折腾这么多都是白瞎,STAR就有输出没有别对上的pair-end reads的功能 参见:How To Filter Mapped Reads With Samtools I had the same issue but with Paired End Reads, and I solved using samtools and bamToFastq. You can find bamToFastq here: https://code.google.com/p/hydra-sv/ If you

package folder; import java.io.File;import java.io.FileInputStream;import java.io.FileNotFoundException;import java.io.FileOutputStream;import java.io.IOException;import java.util.HashMap;import java.util.Iterator;import java.util.Map; public class f

下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式 如果只想提取指定位置(specifi

[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b

当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件.SAM的全称是sequence alignment/map format.而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary). 那么SAM文件的格式是什么样子的呢?如果你想真实地了解SAM文件,可以查看它的说明文档.SAM由头文件和map结果组成.头文件由一行行以@起始的注释构成.而map结果是类似下面的东西: HWI-ST1001:137:C12FPACXX:7:1115:14131:66670

Sam&bam文件 SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式.主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果.当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件.SAM的全称是sequence alignment/map format.而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary). SAM由头文件和map结果组成.头文件由一行行以@起始的注释构成:而map结果是类似

  有时候我们需要使用C++处理bam文件,比如取出read1或者read2等符合特定条件的序列,根据cigar值对序列指定位置的碱基进行统计或者对序列进行处理并输出等,这时我们可以使用htslib库.htslib可以用来处理SAM, BAM,CRAM 和VCF文件,是samtools.bcftools的核心库. #include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include <htslib/sam.h> using namespace

前言 标注数据导出文件是json格式的,也就是python的dict格式,需要读取标注结果,可以使用c++或者python,本文使用c++实现的. JsonCpp简介 JsonCpp是一种轻量级的数据交换格式,是个跨平台的开源库,可以从github和sourceforge上下载源码.查找资料的过程中发现另一个开源库RapidJson,有时间可以了解一下. JsonCpp使用 1.安装JsonCpp开源库: $ sudo apt-get install libjsoncpp-dev 2.根据jso

jks是JAVA的keytools证书工具支持的证书私钥格式.pfx是微软支持的私钥格式. cer是证书的公钥. 如果是你私人要备份证书的话记得一定要备份成jks或者pfx格式,否则恢复不了. 简单来说,cer就是你们家邮箱的地址,你可以把这个地址给很多人让他们往里面发信.pfx或jks就是你家邮箱的钥匙,别人有了这个就可以冒充你去你家邮箱看信,你丢了这个也没法开邮箱了 ===================== ===================== https://blog.csdn.n

已安装包校验 rpm -V 已安装的包名-V 校验指定rpm包中的文件 rpm -V pth没有任何提示,说明自安装后没有做过任何修改 rpm包中文件提取 比如对一个系统配置文件误操作,可以根据这个文件找到它所属的rpm包,然后再从rpm包中提取这个文件再覆盖被误操作文件 rpm2cpio 包全名 | cpio -idv .rpm包中文件绝对路径-i copy-in模式,还原-d 还原时自动新建目录-v 显示还原过程 rpm2cpio将rpm包转换为cpio格式的文件 cpio是一个标准工具,它

1.解压文件到指定目录 /** * 解压文件到指定目录 * zipFile:要解压的文件 * descDir:解压到哪个文件 * */ @SuppressWarnings("rawtypes") public static void unZipFiles(File zipFile,String descDir)throws IOException { File pathFile = new File(descDir); if(!pathFile.exists()) { pathFile

1. RPM 包校验 $ rpm -V 已安装的包名 选项 释义 -V (verify) 校验指定 RPM 包中的文件 (1) 验证内容中的 8 个信息的具体内容如下 信息名称 释义 S 文件大小是否改变 M 文件的类型或文件的权限 (rwx) 是否被改变 5 文件 MD5 校验和是否改变(可以看成文件内容是否改变) D 设备的主从代码是否改变 L 文件路径是否改变 U 文件的属主(所有者)是否改变 G 文件的属组是否改变 T 文件的修改时间是否改变 (2) 文件类型 类型名称 释义 c (co

