作业要求: 实现这个功能的软件也很多,还是烦请大家先自己搜索几个教程,入门请统一用htseq-count,对每个样本都会输出一个表达量文件. 需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵.参考:生信编程直播第四题:多个同样的行列式文件合并起来 对这个表达矩阵可以自己简单在excel或者R里面摸索,求平均值,方差. 看看一些生物学意义特殊的基因表现如何,比如GAPDH,β-ACTIN等等. [1]安装计数软件:htseq-count # conda安装 $ conda install -c bioconda

高通量测序数据下机后得到了fastq的raw_data,通常测序公司在将数据返还给客户之前会做"clean"处理,即得到clean_data.然而,这些clean_data是否真的"clean"呢?首先,我们应该做一下质控.如果质控不合格,就需要一些处理,比如去接头.去除量的reads.(1)去除测序数据中的接头(用到的是fastx_toolkit里面的fastx_clipper工具): Usage: fastx_clipper [-h] [-a ADAPTER]

using System; using System.Collections.Generic; using System.Diagnostics; using System.Linq; using System.Text; using System.Threading.Tasks; namespace ConsoleApp3 { class Program { static LinkedList<int> sortArrayLink = new LinkedList<int>();

HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据 本文总阅读量次2017-05-26 HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据思路如下: 数据质控 将RNA-seq的测序reads使用hisat2比对 samtools将sam文件转成bam,并且排序,为下游分析做准备 stringtie对每个样本进行转录本组装 stringtie 将所有样本的转录本进行合并 注意:此处的mergelist.txt是自己创建的 计算表达量并且为Ballgown包提供输入文件

一.    控制hive任务中的map数:  1.    通常情况下,作业会通过input的目录产生一个或者多个map任务. 主要的决定因素有: input的文件总个数,input的文件大小,集群设置的文件块大小(目前为128M, 可在hive中通过set dfs.block.size;命令查看到,该参数不能自定义修改): 2.    举例: a)    假设input目录下有1个文件a,大小为780M,那么hadoop会将该文件a分隔成7个块(6个128m的块和1个12m的块),从而产生7个m

用VBA计算WPS 表格ET EXCEL中的行数和列数 每种方法中上面的是Excel的行数,下面的是Excel的列数. 方法1: ActiveSheet.UsedRange.Rows.Count ActiveSheet.UsedRange.Columns.Count 缺点:有时可能会比实际数大一些,原因是如果你把最后几行(列)数据清除后(非整行或整列删除), 用这个命令仍返回未清除前的值.就是说现在虽然是空的,但是你曾经用过也算你的. 方法2: ActiveSheet.Range("A65535

一.    控制hive任务中的map数: 1.    通常情况下,作业会通过input的目录产生一个或者多个map任务. 主要的决定因素有: input的文件总个数,input的文件大小,集群设置的文件块大小(目前为128M, 可在hive中通过set dfs.block.size;命令查看到,该参数不能自定义修改): 2.    举例: a)    假设input目录下有1个文件a,大小为780M,那么hadoop会将该文件a分隔成7个块(6个128m的块和1个12m的块),从而产生7个ma

VBA取得EXCEL表格中的行数和列数 初学EXCEL宏的童鞋,总是很想知道表格中含有数据的行数和列数,尤其是行数和列数不确定的情况下.这样可以避免很多的错误,并且可以提高效率.但每次用到的时候到网上查找时,总是给了很多无用的答案,往往找不到想要的结果.笔者也是每次使用时,临时查找总是很头疼.偶然发现一篇博客,上面详细记录了不同的方法,笔者测试了几种发现真的很好用.本着分享万岁的精神,将博客内容共享出来.希望对大家有所帮助. 来源:http://www.okexcel.com.cn/bbs/vi

基于简单sql语句的sql解析原理及在大数据中的应用 李万鸿 老百姓呼吁打土豪分田地.共同富裕,总有一天会实现. 全面了解你所不知道的外星人和宇宙真想:http://pan.baidu.com/s/1c1utFDQ http://blog.sina.com.cn/s/blog_89436e570102w8qs.html http://blog.sina.com.cn/contn 8年后,  中国2024年将统一世界! 呵呵,地球正在从黑暗进入光明.外星人在帮助地球村民! 呵呵,外星人是客观存在的

一.    控制hive任务中的map数: 1.    通常情况下,作业会通过input的目录产生一个或者多个map任务.主要的决定因素有: input的文件总个数,input的文件大小,集群设置的文件块大小(目前为128M, 可在hive中通过set dfs.block.size;命令查看到,该参数不能自定义修改): 2.    举例:a)    假设input目录下有1个文件a,大小为780M,那么hadoop会将该文件a分隔成7个块(6个128m的块和1个12m的块),从而产生7个map数

