做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎.这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools-1.5 一.根据个体提取子集 根据样品名提取vcf文件,准备要保留的个体名文件 keep.list,一行一个个体(参考第三步). 无痛处理,速度超快,命令如下: 1 bcftools view -S keep.list test.vcf >sub_indv.vcf 二.根据染色体位置提取子集 注意

通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的,这里就需要我们将不同samples的文件进行合并,可以通过vcftools的perl模块进行,但是这种方式对perl的要求较高,且操作比较复杂,这里我们选择使用Bcftools,操作简便. 分三步: 将vcf进行压缩,批量压缩的方法: bgzip -c -f -@ merge.vcf > merg

解析JSON JSON 数据 var str = '[{"a": "1","b": "2"}, {"a": "3","b": "4"}]'; JSON 数据需要先解析为数组才方便处理 var arrayStr = JSON.parse(str); 取数组中对象特定属性 取数组中对象某个特定属性,可以这样实现 var arr = arrayStr.m

两个软件的作用:1.samtools mpileup 主要是用于收集BAM文件中的信息,这个位点上有多少条read匹配,匹配read的碱基是什么,并将这些信息存储在BCF文件中.2.bcftools 是真正进行calling的软件.其也可以用来BCF和VCF格式的转换. 常见流程: #index REF $samtools faidx GCF.fa $bowtie2-build ./GCF.fa ./index/GCF #生成bam比对文件 $bowtie2 -x ./index/GCF rea

目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh cat $1 |while read gene chr from to do #echo $chr $from $to if echo $2 |grep -q '.*.vcf.gz$';then vcftools --gzvcf $2 --chr $chr --from-bp $f

python3.4学习笔记(十三) 网络爬虫实例代码,使用pyspider抓取多牛投资吧里面的文章信息PySpider:一个国人编写的强大的网络爬虫系统并带有强大的WebUI,采用Python语言编写,分布式架构,支持多种数据库后端,强大的WebUI支持脚本编辑器,任务监视器,项目管理器以及结果查看器. 用pyspider的demo页面创建了一个爬虫,写一个正则表达式抓取多牛网站上特定的URL,很容易就得到想要的结果了,可以非常方便分析抓取页面里面的内容binux/pyspider · GitH

转自:http://www.crifan.com/files/doc/docbook/web_scrape_emulate_login/release/html/web_scrape_emulate_login.html 摘要本文主要介绍了抓取网站,模拟登陆,抓取动态网页相关的逻辑,原理和如何实现.主要包括: 抓取网页,模拟登陆等背后的通用的逻辑和原理 以提取songtaste网页中标题为例,详解如何抓取网站并提取网页内容 以模拟登陆百度为例,详解如何模拟登陆网站 以抓取网易博客帖子中的最近读者

xmake 是一个基于 Lua 的轻量级跨平台构建工具,使用 xmake.lua 维护项目构建,相比 makefile/CMakeLists.txt,配置语法更加简洁直观,对新手非常友好,短时间内就能快速入门,能够让用户把更多的精力集中在实际的项目开发上. 在 2.5.2 版本中,我们增加了一个重量级的新特性:自动拉取远程交叉编译工具链. 这是用来干什么的呢,做过交叉编译以及有 C/C++ 项目移植经验的同学应该知道,折腾各种交叉编译工具链,移植编译项目是非常麻烦的一件事,需要自己下载对应工具链

一.屏幕抓取(Screen Scraping)的介绍 屏幕抓取使您能够在特定的UI元素或文档(如.PDF文档)中提取数据 二.屏幕抓取(Screen Scraping)在UiPath中的使用 [if !supportLists]1. [endif]打开设计器,在设计库中新建一个Sequence,为序列命名及设置Sequence存放的路径,在Design选项界面,点击"Screen Scraping",之后点击指定的文件, UiPath Studio 将自动为您选择一个屏幕抓取方法,并将

