3D slicer 分割体积大小

2024-10-31

3D Slicer中文教程（四）—图像分割

1.数据获取 (1)下载3D Slicer自带的样本数据 (2)选择自由的数据 (3)网上数据库等其他方式下载数据 2.分割工具 Segment Editor是一个用于分割的模块.细分(也称为轮廓)描绘感兴趣的结构.一些工具模仿像Photoshop或者gimp这样的绘画界面,但是可以在三维数组体素上而不是二维像素上工作.改进module_editor模块后的新模块.编辑器包含许多相同的功能和更多新功能,包括:交替细分,2D和3D视图中的显示,每段可视化选项,3D视图编辑,通过在几个切片上插值或外

3D Slicer中文教程（八）—导出STL文件

一.STL文件简介 STL(立体平版印刷术的缩写)是由3D Systems创建的立体平版印刷CAD软件原生的文件格式STL有“标准三角语言”和“标准镶嵌语言”等几个事后回溯.这种文件格式是由许多其他软件包支持的;它被广泛用于快速成型,3D打印和计算机辅助制造.STL文件只描述三维物体的表面几何图形,没有任何颜色,纹理或其他常见CAD模型属性的表示. STL格式指定了ASCII和二进制表示.二进制文件更常见,因为它们更紧凑. STL文件使用三维笛卡尔坐标系统,通过三角形的单位法线和顶点(按右手规则

3D Slicer中文教程（七）—图像中值滤波

1.中值滤波概念中值滤波是对一个滑动窗口内的诸像素灰度值排序,用其中值代替窗口中心象素的原来灰度值,它是一种非线性的图像平滑法,它对脉冲干扰级椒盐噪声的抑制效果好,在抑制随机噪声的同时能有效保护边缘少受模糊.中值滤波可以过滤尖峰脉冲.目的在于我们对于滤波后的数据更感兴趣.滤波后的数据保留的原图像的变化趋势,同时去除了尖峰脉冲对分析造成的影响. 以一维信号的中值滤波举例.对灰度序列80.120.90.200.100.110.70,如果按大小顺序排列,其结果为70.80.90.1000.110.1

3D Slicer中文教程（六）—调用matlab函数（MatlabBridge使用方法）

1.安装MatlabBridge插件 (1)在工具栏找到Extension,点击进入Extension Manager (2)找到MatlabBridge,安装 2.配置MATLAB环境 (1)在模块处找到Developer Tools——Matlab——Matlab Modules Generator (2)在Matlab executable处配置matlab.exe的路径(请确保计算机上安装有matlab,并且可以找到matlab.exe文件的位置):Matlab script direc

3D Slicer中文教程（五）—三维视图颜色改变

3D Slicer在分割后三维重建的图像,效果很好,但是存在一定的不足,默认的颜色并不是很合适,这时手动设置三维视图下的需要的颜色就很有必要了.如下图所示,默认的三维重建后的颜色. 这样的颜色显然不是颅骨正常的颜色,需要设置颜色,设置步骤如下: (1)模块选择窗口——Segment Editor (2)点击图中1位置Logical Operators,点击2位置的颜色块 (3)得到下图所示窗口,选择Tissue(数字标签1)——Bone(数字标签2)——颜色设置位置(数字标签3)——确定即可 (

3D Slicer中文教程（三）—数据加载及保存方式

1.打开数据与保存数据 (1)打开数据 ——可以将数据拖拽到3D Slicer应用窗口或者从菜单栏工具栏打开. ——多种方式加载大量数据. 有关DICOM数据,请参阅DICOM模块文档. 对于几乎所有其他(包括场景),您可以使用添加数据对话框. 有关支持的数据格式的列表,请参阅此列表. 请注意,仅部分支持列出的某些格式. ——对于一些更复杂的格式(特别是DWI),建议首先使用DICOM到nrrd转换器将DICOM数据转换为nrrd格式,然后将nrrd文件加载到Slicer中. 许多供应商正在使用

