StringTie 参考链接: https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual#input https://www.cnblogs.com/adawong/articles/7977314.html 参数简介 StringTie的基本用法: stringtie <aligned_reads.bam> [options]* 其中,aligned_reads.bam 是输入文件,该输入文件要求必须按其基因组位置排序, HISA

当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件.SAM的全称是sequence alignment/map format.而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary). 那么SAM文件的格式是什么样子的呢?如果你想真实地了解SAM文件,可以查看它的说明文档.SAM由头文件和map结果组成.头文件由一行行以@起始的注释构成.而map结果是类似下面的东西: HWI-ST1001:137:C12FPACXX:7:1115:14131:66670

有时,开发人员会对应用程序进行更改,当安装为以前版本的更新时出现令人惊讶的结果 - 快捷方式断开,小部件消失或甚至根本无法安装. 应用程序的某些部分在发布后是不可变的,您可以通过理解它们来避免意外. 你的包名和证书 其中最明显和最可见的是“manifest package name”,它是在AndroidManifest.xml中为您的应用程序提供的唯一名称. 该名称使用Java语言风格的命名约定,具有Internet域所有权有助于避免名称冲突. 例如,由于Google拥有域“google.co

在定义和寄宿WCF服务的时候会面临三个名称/命名空间,它们分别是ServiceContractAttribute.ServiceBehaviorAttribute和Binding的Name和Namespace属性,很对人对此不能很好地区分. 一.ServiceContractAttribute的名称/命名空间 每个服务契约都有一个确定的名称,当在一个接口或类上应用了ServiceContractAttribute特性,默认的名称就是接口或类的名称.我们可以通过Name属性显式地指定需要的名称,这

1 课程简介 通过本课程熟悉业务活动监控(BAM)的使用及各组件的配置. (本环境为Windows 2008 32位操作系统环境 + Visual Studio 2010 + BizTalk 210) 2 准备工作 1. 熟悉BizTalk Schema, Orchestration等相关开发技术 3 演示 1. 创建BizTalk项目(签名.应用程序名称配置) 2. 新建Schema,新建id(string类型),product(string类型),quantity(int类型),price(

setLabel colname, data, class, properties jqGrid对象 给指定列设置一个新的显示名称.colname:列名称,也可以是列的位置索引,从0开始:data:列显示名称,如果为空则不修改:class:如果是 string则会使用addClass方法将其加入到单元格的css中,如果是array则会直接加到style属性中:properties:设置 label的属性 jQuery("#grid_id").jqGrid('method', param

解决NIOS II工程移动在磁盘上位置后project无法编译问题 说明:本文档于2017年3月4日由小梅哥更新部分内容,主要是增加了讲解以Quartus II13.0为代表的经典版本和以15.1为代表的更新版本之间,解决问题的一些小的差异. 如果用户只是想快速解决问题,不想分析产生问题的原因并和我一起探寻解决问题的思路,可以直接跳到6.4节解决方案步骤总结:6.4 解决方案步骤总结.(点击蓝色字体即可到达) 针对目录改变时,Nios II project无法编译的问题,网上有多种解决方法,不过

20170222 ANNOVAR简介 ANNOVAR是由王凯编写的一个注释软件,可以对SNP和indel进行注释,也可以进行变异的过滤筛选. ANNOVAR能够利用最新的数据来分析各种基因组中的遗传变异.主要包含三种不同的注释方法,Gene-based Annotation(基于基因的注释).Region-based Annotation(基于区域的注释).Filter-based Annotation(基于筛选的注释). ANNOVAR由Perl编写. 优点:提供多个数据可直接下载.支持多种格

Go 语言的基本数据类型 0)变量声明 var 变量名字 类型 = 表达式 例: 其中“类型”或“= 表达式”两个部分可以省略其中的一个. 1)根据初始化表达式来推导类型信息 2)默认值初始化为0. 例: var num int // var num int = 0 // var num int = 10 1)整型 1.1)整型类型 类型名称 有无符号 bit数 int8 Yes 8 int16 Yes 16 int32 Yes 32 int64 Yes 64 uint8 No 8 uint16

本节大纲: 1.模块介绍 2.time&datetime 3.random. 4.os 5.sys 6.shutil 7.json&picle 8.shelve 9.xml处理 10.yaml处理 11.configparser 12.hashlib 13.subprocess 14.logging模块 15.re正则表达式 模块的定义:用一堆代码实现了某个功能的代码集合 类似与函数式编程和面向过程编程,函数式编程则完成一个功能,其他代码用来调用即可,提供了代码的重用性和代码间的耦合,而对

