HISAT2+StringTie+Ballgown安装及使用流程 2015年Nature Methods上面发表了一款快速比对工具hisat,作为接替tophat和bowtie的比对工具,它具有更快的比对速度和更高的比对率,最近把这个流程走完一遍,感觉优势还是很明显的. 一.HISAT2: 1.下载安装: hisat2下载地址:ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip his

HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据 本文总阅读量次2017-05-26 HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据思路如下: 数据质控 将RNA-seq的测序reads使用hisat2比对 samtools将sam文件转成bam,并且排序,为下游分析做准备 stringtie对每个样本进行转录本组装 stringtie 将所有样本的转录本进行合并 注意:此处的mergelist.txt是自己创建的 计算表达量并且为Ballgown包提供输入文件

Ballgown是分析转录组差异表达的R包. 软件安装: 运行R, source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”) biocLite(“ballgown”) R会自动安装Ballgown,及相应的依赖包. Ballgown的输入文件 StringTie使用-B参数直接生成Ballgown的输入文件,Cufflinks的输出结果需要使用Tablemaker生成Ballgown的输入文件. 一个有5个输入文件,分别是: e_data.ctab,外显子水平表达

个人开发包的目录结构 ├── coverage //istanbul测试覆盖率生成的文件 ├── index.js //入口文件 ├── introduce.md //说明文件 ├── lib │   └── node-cnblogs-spider.js //主要文件 ├── node_modules //第三方包 ├── package.json ├── README.md └── test //单元测试文件 └── node-cnblogs-spider.test.js 开发步骤 注册 np

Windows server 2012 添加中文语言包(英文转为中文)(离线) 相关资料: 公司环境:亚马孙aws虚拟机 英文版Windows2012 中文SQL Server2012安装包,需要安装操作系统的中文语言包 XenSource Windows guest agent EC2 ConfigService 参考资料 http://www.cnbeta.com/articles/226755.htmhttps://technet.microsoft.com/zh-cn/library/h

运维相关:http://www.cnblogs.com/dunitian/p/4822808.html#iis 先注册一个nuget账号https://www.nuget.org/ 下载并安装一下NuGetPackageExplorer:https://github.com/NuGetPackageExplorer/NuGetPackageExplorer 创建一个包(vs其实也是可以制作的,我这边说最简单的方法) 添加资源包并修改metadata 保存一下 先说第一种上传方法: 自带的上传:

有时候想开发的时候想看APP发出的http请求和响应是什么,这就需要抓包了,这可以得到一些不为人知的api,比如还可以干些“坏事”... 需要工具: Fiddler2 抓包(点击下载) Android 手机一台 一.如何使用 Fiddler2 下载完成后安装,安装过程就不贴图了. 如下图设置Fiddler 代理: 点击OK,在这里代理就设置完成,一定要重启软件配置才生效,下面是手机端的设置. 二.手机端代理设置 以三星S4为例子, 1.如下图真机三星S4设置: 找到你的Wifi,必须电脑和手机处

title: 带你实现开发者头条APP(四)---首页优化(加入design包) tags: design,Toolbar,TabLayout,RecyclerView grammar_cjkRuby: true --- 一 .前言 上次模仿开发者头条首页实现了一个版本,给345大神,我的产品经理一看,又被鄙视了一把,说还在用老的技术,于是乎这三天把整个design包研究了一遍,然后把首页的代码几乎重写了一遍....顺便用上了android studio,方便大家导入... 效果图如下: 从gi

 一.安装本地开发环境 1.安装本项目 在需要保存到本地的项目的文件夹,进入到文件夹里点击右键,bash here,出现下图: 2.安装依赖项目  3.安装依赖包(进入到命令行) # 安装依赖包 $ npm install window+R,进入到命令行 ..... ..... 很多个安装的依赖包. .... 最后安装完之后的依赖包,如下图所示: 4.全局安装node-dev(进入到命令行) 5.启动服务(进入到命令行) # 启动服务 $ node-dev bin/www 出现如上图所示,红框的

问题: 打开Visual Studio 的时候,总提示未能加载相应的Package包,有时候还无法打开项目,各种提示 解决方案: 进入用户目录 C:\Users\用户名\AppData\Local\Microsoft\VisualStudio\VS版本(12.0)\ComponentModelCache 该目录 删除 Microsoft.VisualStudio.Default.cache 该文件,即可解决VS 未能加载各种Package包的问题了

Nuget官网下载Nuget项目包的命令地址:https://www.nuget.org/packages 今天就遇到一个比较奇葩的问题,折腾了很久终于搞定了: 问题是这样的:我的解决方案原本是好好的,但是其他朋友加个一个项目,我获取最新后,编译始终报错,说是这个项目缺少Nuget包引用,可是我在编译时明明已经还原了该项目引用的nuget包,同时也手动就行了nuget的包还原都不行,百思不得其解.报错如下: 报错信息说是:本计算机上面缺少此项目Seagull2.YuanXin.WebApi引用的

