目前有很多的数据库都存储了蛋白序列,比如NCBI Refseq, protein, swissprot 等,在各个数据库之间,或者是在某个数据库中,蛋白序列有大量冗余:为了方便使用,ncbi 构建了nr 库, 全称是 RefSeq non-redundant proteins: Non-redundant protein sequences from GenPept,  Swissprot, PIR, PDF, PDB, and NCBI RefSeq 完整的nr 数据库的蛋白序列和预先构建好的

最近学习研究了一下Java中关于公平锁与非公平锁的底层实现原理,总结了一下. 首先呢,通过其字面意思,公平与非公平的评判标准就是付出与收获成正比(和社会中的含义差不多一个意思).放到程序中,尤其是 在多线程环境,线程获取资源(CPU\内存\网络等等)的时序与其所再此资源上消耗的等待时间成正比,亦即我等的时间越长,获取 该资源的时序越短.(和上学时排队打饭一个道理).公平锁这个样子,那非公平锁,简单来说也就是插队.(不过,Java实现还是有些差别的, 稍后会重点说明) Java中关于公平锁与非公平

VisualStudio中自带有Profile工具进行性能性能分析,其中用得比较多的数据是函数调用时间,它主要有独占样本数和非独占样本数两个指标,关于这两个指标代表的意义,MSDN的解释比较文艺: 非独占样本数: 为函数收集的性能数据的总数,其中包括该函数调用的其他函数的性能数据. 非独占转换次数: 在此函数(包括此函数调用的函数)的所有实例中发生操作系统(转换)事件的次数. 其它性能数据解释可以参看:http://msdn.microsoft.com/zh-cn/library/ms24274

fasta格式 在生物信息学中,FASTA格式(又称为Pearson格式),是一种基于文本用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式.在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来编码,且允许在序列前添加序列名及注释. 格式 序列文件的第一行是由大于号">"或分号";"打头的任意文字说明(习惯常用">"作为起始),用于序列标记.从第二行开始为序列本身,只允许使用既定的核苷酸或氨基酸编码符号(参见下表).通常核苷酸符号大小写均可,而氨基酸常用大写字母

------------------------------- Long noncoding RNAs are rarely translated in two human cell lines. (蛋白,多肽) Bánfai B, Jia H, Khatun J, Wood E, Risk B, Gundling WE Jr, Kundaje A, Gunawardena HP, Yu Y, Xie L, Krajewski K, Strahl BD, Chen X, Bickel P, Gi

基于python的opcode优化和模块按需加载机制研究(学习与思考) 姓名:XXX 学校信息:XXX 主用编程语言:python3.5 个人技术博客:http://www.cnblogs.com/Mufasa/ 文档转换为PDF有些图片无法完全显示,请移步我的博客查看 完成时间:2019.03.06 本项目希望您能完成以下任务: - 优化python字节码解析代码,从底层提升python脚本运行效率:(底层.编译器.虚拟机) - 基本思路可以统计游戏常用opcode指令,进行类似opcode合

正交缺陷分类法(ODC)是一种用于分析软件缺陷的归类方法.它可以结合软件开发过程的一系列数据分析技术,为测试组织提供了一个强大的针对开发过程和软件产品的评估方法.在本篇文章中,会列举三个案例研究来说明如何使用ODC改善我们的软件测试. 第一个案例描述一个团队如何开发一个高质量的.成熟的产品,并以此来达到他们在测试策略所制定的减少区域缺陷的目标.第二个案例是一个中间件软件项目,他 们通过ODC确定需要加强的系统测试的范围.第三个案例则描述了一个小型团队,在测试策略不够充分的情况下,他们是如何认识到

目录 1.准备本地数据库文件 1.1 NR库下载 1.2 Taxonomy数据库下载 2.按物种拆分NR库 2.1 第一步:获得Aceesson和分类物种的对应关系 2.2 第二步:获得分类物种的序列 2.3 第三步:建库和比对 1.准备本地数据库文件 NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库,是所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列.Taxonomy物种分类数据库,包括大于7万余个物种的名字和系谱,这些物种都至

http://blog.csdn.net/a2331046/article/details/52294006 在ios4以前,只有非并发的情况下,队列会为operation开启一个线程来执行.如果是并发的情况,operation需要自己创建一个线程来执行.所以说,NSoperation的并发和非并发不是传统意义上的串行和并行. 但是在ios4以后,不管是并发还是非并发,队列都会为operation提供一个线程来执行.所以isConcurrent这个变量也就没有用处了. 但是,这里还设涉及到了两个

awk中NF和NR的意义,其实你已经知道NF和NR的意义了,NF代表的是一个文本文件中一行(一条记录)中的字段个数,NR代表的是这个文本文件的行数(记录数).在编程时特别是在数据处理时经常用到.建议你看看有关awk编程方面的资料,这可是一个功能非常强大的工具. 看个例子: cal 9 2003 September 2003            # NR=1;NF=2 Su Mo Tu We Th Fr Sa         # NR=2;NF=7 1  2  3  4  5  6       

阻塞:一般的I/O操作可以在新建的流中运用.在服务器回应前它等待客户端发送一个空白的行.当会话结束时,服务器关闭流和客户端socket.如果在队列中没有请示将会出现什么情况呢?那个方法将会等待一个的到来.这个行为叫阻塞.accept()方法将会阻塞服务器线程直到一个呼叫到来.当5个连接处理完闭之后,服务器退出.任何的在队列中的呼叫将会被取消. 非阻塞:非阻塞套接字是指执行此套接字的网络调用时,不管是否执行成功,都立即返回.比如调用recv()函数读取网络缓冲区中数据,不管是否读到数据都立即返回,

