Pysam可用来处理bam文件 安装: 用 pip 或者 conda即可 使用: Pysam的函数有很多,主要的读取函数有: AlignmentFile:读取BAM/CRAM/SAM文件 VariantFile:读取变异数据(VCF或者BCF) TabixFile:读取由tabix索引的文件: FastaFile:读取fasta序列文件: FastqFile:读取fastq测序序列文件 一般常用的是第一个和第二个. 例子: 1 import pysam 2 3 bf = pysam.Alignm

折腾这么多都是白瞎,STAR就有输出没有别对上的pair-end reads的功能 参见:How To Filter Mapped Reads With Samtools I had the same issue but with Paired End Reads, and I solved using samtools and bamToFastq. You can find bamToFastq here: https://code.google.com/p/hydra-sv/ If you

在python语言中,用丰富的函数库来从文件中提取数据,这篇博客讲解怎么从csv, xls文件中得到想要的数据. 点击下载数据文件http://seanlahman.com/files/database/lahman-csv_2015-01-24.zip 这个一个美国棒球比赛的统计数据解压文件夹,我们选取AwardsManagers.csv来练习 #-*- coding:utf-8 -*- import csv DIR = 'data/' fname = 'AwardsManagers.csv'

提取音频,具体点来说就是提取音频帧.提取方法与从视频文件中提取图像的方法基本一样,这里仅列出其中的不同点: 1. 由于目的提取音频,因此在demux的时候需要指定的是提取audio stream AudioStream = av_find_best_stream(pFormatCtx, AVMEDIA_TYPE_AUDIO, -1, -1, NULL, 0); 2. 在decode时,解码音频与解码视频分别采用的是不同的API avcodec_decode_audio4(pCodecCtx, p

bag文件是ROS常用的数据存储格式,因此要从bag文件中提取数据就需要了解一点ROS的背景知识. 1. 什么是ROS及其优势 ROS全称Robot Operating System,是BSD-licensed系统用于从PC上控制机器人组件.ROS系统由一系列的独立node组成,彼此间通过publish/subscribe消息传递模式相互沟通.比如某个传感器驱动由某个node执行,将该传感器数据用message stream的形式publish,而这些message则可以在数据处理或者日志节点被

[流媒體]H264—MP4格式及在MP4文件中提取H264的SPS.PPS及码流 SkySeraph Apr 1st 2012  Email:skyseraph00@163.com 一.MP4格式基本概念 MP4格式对应标准MPEG-4标准(ISO/IEC14496) 二.MP4封装格式核心概念 1  MP4封装格式对应标准为 ISO/IEC 14496-12(信息技术 视听对象编码的第12部分: ISO 基本媒体文件格式/Information technology Coding of aud

从ROS bag文件中提取图像 创建launch文件,如下: export.launch <launch> <node pkg="rosbag" type="play" name="rosbag" args="-d 2 $(find image_view)/test.bag"/> <node name="extract" pkg="image_view" t

JSFinder介绍 JSFinder是一款用作快速在网站的js文件中提取URL,子域名的脚本工具. 支持用法 简单爬取 深度爬取 批量指定URL/指定JS 其他参数 以往我们子域名多数使用爆破或DNS中获得,这个脚本从JS文件中匹配出子域也算是添砖加瓦. 简单爬取示例 子域名清单 https://github.com/Threezh1/JSFinder 点个赞 (0)  

前言 数据是数据科学中任何分析的关键,大多数分析中最常用的数据集类型是存储在逗号分隔值(csv)表中的干净数据.然而,由于可移植文档格式(pdf)文件是最常用的文件格式之一,因此每个数据科学家都应该了解如何从pdf文件中提取数据,并将数据转换为诸 很多人学习python,不知道从何学起.很多人学习python,掌握了基本语法过后,不知道在哪里寻找案例上手.很多已经做案例的人,却不知道如何去学习更加高深的知识.那么针对这三类人,我给大家提供一个好的学习平台,免费领取视频教程,电子书籍,以及课程的源

说明: ①Elm格式: PLMD ID    Uniprot Accession    Position     Type     Sequence   Species    PMIDsPlMD编号 Uniprot数据库编号         位点 翻译后修饰类型 序列信息 物种 PMID PLMD-1   O00115     52     Ubiquitination  MIPLLLAALLCVPAGALTC Homo sapiens   21963094;23266961 ②代码说明:从上述

一.MP4格式基本概念 MP4格式对应标准MPEG-4标准(ISO/IEC14496) 二.MP4封装格式核心概念 1  MP4封装格式对应标准为 ISO/IEC 14496-12(信息技术 视听对象编码的第12部分: ISO 基本媒体文件格式/Information technology Coding of audio-visual objects Part 12: ISO base media file format) 附-- 标准免费下载: Freely Available Standar

