20170222 ANNOVAR简介 ANNOVAR是由王凯编写的一个注释软件,可以对SNP和indel进行注释,也可以进行变异的过滤筛选. ANNOVAR能够利用最新的数据来分析各种基因组中的遗传变异.主要包含三种不同的注释方法,Gene-based Annotation(基于基因的注释).Region-based Annotation(基于区域的注释).Filter-based Annotation(基于筛选的注释). ANNOVAR由Perl编写. 优点:提供多个数据可直接下载.支持多种格

https://www.jianshu.com/p/6284f57664b9 目前对于variant进行注释的软件主要有4个: Annovar, SnpEff, VEP(variant Effect Predictor), Oncotator, 选择合适的软件注释variants对于下游分析是很关键的, 今天我们来比较下这4种软件在variants 注释上的差异,进而帮助我们选择更合适的注释软件. 首先简要介绍下这4个软件的一些特点: Oncotator: 主要用于癌症特异性突变位点的注释,下面

1.annovar  很全面  http://annovar.openbioinformatics.org: 2.http://blog.goldenhelix.com/:

1124: [POI2008]枪战Maf Time Limit: 10 Sec  Memory Limit: 162 MBSubmit: 617  Solved: 236[Submit][Status][Discuss] Description 有n个人,每个人手里有一把手枪.一开始所有人都选定一个人瞄准(有可能瞄准自己).然后他们按某个顺序开枪,且任意时刻只有一个人开枪.因此,对于不同的开枪顺序,最后死的人也不同. Input 输入n人数<1000000 每个人的aim Output 你要求最

第一步:下载Annovar 上Annovar官网下载(http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/download/),现在要邮件注册后才能下载.邮件注册后会给你最新版软件下载地址, 下载后文件为annovar.latest.tar.gz. 第二步:安装Annovar linux系统下用该命令解压 tar zxvf annovar.latest.tar.gz 解压后生成annovar文件夹,里面有6个perl脚本程序和两个

关于maf和wpf大家感兴趣的话可以去百度学习一下,下面展示一下成果: 登录界面 主界面:默认的是我的应用,表示已经下载到本地的应用. 辅助应用类似appstore功能,指示未下载或者需要升级的程序列表,实现在线下载更新应用程序插件 这是打开应用的界面,每个应用都会新建一个tab页寄托在主程序中. QQ:94-15-97-411

今天在MSDN上看了一下微软这俩个可扩展框架,微软技术高手真很有才! MEF 和 MAF区别: 早期的 .NET Framework 版本引入了 Managed Add-in Framework (MAF),旨在使应用程序能够隔离和管理扩展. MAF 的重点放在比 MEF 稍高的级别,它集中于扩展隔离以及程序集的加载和卸载,而 MEF 则集中于可发现性.扩展性和可移植性. 这两个框架可以顺利地进行互操作,并且单个应用程序可以同时利用这两个框架. 1.Managed Extensibility F

.Net插件编程模型:MEF和MAF MEF和MAF都是C#下的插件编程框架,我们通过它们只需简单的配置下源代码就能轻松的实现插件编程概念,设计出可扩展的程序.这真是件美妙的事情! 今天抽了一点时间,看了看MEF的例子,比较简单,有时间会整理一个简单的例子出来.简单的说,MEF使用了两个标注实现依赖注入. [Export]可以指定输出的类或者属性[Import]可以指定引入 通过Export,可以很轻松地将类或者属性输出到依赖注入的容器,再通过Export引入,对象的创建和组装,完全可以通过容器

SNPs,全称是single nucleotide polymorphisms,SNPs等位基因频率的容易估计.采用混和样本估算等位基因的频率是种高效快速的策略.该策略的原理是:首先选择参考样本制作标准曲线,然后将待测的混和样本与标准曲线进行比较,根据所得信号的比例确定混和样本中各种等位基因的频率. SNPs概念 在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性.即:在不同个体的同一条染色体或同一位点的核苷酸序列中,绝大多数核苷酸序列一致而只有一个碱基不同的现象. 只涉及到单个核苷酸碱基

CONTENTS *_annoTable.txt (ANNOVAR) *_annoTable.txt (SnpEff) *_genelist.txt (ANNOVAR & SnpEff) dbNSFP Information We provide here detailed Description about the files outputted from the somatic mutation annotators via ANNOVAR and SnpEff. *_annoTable.t

[POI2008]枪战Maf 题目 有n个人,每个人手里有一把手枪.一开始所有人都选定一个人瞄准(有可能瞄准自己).然后他们按某个顺序开枪,且任意时刻只有一个人开枪.因此,对于不同的开枪顺序,最后死的人也不同. INPUT 输入n人数<1000000 每个人的aim OUTPUT 你要求最后死亡数目的最小和最大可能 SAMPLE INPUT 8 2 3 2 2 6 7 8 5 OUTPUT 3 5 解题报告 考试时候打出了tarjan,然而不会用= = 正解: tarjan 我们分连通块来考虑

