred (建库需要的文件) annov

工具推荐:https://github.com/openvax/gtfparse 真不敢相信,Linux自带的命令会这么强大,从gtf中提取出需要的transcript,看起来复杂,其实一个grep就搞定了. grep -F -f out.list gffcmp.combined.gtf > test.out 本文出自于http://www.bioinfo-scrounger.com转载请注明出处 gffcompare官网 gffcompare和gffread可以认为是专门开发出来用于处理gff

1)gff3及gtf2简介 一个物种的基因组测序完成后,需要对这些数据进行解读,首先要先找到这些序列中转录起始位点.基因.外显子.内含子等组成元件在染色体中的位置信息(即注释)后才能再进行深入的分析.gff/gtf是贮存这些注释信息的两种文件格式. GFF(general feature format):这种格式主要是用来注释基因组. 现大部分利用的是第三版,即gff3. GTF(gene transfer format):主要是用来对基因进行注释.当前所广泛使用的gtf格式为第二版,即gtf2

目录 问题 思路 问题 原问题来自:How to calculate overlapping genes between two genome annotation versions? 其实可分为两个问题: 一是我组装了一个新的基因组,做了多个注释版本,如何比较它们的feature?比如gene 二是我组装了一个新的参考基因组,并做了注释,想和其他已有的同物种参考基因组比较,如何寻找共有和特有的基因(或其他feature)? 思路 第一个问题是比较好解决的,使用bedtools即可. bedto

  目前的从头预测软件大多是基于HMM(隐马尔科夫链)和贝叶斯理论,通过已有物种的注释信息对软件进行训练,从训练结果中去推断一段基因序列中可能的结构,在这方面做的最好的工具是AUGUSTUS它可以仅使用序列信息进行预测,也可以整合EST, cDNA, RNA-seq数据作为先验模型进行预测. 安装 安装较为复杂,可选用conda进行安装 使用 (1)若存在已经被训练的物种(augustus --species=help查看),则直接使用一下代码进行预测基因,以拟南芥为例: 1 augustus

来自:https://www.jianshu.com/p/e6a5e1f85dda 使用BRAKER2进行基因组注释 BRAKER2是一个基因组注释流程,能够组合GeneMark,AUGUSTUS和转录组数据. 在使用软件之前,有几点需要注意下 尽量提供高质量的基因组.目前随着三代测序价格下降,这一点问题不大. 基因组命名应该简单,最好就是">contig1"或">tig000001" 基因组需要屏蔽重复序列 默认参数通常表现效果就很好,但是也要根据物种

之间介绍过annovar进行对snp注释,今天介绍snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants on genes 详细的说明请阅读: http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_manual.html 一.安装 1 wget http://sourceforge.net/projec

VS中如何快捷地给自己的代码添加创建信息注释 Intro 以下讨论的都是没有使用 GIT 来管理源代码的情况,如果使用 GIT 管理源代码可直接使用VS的Git扩展就不需要考虑以下问题. 什么是创建信息注释? 创建信息注释,类似于文件的创建信息,一般来说,至少要有创建人和创建时间.如果说有人修改了方法也应该添加一个更新信息注释. 为什么要添加创建信息注释? 可能在一个人编码的时候,创建信息注释并不太重要,但是如果许多人共同维护一个项目,并且经常会出现多个人修改同一个文件的代码 时,这就显得很重要