1.NCBI文件格式如下: 2.格式转换 (1) bas.h5 -> ccs source /share/nas2/genome/biosoft/smrtanalysis/2.3.0/smrtanalysis/current/etc/setup.sh bash5tools.py --readType subreads --outType fasta /path/to/bas.h5 (2) bax.h5 -> ccs 需要各个文件进行转换并进行合并 source  /opt/smrtanalys

pacbio 采用hdf5文件格式保存原始的下机数据,对于RS 测序系统而言,会产生一个 bas.h5 的文件; 以bas.h5 文件为例,看一下有下机数据中保存了那些信息 h5dump 工具可以用来查看h5 文件的内容: 我从HGAP的wiki 页面下载了一个测试用的h5文件,文件名为 m120729_040044_42134_c100384402550000001523033010171256_s1_p0.bas.h5 运行下面命令: h5dump -n m120729_040044_421

前面的话 每天都有各种媒体对象经由HTTP传送,如图像.文本.影片以及软件程序等.HTTP要确保它的报文被正确传送,识别.提取以及适当处理.为了实现这些目标,HTTP使用了完善的标签来描述承载内容的实体.本文将详细介绍HTTP的实体和编码 实体介绍 如果把HTTP报文想象成因特网货运系统中的箱子,那么HTTP实体就是报文中实际的货物.下图展示了一个简单的实体,装在HTTP响应报文中 实体首部指出这是一个纯文本文档(Content-Type : text/plain),它只有18个字节长(Cont

摘要 超文本传输协议(HTTP)是一种为分布式,合作式,多媒体信息系统服务,面向应用层的协议.它是一种通用的,不分状态(stateless)的协议,除了诸如名称服务和分布对象管理系统之类的超文本用途外,还可以通过扩展它的请求方式,错误代码和报头来完成许多任务.HTTP的一个特点是数据表示方式的典型性和可协商性允许独立于传输数据而建立系统.在1990年WWW全球信息刚刚起步的时候HTTP就得到了应用.HTTP的第一个版本叫做HTTP/0.9,是一种为互联网原始数据传输服务的简单协议.由RFC 19

本文档规定了互联网社区的标准组协议,并需要讨论和建议以便更加完善.请参考 “互联网官方协议标准”(STD 1)来了解本协议的标准化状态.本协议不限流传发布. 版权声明 Copyright (C) The Internet Society (1999). All Rights Reserved. 摘要 超文本传输协议(HTTP)是一种为分布式,协作式的,超媒体信息系统.它是一种通用的,无状态(stateless)的协议,除了应用于超文本传输外,它也可以应用于诸如名称服务器和分布对象管理系统之类的系

名称   mplayer − 电影播放器 mencoder − 电影编解码器 概要   mplayer [选项] [文件|URL|播放列表|−] mplayer [选项] 文件1 [指定选项] [文件2] [指定选项] mplayer [选项] {文件和选项组} [组指定选项] mplayer [dvd|dvdnav]://[标题|[开头标题]−末尾标题] [选项] mplayer vcd://轨迹[/设备] mplayer tv://[频道][/input_id] [选项] mplayer r

超文本传输协议-HTTP/1.1(修订版) ---译者:孙超进本协议不限流传发布.版权声明Copyright (C) The Internet Society (1999). All Rights Reserved.摘要超文本传输协议(HTTP)是一种为分布式,协作式的,超媒体信息系统.它是一种通用的,无状态(stateless)的协议,除了应用于超文本传输外,它也可以应用于诸如名称服务器和分布对象管理系统之类的系统,这可以通过扩展它的请求方法,错误代码和消息头[47]来实现.HTTP的一个特性

转自:http://www.cnpaf.net/Class/HTTP/200811/23277.html 说明 本文档规定了互联网社区的标准组协议,并需要讨论和建议以便更加完善.请参考 “互联网官方协议标准”(STD 1)来了解本协议的标准化状态.本协议不限流传发布. 版权声明 Copyright (C) The Internet Society (1999).   All Rights Reserved. 摘要 超文本传输协议(HTTP)是一种为分布式,合作式,超媒体信息系统.它是一种通用的,

1.http rfc大致讲了什么? 2.解决了什么问题? HTTP协议描述的是发送方与接收方的通信协议 协议功能: HTTP协议(HyperText Transfer Protocol,超文本传输协议)是用于从WWW服务器传输超文本到本地浏览器的传输协议.它可以使浏览器更加高效,使网络传输减少.它不仅保证计算机正确快速地传输超文本文档,还确定传输文档中的哪一部分,以及哪部分内容首先显示(如文本先于图形)等.HTTP是客户端浏览器或其他程序与web服务器之间的应用层通信协议.在Internet上的

