1.读取蛋白问题 读取无配体pdb文件(loadpdb complex.pdb)时,出现一堆 FATAL: Atom .R<ARG >.A<HD1 > does not have a type 错误,导致 check不过关,也无法 saveamberparm: 错误原因:AMBER不能识别用户PDB文件里特定残基(<ARG 18>)的H原子 解决方法:我遇到的问题是很多H原子都无法被识别,所以解决方法比较直接,删除所有氢,再根据AMBER的规则,重新添加H: 1) 使用

一.Src蛋白是一种蛋白激酶 可以磷酸化不同的底物,调节不同的通路 Src激酶主要磷酸化酪氨酸残基,而别的激酶主要磷酸化色氨酸.苏氨酸残基 二.EGF受体拥有酪氨酸激酶功能 胞内结构域有Src蛋白的同源区域,可以磷酸化某些蛋白质的酪氨酸 不少酪氨酸激酶都有整体上的相似性,许多具有癌蛋白样作用 各种不同的生长因子-受体组合的作用 激发生长分裂 形态变化 细胞生存 动力改变 三.一种改变了的生长因子受体可以发挥癌蛋白样功能 被截短了的EGF受体:ErbB蛋白 源源不断向细胞内发出生长刺激信号 EGF

一.一条从细胞表面到细胞核的通路 二.Ras蛋白处于复杂信号级联的中心位置 胞外信号→酪氨酸激酶受体→Shc→Grb→Sos→Ras 三.酪氨酸的磷酸化控制着许多胞内信号蛋白的定位与活动 Src蛋白的同源结构域 SH1:催化 SH2:受体,识别特异的磷酸化多肽 还可以与一个伴侣蛋白相结合(一些酶) 这样使得这些蛋白能够依靠SH2二锚定在一些位点:特异磷酸化酪氨酸的位点 SH2这样可以与伴侣蛋白结合的结构域可以与别的蛋白组合,组合后的蛋白可以识别特异的结构(如磷酸化的酪氨酸残基),从而这些蛋白被募

转载于 https://mp.weixin.qq.com/s/VDN1qAZGIMol6prwQW4umw Docking非原生配体 在前面的例子中,AutoDock Vina能把配体构象调整到几乎原生的构象,验证了这一预测方法的准确度.下面,我们尝试docking另外一个配体药物nelfinavir奈非那韦,来展示如何寻找小分子在蛋白内的结合位点.这个过程可以进一步地凝练和扩展作为“虚拟筛选(virtual screening)”的步骤. 重复上述步骤执行docking 获取nelfinavi

Amber Zhao  Wed, Feb 25 2015 3:36 AM 很多用户在使用HDInsight的Pig功能时,发现有时很简单一个Pig Latin的relation会花费很长时间执行,当HDI使用MR框架时,由于Pig会根据具体的relation拆分成相应的Map和Reduce任务.根据Hadoop的MR框架如下特点,针对Reduce并行度的优化,会对Pig的作业有很大的性能影响. Hadoop的MR框架中有以下特点: Map的并行度个数是由输入文件来决定,而Reduce并行度的个数

sustiva.pdb PDB: 1FKO Create parameter and coordinate files for Sustiva 1. 加氢: $ reduce sustiva.pdb > sustiva_h.pdb sed -i s/"EFZ"/"SUS"/g sustiva_h.pdb 加氢完毕后把文件内所有“EFZ”换为“SUS”. 2.转换为mol2格式: $ antechamber -i sustiva_new.pdb -fi pdb

详细请见AMBER官方文档第18章第6节(18.6) Amber16.pdf The settings can be summarized as follows: imin=1  Choose a minimization run ntx=1 Read coordinates but not velocities from ASCII formatted Inpcrd coordinate file irest=0 Do not restart simulation maxcyc=2000 Ma

Section 1: Preparing the PDB file 1EMA是本次教程所用的pdb,可以在PDB数据库下载. pdb4amber -i 1EMA.pdb -o gfp.pdb --dry --reduce pdb4amber命令用于amber输入pdb格式文件的准备. --dry会删除晶体结构中的水分子(WATER),--reduce会对pdb加氢(H).命令执行完成后需要对产生的gfp.pdb进行手工微调,1) 需要把文件中所有MSE更换为MET:2) 把所有SE 原子(Se)

先写简略版,以后再详细写. 1. 对输入结构进行预处理(refine) $> relax.default.linuxgccrelease -in:file:s input_files/from_rcsb/1qys.pdb @flag_input_relax flag_input_relax: -nstruct -relax:constrain_relax_to_start_coords -relax:ramp_constraints false -ex1 -ex2 -use_input_sc -

发表时间:2019年4月 IF:5.232 一. 概述: 分支杆菌索状因子TDM(trehalose-6,6’-dimycolate)能够与巨噬细胞C-型凝集素受体(CLR)MINCLE结合引起下游通路变化.本文对TDM处理的巨噬细胞磷酸化蛋白质组进行定量分析,发现了依赖于MINCLE的信号通路和MINCLE非依赖的信号通路,两种信号通路具有不同的生物功能. 二. 研究背景:(简要介绍研究进展动态.研究目的和意义) 巨噬细胞对分支杆菌的识别依赖于TLR.CLR以及分支杆菌核酸.TDM是细胞壁主要

期刊名:JPR 发表时间:(2019年12月) IF:3.780 单位:Grupo de Investigación de Reumatología (GIR), Unidad de Proteómica, INIBIC − Complejo Hospitalario Universitario de A Coruña, SERGAS, Universidad de A Coruña, A Coruña 15006, Spain 研究对象:风湿和自身免疫疾病 技术:文献挖掘   一.

