实验材料 构建的群体,或自然群体,如各地方品种. RAD文库构建 提取DNA后,构建文库,简要步骤如下: ① 限制性内切酶TaqI酶切: ② 连接P1接头: ③ DNA随机打断片断化: ④ 目的片段回收与末端修复: ⑤ 连接P2接头: ⑥ RAD片段富集: ⑦ 上机测序. 参考:Rapid and cost-effective polymorphism identification and genotyping using restriction site associated DNA (RAD

转载:http://www.plob.org/2012/12/02/4927.html 一.序列文本的准备 构树之前先将目标基因序列都分别保存为txt文本文件中(或者把所有序列保存在同一个txt文本中,可以用">基因名称"作为第一行,然后重起一行 编辑基因序列),序列只包含序列字母(ATCG或氨基酸简写字母).文件名名称可以已经您的想法随意编辑. 二.序列导入到Mega 5软件 (1)打开Mega 5软件,界面如下 (2)导入需要构建系统发育树的目的序列 OK 选择分析序列类型(

目录 1.原理的区别 2.实操比较 UPGMA NJ法 保存树文件 更深理解 1.原理的区别 主要区别在于,非加权组平均法(UPGMA)是基于平均链接方法的聚集层次聚类方法,而邻接法(NJ)是基于最小演化准则的迭代聚类法. UPGMA的假定条件是:在进化过程中,每一世系发生趋异的次数相同,即核苷酸或氨基酸的替换速率是均等且恒定的. UPGMA生成有根树,而NJ生成无根树.由于UPGMA方法假定演化速率相等,因此分支末端相等,NJ方法允许不相等的演化速率,因此分支长度与变化量成正比. UPGMA示

1.树 需要注意的两点:n(n>=0)表示结点的个数,m表示子树的个数 (1)n>0时,树的根节点是唯一的. (2)m>0时,子树的个数没有限制. 结点的度和树的度 (1)结点的度是指结点拥有的子树数 (2)树的度是指树的各结点的度的最大值 树的深度(Depth) 树中结点的最大层次 1 / \ 2 3 /\ \ 4 5 6 此树的深度是3 树和图有什么区别? 树其实就是不包含回路的连通无向图.     上面这个例子中左边的是一棵树,而右边的是一个图.因为左边的没有回路,而右边的存在1-

题目传送门 题意:问n长度的序列,找出长度m的上升子序列的方案数. 分析:这个问题就是问:dp[i][j] = sum (dp[i-1][k]) (1 <= k <= n, a[k] < a[j]),当前长度i一层,最后下标j一层,之前的最后下标k一层,这样是n^3的复杂度.然后树状数组可以优化j,k的复杂度,就是j扫描一遍的同时,将a[j]的信息更新到树上,那么扫描就可以用 logn时间统计出k的信息,在这之前先对a[]离散化. /***************************

一.树状图 树状图是一种数据结构,它是由n(n>=1)个有限节点组成的具有层次关系的集合.因其结构看起来想个倒挂的树,即根朝上,叶子在下,故被称为"树". 特点: 1. 每个节点有零个或多个子节点 2. 没有父节点的节点称为根节点 3. 每个非根节点有且只有一个父节点 图示: 二.树的种类 1. 无序树:树中任意节点的子节点之间没有顺序关系,这种树也称为自由树. 2. 有序树:树中任意节点的子节点之间有顺序关系. 2.1 二叉树:每个节点最多含有两个子树的树称为二叉树. 2.1.

今天来看大家介绍树,树是一种非线性的数据结构,树是由n个结点组成的有限集合,如果n=0,称为空树:如果n>0,则:有一个特定的称之为根的结点,它只有直接后继,但没有直接前驱:除根以外的其他结点划分为m个互不相交的有限集合,每个集合又是一棵树,并且称之为根的子树. 如图 树的一些基本概念 l 树的结点包含一个数据以及若干指向子树的分支 l 结点拥有的子树数称为结点的度 u 度为0的结点称为叶结点 u 度不为0的结点称为分支结点 l 树的度定义为所有结点中的度的最大值 l 结点的直接后继称为该结点的

Trie树:应用于统计和排序 1. 什么是trie树 1.Trie树 (特例结构树)       Trie树,又称单词查找树.字典树,是一种树形结构,是一种哈希树的变种,是一种用于快速检索的多叉树结构.典型应用是用于统计和排序大量的字符串(但不仅限于字符串),所以经常被搜索引擎系统用于文本词频统计.它的优点是:最大限度地减少无谓的字符串比较,查询效率比哈希表高.      Trie的核心思想是空间换时间.利用字符串的公共前缀来降低查询时间的开销以达到提高效率的目的.      Trie树也有它的

ps:好久没用动手写blog了,要在这条路上不断发展,就需要不停的学习,不停的思考与总结,当把写blog作为一种习惯,就是自我成长的证明,Fighting!. 一.简介 树是一种重要的非线性数据结构,直观地看,它是数据元素(在树中称为结点)按分支关系组织起来的结构,很象自然界中的树那样.树结构在客观世界中广泛存在,如人类社会的族谱和各种社会组织机构都可用树形象表示.树在计算机领域中也得到广泛应用,如在编译源程序如下时,可用树表示源源程序如下的语法结构.又如在数据库系统中,树型结构也是信息的重要组

题目描述 如题,给定一棵有根多叉树,请求出指定两个点直接最近的公共祖先. 输入输出格式 输入格式: 第一行包含三个正整数N.M.S,分别表示树的结点个数.询问的个数和树根结点的序号. 接下来N-1行每行包含两个正整数x.y,表示x结点和y结点之间有一条直接连接的边(数据保证可以构成树). 接下来M行每行包含两个正整数a.b,表示询问a结点和b结点的最近公共祖先. 输出格式: 输出包含M行,每行包含一个正整数,依次为每一个询问的结果. 输入输出样例 输入样例#1: 5 5 4 3 1 2 4 5