起因: 吃饭的时间在想如果区域网内都是通过路由器上网,那如何实现拦截整个区域网的数据包,从而实现某种窥探欲. 思路:      正常是通过电脑网卡预先设置或分配的IP+网关对路由器进行通讯,比如访问百度:      A主机(指定网关) >> 路由器 >> DNS(域名转IP) >>  服务端(百度)      而我需要达到的目的是在, "A主机" 请求"路由器"的时间进行数据包的拦截,并转发至真正的路由器(转发目的是为了不断网,不

最近有个需求,需要做两个功能相似的APP,大部分代码是一样的,只是界面不一样,以前要维护两套代码,比较麻烦,最近在网上找资料,发现可以用gradle使用同一套代码构建两个APP.下面介绍使用方法: 首先要构建两个APP需要有两个APP图标.APP名字和AndroidManifest.xml.AndroidManifest放置目录如下: gradle构建需要用的配置文件build.gradle. 要使用两个AndroidManifest需要在build.gradle文件中配置sourceSets

rpm简介 rpm( Red Hat Package Manager )是一个开放的软件包管理系统.它工作于Red Hat Linux及其他Linux系统,成为Linux中公认的软件包管理标准. rpm将编译好的应用程序的各组成文件打包成一个或几个程序包文件,从而更方便地实现程序包的安装.升级.卸载和查询等管理操作 rpm维护一个所有已安装的软件包和文件的数据库,可以让用户进行功能强大的软件包查询和验证工作. rpm的功能 安装:-i, --install 卸载:-U, --update, -F

笔记编者:小波/qq463431476博客首页:http://www.cnblogs.com/xiaobo-Linux/ 记下这篇mysql笔记,望日后有用! redhat6采用centos yum源,详解mysql的源码安装以及配置.这里继续上篇的博客php,Apache的配置,现在写MySQL的配置.lamp搭建到此成功! Apache源码安装的笔记:http://www.cnblogs.com/xiaobo-Linux/p/4637056.html php源码安装的笔记:http://ww

Micrsoft Azure中国版的国际出口最近升级为电话线拨号模式,目测为10个用户共享一条56kb的电话线拨号链路.有图有真相: 中国的IT从业者,有三分之一的职业生涯时间是在跟网络斗智斗勇.这点小问题,难不住我们的! Linux Package安装: Azure上的确是保存了一些源的镜像,但是也缺少了很多.如果是CentOS或者RHEL系列的Linux,就用EPEL吧.EPEL默认包含了一些中国的镜像源(例如: mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn) sudo yum

1.下载charles 可以去charles官网下载,下载地址:http://www.charlesproxy.com/download/    根据自己的操作系统下载对应的版本,然后进行安装,然后打开charles工具 2.设置代理(记住手机跟电脑要在同一个网络,用的同一个路由器) 1).查看默认端口    Proxy->Proxy Settings  在这个页面会看到HTTP Proxy的默认端口是8888   我们不需要修改,只需要知道有这个值就行 2).查看当前电脑的ip    例如我这

2014.10.06 更新 编写了 IDA Pro 的插件,用来解包和打包 mkbundle程序,请参见 https://github.com/binsys/MKBundleManager 许久以后,这个续上这个系列的第三篇. 玩过mono的可能知道mono有一个工具mkbundle ,可以把mono的运行时与类库与你的程序的依赖程序集都打包成一个可执行文件,在win下为exe文件,例如mandroid.exe,mtouch.exe,在mac下的Mach-O文件,例如mtouch,mtouch-

NuGet.exe 下载地址 本文翻译自: https://docs.nuget.org/Create/Creating-and-Publishing-a-Package https://docs.nuget.org/Create/Enforced-Package-Conventions 基本步骤 使用 nuget spec 命令生成 nuspec 文件 编辑 nuspec 文件,使用 nuget pack 命令打包 从程序集创建程序包 执行以下命令:生成  nuspec 文件: nuget s

npm shrinkwrap 我们使用node开发时,经常需要依赖一些模块来完成功能需求,而我们所依赖的模块也必然会依赖其他模块,就这样一级一级的依赖,而且这些依赖模块并不为我们所控制.一个产品或项目的开发周期,少则几个周,多则几个月几年.开发人员往往在一开始时下载了依赖包发现能够正常工作后,便一直在依赖包的当前版本上工作,然而在线上服务器布属时往往是根据依赖配置文件,重新下载依赖包.可这个时候依赖链中的包的开发者很可能已经将某个模块升级了,而且并不能保证这些新的依赖包没有bug.一旦依赖链上的