3D Slicer中文教程（一）—下载及安装方法

3D Slicer是用于医学图像信息学,图像处理和三维可视化的开源软件平台. 通过国家卫生研究院和全球开发人员社区的支持,二十多年来,Slicer为医生,研究人员和公众提供了免费,强大的跨平台加工工具.在多种医疗应用中,包括孤独症,多发性硬化,系统性红斑狼疮,前列腺癌,精神分裂症,矫形生物力学,COPD,心血管疾病和神经外科应用. 3D Slicer作为1998年布里格姆妇女医院外科规划实验室和麻省理工学院人工智能实验室的硕士论文项目开始.3D Slicer版本2已经下载了几千次. 2007年,

3D Slicer Hide 3D Cube and Axis Labels Programmatically 使用代码隐藏三维视图中的方框和坐标轴标签

在3D Slicer中,我们如果想在自己写的插件中来修改三维视图中的默认设置的话,那么首先就需要获得三维视图的结点,其类型为vtkMRMLViewNode,获得了这个结点后,我们就可以用代码来修改一系列属性了,比如隐藏方框和坐标轴标签等.这里我们通过使用系统函数getNode()来获得三维视图节点,需要注意的是,这里的视图结点的名字是vtkMRMLViewNode1,那么代码如下: viewNode = slicer.util.getNode('vtkMRMLViewNode1') viewNo

使用3D Slicer进行颅骨去除

关于3D Slicer的下载.安装及模块安装在上一篇博客中以及介绍过,以下将专注于使用3D Slicer进行颅骨去除准备此次,我们需要安装SwissSkullStripper模块,安装后需要重启软件才能使用该模块使用SwissSkullStripper模块,如图划线部分,点击Help,会出现蓝色链接,点击可进入官网在官网界面,我们可以看到两个下载链接,这两个图谱文件(atlas image.atlas brain mask)是我们进行接下来操作需要使用的下载下来之后把它们保存在无中文名

使用3D Slicer对图像进行配准

在进行深度学习之前,我们需要图像进行一些预处理操作,其中配准是很重要的一环,以下将介绍使用软件3D Slicer来进行图像配准 3D Slicer是(1)一个软件平台,用以图像分析(包括配准和实时编辑),图像可视化以及图像引导治疗:(2)是一个免费.开源软件,并适用于Linux.MacOSX和windows操作系统:(3)拥有强大的可扩展性,可以通过模块嵌入方式来增加新的功能和应用.3D slicer的主要特征有:(1)适用于从头到脚的各个组织器官:(2)兼容MRI.CT.US(超声).核医学以

3D Slicer Reconstruct CT/MRI

3D Slicer Reconstruct CT/MRI 1. Load DCM file of your CT/MRI 2. Go to Volume Rendering, click the eye button to show volume 3. Go to Editor -> Threshold Effect -> Change Threshold (only include the head) -> Apply 4. Go to Editor - > Make Model

3D Slicer Programmatically Set Slice Offset and Intersections 用代码修改Slicer中的切片偏移和交叉点显示

在3D Slicer中,当我们导入.mha/.mhd等格式的volume文件后,那么我们就可以在Axial, Sagittal, Coronal三个方向来观察我们的MRI或者CT的图像了.3D Slicer界面提供了很多交互的功能,比如正上方就有一个滑动条slider,可以用来滑动切片观察,如果我们不想手动来滑动slider,而是通过事件触发,或者其他功能来触发时,那么我们就是要通过代码来对切片进行交互.Slicer的用户界面是Qt写的,所有我们能通过用户交互触发的功能,都可以通过代码来触发.我

3D Slicer Modify Mouse Event 修改3D Slicer中的鼠标响应事件

在3D Slicer中,我们如果想在自己写的插件中来修改默认的鼠标响应事件的话,就需要先将原有的响应事件链接删除,然后建立自定义的响应事件链接,然后将自己要实现的功能写在响应事件函数中. 比如Slicer中默认的鼠标左键拖拽,是任意旋转视图中的Camera,默认中的滑轮操作是拉远和拉近视图摄像机,默认的鼠标右键操作也是拉远和拉近视图摄像机的操作.这样滑轮就和鼠标右键的功能重复了,我们可以让鼠标右键实现其他的功能.比如在模型的Pitch, Yaw, Roll三个旋转方向上(其实旋转的只是试图中的摄