在开始之前,我们需要了解视频文件的格式.视频文件的格式众多,无法三言两语就能详细分析其结构,尽管如此,ffmpeg却很好地提取了各类视频文件的共同特性,并对其进行了抽象描述. 视频文件格式,统称为container.它包含一个描述视频信息的头部,以及内含实际的音视频编码数据的packets.当然,这里的头部以及packet部分只是个抽象描述,实际的视频格式的描述信息可能不是存放在视频文件的起始位置,可能是由分散于视频文件的各个位置的多个部分组成:数据包有可能是由头部以及尾部进行分割的传统数据包形

一.MP4格式基本概念 MP4格式对应标准MPEG-4标准(ISO/IEC14496) 二.MP4封装格式核心概念 1  MP4封装格式对应标准为 ISO/IEC 14496-12(信息技术 视听对象编码的第12部分: ISO 基本媒体文件格式/Information technology Coding of audio-visual objects Part 12: ISO base media file format) 附-- 标准免费下载: Freely Available Standar

在性能测试方面,重用响应数据至关重要.几乎(如果不是全部!)负载测试场景假设您: 从先前的响应中提取有趣的方面,并在下一个请求中重用它们(也称为相关) 确保实际响应符合预期(又称断言) 因此,如果您是性能测试工程师,那么了解如何实现此关联和断言逻辑非常重要.幸运的是,BlazeMeter的知识库和JMeter博客已经有一些关于如何做到这一点的精彩文章.请查看以下内容: 使用带有JMeter的RegEx(正则表达式提取器) - 使用Perl5样式的正则表达式解析响应 在JMeter中使用XPath

很多时候我们需要PDF文档中的插图,直接用pdf中的复制或者截屏软件只能提取位图格式的图片,放大缩小难免失真. 本文教大家一种一种从pdf中提取矢量图的方法. 工具软件: 1 adobe acrobat (可以选用福昕阅读器替代) 2 inkscape (选取该矢量作图软件因为安装包小,提供的常用功能住够应付日常办公,高端功能请选用adobe illustrator) 步骤: 1.使用adobe acrobat软件提取感兴趣区域 备注:若工具栏没有该按钮请参看下图设置 1.2从单页的pdf文档中

SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写.像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件.samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件.具体地址:http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf 很多人困惑SAM文件中的第二列FLAG值是什么意思.根据文档介绍我们可以计算,但是为了方便大家,下面给大家提供一个脚本工具,大家直接输入flag值就可以知道它代表的含义了. 该脚本的使用方法如下截图所示: 脚本工具的使用方法: 将下面的代码保存在记事

如果你的fig文件中图像是由多条曲线绘制而成,比如说plot命令生成的,通过以下方式输出横坐标,纵坐标的取值 open('figname.fig'); lh = findall(gca, 'type', 'line');% 如果图中有多条曲线,lh为一个数组 xc = get(lh, 'xdata');            % 取出x轴数据,xc是一个元胞数组 yc = get(lh, 'ydata');            % 取出y轴数据,yc是一个元胞数组 %如果想取得第2条曲线的x,

#-*- coding: UTF-8 -*- import re import sys import os   str1=[] str2=[] str_dump=[] fa=open("A.txt",'r') fb=open("B.txt",'r') fc=open("C.txt",'w+')   #将A.txt的内容逐行读到str1中 for line in fa.readlines():     str1.append(line.replac

文本文件是基本的文件类型,不管是csv, xls, json, 还是xml等等都可以按照文本文件的形式读取. #-*- coding: utf-8 -*- fpath = "data/textfile.txt" f = open(fpath, 'r') ## 按照字符读取字符 first_char = f.read(1) print "first char: ", first_char ## 改变文件对象的位置, 位置是按照bytesize计算的 ## 如果不把位置

ffmpeg -i 2018.mp4 -codec copy -bsf: h264_mp4toannexb -f h264 tmp. 注释: -i 2018.mp4:  是输入的MP4文件 -codec copy: 从mp4中拷贝 -bsf: h264_mp4toannexb: 从mp4拷贝到annexB封装 -f h264: 采用h264格式 tmp.264: 输出的文件

帮妹子处理一个2.xG 大小的 csv文件,文件太大,不宜一次性读入内存,可以使用open迭代器. with open(filename,'r') as file # 按行读取 for line in file: process 或者简单点 for line in open('myfile.txt','r'): pass 需求是,提取时间在指定时间段的数据,另存一个文件. 全部代码如下 def is_between_time(str, start, end): """ :pa