阻塞:一般的I/O操作可以在新建的流中运用.在服务器回应前它等待客户端发送一个空白的行.当会话结束时,服务器关闭流和客户端socket.如果在队列中没有请示将会出现什么情况呢?那个方法将会等待一个的到来.这个行为叫阻塞.accept()方法将会阻塞服务器线程直到一个呼叫到来.当5个连接处理完闭之后,服务器退出.任何的在队列中的呼叫将会被取消. 非阻塞:非阻塞套接字是指执行此套接字的网络调用时,不管是否执行成功,都立即返回.比如调用recv()函数读取网络缓冲区中数据,不管是否读到数据都立即返回,

Abstract SSD(Solid State Drive),因其超高的读写性能,以及价格的走低趋势逐渐占据市场,为人们带来更好的用户体验,也为企业级的高并行业务需要提供了一定支持,近几年来SSD的应用越来越广泛.随着数据量的增大,2D NAND flash 芯片已经无法满足大规模的存储需要,3D 结构SSD应运而生,这里面涉及到用户的请求分配问题,传统的排队算法是基于2D闪存的,没有体现3D闪存的层速度差异特征,这样现有算法的有效性降低,性能降低.本项目提出一种新的排队算法,在请求时间评估时

https://mp.weixin.qq.com/s/5NWvdK3T2X4dtyRqtNrBbg   13hope: 个人理解,Verilog本身只是“建模”语言.具体到阻塞/非阻塞,只规定了两种赋值语句的行为.所以无论怎么写,仿真器和综合器都不会报错.但是存在两个问题,所描述的行为是否有物理电路与之对应:电路行为在仿真阶段和综合后是否一致. 像是电平敏感always快内使用多个多个非阻塞赋值就没有意义,仿真结果不可信   wjcdx: > 个人理解,Verilog本身只是“建模”语言.  

GlimmerHMM指南 官方用户手册 GlimmerHMM是一种De novo的新基因预测软件. 新基因发现基于Generalized Hidden Markov Model (GHMM). GlimmerHMM把一个基因看做几种特征序列(状态)的有序切换,这些特征序列包括内含子,基因间隔区,四种外显子(第一个外显子,中间的外显子,最后一个外显子,唯一的外显子),切换的过程形成马尔科夫链. 特征序列内部序列基于Nth-order interpolated Markov models (IMM)

Atitit 图像处理和计算机视觉的分类 三部分 图像处理 图像分析 计算机视觉 1.1. 按照当前流行的分类方法,可以分为以下三部分:三部分 图像处理 图像分析 计算机视觉1 1.2. 图像处理需要的理论基础(数学,信号处理,3. 模式识别 图像处理与计算机视觉)2 1.2.1. 1. 数学2 1.2.2. 2. 信号处理3 1.3. 四. 图像处理与分析3 1.3.1. 1. Bilateral Filter3 1.3.2. 2. Color4 1.3.3. 3. Compression a

参考:产品手册 PacBio三代全长转录组有什么优势? 近年来,随着高通量测序技术的发展,转录组测序已经成为研究基因表达调控的主要手段.但二代的转录本重构准确率很低,三代可以直接得到全长转录本,无需组装.可改善基因表达定量结果,发现新的基因和转录异构体,鉴定可变剪切及基因融合现象. Google第一个就是官网介绍,可以立马理解Iso-Seq的字面意思了. Iso-Seq 就是 isoform sequencing,中文就是同源异构体测序,其实也是一种 RNA 测序技术. The challeng

转载来源:http://blog.csdn.net/fengbingchun/article/details/50087005 这篇文章主要是为了对深度学习(DeepLearning)有个初步了解,算是一个科普文吧,文章中去除了复杂的公式和图表,主要内容包括深度学习概念.国内外研究现状.深度学习模型结构.深度学习训练算法.深度学习的优点.深度学习已有的应用.深度学习存在的问题及未来研究方向.深度学习开源软件. 一.            深度学习概念 深度学习(Deep Learning, DL

  一.数据挖掘 数据挖掘是运用计算机及信息技术,从大量的.不全然的数据集中获取隐含在当中的实用知识的高级过程.Web 数据挖掘是从数据挖掘发展而来,是数据挖掘技术在Web 技术中的应用.Web 数据挖掘是一项综合技术,通过从Internet 上的资源中抽取信息来提高Web 技术的利用效率,也就是从Web 文档结构和试用的集合中发现隐含的模式. 数据挖掘涉及的学科领域和方法非常多,有多种分类法. (1)依据挖掘对象分:关系数据库.面向对象数据库.空间数据库.时序数据库.DNA 数据库.多媒体数据

  一.数据挖掘 数据挖掘是运用计算机及信息技术,从大量的.不全然的数据集中获取隐含在当中的实用知识的高级过程.Web 数据挖掘是从数据挖掘发展而来,是数据挖掘技术在Web 技术中的应用.Web 数据挖掘是一项综合技术,通过从Internet 上的资源中抽取信息来提高Web 技术的利用效率,也就是从Web 文档结构和试用的集合中发现隐含的模式. 数据挖掘涉及的学科领域和方法非常多.有多种分类法. (1)依据挖掘对象分:关系数据库.面向对象数据库.空间数据库.时序数据库.DNA 数据库.多媒体数据

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