sra文件转换为fastq格式 fastq-dump -h --split-3 也就是说如果SRA文件中只有一个文件,那么这个参数就会被忽略.如果原文件中有两个文件,那么它就会把成对的文件按*_1.fastq,*_2.fastq这样分开.如果还出现了第三个文件,就意味着这个文件本身是未成配对的部分.可能是当初提交的时候因为事先过滤过了一下,所以有一部分数据被删除了.   --gzip 输出文件压缩成gzip格式(通常gzip仅用来压缩单个文件.多个文件的压缩归档通常是首先将这些文件合并成一个ta

在写这篇blog前,我的心情久久不能平静,虽然明白运维工作如履薄冰,但没有料到这么一个细小的疏漏会带来如此严重的灾难.这是一起其他公司误用puppet参数引发的事故,而且这个参数我也曾被“坑过”.     0. 一个purge参数引发的事故 故事要从周二下午说起,安静了一天的某技术交流群,突然有个惊慌失措的同学在群里说,他直接使用了第三方的puppet hbase module来管理线上hbase集群,结果这个模块在管理数据文件夹时,使用了一个purge参数把几乎所有的线上数据都删完了.他已经和

今天被人问起如何看懂三代的下机数据,虽然解决了别人的问题,但感觉自己还是没有搞透. 基本的目录结构: |-- HG002new_O1l_BP_P6_021315b_MB_100pM | |-- D01_1.c60e446d-f276-41fc--ffa937e22683.tar.gz | |-- D01_2.19ee4f13-c420---cb1da56beccd.tar.gz | |-- D01_3.94e34f0a-eef3-4b71-8f1b-c9790dec647e.tar.gz | |

笔记记录自林晓斌(丁奇)老师的<MySQL实战45讲> (本篇内图片均来自丁奇老师的讲解,如有侵权,请联系我删除) 13) --为什么数据表删掉一半,表文件大小不变? 我们还是以MySQL中应用最广泛的InnoDB引擎为基础来展开讨论.一个表中包含两部分:表结构定义和数据.在MySQL8.0版本以前,表结构是以.frm为后缀的文件存储的.而在MySQL8.0版本,已经允许把表结构定义放在系统数据表中了.因为表结构定义占用的空间很小,索引我们今天主要讨论的是表数据. 参数innodb_file_

一开始拿到三代测序的下机数据时,蒙了,readme ?三代测序的下机数据都有哪些,以及他们具体的格式是怎么样的(以sequel 平台为主). 测序过程 SMRTbell A adapter通用接头,两端的接头可以一样也可以不一样    B barcode(客户自己设计)    I insert 插入片段,即我们测序的目的片段    由于SMRTbell是环状的,测序过程是边合成边测序,因此可以沿着新链合成的方向不停地读取序列,读取一圈又一圈,直到聚合酶累趴下了… 测序结果 根据SMRTbell的

pacbio 采用hdf5文件格式保存原始的下机数据,对于RS 测序系统而言,会产生一个 bas.h5 的文件; 以bas.h5 文件为例,看一下有下机数据中保存了那些信息 h5dump 工具可以用来查看h5 文件的内容: 我从HGAP的wiki 页面下载了一个测试用的h5文件,文件名为 m120729_040044_42134_c100384402550000001523033010171256_s1_p0.bas.h5 运行下面命令: h5dump -n m120729_040044_421

原创 架构师技术联盟  近期,Google和道荷兰阿姆斯特研究者宣布攻破了世界上第一例公开的SHA-1哈希碰撞实例,业界一片哗然.当两组不同的数据(文件.一段数据)计算出相同的Hash值时,即视为二者发生碰撞:很多声音强调了避免使用SHA-1的必要性.Google自己多年来也是一直主张弃用SHA-1方案,让更多人意识到其已经不再安全可靠.回顾历史,OpenSSL心脏出血Heartbleed漏洞也是引起了业界很大的反应. SHA-1加密Hash函数在浏览器安全保护.代码库管理.存储数据重复删除等得

转载:http://www.cnblogs.com/jinhh/p/8328818.html 三代测序的下机数据都有哪些,以及他们具体的格式是怎么样的(以sequel 平台为主). 测序过程 SMRTbell A adapter通用接头,两端的接头可以一样也可以不一样    B barcode(客户自己设计)    I insert 插入片段,即我们测序的目的片段    由于SMRTbell是环状的,测序过程是边合成边测序,因此可以沿着新链合成的方向不停地读取序列,读取一圈又一圈,直到聚合酶累趴

可变剪接(alternative splicing),在真核生物中是一种非常基本的生物学事件.即基因转录后,先产生初始RNA或称作RNA前体,然后再通过可变剪接方式,选择性的把不同的外显子进行重连,从而产生不同的剪接异构体(isoform).这种方式,使得一个基因可产生多个不同的转录本,这些转录本分别在细胞/个体分化发育的不同阶段,在不同的组织中有各自特异的表达和功能,从而极大地丰富了编码RNA和非编码RNA种类和数量,进而增加了转录组和蛋白质组的复杂性. 可变剪接主要有以下五种常见的形式: 1