使用awk取某一行数据中的倒数第N列:$(NF-(n-1))比如取/etc/passwd文件中的第2列.倒数第1.倒数第2.倒数第4列(以冒号为分隔符) [root@ipsan-node06 ~]# cat /etc/passwd root:x:0:0:root:/root:/bin/bash bin:x:1:1:bin:/bin:/sbin/nologin daemon:x:2:2:daemon:/sbin:/sbin/nologin adm:x:3:4:adm:/var/adm:/sbin/

select t1.name 流转单号,t1.date 日期, t3.name_template 产品编码, left(t3.name_template,3) 图, substring(t3.name_template,6,3) 号, t4.material  产品材质,t4.cust_spec 产品规格,        t5.name 批次卡号, 这里是取一串数据中的 头  中 尾  几个数据case when left(t5.name,2)='20' then substring(t5.na

VBA取得EXCEL表格中的行数和列数 请注意不要使用Columus等关键字作为变量,例如"Columus = ActiveSheet.UsedRange.Columns.Count"! 初学EXCEL宏的童鞋,总是很想知道表格中含有数据的行数和列数,尤其是行数和列数不确定的情况下.这样可以避免很多的错误,并且可以提高效率.但每次用到的时候到网上查找时,总是给了很多无用的答案,往往找不到想要的结果.笔者也是每次使用时,临时查找总是很头疼.偶然发现一篇博客,上面详细记录了不同的方法,笔者

一.    控制hive任务中的map数: 1.    通常情况下,作业会通过input的目录产生一个或者多个map任务.主要的决定因素有: input的文件总个数,input的文件大小,集群设置的文件块大小(目前为128M, 可在hive中通过set dfs.block.size;命令查看到,该参数不能自定义修改): 2.    举例:a)    假设input目录下有1个文件a,大小为780M,那么hadoop会将该文件a分隔成7个块(6个128m的块和1个12m的块),从而产生7个map数

1. 离散节点 在官方Tutorial中是有详细的案例的,就是B篇3.3节,你可以动手把天气预报这个实现一下: http://www.norsys.com/tutorials/netica/secB/tut_B3.htm#LearningProbTables 2. 连续节点 假如我想输入的不是离散的状态,而是连续的数值,则不能像上一个案例一样做了. *  离散状态:难,易:阴,晴,雨:是,否……这些都是多选一问题,天气只能是“阴,晴,雨”三选一,课程难度只有“难,易”两个选项,而不是“0为最易1

Python 一大重要的功能,就是可处理大量数据,那分不开的即是使用Excel表格了,这里我做下学习之后的总结,望对我,及广大同仁们是一个帮助Python处理Excel数据需要用到2个库:xlwt 和 xlrd.xlwt库负责将数据导入生成Excel表格文件,而 xlrd库则负责将Excel表格中的数据取出来. xlrd 库读取Excel的数据也是轻轻松松,先来看下实现代码 import xlrd, os wb = xlrd.open_workbook('./test.xls') # 获取列表1

用Sql Server找出一天数据中从第一条数据开始每累加1小时的数据 -- ============================================= -- Author: Allen Cai -- Create date: 2018-07-20 15:59 -- ============================================= ALTER PROCEDURE PLMS_A_Logistics_Test AS BEGIN DECLARE @i INT;

题目链接:51nod 1174 1174 区间中最大的数 ST(Sparse Table)算法学习参考博客:http://blog.csdn.net/niushuai666/article/details/6624672 O(nlogn)预处理,O(1)查询 #include<cstdio> #include<algorithm> #include<cmath> using namespace std; ; ]; int a[N]; int n; void RMQ_in

sqoop中,如果数据中本身有换行符,会导致数据错位: 解决办法: 在sqoop import时修改配置文件 sudo -u hive sqoop import --connect jdbc:mysql://${miguanMysqlHost}/${miguanDatabaseName} --username ${miguanMysqlUser} --password ${miguanMysqlPwd} --table applibrary --hive-import --hive-table

起始地     目的地     距离(公里)A             B             1000A             C             1100A             D             900A             E             400B             D             300D             F             600E             A             400F        

近期项目中遇到一个需求,从一个列表中随机展示列表的部分内容,需求不大,JS也非常容易实现.主要是运用到了Math对象的random方法,和Array的splice方法. 思路是先新建一个数组,存放所有的列表,然后算出随机数,从数组中取出这个随机索引对应的值,然后组成一个随机数组. 源代码如下: <!DOCTYPE html> <html> <head> <meta http-equiv="Content-Type" Content="