GTF文件的全称是gene transfer format,主要是对染色体上的基因进行标注.怎么理解呢,其实所谓的基因名,基因座等,都只是后来人们给一段DNA序列起的名字而已,还原到细胞中就是细胞核里面的一条长长的染色体(DNA序列).而这个GTF文件的主要功能,就是指出我们所谓的基因在染色体上的位置(coordinate),并且还标注了这一段区间的其他信息. GTF文件我一般喜欢去ensembl下载,gencode也可以. 这里给出链接: ftp://ftp.ensembl.org/pub/r

问题场景: 当用VSIDE开发完一个项目,在部署到目标环境中时,配置文件OK,但是报错需要调试 <1>Deploying Visual C++ library DLLs as shared assemblies VC++的Redistributable Package,可以被用来部署"release"版本的VC++ 库文件. 往往在VCIDE中有三个版本(1)X86, (2)X64, (3)IA64, 分别可以单独用于不同版本的Windows操作系统. 这个包只能安装rel

功能如标题,之所以这么做是有的时候文件数目较多,一个一个复制太复杂了,代码如下: # -*- coding:utf-8 -*- #2018_03_18 #实现功能:根据文件名字将对应的文件复制到目标地址中,之所以这么做是由于有的时候文件名太多了,一个一个复制很麻烦 #===========================================================================import import os import shutil #根据txt_pat

本文简单介绍如何使用Metasploit从文件中读取目标地址,来执行检测. 以检测MS17-010漏洞为例,在设定RHOSTS参数时,可设定目标地址范围和CIDR地址块,设定单个IP的目标也是可以的. 参考:Metasploit set rhosts file msf > use auxiliary/scanner/smb/smb_ms17_010 msf auxiliary(smb_ms17_010) > show options Module options (auxiliary/scan

一.GTF文件格式 Fields must be tab-separated. Also, all but the final field in each feature line must contain a value; "empty" columns should be denoted with a '.' 1.seqname - name of the chromosome or scaffold; chromosome names can be given with or w

有近400G的数据,首先需要写程序把目标文件标准化名称(相当耗时,各种情形,间接说明在数据采集过程中标准化操作的重要性,这样会给后续处理带来很多不必要的麻烦和消耗) 网上找了个方法还不错,还有一种递归的写法. 目前不再追求什么事无巨细,凡是能快速实现即可.正所谓好钢用在刀刃上. 方法一: public List<string> FindFile2(string sSourcePath) { List<String> list = new List<string>();

转录本(transcript)长度范围  到 --3216021---- 3UTR                       stop_codon                      CDS3         |      |           CDS2       |      |           CDS1                       start_codon                     5UTR |      |                    

工具推荐:https://github.com/openvax/gtfparse 真不敢相信,Linux自带的命令会这么强大,从gtf中提取出需要的transcript,看起来复杂,其实一个grep就搞定了. grep -F -f out.list gffcmp.combined.gtf > test.out 本文出自于http://www.bioinfo-scrounger.com转载请注明出处 gffcompare官网 gffcompare和gffread可以认为是专门开发出来用于处理gff

我们在做生物分析的时候,经常会碰到GFF格式的文件以及GTF格式的注释文件.他们有着相似的名字,甚至连内容都极为相似~那么,他们究竟差在哪里呢? GFF全称为general feature format,这种格式主要是用来注释基因组. GTF全称为gene transfer format,主要是用来对基因进行注释. 数据结构 GTF文件以及GFF文件都由9列数据组成,这两种文件的前8列都是相同的(一些小的差别) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 reference sequence name

今天不小心把一个目标文件当成了可执行文件放到开发板上进行执行,结果出现了这样一个问题:./hello_qt: line 1: syntax error: word unexpected (expecting ")"),因为以前没有碰到过这事,一时间有点蒙,就是一个简单的hello world按道理不会有问题才对.于是google了一下,原来是一个小小的-c编译选项搞得鬼.顺带也扩展学习总结了一下. arm和pc上执行目标文件的区别 一般来说,gcc -c选项编译出来的目标文件是不可执行

C编程的基本策略是, 用程序把源代码文件转换为可执行文件(其中包含可直接运行的机器语言代码). 典型的C实现通过编译和链接两个步骤来完成这一过程. 编译器把源代码转换成中间代码, 链接器把中间代码和其他代码合并, 生成可执行文件. C 使用这种分而治之的方法方便对程序进行模块化, 可以独立编译单独的模块, 稍后再用链接器合并已编译的模块. 通过这种方式, 如果只更改某个模块, 不必因此重新编译其他模块. 另外, 链接器还将你编写的程序和预编译的库代码合并. 中间文件有多种形式. 我们在这里描述的