实现原理: 创建多个div,div之间通过css实现层叠,每个div放置当前表格的克隆.例如:需要行冻结时,创建存放冻结行表格的div,通过设置z-index属性和position属性,让冻结行表格在数据表格的上层.同理,需要列冻结时,创建存放冻结列表格的div,并放置在数据表格的上层.如果需要行列都冻结时,则除了创建冻结行.冻结列表格的div,还需要创建左上角的固定行列表格的div,并放置在所有div的最上层. 处理表格的滚动事件,在表格横向或者纵向滚动时,同时让相应的冻结行和冻结列也同步滚动

译者注: Bob大叔14年后再次谈论极限编程.极限编程经历了14年的风风雨雨后,Bob大叔将会给它怎么样的定义那? 在我手中拿着的一本白皮薄书,在14年前彻底的改变了软件世界.这本书的标题是解析极限编程,副标题是拥抱变化.作者是Kent Beck,出版时间为1999年. 这本书很薄,不到200页.排版很宽,间隔很远.写作风格即自由散漫又平易近人.章节不多,概念简单. 但是其影响却像地震一样,甚至至今震动仍未平息下来. 起始于第53页的章节10,列出了12项实践,引爆了行业内的大辩论.并催生了一场

转自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_8088f3700101pab7.html 权威发布:长链非编码RNA命名规则 对于人类基因命名标准的制定而言,雨果基因命名委员会(HGNC)是唯一官方授权的机构.HGNC的数据库中有38000个基因名称,其中大部分是编码蛋 白基因:但HGNC也命名了8500多个人类非编码基因及假非编码基因,通过与各层次专家们的合作,他们命名了大多数的小非编码RNA. 小非编码RNA一般可根据它们的同源性及相同功能来分类.相比而言,长链非编码R

作业要求: 实现这个功能的软件也很多,还是烦请大家先自己搜索几个教程,入门请统一用htseq-count,对每个样本都会输出一个表达量文件. 需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵.参考:生信编程直播第四题:多个同样的行列式文件合并起来 对这个表达矩阵可以自己简单在excel或者R里面摸索,求平均值,方差. 看看一些生物学意义特殊的基因表现如何,比如GAPDH,β-ACTIN等等. [1]安装计数软件:htseq-count # conda安装 $ conda install -c bioconda

去掉敏感信息后的不完整版 ==========================================================================2018年12月29日 记录: 目前在维护的最低PHP版本只有5.6了:1.5.6.39版本convert.quoted-printable-encode过滤器时核心的segfault错误imap扩展的错误phar扩展的错误,PharData类提供了一个访问和创建不可执行的tar和zip存档的高级接口5.6.38版本apac

fai示例: Sc0000003 2774837 10024730 60 61 Sc0000004 2768176 12845826 60 61 Sc0000005 2756750 15660150 60 61 Sc0000006 2627294 18462857 60 61 Sc0000007 2472379 21133951 60 61 Sc0000008 2452568 23647548 60 61 NAME Name of this reference sequence LENGTH T

使用limma.Glimma和edgeR,RNA-seq数据分析易如反掌 Charity Law1, Monther Alhamdoosh2, Shian Su3, Xueyi Dong3, Luyi Tian1, Gordon K. Smyth4 and Matthew E. Ritchie5 1The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, 1G Royal Parade, Parkville, VIC 3052, Melbo

SNP问题大集锦 [2017-01-19]       最近小编对基因检测很感兴趣,也跟风去测了一下,这一测不要紧,吓得小编几天没睡着觉,这不,检测报告上称小编的减肥能力弱,虽然小编一家都是胖子,唯有小编一个瘦子,原本以为是基因发生了突变,然并卵,是未到时候...... 难过之后小编恢复了理智,凭什么你说小编减肥能力弱,小编表示不服,仔细读了报告后发现,原来是这些SNP位点搞的鬼,又是SNP! 话说小编最近收到许多关于SNP的问题,现整理如下: 1.什么是SNP? 单核苷酸多态性(single

Sensitivity, specificity, and reproducibility of RNA-Seq differential expression calls RNA-Seq差异表达调用的灵敏度 特异性 重复性 抽象背景:MAQC / SEQC联盟最近编制了一个关键基准,可用于测试微阵列和RNA-seq表达谱分析工具的最新发展.这些客观基准是基础研究和应用研究所需,对临床和监管结果至关重要.超越原始SEQC研究中提出的第一次比较,我们在此提出包括效果的扩展基准常见实验的典型优势.

Programming in LuaCopyright ® 2005, Translation Team, www.luachina.net Programming in LuaProgramming in Lua作者:Roberto Ierusalimschy翻译:www.luachina.netSimple is beautifulCopyright ® 2005, Translation Team, www.luachina.net Programming in Luai版权声明 <Pro