定义:融合基因是指两个或者多个基因联合起来,一起转录形成一个转录本: 检测的意义:融合基因可以作为某些疾病的特异分子标记,比如 bcr/abl融合基因存在于95%以上的慢性粒细胞白血病患者中: AML1/ETO融合基因主要见于急性粒细胞白血病部分分化型患者中: CBFβ/MYH11融合基因是M4Eo型白血病的分子标志: PML/RARα融合基因是急性早幼粒细胞白血病(APL)的分子标志: 检测方法: 只有少数的融合基因是因为染色体易位等原因,在DNA水平上联合在一起,而大多数的融合基因在DNA水

[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b

Sam&bam文件 SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式.主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果.当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件.SAM的全称是sequence alignment/map format.而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary). SAM由头文件和map结果组成.头文件由一行行以@起始的注释构成:而map结果是类似

Pysam可用来处理bam文件 安装: 用 pip 或者 conda即可 使用: Pysam的函数有很多,主要的读取函数有: AlignmentFile:读取BAM/CRAM/SAM文件 VariantFile:读取变异数据(VCF或者BCF) TabixFile:读取由tabix索引的文件: FastaFile:读取fasta序列文件: FastqFile:读取fastq测序序列文件 一般常用的是第一个和第二个. 例子: 1 import pysam 2 3 bf = pysam.Alignm

当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件.SAM的全称是sequence alignment/map format.而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary). 那么SAM文件的格式是什么样子的呢?如果你想真实地了解SAM文件,可以查看它的说明文档.SAM由头文件和map结果组成.头文件由一行行以@起始的注释构成.而map结果是类似下面的东西: HWI-ST1001:137:C12FPACXX:7:1115:14131:66670

ipsw文件 提取系统文件 方法总结 由于修改运营商文件造成我的有锁4S无法使用移动卡了,在网上苦寻一番还是没有结果,最后萌生了从固件中提取文件的想法,于是便开始在网上搜集资料,最后文件终于提取成功并修复了我的问题,现在把我的经历记录一下,希望对有需要的朋友有所帮助. 注:本次提取操作全部是在ubuntu下进行的,另外附件里面有已经解密.解压过的dmg文件,可以直接在MAC或linux下挂载 1,首先到theiphonewiki网站看看你所需要的文件对应的设备及系统版本是不是已经有破译的密钥,如

 前一种方法是将manifest文件放入exe中,但是要记得需要在工程中设置 这样的话exe中就不存在manifest了,在debug目录下就会看到相应的manifest文件.后者是将exe中的manifest文件提取出来,但是exe中依然有manifest文件!

  测序产生的bam文件,有一些reads在cigar值里显示存在softclip,有一些存在hardclip,究竟softclip和hardclip是怎么判断出来的,还有是怎么标记duplicate的reads的,我怀着这些问题进行了探究. 测试步骤 编辑两个bed文件,分别含有我们需要的read1和read2位置,这里每个文件包含两条read1或者两条read2,read1.read2一对作为原始的reads(序列名primer_pri),另一对作为截取的材料(这里取序列名为other) 使

  有时候我们需要使用C++处理bam文件,比如取出read1或者read2等符合特定条件的序列,根据cigar值对序列指定位置的碱基进行统计或者对序列进行处理并输出等,这时我们可以使用htslib库.htslib可以用来处理SAM, BAM,CRAM 和VCF文件,是samtools.bcftools的核心库. #include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include <htslib/sam.h> using namespace

XML文件??? xml即可扩展标记语言,它可以用来标记数据.定义数据类型,是一种允许用户对自己的标记语言进行定义的源语言. 里面的标签都是可以随心所欲的按照他的命名规则来定义的,文件名为roi.xml <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> <readingSession> <roi> <xCoord id="1">312</xCoord> <

最近在上生物信息学原理,打算记录一些课上的作业.第一次作业:如题. 基本思路: 1.从GFF中读取CDS的起始终止位置以及正负链信息.GFF格式见http://blog.sina.com.cn/s/blog_8a4f556e0102yd3l.html. 2.利用起始/终止位置等信息从FNA文件中提取CDS序列.FNA格式见 http://boyun.sh.cn/bio/?p=1192. 3.利用CDS序列及密码子表得到FAA文件并输出. 注意:最需要注意的一点是:当GFF中CDS位于负链时,需要