文献名:ComplexBrowser: a tool for identification and quantification of protein complexes in large-scale proteomics datasets(大规模蛋白组学数据集中鉴定和定量蛋白复合物) 期刊名:Mol Cell Proteomics 发表时间:(2019年11月) IF:4.828 单位:南丹麦大学生物化学与分子生物学系和VILLUM生物分析科学中心 物种:人和小鼠 技术:ComplexBrow

@(js) reduce函数,是ECMAScript5规范中出现的数组方法.在平时的工作中,相信大家使用的场景并不多,一般而言,可以通过reduce方法实现的逻辑都可以通过forEach方法来变相的实现,虽然不清楚浏览器的js引擎是如何在C++层面实现这两个方法,但是可以肯定的是reduce方法肯定也存在数组的遍历,在具体实现细节上是否针对数组项的操作和存储做了什么优化,则不得而知. [TOC] 数组的reduce方法的应用 reduce方法有两个参数,第一个参数是一个callback,用于针对

在上一节我们分析了TaskTracker如何对JobTracker分配过来的任务进行初始化,并创建各类JVM启动所需的信息,最终创建JVM的整个过程,本节我们继续来看,JVM启动后,执行的是Child类中的Main方法,这个方法是如何执行的. 1,从命令参数中解析相应参数,获取JVMID.建立RPC连接.启动日志线程等初始化操作: 父进程(即TaskTracker)在启动子进程时,会加入一些参数,如本机的IP.端口.TaskAttemptID等等,通过解析可以得到JVMID. String ho

在上一节分析了TaskTracker和JobTracker之间通过周期的心跳消息获取任务分配结果的过程.中间留了一个问题,就是任务到底是怎么分配的.任务的分配自然是由JobTracker做出来的,具体来说,存在一个抽象类:TaskScheduler,主要负责分配任务,继承该类的有几个类: CapacityTaskScheduler.FairScheduler.JobQueueTaskScheduler(LimitTasksPerJobTaskScheduler又继承于该类). 从名字大致可以看出

上一节分析了Job由JobClient提交到JobTracker的流程,利用RPC机制,JobTracker接收到Job ID和Job所在HDFS的目录,够早了JobInProgress对象,丢入队列,另一个线程从队列中取出JobInProgress对象,并丢入线程池中执行,执行JobInProgress的initJob方法,我们逐步分析. public void initJob(JobInProgress job) { if (null == job) { LOG.info("Init on

JavaScript - reduce方法 (Array) 解释:reduce() 方法接收一个函数作为累加器(accumulator),数组 中的每个值(从左到右)开始合并,最终为一个值. 语法:arr.reduce(callback,[initialValue]) 参数: callback:执行数组中每个值的函数,包含四个参数 previousValue:上一次调用回调返回的值,或者是提供的初始值(initialValue) currentValue:数组中当前被处理的元素 index:当前

Array.prototype.reduce() 概述 reduce()方法是数组的一个实例方法(共有方法),可以被数组的实例对象调用.reduce() 方法接收一个函数作为累加器(accumulator),数组中的每个值(从左到右)开始缩减,最终为一个值. 语法 arr.reduce(callback[, initialValue]) {} 参数 回调函数中可以传递四个参数. previousValue:上一次调用回调函数返回的值,或者是提供的初始值(initialValue) current

  1.变量可以指向函数,也可以使用变量和参数的形式完成函数调用.   2.那么函数名是什么呢?函数名其实就是指向函数的变量!对于abs()这个函数,完全可以把函数名abs看成变量,它指向一个可以计算绝对值的函数!   3.可以对__builtin__模块中进行修改,则abs变量指向也会改变.   4.高阶函数就是将一个函数作为另一个函数的参数.   5.map()函数解释:接收两个参数,一个是函数,一个是Iterable,map将传入的函数依次作用到序列的每个元素,并把结果作为新的Iterat

reduce().filter().map().some().every()....展开属性   这些概念属于es5.es6中的语法,跟react+redux并没有什么联系,我们直接在https://developer.mozilla.org/en-US/ 这里可以搜索到相关api文档. 但是redux的官方示例中包含了这些语法的用法,我们正好可以在程序中学习这些语法.这里全部默认使用es6的写法. 例子 这是官方的todomvc的例子(https://github.com/lewis617/r