编译多个源代码文件会生成多个目标文件,每个目标文件都包含一个源文件的机器码和相关数据的符号表.除非使用-c选项指示 GCC 只编译不链接,否则 GCC 会使用临时文件作为目标文件输出: $ gcc -c main.c $ gcc -c func.c 这些命令会在当前目录中生成两个目标文件,分别是 main.o 和 func.o.把两个源文件名放在同一个 GCC 命令中,也可以获得同样的结果: $ gcc -c main.c func.c 然而,实际上编译器通常每次只会被调用来完成一件小型任务.大

Makefile的工作流程 http://c.biancheng.net/view/7091.html Makefile文件是什么? 我们教程主要是讲的是 Makefile .很多 Linux(Unix) 做开发的初学者不了解 Makefile 是什么,甚至大部分 Windows 开发工程师对 Makefile 都特别陌生.这个其实很正常,如果你是在 Windows 下作开发的话不需要去考虑这个问题,因为 Windows 下的集成开发环境(IDE)已经内置了 Makefile,或者说会自动生成

转录组分析---Hisat2+StringTie+Ballgown使用 (2016-10-10 08:14:45) 转载▼ 标签: 生物信息学 转录组   1.Hisat2建立基因组索引: First, using the python scripts included in the HISAT2 package, extract splice-site and exon information from the gene annotation file:   $ extract_splice_

HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据 本文总阅读量次2017-05-26 HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据思路如下: 数据质控 将RNA-seq的测序reads使用hisat2比对 samtools将sam文件转成bam,并且排序,为下游分析做准备 stringtie对每个样本进行转录本组装 stringtie 将所有样本的转录本进行合并 注意:此处的mergelist.txt是自己创建的 计算表达量并且为Ballgown包提供输入文件

转录组的组装Stingtie和Cufflinks Posted: 十月 18, 2017  Under: Transcriptomics  By Kai  no Comments 首先这两款软件都是用于基于参考基因组的转录组组装,当然也可用于转录本的定量.前者于2016年的 protocol上发表的转录组流程HISAT, StringTie and Ballgown后被广泛使用,后者则是老牌的RNA分析软件了.在算法上来说Stringtie使用的是流神经网络算法,Cufflinks则是吝啬算法:

目录 流程使用 问题 记录下braker2的使用要点,以备忘记. 流程使用 braker2有很多流程,根据你的数据:组装的基因组.转录组.蛋白(同源,包括近缘或远缘)选择不同流程,官网有说明: https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER 现在的动植物组装,大多数都含有以上三类数据吧,因此可选择如下流程,用公共数据库OrthoDB中的直系同源蛋白,根据自己的物种选择,有动物植物微生物等,如我选择植物就有300多万条序列. 作者指出,braker2并非证据越多越

http://www.fungenomics.com/article/30 [专题]基因组学技术专题(二)-- 为什么说FPKM/RPKM是错的 下载数据 wget是linux下一个从网络上自动下载文件的常用自由工具.它支持HTTP,HTTPS和FTP协议,可以使用HTTP代理.一般的使用方法是: wget + 空格 + 参数 + 要下载文件的url路径,例如: 1wget http://www.linuxsense.org/xxxx/xxx.tar.gz Wget常用参数 -b:后台下载,W

作业要求: 实现这个功能的软件也很多,还是烦请大家先自己搜索几个教程,入门请统一用htseq-count,对每个样本都会输出一个表达量文件. 需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵.参考:生信编程直播第四题:多个同样的行列式文件合并起来 对这个表达矩阵可以自己简单在excel或者R里面摸索,求平均值,方差. 看看一些生物学意义特殊的基因表现如何,比如GAPDH,β-ACTIN等等. [1]安装计数软件:htseq-count # conda安装 $ conda install -c bioconda

转载:https://mp.weixin.qq.com/s/xsL9GuLs7b3nRF8VeRtinQ 建立在高通量测序基础上的微生物群落研究,当前主要有三大类:基于16S/18S/ITS等扩增子做物种分类的Metataxanomics.鸟枪法打断全基因组DNA序列的Metagenomics和基于mRNA信息的宏转录组方法Meta-transcriptomics. 16S,也即是我们通常所说的微生物多样性,是一种相对快速和经济适用的方法,但是PCR导致了偏好的产生,这就降低了注释准确度.此外,