在讲解提取css之前,我们先看下项目的架构如下结构: ### 目录结构如下: demo1 # 工程名 | |--- dist # 打包后生成的目录文件 | |--- node_modules # 所有的依赖包 | |--- app | | |---index | | | |-- views # 存放所有vue页面文件 | | | | |-- index.vue | | | | |-- list.vue | | | |-- components # 存放vue公用的组件 | | | |-- js

摘自 Ajax获取 Json文件提取数据 1. json文件内容(item.json) [ { "name":"张国立", "sex":"男", "email":"zhangguoli@123.com", "url":"./img/1.jpg" }, { "name":"张铁林", "sex&quo

前言 标注数据导出文件是json格式的,也就是python的dict格式,需要读取标注结果,可以使用c++或者python,本文使用c++实现的. JsonCpp简介 JsonCpp是一种轻量级的数据交换格式,是个跨平台的开源库,可以从github和sourceforge上下载源码.查找资料的过程中发现另一个开源库RapidJson,有时间可以了解一下. JsonCpp使用 1.安装JsonCpp开源库: $ sudo apt-get install libjsoncpp-dev 2.根据jso

var gulp = require('gulp') var fs = require("fs") var babelify = require('babelify') var browserify = require('browserify') var rename = require('gulp-rename') var uglifyjs = require('gulp-uglifyjs') var vendors = ['react','react-dom','jquery'];

jks是JAVA的keytools证书工具支持的证书私钥格式.pfx是微软支持的私钥格式. cer是证书的公钥. 如果是你私人要备份证书的话记得一定要备份成jks或者pfx格式,否则恢复不了. 简单来说,cer就是你们家邮箱的地址,你可以把这个地址给很多人让他们往里面发信.pfx或jks就是你家邮箱的钥匙,别人有了这个就可以冒充你去你家邮箱看信,你丢了这个也没法开邮箱了 ===================== ===================== https://blog.csdn.n

已安装包校验 rpm -V 已安装的包名-V 校验指定rpm包中的文件 rpm -V pth没有任何提示,说明自安装后没有做过任何修改 rpm包中文件提取 比如对一个系统配置文件误操作,可以根据这个文件找到它所属的rpm包,然后再从rpm包中提取这个文件再覆盖被误操作文件 rpm2cpio 包全名 | cpio -idv .rpm包中文件绝对路径-i copy-in模式,还原-d 还原时自动新建目录-v 显示还原过程 rpm2cpio将rpm包转换为cpio格式的文件 cpio是一个标准工具,它

最近接触的数据都是靶向测序,或者全外测序的数据.对数据的覆盖深度及靶向捕获效率的评估成为了数据质量监控中必不可少的一环. 以前都是用samtools depth 算出单碱基的深度后,用perl来进行深度及捕获效率的计算.今天无意中看到了bamdst(https://github.com/shiquan/bamdst)这个软件,用起来也很方便,参考GitHub,在此记录使用方法. 下载并安装:下载安装包并解压后, cd ./bamdst-master make 安装好后,需要准备.bed文件及.b

1. RPM 包校验 $ rpm -V 已安装的包名 选项 释义 -V (verify) 校验指定 RPM 包中的文件 (1) 验证内容中的 8 个信息的具体内容如下 信息名称 释义 S 文件大小是否改变 M 文件的类型或文件的权限 (rwx) 是否被改变 5 文件 MD5 校验和是否改变(可以看成文件内容是否改变) D 设备的主从代码是否改变 L 文件路径是否改变 U 文件的属主(所有者)是否改变 G 文件的属组是否改变 T 文件的修改时间是否改变 (2) 文件类型 类型名称 释义 c (co

折腾这么多都是白瞎,STAR就有输出没有别对上的pair-end reads的功能 参见:How To Filter Mapped Reads With Samtools I had the same issue but with Paired End Reads, and I solved using samtools and bamToFastq. You can find bamToFastq here: https://code.google.com/p/hydra-sv/ If you

很多时候第三方库或其他项目提供的库多数会以动态库的形式提供dll以及相应的lib导入库.头文件,不过也有的只是提供dll和头文件,或者也提供了def模块定义(用于导出函数)文件,此时若使用将不得不调用LoadLibrary以及GetProcAddress以获取一系列需要的函数,相对来说比较繁琐:多数人更喜欢使用引入库的方式. 此时需要通过提供的dll或者def文件来获取lib导入库文件,操作步骤如下: 1. 若只提供dll,则需通过dumpbin工具提取dll中导出的各个函数: dumpbin