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amber将小分子pdb结构转化为gjf时出错
2024-10-30
使用AMBER中遇到的一些问题
1.读取蛋白问题 读取无配体pdb文件(loadpdb complex.pdb)时,出现一堆 FATAL: Atom .R<ARG >.A<HD1 > does not have a type 错误,导致 check不过关,也无法 saveamberparm: 错误原因:AMBER不能识别用户PDB文件里特定残基(<ARG 18>)的H原子 解决方法:我遇到的问题是很多H原子都无法被识别,所以解决方法比较直接,删除所有氢,再根据AMBER的规则,重新添加H: 1) 使用
使用openbabel进行小分子底物构象搜索
使用open babel产生小分子多重构象的方法有两种: 1. 使用遗传算法(Genetic algorithm)进行构象搜索,属于系统式搜索最低能量构象的方法 obabel -L conformer 命令可以详细查看conformer插件的使用方法 以下命令可以为小分子产生30个小分子构象,然后使用 -writeconformers 参数将所有的构象写成输出结构文件: obabel startingConformer.mol2 -O ga_conformers.sdf --conformer
微信小程序开发01 --- 微信小程序项目结构介绍
一.微信小程序简单介绍: 微信官方介绍微信小程序是一个不需要下载安装就可使用(呵呵,JS代码不用下载吗?展示的UI不用下载吗?)的应用,它实现了应用“触手可及”的梦想,用户扫一扫或搜一下即可打开应用. 我的理解是:微信小程序依托与微信.如果将微信理解为一个计算机编译解释平台,那么微信小程序就是一个个小的应用.通过微信这个平台,微信小程序才能运行起来.这确实比传统的下载APP能节省很多内存空间(因为一些代码已经被微信这个大容器给封装了,你只需要一些简单的代码,就能调用一些系统功能.) 那么,它与H
如何在ChemDraw中绘制分子立体结构
ChemDraw是当前最常用的的化学结构绘图软件,软件功能包括化学作图.分子模型生成.化学数据库信息管理等,可以说是化学家和生物学家所需要最终极的化学结构绘图工具.本教程主要介绍ChemDraw绘制分子立体结构的具体方法. 具体操作步骤如下: 1.用楔形表示法来反映原子或基团的相对空间位置(如下图所示). 用楔键来反映原子或基团的相对空间位置 2.选择键后,点击右键,选择Object Settings命令(如下图所示). 选中结构右键选择Object Settings命令 3.点击Objec
Java虚拟机(一)结构原理与运行时数据区域
我们来学习Java虚拟机的结构原理与运行时数据区域. 1.Java虚拟机概述 Oracle官方定义的Java技术体系主要包括以下几个部分: Java程序设计语言 各种平台的Java虚拟机 Class文件格式 Java API类库 第三方Java类库 可以把Java程序设计语言.Java虚拟机和Java API类库这三部分统称为JDK(Java Development Kit),它是Java程序开发的最小环境.另外,Java API中的Java SE API子集和Java虚拟机这两部分统称为JRE
Java虚拟机 - 结构原理与运行时数据区域
http://liuwangshu.cn/java/jvm/1-runtime-data-area.html 前言 本来计划要写Android内存优化的,觉得有必要在此之前介绍一下Java虚拟机的相关知识,Java虚拟机也并不是三言两语能够介绍完的,因此开了Java虚拟机系列,这一篇文章我们来学习Java虚拟机的结构原理与运行时数据区域. 1.Java虚拟机概述 Oracle官方定义的Java技术体系主要包括以下几个部分: Java程序设计语言 各种平台的Java虚拟机 Class文件格式 Ja
【JVM故事】了解JVM的结构,好在面试时吹牛
class文件格式 参考上一篇文章<[JVM故事]一个Java字节码文件的诞生记>,后续还会专门讲解class文件的内部结构. 数据类型 jvm包括两种数据类型,基本类型和引用类型. 基本类型包括,数值类型,boolean类型,和returnAddress类型. 数值类型包括,整型,浮点型,和char类型. boolean类型同样只有true和false. returnAddress类型是一个指针,指向jvm指令的操作码,在Java中没有与之对应的类型. boolean类型的操作会被转化为in
Object 转化为String时的一个问题 null->"null"
近日在工作出了一个较大的问题,导致被客户投诉. 事情大致是,某个功能里新增对用户手机的修改,在平台数据同步过程中,出现了将用户以前的要同步的数据,那时还没有手机号码所以是null,新功能上线后,将手机号为空的数据 同步到另一个平台了,即将用户原有的手机号码置空了.程序中对手机号码为null和""检验了,但是实际是"null"这种字符串,所以代码没有过滤成功,导致出现问题了. 事后,检查代码是发现有将Object的数据转换为String,自己原本人为是object为n
完美解决VS2003.Net fatal error LNK1201: 写入程序数据库“.pdb”时出错