因为该博客的两位作者瞎几把乱吹("￣︶￣)人(￣︶￣")用彼此的智慧总结出了两条全新的定理(高度复杂度定理.特异根特异树定理),转载请务必说明出处.(逃 Pass:anuonei,anuonei(臭不要脸学血小板),真的是瞎几把乱搞,我感觉大部分人都不需要这些东西吧,当初研究是因为看不懂别人的博客……还有,有些性质在dalao们看起来是相当显然,但我们真的不懂啊,讨论到深更半夜的说.定理都非严格证明,因为我们有点困了(逃).其实都是闹着玩的,主要是自己开心兴奋自豪懂了就好啦,还望大家都

树定义和基本术语定义树(Tree)是n(n≥0)个结点的有限集T,并且当n>0时满足下列条件:     (1)有且仅有一个特定的称为根(Root)的结点:     (2)当n>1时,其余结点可以划分为m(m>0)个互不相交的有限集T1.T2 .….Tm,每个集Ti(1≤i≤m)均为树,且称为树T的子树(SubTree).    特别地,不含任何结点(即n＝0)的树,称为空树.如下就是一棵树的结构:                 图1基本术语结点:存储数据元素和指向子树的链接,由数据元素

摘自Codeforces博客 With dsu on tree we can answer queries of this type: How many vertices in subtree of vertex v has some property in O(n lg n) time (for all of the queries). For example: Given a tree, every vertex has color. Query is how many vertices i

题目大意 一个果树(每个节点的分叉数目不固定)上有N个分叉点(包括最末的叶节点),则有N-1条边,将分叉点进行从1到N编号,每个分叉点上均可以结水果.开始的时候,每个分叉点都有一个水果,之后进行一系列操作,分为两种操作: (1)Q x: 查询分叉点x以及x的子树上的水果的总数: (2)C x: 更改分叉点x上的结果状态,即原来有水果变为没水果,没水果变为有水果     对于给定的每个Q操作,给出结果. 题目分析 典型的区间操作,但不过是单点更新,区间查询.对于区间操作,可以选用线段树或者树状数组

http://poj.org/problem?id=1741   题意:一棵n个点的树,每条边有距离v,求该树中距离小于等于k的点的对数.   dis[y]表示点y到根x的距离,v代表根到子树根的距离: 那么不在同一棵子树中的两点i.j之间的距离为dis[i]+dis[j]: ①    设得到这个距离的时间复杂度为O(w): 如果我们层层如此递归即可得到所有的点对数量,可以证明复杂度为O(logn*w);   因为n的范围为(n<=10000)所以我们需要w与n近似:   那么此时问题转化为了如

题目链接 HDU 1166 大概题意: 第一行一个整数T,表示有T组数据.每组数据第一行一个正整数N(N<=50000),表示敌人有N个工兵营地,接下来有N个正整数,第i个正整数ai代表第i个工兵营地里开始时有ai个人(1<=ai<=50).接下来每行有一条命令,命令有4种形式:(1) Add i j,i和j为正整数,表示第i个营地增加j个人(j不超过30)(2)Sub i j ,i和j为正整数,表示第i个营地减少j个人(j不超过30);(3)Query i j ,i和j为正整数,i&l

剑指Offer - 九度1503 - 二叉搜索树与双向链表2014-02-05 23:39 题目描述: 输入一棵二叉搜索树,将该二叉搜索树转换成一个排序的双向链表.要求不能创建任何新的结点,只能调整树中结点指针的指向. 输入: 输入可能包含多个测试样例.对于每个测试案例,输入的第一行为一个数n(0<n<1000),代表测试样例的个数.接下来的n行,每行为一个二叉搜索树的先序遍历序列,其中左右子树若为空则用0代替. 输出: 对应每个测试案例,输出将二叉搜索树转换成排序的双向链表后,从链表头至链表

原题地址 degree Time Limit: 2000/1000 MS (Java/Others)    Memory Limit: 131072/131072 K (Java/Others)Total Submission(s): 204    Accepted Submission(s): 119 Problem Description 度度熊最近似乎在研究图论.给定一个有 N 个点 (vertex) 以及 M 条边 (edge) 的无向简单图 (undirected simple gra

平衡二叉树是基于分治思想采用二分法的策略提高数据查找速度的二叉树结构.非叶子结点最多只能有两个子结点,且左边子结点点小于当前结点值,右边子结点大于当前结点树,并且为保证查询性能增增删结点时要保证左右两边结点层级相差不大于1,具体实现有AVL.Treap.红黑树等.Java中TreeMap就是基于红黑树实现的. B树与平衡二叉树区别是它是平衡多路查找树,它每个节点包含的关键字增多了,在应用时可利用磁盘块的原理把结点大小限制在磁盘大小范围内从而优化读写速度,同时树的关键字增多后层级比原理的二叉树少量

BZOJ_5343_[Ctsc2018]混合果汁_二分答案+主席树 题意:给出每个果汁的价格p,美味度d,最多能放的体积l.定义果汁混合后的美味度为果汁的美味度的最小值. m次询问,要求花费不大于g,总体积不小于L,求最大美味度,如果不能满足,输出-1. 二分答案.然后转变为求价格前L小的果汁之和. 类似任务查询系统那道题. 权值线段树维护结点总体积和全部购买的总花费. 按美味度建立主席树即可. 代码: #include <cstdio> #include <cstring> #i