Pysam可用来处理bam文件 安装: 用 pip 或者 conda即可 使用: Pysam的函数有很多,主要的读取函数有: AlignmentFile:读取BAM/CRAM/SAM文件 VariantFile:读取变异数据(VCF或者BCF) TabixFile:读取由tabix索引的文件: FastaFile:读取fasta序列文件: FastqFile:读取fastq测序序列文件 一般常用的是第一个和第二个. 例子: 1 import pysam 2 3 bf = pysam.Alignm

打包举例:将 /usr/local/src/zlib-1.2.5目录下的文件打包成 zlib-1.2.5.tar.gz cd /usr/local/src tar -czvf ./zlib-1.2.5.tar.gz ./zlib-1.2.5/* # 压缩到制定目录下(如:/root/2/ ) tar -czvf /root/2/zlib-1.2.5.tar.gz ./zlib-1.2.5/* #压缩 tar  -czvf   ***.tar.gz tar  -cjvf   ***.tar.bz2

  linux解压文件时指定文件夹名称   wget -O mysql-5.6.15.tar.gz  http://oss.aliyuncs.com/aliyunecs/onekey/mysql/mysql-5.6.15-linux-glibc2.5-i686.tar.gz mkdir ./mysql-5.6.15 && tar -xzvf mysql-5.6.15.tar.gz -C ./mysql-5.6.15 --strip-components 1

Oracle 数据库通过RMAN恢复控制文件到指定的路径 --------------------------------------------------------- 先查询备份集信息,再指定备份集名称,恢复控制文件到指定路径. list backup completed after 'sysdate -14' ; list backup completed between 'sysdate -14' and 'sysdate-7' ; list backup of controlfile

ipsw文件 提取系统文件 方法总结 由于修改运营商文件造成我的有锁4S无法使用移动卡了,在网上苦寻一番还是没有结果,最后萌生了从固件中提取文件的想法,于是便开始在网上搜集资料,最后文件终于提取成功并修复了我的问题,现在把我的经历记录一下,希望对有需要的朋友有所帮助. 注:本次提取操作全部是在ubuntu下进行的,另外附件里面有已经解密.解压过的dmg文件,可以直接在MAC或linux下挂载 1,首先到theiphonewiki网站看看你所需要的文件对应的设备及系统版本是不是已经有破译的密钥,如

split() 方法将字符串分割为字符串数组,并返回此数组. stringObject.split(separator,limit) 我们将按照不同的方式来分割字符串: 使用指定符号分割字符串,代码如下: var mystr = "www.imooc.com"; document.write(mystr.split(".")+"<br>"); document.write(mystr.split(".", 2)+&

1.根节点使用,表示根目录为当前目录,默认启动的target为build,项目名称为othersysm, <project basedir="." default="build" name="othersysm"> </project> 2.每一个target为一个执行命令,如果有依赖关系,则写为: <target depends="build-project" name="build&

C#项目打开/保存文件夹/指定类型文件,获取路径 转:http://q1q2q363.xiaoxiang.blog.163.com/blog/static/1106963682011722424325/ 1.打开文件路径:                  OpenFileDialog ofd = new OpenFileDialog();                //new一个方法            ofd.Filter = "(*.et;*.xls;*.xlsx)|*.et;*.x

最近工作中遇到一个问题,想在某个文件的指定位置后面添加一个标志位,要求在shell脚本里实现. 问题说明: 想在sys_config.fex文本的某个字符串后面添加一个flag 例如:sys_config.fex里有这么一段 [nand_para] nand_use = 1 要求在[nand_para]后面添加一个flag = 1,最后变成(不影响其他内容): [nand_para] flag = 1 nand_use = 1 具体实现: 参考资料(http://bbs.chinaunix.ne