前面我们已经学习了单细胞转录组分析的:使用Cell Ranger得到表达矩阵和doublet检测,今天我们开始Seurat标准流程的学习.这一部分的内容,网上有很多帖子,基本上都是把Seurat官网PBMC的例子重复一遍,这回我换一个数据集,细胞类型更多,同时也会加入一些实际分析中很有用的技巧. 1. 导入数据,创建Seurat对象 library(Seurat) library(tidyverse) testdf=read.table("test_20210105.txt",head

今天的内容讲讲单细胞文章中经常出现的展示细胞marker的图:tsne/umap图.热图.堆叠小提琴图.气泡图,每个图我都会用两种方法绘制. 使用的数据来自文献:Single-cell transcriptomics reveals regulators underlying immune cell diversity and immune subtypes associated with prognosis in nasopharyngeal carcinoma. 去年7月发表在Cell Re

在上一篇中,我已经讲解了展示marker基因的前两种图形,分别是tsne/umap图.热图,感兴趣的读者可以回顾一下.这一节我们继续学习堆叠小提琴图和气泡图. 3. 堆叠小提琴图展示marker基因 相比于其他可视化形式,小提琴图可以更直观地展示某一类亚群的某一个基因的表达分布情况.我的marker基因一共选了12个,下面来画图: Seurat内置的VlnPlot函数可以直接画, library(xlsx) markerdf2=read.xlsx("ref_marker2.xlsx",

1. 起因 之前的代码(单细胞分析实录(17): 非负矩阵分解(NMF)代码演示)没有涉及到python语法,只有4个python命令行,就跟Linux下面的ls grep一样的.然鹅,有几个小伙伴不会命令行,所以我决定再改写一下,把命令行都放到R下面运行. 2. 尝试 2.1 一开始,我的想法是教大家在R里面调用python,需要提前下载好anaconda和一些python包 然而想了想在Windows上安装python包可能对大家不是很友好,有些包很难装,我之前也弄了很久.考虑到这次更新是针

最近Cell Systems杂志发表了一篇针对现有几种检测单细胞测序doublet的工具的评估文章,系统比较了常见的例如Scrublet.DoubletFinder等工具在检测准确性.计算效率等方面的优劣,以及比较了使用不同方法去除doublet后对下游DE分析.轨迹分析的影响. 现有的检测方法,基本都会先构造出虚拟doublet,然后将候选droplet与这些虚拟doublet比较,很相似的那些就定义为doublet.这里的虚拟doublet是通过随机组合两个(类)细胞的表达值得到的虚拟的do

发表时间:2019年4月 IF:3.950 单位: 威斯康星医学院生物化学系 威斯康星医学院生物医学质谱研究中心 物种:人(人体肾脏细胞和蛋白) 技术:肽段清理 一. 概述:(用精炼的语言描述文章的整体思路及结果) 肽段清理对于去除在自下而上(也称为鸟枪法)蛋白质组工作流程中样品制备阶段可能引入的污染物很重要.近些年的研究表明在去除洗涤剂和聚合物污染时,相较于传统的反相洗涤方法,使用羧酸盐修饰的顺磁颗粒有多种益处.但是,也面临实验结果可重复与否的挑战,实验的可重复性限制了这种方法在实验室的广泛实

Profiling GPU Rendering Walkthrough 1.In this document Prerequisites Profile GPU Rendering $adb shell dumpsys gfxinfo You should also read Debug GPU Overdraw Walkthrough Hierarchy Viewer Walkthrough This walkthrough shows how to use Profile GPU Rende

Cell Ranger是一个"傻瓜"软件,你只需提供原始的fastq文件,它就会返回feature-barcode表达矩阵.为啥不说是gene-cell,举个例子,cell hashing数据得到的矩阵还有tag行,而列也不能肯定就是一个cell,可能考虑到这个才不叫gene-cell矩阵吧~它是10xgenomics提供的官方比对定量软件,有四个子命令,我只用过cellranger count,另外三个cellranger mkfastq.cellranger aggr.cellra

CVPR2020:点云分析中三维图形卷积网络中可变形核的学习 Convolution in the Cloud: Learning Deformable Kernels in 3D Graph Convolution Networks for Point Cloud Analysis 论文地址: https://openaccess.thecvf.com/content_CVPR_2020/papers/Lin_Convolution_in_the_Cloud_Learning_Deformab

之前写过三篇和CNV相关的帖子,如果你做肿瘤单细胞转录组,大概率看过: 单细胞分析实录(11): inferCNV的基本用法 单细胞分析实录(12): 如何推断肿瘤细胞 单细胞分析实录(13): inferCNV结合UPhyloplot2分析肿瘤进化 其中,第三篇帖子里面有两个注释代码,可以在基因和染色体长短臂两个层面对CNV做注释 这次对tree_anno.R代码做了更新,简单来说就是对原始CNV region的长度做了限制,最后的结果会输出更少更明显的CNV 之前在我这里拿过代码的读者如果需

//************************************ // 方法说明:    显示JPG和GIF.BMP图片 // 参数说明:    CDC * pDC           设备环境对象 // 参数说明:    CString strPath     要显示的图片路径 // 参数说明:    int x               要显示的X位置 // 参数说明:    int y               要显示的Y位置 // 返回值:      BOOL      

