在转录组测序(RNA-Seq)中,基因的表达量是我们关注的重点.基因表达量的衡量指标有:RPKM.FPKM.TPM. RPKM:Reads Per Kilobase Million:说实话,这个英文说明真的很费解,其实可以理解为“Reads Per Kilobase Per Million Reads”​,即“每一百万条Reads中,对基因的每1000个Base而言,比对到该1000个base的Reads数”,计算公式. FPKM:Fragments per Kilobase Million,F

你能给别人讲清楚这个概念吗? 二代测序中,每测一个碱基会给出一个相应的质量值,这个质量值是衡量测序准确度的.碱基的质量值13,错误率为5%,20的错误率为1%,30的错误率为0.1%.行业中Q20与Q30则表示质量值≧20或30的碱基所占百分比.例如一共测了1G的数据量,其中有0.9G的碱基质量值大于或等于20,那么Q20则为90%.         Q20值是指的测序过程碱基识别(Base Calling)过程中,对所识别的碱基给出的错误概率.         质量值是Q20,则错误识别的概率

select  1 from ..., sql语句中的1代表什么意思?查出来是个什么结果?         select 1 from table;与select anycol(目的表集合中的任意一行) from table;与select * from table 从作用上来说是没有差别的,都是查看是否有记录,一般是作条件查询用的.select 1 from 中的1是一常量(可以为任意数值),查到的所有行的值都是它,但从效率上来说,1>anycol>*,因为不用查字典表.   测试场景:(转

OGNL表示式使用 和 值栈 OGNL是Object Graphic Navigation Language(对象图导航语言)的缩写,它是一个开源项目. Struts2框架使用OGNL作为默认的表达式语言. * xwork 提供 OGNL表达式 * ognl-3.0.5.jar OGNL 是一种比EL 强大很多倍的语言 OGNL 提供五大类功能 1.支持对象方法调用,如xxx.doSomeSpecial(): 2.支持类静态的方法调用和值访问 3.访问OGNL上下文(OGNL context)和

1.先比较下字符串的比较 == 代表全等于 值和地址(存放地址) 全部相等于. equals 值等于== 和 equals的区别 列如下面的 如果name1==name2是等于的 然而name1==name3 结果 不是不等于的,因为生成了新的地址 如果 name1.equals(name3) 这个比较只要求值的比较,输出结果是相等的. String name1="zhangsan"; String name2="zhangsan"; String name3=ne

一.为什么说Java中只有值传递? 对于java中的参数传递方式中是否有引用传递这个话题,很多的人都认为Java中有引用传递,但是我个人的看法是,Java中只有值传递,没有引用传递. 那么关于对象的传递怎么解释呢?难道对象不是一个引用传递吗? 对于这一点我的看法是,对象的传递只不过是将对象的地址值传递到方法里,只要你不改变这个地址值,那他就指向原来的引用不会改变,但是你一旦改变了这个地址值,那么你就改变了他的实际引用.那归根到底还不是值传递吗?只不过我普通类型传递的是copy后的普通类型的值,我

在一开始接触MySQL数据库时,对于int(M)及tinyint(M)两者数值类型后面的M值理解是最多能够插入数据库中的值不能大于M: 后来工作后,也是一边学习一边使用,之后的理解是其中的M的意思是插入数据库中的值的字符长度不能大于M,例如,int(4),想要插入1234,1234的字符长度是4,就正好可以插入数据库,12341就不行,因为是5个字符长度,这也都是道听途说,自己从来没有验证过: 如今,由于面试中经常会被问到有关数据库方面的知识,今天也想着深入了解下这个M代表的含义(上述两个理解都

DGE-seq和普通的transcriptomic profiling相比较有什么不同,有什么特点? DGE就是用酶将mRNA切断,只使用靠近poly A的一小段RNA去测序. #1 由于不是测定mRNA的全长,DGE的数据量比转录组要小一些: #2 DGE比转录组价格低一些: #3 DGE和转录组都可以分析所有基因的表达丰度,并且比较组间基因表达差异: #4 转录组还可以分析SNP.RNA editing.splicing.gene fusion等:而DGE不适宜做这些分析. 转录组测序和数字

如何获取select中的value.text.index相关值 select还是比较常用的一个标签,如何获取其中的内容呢? 如下所示: <select id="select"> <option value="A" url="http://www.baidu.com">第一个option</option> <option value="B" url="http://www.qq

(PHP 4, PHP 5, PHP 7) list — 把数组中的值赋给一组变量 array list ( mixed $var1 [, mixed $... ] ) 像 array() 一样,这不是真正的函数,而是语言结构. list() 可以在单次操作内就为一组变量赋值. Note: list() 仅能用于数字索引的数组,并假定数字索引从 0 开始. Warning PHP 5 里,list() 从最右边的参数开始赋值: PHP 7 里,list() 从最左边的参数开始赋值. 如果你用单纯