3D Slicer 4.7.0 VS 2010 Compile 编译

花了将近一周的时间的,终于在VS2010成功的编译了最新版的3D Slicer 4.7.0,感觉快要崩溃了.Slicer用了20多个外部的库,全都要一起编译,完整编译一次起码要七八个小时,光VS的Output输出窗口有十万多行,复制到txt中,文本内容居然有26MB之多,可怕!经过台式机和笔记本分别进行多次编译,出错,改错,再编译,再出错,再改错...总共编译了有二三十次,终于在台式机上成功了编译了Slicer,感觉眼泪都要掉下来了,下面整理下成功编译的心得,希望给他人开路,不要再像博主这样无数

Atitit.mssql 数据库表记录数and 表体积大小统计

Atitit.mssql 数据库表记录数and 表体积大小统计 1. EXEC sp_MSforeachtable "EXECUTE sp_spaceused '?'" 最后一种方法是利用隐藏未公开的系统存储过程sp_MSforeachtable CREATE TABLE #temp (TableName VARCHAR (255), RowCnt INT) EXEC sp_MSforeachtable 'INSERT INTO #temp SEL

使用 JavaScript自定义函数计算出教室的体积大小，其中教室的长、宽、高分别为 8 米、5 米、3 米

查看本章节查看作业目录需求说明: 使用 JavaScript自定义函数计算出教室的体积大小,其中教室的长.宽.高分别为 8 米.5 米.3 米实现思路: 创建 HTML 页面在页面的 <body> 标签中定义计算体积的函数,并将计算的体积作为返回值返回出来调用计算体积的函数,并将 8.5 和 3 作为 3 个参数传递到函数中实现代码: <body> <script type="text/javascript"> // 使用自定义函数 fu

3D Slicer中文教程（二）—软件功能界面介绍

1.界面介绍 2.菜单及工具栏介绍 (1)菜单 File-文件菜单文件菜单包含用于加载MRML场景的选项,用于从互联网下载样本数据集或各种类型的各个数据集.此处还提供了保存场景和数据的选项. Edit-编辑菜单包含一个提升应用程序设置界面的选项.此界面允许用户自定义其Slicer的安装. “编辑 - >应用程序设置”可用于包含或禁止各种模块,自定义Python Interactor的外观,选择自定义字体,指定临时目录以及完成其他自定义.此外,还包含复制.粘贴,截切功能 View-查看菜单此

[sql]生产库全备/mysql库体积大小查看

将生产db全备到内网某机器两个思路: 1, 直接内网mysqldump导出. 因为阿里云的rds只有私网ip,所以办公网机器无法直接连到rds执行mysqldump 解决: 通过ssh tunnel连接内网ECS和RDS 2,先在ecs上mysqldump压缩,然后下载下来可以通过这些方式下载. rsync daemon rsync ssh scp sz 查看数据库大小 1.查看数据库的大小 use mydb; SELECT sum(DATA_LENGTH)+sum(INDEX_LENGTH

2020国防科大综述：3D点云深度学习——综述（3D点云分割部分）

目录摘要 1.引言: 2.背景 2.1 数据集 2.2评价指标 3.3D点云分割 3.1 3D语义分割 3.1.1 基于投影的方法多视图表示球形表示 3.1.2 基于离散的方法稠密离散表示稀疏的离散表示 3.1.3 混合方法 3.1.4 基于点的方法逐点MLP方法点卷积方法基于RNN方法基于图方法 3.2 实例分割 3.2.1 基于候选框的方法 3.2.2 不需要候选框的方法 3.3 部件分割 3.4 总结 4. 结论 3D点云深度学习:综述(3D点云分割部分) Deep Le

CVPR2020论文解读：三维语义分割3D Semantic Segmentation

CVPR2020论文解读:三维语义分割3D Semantic Segmentation xMUDA: Cross-Modal Unsupervised Domain Adaptation for 3D Semantic Segmentation 摘要无监督域自适应(UDA)对于解决新域中缺少注释的问题至关重要.有许多多模态数据集,但大多数UDA方法都是单模态的.在这项工作中,我们探索如何从多模态学*,并提出跨模态UDA(xMUDA),其中我们假设存在二维图像和三维点云进行三维语义分割.这是一

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