1.Bam2bigwig(工具) https://www.researchgate.net/publication/301292288_Bam2bigwig_a_tool_to_convert_bam_files_into_bigwig_for_UCSC_Genome_Browser tutor file: http://files.cnblogs.com/files/renping/bam2bigwig.pdf 2.通过chip-seq 流程有涉及 http://blog.csdn.net/q

[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b

处理基因组数据,很多时候我们会觉得直接看序列文件不够直观,如果绘图的话,把n多G把数据用画图出来不仅费劲,就算操作也不方便.因此我们可以用UCSC开发出的genome browser,可以直接把数据信息写成track,连上genome browser 上查看,它还支持安装到本地服务器上(genome browser in box ,简称GBIB),genome browser 支持的格式有bedGraph, GTF, PSL, BED, bigBed, WIG, bigGenePred, big

samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)

转自:samtools常用命令详解 samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到

如何划窗统计测序数据的reads数(depth):https://blog.csdn.net/shenshenwu666/article/details/80936374 方法1,用samtools depth.但是这个方法仅仅局限于对单个位点进行depth进行统计 samtools depth -b bed_file sample.bam > sample.depth bed 用来指定统计区间,运行后输出指定区间每一个碱基的测序深度(由于涉及所有碱基,因此文件很大) 方法2,用samtools

samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集,包含有许多命令.以下是常用命令的介绍: view命令的主要功能: 将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式. bam

当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件.SAM的全称是sequence alignment/map format.而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary). 那么SAM文件的格式是什么样子的呢?如果你想真实地了解SAM文件,可以查看它的说明文档.SAM由头文件和map结果组成.头文件由一行行以@起始的注释构成.而map结果是类似下面的东西: HWI-ST1001:137:C12FPACXX:7:1115:14131:66670

1,jbrowse 是什么东西 ? JBrowse is a genome browser with a fully dynamic AJAX interface, being developed as the eventual successor to GBrowse. It is very fast and scales well to large datasets. JBrowse is javascript-based and does almost all of its work di

        在前几天的一个项目中,由于数据库字段的命名原因 其中有两项:一项叫做"市场价格"一项叫做"商店价格" 为了便于区分,遂分别将其命名为market_price和shop_price.对应的实体类命名于此相似.可是在后台使用Xstream将数据读出转换为对xml对象时,前台使用Extjs的ajax请求,所有其他的属性在前台都可以被解析,唯独 此二者不可解析,仔细检查了一遍也没有发现是什么原因.后来将生产的xml文件粘贴到NotePad 放大后才发现原有得

怎样使用 async & await 一步步将同步代码转换为异步编程 [博主]反骨仔 [出处]http://www.cnblogs.com/liqingwen/p/6079707.html  序 上次,博主通过<利用 async & await 的异步编程>该篇点睛之作介绍了 async & await 的基本用法及异步的控制流和一些其它的东西. 今天,博主打算从创建一个普通的 WPF 应用程序开始,看看如何将它逐步转换成一个异步的解决方案. 目录 介绍 添加引用 先创

条件: 安装好禅道的服务器 能直接浏览PDF的浏览器(或通过 安装插件实现 ) 文档转换服务程序(建议部署在另一台服务器上)     实现 原理: 修改禅道的文件预览功能(OFFICE文档其使用的是下载打开方式)为向转换服务请求PDF 转换服务收到URL后,下载该文件并调用后台服务转换为PDF,向请求者返回PDF 禅道内置的预览PDF功能直接请求浏览器预览PDF     需要修改的文件及内容 xampp\zentao\module\file\control.php xampp\zentao\mo

Android Studio快捷键switch case 轻松转换为if else 今天碰到的问题,没有找到资料,后面找到了方法,这个记下来,转载请注明出处:http://www.cnblogs.com/LT5505/p/5462820.html 原始代码如下: 随后选中“switch”,ALt+Enter同时选中,弹出对话框,选择“Replace 'switch' with 'if'”, 选中之后,点击,即可将“switch”转换为了'if'样式,如果需要转回“switch”,同样的快捷键方式

iOS各种屏幕自动适配及颜色转换为十六进制 ★★★XLJMatchScreen自动适配屏幕★★★ 支持pod导入 pod 'XLJScreenMatching', '~> 1.0.3' 如果发现pod search XLJNewFeature 搜索出来的不是最新版本,需要在终端执行cd转换文件路径命令退回到desktop,然后执行pod setup命令更新本地spec缓存(可能需要几分钟),然后再搜索就可以了. 使用方法 直接在你的.pch文件中导入文件XLJMatchScreen.h 更新记录

Linux系统中的物理存储空间和虚拟存储空间的地址范围分别都是从0x00000000到0xFFFFFFFF,共4GB,但物理存储空间与虚拟存储空间布局完全不同.Linux运行在虚拟存储空间,并负责把系统中实际存在的远小于4GB的物理内存根据不同需求映射到整个4GB的虚拟存储空间中.Linux主要工作在保护模式下.80X86从逻辑地址到物理地址变换中经过了两个阶段.第一阶段使用分段机制把程序的逻辑地址变换成处理器可寻址内存空间(称为线性地址空间)中的地址.第二阶段的分页机制把线性地址转换成物理地址

微信JS-SDK开发过程中,使用getLocation获取坐标位置,如何将微信获取的坐标直接应用到百度地图中,显示以下效果: 说明:红色图标是从微信转换过来的位置,蓝色图标是周边位置.首先从微信开发流程讲解. 1.微信JS-SDK开发文档 首先进入官网的帮助文档:https://mp.weixin.qq.com/wiki?t=resource/res_main&id=mp1421141115&token=&lang=zh_CN 可对文档进行详细的研读,要获取位置信息,分以下步骤:

一.CString转换为LPSTR 方法一: CString strFileName LPSTR lpstr - strFileName.GetBuffer(); strFileName.Releasebuffer(); 方法二: 强制转化 CString strFileName; LPSTR lpstr = (LPSTR)(LPCSTR)strFileName; 二.LPSTR转化为CString LPSTR lpstr = _T("TestStr"); CString str(lp

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开发中,有时候需要获取View的截图来做动画来达到动画流程的目的 原理:将View的内容画到一个Bitmap画布上,然后取出 下面封装了一个从View生成Bitmap的工具类 /** * 将View转换为Bitmap对象 */ public class ViewToBitmapUtil { private static final String TAG = "ViewToBitmapUtil"; public static Bitmap convertViewToBitmap(View