最近接触的数据都是靶向测序,或者全外测序的数据.对数据的覆盖深度及靶向捕获效率的评估成为了数据质量监控中必不可少的一环. 以前都是用samtools depth 算出单碱基的深度后,用perl来进行深度及捕获效率的计算.今天无意中看到了bamdst(https://github.com/shiquan/bamdst)这个软件,用起来也很方便,参考GitHub,在此记录使用方法. 下载并安装:下载安装包并解压后, cd ./bamdst-master make 安装好后,需要准备.bed文件及.b

本例使用.NET Core向一个文本文件中的特定位置写入数据,来模拟文件上传中的断点续传是如何在服务器端实现的. 新建一个.NET Core控制台项目FileContinueToWrite,其Program.cs的源代码如下: using System; using System.Text; using System.IO; namespace FileContinueToWrite { class Program { /// <summary> /// GenerateFile方法用于生成文

虽然网络上关于“C#对二进制文件进行读写”的文章多如牛毛,但具体到自己要处理的问题时,难免让人产生“书到用时方恨少”和“纸上读来终觉浅”的感觉.我现在感觉要真正解决自己的问题,最终还是要靠自己下功夫. 实例一:将数值写入文件的特定位置 String saveFile = "C:\\Users\\ufo\\Desktop\\rich4\\SAVE2.DAT";// 要保存的文件 FileStream writeStream = File.OpenWrite(saveFile);// 以写

  有时候我们需要使用C++处理bam文件,比如取出read1或者read2等符合特定条件的序列,根据cigar值对序列指定位置的碱基进行统计或者对序列进行处理并输出等,这时我们可以使用htslib库.htslib可以用来处理SAM, BAM,CRAM 和VCF文件,是samtools.bcftools的核心库. #include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include <htslib/sam.h> using namespace

[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b

  测序产生的bam文件,有一些reads在cigar值里显示存在softclip,有一些存在hardclip,究竟softclip和hardclip是怎么判断出来的,还有是怎么标记duplicate的reads的,我怀着这些问题进行了探究. 测试步骤 编辑两个bed文件,分别含有我们需要的read1和read2位置,这里每个文件包含两条read1或者两条read2,read1.read2一对作为原始的reads(序列名primer_pri),另一对作为截取的材料(这里取序列名为other) 使

Sam&bam文件 SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式.主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果.当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件.SAM的全称是sequence alignment/map format.而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary). SAM由头文件和map结果组成.头文件由一行行以@起始的注释构成:而map结果是类似

Pysam可用来处理bam文件 安装: 用 pip 或者 conda即可 使用: Pysam的函数有很多,主要的读取函数有: AlignmentFile:读取BAM/CRAM/SAM文件 VariantFile:读取变异数据(VCF或者BCF) TabixFile:读取由tabix索引的文件: FastaFile:读取fasta序列文件: FastqFile:读取fastq测序序列文件 一般常用的是第一个和第二个. 例子: 1 import pysam 2 3 bf = pysam.Alignm

当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件.SAM的全称是sequence alignment/map format.而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary). 那么SAM文件的格式是什么样子的呢?如果你想真实地了解SAM文件,可以查看它的说明文档.SAM由头文件和map结果组成.头文件由一行行以@起始的注释构成.而map结果是类似下面的东西: HWI-ST1001:137:C12FPACXX:7:1115:14131:66670

使用iframe调用指定网页的特定位置(显示目标网页某区域的我想要的内容) 有些时候我们并不需要显示iframe标签属性src指定的目标网页的所有内容,往往只需要显示某一特定区域.现有两种实现方法提供,但严禁使用此方法用于欺骗.隐瞒目的. 这里用到了Iframe的一些属性,稍微介绍下:       1. marginheight 属性规定框架内容与框架的上方和下方之间的高度,以像素计.       2. maiginweidth 属性规定框架内容与框架的左侧和右侧之间的高度,以像素计.     