CHM即“已编译的帮助文件”,主要由.hhc(目录文件)..hhk(索引文件)以及相应的帮助主题文件(.html,.htm)这些内容编译而成. 方法对比 在网页中显示CHM内容,大致有以下几种办法: 使用某些工具来反编译,把CHM文件还原成以上相关的文件,并通过hhc文件来列出目录,内容链接到相应的html文件 依然是反编译这些文件,把相关目录及html文件内容直接存到数据库中 直接解析chm文件 这些方法有优点也有缺点: 方法1的优点是方便快捷:缺点也很明显,分散的html不便于管理也不利于搜

在logcat中显示信息可以用Log.v() Log.d() Log.i() Log.w() 以及 Log.e() 1.Log.v 的调试颜色为黑色的,任何消息都会输出: 2.Log.d的输出颜色是蓝色的,仅输出debug调试的意思,但他会输出上层的信息,过滤起来可以通过DDMS的Logcat标签来选择: 3.Log.i的输出为绿色,一般提示性的消息information,它不会输出Log.v和Log.d的信息,但会显示i.w和e的信息: 4.Log.w的意思为橙色,可以看作为warning警告

JavaScript中的各种宽高以及位置总结 在javascript中操作dom节点让其运动的时候,常常会涉及到各种宽高以及位置坐标等概念,如果不能很好地理解这些属性所代表的意义,就不能理解js的运动原理,同时,由于这些属性概念较多,加上浏览器之间 实现方式不同,常常会造成概念混淆,经过研究之后,这里来进行一个总结. 第一部分:DOM对象 1.1只读属性 所谓的只读属性指的是DOM节点的固有属性,该属性只能通过js去获取而不能通过js去设置,而且获取的值是只有数字并不带单位的(px,em等),如

一.需求描述 dedeCMS自带的模板中有互动中心模块,如下图所示: 由于会员登陆对我来说不是网站的重要模块且默认DedeCMS的会员中心模块的初始化很慢,常会显示“正在载入中,请稍候...”, 所以不想让它出现在首页上,而是想在顶层banner中显示自定义登录信息,如下图所示: 二.原理分析 我们来分析一下DedeCSM自带的模板是怎么实现会员中心及登录信息显示的内容的: 1.index.htm中定义了用户名密码模块: <dd id="uc_member" > <d

上个月对一个小项目的效果进行改进,时间紧,只有不到一周的时间,所以思考了一下就用了最简单的方法来做,跟大家分享一下(项目场景用的类似的场景) 项目场景:分析一个产品的竞品,譬如app的竞品.网站的竞品等等 项目分析:简单来说就是竞品分析,竞品分析有很多比较成熟的方法,但是我认为,竞品分析其实和推荐有着很大的相关性.譬如我要分析一个技术网站的竞品有哪些,通俗点说,就是看一个用户经常访问哪些网站.不同类的用户访问网站的偏好是什么.在同类技术网站里与之定位想进,用户人群相似的网站有哪些等等.抽象来看,

上个月对一个小项目的效果进行改进,时间紧,只有不到一周的时间,所以思考了一下就用了最简单的方法来做,效果针对上一版提升了5%左右,跟大家分享一下(项目场景用的类似的场景) 项目场景:分析一个产品的竞品,譬如app的竞品.网站的竞品等等 项目分析:简单来说就是竞品分析,竞品分析有很多比较成熟的方法,但是我认为,竞品分析其实和推荐有着很大的相关性.譬如我要分析一个技术网站的竞品有哪些,通俗点说,就是看一个用户经常访问哪些网站.不同类的用户访问网站的偏好是什么.在同类技术网站里与之定位想进,用户人群相

在shell脚本编写中,echo用于输出字符串等提示信息,当我们需要格外显示色彩及闪烁效果如下: 一.在执行shell中显示色彩: 语法格式: echo -e "\033[颜色1:颜色2m 要展示的文字 \033[0m" 说明: -e选项:表示允许反斜杠(对字符)转义. \033[颜色1:颜色2m:称为转义序列,它本身是一个整体,中间不要有空格. \033[:转义序列的开始.其中\033代表Esc符号,也可以使用\E或\e来代替. 颜色1和颜色2:表示字体的前景色或背景色,至于颜色1和

win10的cmd中显示:telnet不是内部或外部命令也不是可运行的程序或批处理? 摘录自:https://blog.csdn.net/haijing1995/article/details/66475546 telnet命令? telnet命令用于登录远程主机,对远程主机进行管理. 举个栗子:在cmd中运行telnet  localhost  8431  也就等同于在浏览器中输入localhost:8431 telnet 127.0.0.1 11211 用于连接 memcached 问题分析

转自脚本之家: 这篇文章主要介绍了JS实现alert中显示换行的方法,实例分析了两种实现alert换行的实现技巧,非常简单实用,需要的朋友可以参考下 本文实例讲述了JS实现alert中显示换行的方法.分享给大家供大家参考,具体如下:先来介绍一种比较复杂的方法,但这种方法使用起来对所有型号的浏览器都能任意分辨: //浏览器类型判定 function getOs() {   ) {      return "IE"; //InternetExplor   }   ){      retur