我的开发环境是Win7旗舰64位+VS2003.Net,经常卡pdb错误,文末给出一个完美的解决方案和一个懒人补丁包.问题描述如下:在重新编译的时候,经常报错: fatal error LNK1201: 写入程序数据库".pdb"时出错:请检查是否是磁盘空间不足.路径无效或权限不够 原因是编译要生成.pdb文件,但是这个.pdb文件又被VS的进程独占,所以生成失败.这个现象由来已久,MSDN上有外国开发者指出这是VS的老毛病了,而且win7并不在vs2003的支持列表里,你找微软说理人
oracle表结构和数据导出时的一些勾选项说明
使用pl/sql developer导出oracle数据库的表结构和表数据时,有一些勾选项供用户选择,需要用户根据实际情况进行勾选或取消. 导出方法如下:一.只导出表结构1.使用pl/sql developer登陆数据库:2.选择Tools->Exports User Objects..,然后选择要导出的表,选择要导出文件的路径和名称,点击Export按钮即可导出.注意:导出面板有一些选项可以选择,根据需要进行勾选或去除. 二.表结构和数据同时导出1.使用pl/sql developer登陆数据
解决微信小程序用 SpringMVC 处理http post时请求报415错误
解决微信小程序用 SpringMVC 处理http post时请求返回415错误 写微信小程序时遇到的问题,这个坑硬是让我整了半天 wx.request请求跟ajax类似处理方法一致 小程序端请求代码 wx.request({ url:baseUrl+'user/login', header: { 'content-type': 'application/json;charset=utf-8' // 默认值 }, method:'POST', data:JSON.stringify({ "use
jsp中/el表达式中将后台传来的时间戳格式化为年月日时分秒
sp中/el表达式中将后台传来的时间戳格式化为年月日时分秒1.引入相关标签库 <%@taglib prefix="c" uri="http://java.sun.com/jsp/jstl/core"%> <%@ taglib prefix="fmt" uri="http://java.sun.com/jsp/jstl/fmt" %> 2.在jsp中执行转换 <fmt:formatDate valu
@JsonInclude(Include.NON_NULL) resttemplate 传递实体参数时 序列化为json时 空字符串不参与序列化
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当小程序的flex布局遇到button时,justify-content不起作用的原因及解决方案
当小程序的flex布局遇到button时 发现justify-content不起作用,无论怎么设置都是space-around的效果. 经过排查,发现原因是小程序button中的默认样式中的margin-left: auto;margin-right: auto;所引起的 覆盖掉就好了 flex 格式化上下文中,在通过 justify-content 和 align-self 进行对齐之前,任何正处于空闲的空间都会分配到该方向的自动 margin 中去.参考自探秘 flex 上下文中神奇的自动
微信小程序开发 [01] 小程序基本结构和官方IDE简介
1.小程序账户注册 实际上在进行开发时没有注册小程序账户也是可以的,官方提供的IDE提供实时编译模拟预览,和当前你有没有绑定小程序账户没有关系. 当然,最终你要正式上线你的小程序的话,肯定还是需要账户的,申请流程不再阐述了,请参考官方文档<小程序注册>,个人开发者选择个人就行了. 2.官方demo和基本结构 在下载官方的小程序开发工具之后,新建项目选择小程序: 然后IDE会自动生成一个简单的小程序,如下: 在中间的目录结构中可以看到,不论是根目录下还是其他单个模块的页面下,有这四类文件
微信小程序---目录结构
(1)目录结构 小程序包含一个描述整体程序的 app 和多个描述各自页面的 page.一个小程序主体部分由三个文件组成,必须放在项目的根目录,如下: (2)允许上传的文件 .
微信小程序目录结构与配置介绍
一.小程序结构目录 小程序框架提供了自己的视图层描述语言 WXML 和 WXSS,以及 JavaScript,并在视图层与逻辑层间提供了数据传输和事件系统,让开发者能够专注于数据与逻辑. 官网 1.1. 小程序文件结构和传统web对比 结构 传统web 微信小程序 结构 HTML WXML 样式 CSS WXSS 逻辑 Javascript Javascript 配置 无 JSON 通过以上对比得出,传统web 是三层结构.而微信小程序 是四层结构,多了一层 配置.json 1.2. 基本的项目
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微信小程序代码快速转化为H5代码的方法!
1.把小程序html里面的如下标签对应改成小程序的标签,即可快速转化成H5的页面! 利用ctrl+H将下面的对应标签全部替换! html: <view === <div </view> == </div> <image === <img </image> === ‘’<text == <span <text> == <span> </text> == </span> ../../ ==
微信小程序之结构目录、视图层、双线程模型、生命周期、事件传递冒泡、组件、request、登录授权及支付
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