发送到文件夹的位置 %APPDATA%\Microsoft\Windows\SendTo

1.从一串字符串中获取特定的信息 要求1:获取本机IP:menu.lst为系统镜象的IP配置文件,需要从中获取到本机IP信息(从文件获取信息) timeout title live find --set-root /casper/vmlinuz kernel /casper/vmlinuz boot=casper ignore_uuid showmounts ip=eth0,10.0.66.66,255.255.240.0,10.0.64.3 initrd /casper/initrd.lz m

最近工作中遇到一个问题,想在某个文件的指定位置后面添加一个标志位,要求在shell脚本里实现. 问题说明: 想在sys_config.fex文本的某个字符串后面添加一个flag 例如:sys_config.fex里有这么一段 [nand_para] nand_use = 1 要求在[nand_para]后面添加一个flag = 1,最后变成(不影响其他内容): [nand_para] flag = 1 nand_use = 1 具体实现: 参考资料(http://bbs.chinaunix.ne

//功能:    根据一个URL地址将数据保存到指定路径下,支持断点续传//参数:    url            --需要访问的URL地址//         SavePath       --需要保存的路径//DownedSize 已经下载的大小// totalSize 文件总大小//返回值:  ture --成功 false --失败bool HttpGet::DownFile(const QUrl &url,const QString &SavePath,int DownedS

package folder; import java.io.File;import java.io.FileInputStream;import java.io.FileNotFoundException;import java.io.FileOutputStream;import java.io.IOException;import java.util.HashMap;import java.util.Iterator;import java.util.Map; public class f

初次使用Jupyter Notebook,确实好用啊!!,又好看又好用,不过还是遇到了一个问题,安装好之后,打开Jupyter Notebook 的时候,默认的文件夹的位置是C盘下面的XXX目录,但是我想把文件保存到其他的文件夹下,发现知乎上有这个问题的详细解答,(附上问题链接ipython notebook 如何修改一开始打开的文件夹路径?)在这里记录下解决方法:首先在cmd下使用下面的命令找到配置文件的位置jupyter notebook --generate-config 打开文件夹可以看

mysql如何查看自己数据库文件所在的位置 C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5 mysql数据库 方法/步骤     第1步: 打开mysqml文件夹,显示的文件如下,然后找到my.ini文件,如图所示.   第2步: 选中my.ini文件,这时候点击鼠标右键依次选择”打开方式“然后选择”记事本打开“   第3步: 以记事本的方式打开my.ini文件后,按ctrl+f搜索”datadir“就可以找到你数据库的物理路径   第4步: 如果你想修改数据库文

相关函数:dup, open, fseek 头文件:#include <sys/types.h>    #include <unistd.h> 定义函数:off_t lseek(int fildes, off_t offset, int whence); 函数说明:每一个已打开的文件都有一个读写位置, 当打开文件时通常其读写位置是指向文件开头, 若是以附加的方式打开文件(如O_APPEND), 则读写位置会指向文件尾. 当read()或write()时, 读写位置会随之增加,lse

用js或者jquery比较好实现.但你要知道,滚动到哪个特定位置,例如滚动到一个标题h3那显示这个div,那么可以用jquery算这个h3距离网页顶部的距离:$("h3").offset().top,这个值有了后,还要算滚动条的距离$(this).scrollTop().第一个值是不会吧的,主要是第二个值是不断在变,所以要写到滚动方法里:$(window).scroll().大概整个代码是$(function(){ var h3_height = $("h3").o

npm的.npmrc文件在哪里?缓存及全局包文件在什么位置?   npm作为node开发过程中的必备工具,长期使用之后,您可能会想:这些全局安装的node包都放在硬盘里面的哪个地方?配置文件.npmrc文件在哪里?node包的缓存位置在哪里?本文里,苏南大叔就讲述npm相关的这些位置信息.如果您需要深入理解node相关的代码逻辑,本篇内容就是你需要的基础知识教程. 如何快捷修改.npmrc配置文件? .npmrc文件,就是npm的配置文件所在位置.当然,寻找这个文件的目的,多数是为了修改.npm