转自:http://www.cnblogs.com/k1988/archive/2010/01/12/2165683.html 说明 本文档规定了互联网社区的标准组协议,并需要讨论和建议以便更加完善.请参考 “互联网官方协议标准”(STD 1)来了解本协议的标准化状态.本协议不限流传发布. 版权声明 Copyright (C) The Internet Society (1999).   All Rights Reserved. 摘要 超文本传输协议(HTTP)是一种为分布式,合作式,超媒体信息

http://blog.sciencenet.cn/blog-1469385-819498.html 文章目录 一.准备工作 二.流程概览 三.流程 首先说说GATK可以做什么.它主要用于从sequencing 数据中进行variant calling,包括SNP.INDEL.比如现在风行的exome sequencing找variant,一般通过BWA+GATK的pipeline进行数据分析. 要run GATK,首先得了解它的网站(http://www.broadinstitute.org/

Spring框架之spring-web web源码完全解析 spring-web是Spring webMVC的基础,由http.remoting.web三部分组成,核心为web模块.http模块封装了http协议中的client/server端的request请求/response响应,编解码,一些格式的转换(如cbor.Rss.json.xml).remoting模块负责远程调用,包括caucho.httpinvoker.jaxws. spring-web的web模块封装了快速开发spring

前面的话 一个URL常常需要代表若干不同的资源.例如那种需要以多种语言提供其内容的网站站点.如果某个站点有说法语的和说英语的两种用户,它可能想用这两种语言提供网站站点信息.理想情况下,服务器应当向英语用户发送英文版,向法语用户发送法文版——用户只要访问网站主页就可以得到相应语言的内容 HTTP提供了内容协商方法,允许客户端和服务器作这样的决定.通过这些方法,单一的URL就可以代表不同的资源(比如,同一个网站页面的法语版和英语版),这些不同的版本称为变体.本文将详细介绍内容协商 总括 对于特定的U

1717: [Usaco2006 Dec]Milk Patterns 产奶的模式 Time Limit: 5 Sec  Memory Limit: 64 MBSubmit: 1017  Solved: 561[Submit][Status][Discuss] Description 农夫John发现他的奶牛产奶的质量一直在变动.经过细致的调查,他发现:虽然他不能预见明天产奶的质量,但连续的若干天的质量有很多重叠.我们称之为一个“模式”. John的牛奶按质量可以被赋予一个0到1000000之间的

Variant Call Format(VCF)是一个用于存储基因序列突变信息的文本格式.表示单碱基突变, 插入/缺失, 拷贝数变异和结构变异等.BCF格式文件是VCF格式的二进制文件. CHROM [chromosome]: 染色体名称. POS [position]: 参考基因组突变碱基位置,如果是INDEL(插入缺失),位置是INDEL的第一个碱基位置. ID [identifier]: 突变的名称.若没有,则用'.'表示其为一个新变种. REF [reference base(s)]:

按黄师姐的说法,做好第一个案例很重要.第一个案例既可以帮助理解CFD的工作流程,还可以帮助熟悉软件的操作界面. 黄师姐推荐的入门案例来自于ANSYS官方提供的培训教程,是一个关于交叉管内流动混合的案例,涉及到流动及传热. 1.问题描述2.案例目的2.FLUENT设置2.1 导入网格2.2 General设置2.3 Models设置郑重申明 1.问题描述 两个异径管道相交,分别流入不同温度的介质,利用FLUENT求解介质混合后的状态. 2.案例目的 案例包含了利用FLUENT进行仿真计算的基本步骤

三代纠错的重要性不言而喻,三代的核心优势就是长,唯一的缺点就是错误率高,但好就好在错误是随机分布的,可以通过算法解决,这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具. 纠错和组装是分不开的,纠错就是为了组装,单纯的为了纠错而纠错是没有意义的. 目前的算法大致可以分为三种:1.三代数据自纠:2.二代对三代纠:3.二代三代混合纠错. 目前已有的三代纠错程序: PacBioToCA 自纠(falcon也是用MHAP,SMRT的HGAP使用的是另一种速度慢的自纠算法,自纠的核心是多重序列比对) CCS

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一.使用GATK前须知事项: (1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验设计(RNA-Seq)的分析方法. (2)GATK是一个应用于前沿科学研究的软件,不断在更新和修正,因此,在使用GATK进行变异检测时,最好是下载最新的版本,目前的版本是2.8.1(2014-02-25).下载网站:http://www.broadinstitute.org/gatk/downloa