首先呢,我们来说一下值传递与引用传递的区别(这两个玩意儿实在调用函数的时候提到的) 比如说 code( a) code( int a ) code(a)是调用函数,a是我们原本函数的一个值类型,然后使用code函数,把他作为一个参数传入. code(int a ) 这里注意哦,这个a和我们上面那个a不一样哦,在我们调用这个函数的时候呢,首先会在我们的栈内存里 将这块代码入栈(代码的执行实际上就是一个入栈出栈的样子)此时这个函数会初始化一块内存用来存放上一级函数传的a的值, 比如说我们调用函数a

可变剪接(alternative splicing),在真核生物中是一种非常基本的生物学事件.即基因转录后,先产生初始RNA或称作RNA前体,然后再通过可变剪接方式,选择性的把不同的外显子进行重连,从而产生不同的剪接异构体(isoform).这种方式,使得一个基因可产生多个不同的转录本,这些转录本分别在细胞/个体分化发育的不同阶段,在不同的组织中有各自特异的表达和功能,从而极大地丰富了编码RNA和非编码RNA种类和数量,进而增加了转录组和蛋白质组的复杂性. 可变剪接主要有以下五种常见的形式: 1

单细胞测序流程(http://learn.gencore.bio.nyu.edu) 在过去的十多年里,高通量测序技术被广泛应用于生物和医学的各种领域,极大促进了相关的研究和应用.其中转录组测序(RNA-seq)被广泛应用于测定和描绘各类物种的基因或转录本的表达情况.但传统的转录组测序技术(bulk RNA-seq)是基于群体细胞,每个样本包含成千上万个细胞,所以最终反映的是基因在群体细胞中平均表达水平,从而掩盖了不同细胞之间的表达异质性.近年来,单细胞转录组测序(single-cell RNA-

    转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合.转录组研究能够从整体水 平研究基因功能以及基因结构,揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理,已广泛应 用于基础研究.临床诊断和药物研发等领域.基于 Illumina 高通量测序平台的转录组测序技术使 能够在单核苷酸水平对任意物种的整体转录活动进行检测,在分析转录本的结构和表达水平的同 时,还能发现未知转录本和稀有转录本,精确地识别可变剪切位点以及 cSNP(编码序列单核苷 酸多态性),提供最全面的转录组信息.相对于传统的芯片

摘要:这个问题算是老生常谈了,我也是一段时间没弄过了,所以感觉有些忘了,就记录一下. 一.后端通过shiro在session中存储数据: // username是前台传过来的用户名 if (subject.isAuthenticated()) { // 存入session UserToken.setVal2Session("userName", username); return "登录成功"; } else { token.clear(); return &quo

最近跟Java中的值传递和引用传递杠上了,一度怀疑人生.查了很多资料,加上自己的理解,终于搞清楚了,什么是值传递和引用传递.也搞明白了,为什么大家都说Java只有值传递,没有引用传递.原来,我一直以来的认知都是错误的... 首先,需要了解一些概念性的东西. 形参与实参: 形参,是指在定义函数时使用的参数,目的是用于接收调用该函数时传入的参数.简单理解,就是所有函数(即方法)的参数都是形参. 实参,是指调用函数时,传递给函数的参数. public static void main(String[]

在jquery下,我们获取select表单选中的值通常是通过$('select').val()来实现,这样的方式简单又明了,或者通过$('select option[selected]').text()或$('select option:selected').text()这样的代码来实现,其实本来$('select').val()这种方式就很好,但在项目中我想获取给每个option自定义的属性的值,我就要通过后者的类似的写法$('select option:selected').attr('da

翻译的初衷以及为什么选择<Entity Framework 6 Recipes>来学习,请看本系列开篇 8-4  POCO中使用值对象(Complex Type--也叫复合类型)属性 问题 你想在POCO中使用值对象. 解决方案 假设你有如图8-5所示的模型.在模型中,属性Name是一个值对象. 图8-5. 一个包含employee的模型,属性Name是一个值对象,它由FirstName和LastName复合而成 POCO支持值对象,当你重构两个或多个实体属性到一个值对象时,一个新的类在默认情

回到目录 注意,这里说的值对象是指在MongoDB实体类中的,并不是DDD中的值对象,不过,两者也是联系,就是它是对类的补充,自己本身没有存在的价值,而在值对象中,也是不需要有主键Id的,这与DDD也是不谋而合的,也是可以理解的,因为它只是对主对象的一种补充说明,自己不存在任何意义,所以要主键也没什么用,呵呵. 看一个MongoDB的值对象contact public class Person { public Person() { Contact = new Test.Contact(); A

获取checkbox中的值(第一个页面) <% String foodName[]=request.getParameterValues("chioce"); //“chioce”是checkbox的name,在jsp中,request.getParameterValues()会自动获取到已选的checkbox并放在一个数组内 if(foodName!=null) { for(int i=0;i<foodName.length;i++) { session.setAttri