题目描述 有n个人,每个人手里有一把手枪.一开始所有人都选定一个人瞄准(有可能瞄准自己).然后他们按某个顺序开枪,且任意时刻只有一个人开枪.因此,对于不同的开枪顺序,最后死的人也不同. 输入 输入n人数<1000000 每个人的aim 输出 你要求最后死亡数目的最小和最大可能 样例输入 8 2 3 2 2 6 7 8 5 样例输出 3 5题解 这道题--说来话长了这就.考试的时候,一画样例明显是个图论题,出了环明显要缩点,缩了点明显还有一堆什么玩意,打着打着就忘了还有疯子自杀来着= =.不算自杀

背景   Team希望开发一个插件的平台去让某搜索引擎变得更好.主要用于采集一些不满意信息(DSAT)给Dev.这些信息会由不同的team提供不同的 tool分析.有的提供仅仅是一个website,有的提供了api.有的提供了service.所以我们设想做一个插件的平台.让那些team提供一些 dll.我们只需要把这些dll放在我们的platform里. 由于对插件开发一无所知.所以重头开始做调研. 为什么需要插件框架-扩展性问题 假设您的应用程序必须包含大量可能需要的较小组件,并负责创建和运行

1124: [POI2008]枪战Maf Time Limit: 10 Sec  Memory Limit: 162 MBSubmit: 659  Solved: 259[Submit][Status][Discuss] Description 有n个人,每个人手里有一把手枪.一开始所有人都选定一个人瞄准(有可能瞄准自己).然后他们按某个顺序开枪,且任意时刻只有一个人开枪.因此,对于不同的开枪顺序,最后死的人也不同. Input 输入n人数<1000000 每个人的aim Output 你要求最

引言    Managed Add-In Framework是一个插件式框架.它有两大作用,一个是解耦,插件和宿主由7个管道组成,两边都有适配器Adapter管道,能最大程度地降低插件和宿主的耦合度:一个是物理隔离,可以有程序域隔离和进程隔离,插件崩溃了不会搞挂宿主.资料    具体的介绍和用法两本书有比较详细的介绍,如下    <C#高级编程(第七版)> 50章MAF    <WPF编程宝典> 32章插件模型注意     基本用法上面两个书都有,但是需要注意的是接口参数不能用枚举

[POI2008]枪战Maf Time Limit: 10 Sec  Memory Limit: 162 MBSubmit: 741  Solved: 295[Submit][Status][Discuss] Description 有n个人,每个人手里有一把手枪.一开始所有人都选定一个人瞄准(有可能瞄准自己).然后他们按某个顺序开枪,且任意时刻只有一个人开枪.因此,对于不同的开枪顺序,最后死的人也不同. Input 输入n人数<1000000 每个人的aim Output 你要求最后死亡数目的

枪战(maf) settle the dispute. Negotiations were very tense, and at one point the trigger-happy participants drew their guns. Each participant aims at another with a pistol. Should they go on a killing spree, the shooting will go in accordance with the

annovar软件组件介绍之一——table_annovar.pl(译) 对于初学者,使用ANNOVAr的最简单方法是使用table_annovar.pl程序,该程序采用输入突变文件(例如,VCF文件)并生成带有多个制表符分隔的输出文件,每个列表示一组注释.另外,如果输入是VCF文件,则程序还生成新的VCF输出文件,其中INFO字段填充有注释信息. 假设我们已经下载了ANNOVAR包并使用tar zxvf annovar.latest.tar.gz解压缩包.您将看到bin/目录包含有多个.pl后

[BZOJ1124][POI2008]枪战Maf Description 有n个人,每个人手里有一把手枪.一开始所有人都选定一个人瞄准(有可能瞄准自己).然后他们按某个顺序开枪,且任意时刻只有一个人开枪.因此,对于不同的开枪顺序,最后死的人也不同. Input 输入n人数<1000000 每个人的aim Output 你要求最后死亡数目的最小和最大可能 Sample Input 8 2 3 2 2 6 7 8 5 Sample Output 3 5 题解:最大:首先入度为0的点一定不会死:另外,

虽然MAF实现了插件式开发,动态热插拨,AppDomain隔离等诸多优点,但是正因为它复杂的功能机制也带来了很多其它方面的使用限制,下面列出官方给出的MAF框架的使用限制. 1) 在应用主程序显示的插件UI不遵循主程序的剪切行为. 2) 在可交互场景空间的概念同样也适用于插件. 3) 一些应用主程序的的服务,比如资源继承,数据绑定,命令等对插件UI来说不是自动实现的,如果要使用这些服务需要更新这个pipeline. 4) 一个插件UI不能被旋转,伸缩,倾斜,否则会被一个变形动作影响. 5) 应用