                                                                      图片来源(Nature Methods)   摘要 单细胞转录组测序(single-cell RNA-seq, scRNA-seq)数据有高噪音和稀疏的特点.原文作者展示了跨数据集的迁移学习可显著提高数据的质量.通过将深度自动编码器与贝叶斯模型相结合,原文开发的SAVER-X软件可从不同实验室.不同条件和不同物种的数据中提取可迁移的基因关系,以对新的目标数据

教你如何6秒钟往MySQL插入100万条数据!然后删库跑路! 由于我用的mysql 8版本,所以增加了Timezone,然后就可以了 前提是要自己建好库和表. 数据库test, 表user, 三个字段: u_id.u_name.u_pwd,然后主键自增 conn = DriverManager.getConnection("jdbc:mysql:///test?" + "&rewriteBatchedStatements=true&serverTimezone

MVC模式(Model View Controller): Model:DAO模型 View:JSP  在页面上填写java代码实现显示 Controller:Servlet 重定向和请求的转发: 若目标的相应页面不需要从request里面读取任何信息,则可以使用重定向,可以防止表单重复提交: ------------------------------------------------------------------------------------------------ Stude

操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc的全部报告,搜索中文教程 具体步骤 [1]SRA文件转换成fastq文件 -----单个文件转换 fastq-dump -- -O outputdir -A file1.sra -----多个文件批量转换 # .编写一个脚本 sra_to_fq.sh ` do fastq-dump -- -O ./

sra文件转换为fastq格式 1 fastq-dump -h --split-3 也就是说如果SRA文件中只有一个文件,那么这个参数就会被忽略.如果原文件中有两个文件,那么它就会把成对的文件按*_1.fastq,*_2.fastq这样分开.如果还出现了第三个文件,就意味着这个文件本身是未成配对的部分.可能是当初提交的时候因为事先过滤过了一下,所以有一部分数据被删除了.   --gzip 输出文件压缩成gzip格式(通常gzip仅用来压缩单个文件.多个文件的压缩归档通常是首先将这些文件合并成一个

故事背景 前段时间上线了一个从Oracle迁移到TiDB的项目,某一天应用端反馈有一个诡异的现象,就是有张小表做全表delete的时候执行比较慢,而且有越来越慢的迹象.这个表每次删除的数据不超过20行,那为啥删20行数据会这么慢呢,我们来一探究竟. 问题排查 根据应用端提供的表名去慢查询里面搜索,确实发现了大量全表删除的SQL: 从列表中找一条来看看具体的时间分布: 可以发现绝大部分时间都花了Coprocessor阶段,这个阶段表示请求已经被下推到了TiKV执行,我们继续看看在TiKV里面都做了

今天同事不小心将一个很重要的数据表中的数据删除了,找了很多人都没办法恢复.我在网上搜索了一下资料,发现有一个方法可以一试,具体如下 http://www.knowsky.com/616730.html  非常感谢这位仁兄,用这个方法果然恢复成功 SQL Server数据恢复--日志备份 SQL Server数据恢复--日志备份 太坑了,我把数据给删了 "大坑啊,数据被我误删了."从事数据库相关工作的过程中,我想应该很多人会有过和我一样的遭遇吧?尤其是在进行update或者delete操

sql语句中----删除表数据drop.truncate和delete的用法 --drop drop table  tb   --tb表示数据表的名字,下同 删除内容和定义,释放空间.简单来说就是把整个表去掉.以后要新增数据是不可能的,除非新增一个表, 例如:一个班就是一个表,学生就是表中的数据,学生的职务就是定义 drop table class,就是把整个班移除.学生和职务都消失 ---truncate truncate table tb 删除内容.释放空间但不删除定义.与drop不同的是,

数据库简介 概念 什么是数据库?简单来说,数据库就是存储数据的"仓库", 但是,光有数据还不行,还要管理数据的工具,我们称之为数据库管理系统! 数据库系统 = 数据库管理系统 + 数据库 + 数据库管理员 DataBase System (DBS)= DataBase Management System (DBMS) + DataBase(DB) + DataBase Administrator(DBA) 数据库: 对大量的信息进行管理的高效的解决方案,按照数据结构来组织.存储和管理数

1. Oracle跟SQL Server 2005的区别? 宏观上: 1). 最大的区别在于平台,oracle可以运行在不同的平台上,sql server只能运行在windows平台上,由于windows平台的稳定性和安全性影响了sql server的稳定性和安全性 2). oracle使用的脚本语言为PL-SQL,而sql server使用的脚本为T-SQL 微观上: 从数据类型,数据库的结构等等回答 2. 如何使用Oracle的游标? 1).  oracle中的游标分为显示游标和隐式游标 2

jQuery在1.2后引入jQuery.data(数据缓存系统),主要的作用是让一组自定义的数据可以DOM元素相关联——浅显的说:就是让一个对象和一组数据一对一的关联. 一组和Element相关的数据如何关联着这个Element一直是web前端的大姨妈,而最初的jQuery事件系统照搬Dean Edwards的addEvent.js:将回调挂载在EventTarget上,这样下来,循环引用是不可忽视的问题.而在web前端中,数据和DOM的关系太过基情和紧张,于是jQuery在1.2中,正式缔造了