任务 求解第 10,0000.100,0000.1000,0000 ... 个素数(要求精确解). 想法 Sieve of Eratosthenes 学习初等数论的时候曾经学过埃拉托斯特尼筛法(Sieve of Eratosthenes),这是一种非常古老但是非常有效的求解\(p_n\)的方法,其原理非常简单:从2开始,将每个素数的各个倍数都标记成合数. 其原理如下图所示: 图引自维基百科 埃拉托斯特尼筛法相比于传统试除法最大的优势在于:筛法是将素数的各个倍数标记成合数,而非判定每个素数是否是素

samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)

新闻链接:http://www.2cto.com/News/201310/248936.html 新闻时间:2013-10-11 新闻正文: 为发泄长期摇号不中的不满,同时也为自己研发的软件打广告,硕士学历的“80后”软件工程师张某恶意访问本市小客车指标调控管理信息系统网站达 3000余万次,非法获取网站注册申请人的手机号码92万余个,并向其中部分号码发送小广告.张某被检方指控犯有“非法获取计算机信息系统数据罪”.昨 日,该案在朝阳法院开庭. 案情 市民凌晨收到验证短信 去年12月23日凌晨开始

好吧,这是本周(2016.10.21-28)的学习任务之一:安装bowtie2并学习其使用方法&参数设置 所以,啃文档咯,官方文档Version 2.2.9 http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml 以下是我的整理.我不生产文档,我只是文档的搬运工么么哒- Bowtie2适合将长度50-1000bp的reads比对到长的参考序列上.Bowtie 2 indexes the genome with an FM Index (bas

转自:samtools常用命令详解 samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到

使用EHPC实现“完美并行”的高效批处理方案 在高性能计算场景中,用户一次业务计算可以划分为大量的任务,每个任务的处理逻辑相同,但是输入文件.参数设置和输出文件不同.由于每个任务处理逻辑相似,执行时彼此没有依赖,按照高性能计算的并行计算模式,可归为 “embarrassing parallel”一类(又被称为完美并行问题),这类问题很少或根本不需要将问题分成许多并行任务的工作,通这些并行任务之间很少或没有依赖或需要通信,这类问题有一个另外的名称,叫做“批处理”,是高性能计算领域最“完美”的一种场

ECharts 特性介绍 ECharts,一个纯 Javascript 的图表库,可以流畅的运行在 PC 和移动设备上,兼容当前绝大部分浏览器(IE8/9/10/11,Chrome,Firefox,Safari等),底层依赖轻量级的 Canvas 类库 ZRender,提供直观,生动,可交互,可高度个性化定制的数据可视化图表. ECharts 3 中更是加入了更多丰富的交互功能以及更多的可视化效果,并且对移动端做了深度的优化. 丰富的图表类型 ECharts 提供了常规的折线图,柱状图,散点图,

[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b

Unit1 Introduction to the ABAP Dictionary(ABAP字典介绍) 1.1 Describing the ABAP Dictionary(描述ABAP字典) ABAP Dictionary基本功能: Create user-defined types ( data elements, structures, table types ) Create the database objects ( tables, indexes, views ) Find a n

一直好奇,今晚就学习了一番,算是入门的级别,学习总是一个渐进的过程. 一路记录,一路足迹. 一:学习资料 1.主要参考的代码 https://github.com/shengxinjing/imooc-echarts 2.官网 http://echarts.baidu.com/ 3.视频 https://www.imooc.com/learn/687?_wv=1031 二:Echars特性 1.特性 ECharts,一个纯 Javascript 的图表库,可以流畅的运行在 PC 和移动设备上,兼

插件地址:http://echarts.baidu.com/index.html ECharts 特性 特性 丰富的可视化类型 多种数据格式无需转换直接使用 千万数据的前端展现 移动端优化 多渲染方案,跨平台使用! 深度的交互式数据探索 多维数据的支持以及丰富的视觉编码手段 动态数据 绚丽的特效 通过 GL 实现更多更强大绚丽的三维可视化 无障碍访问(4.0+) ECharts,一个使用 JavaScript 实现的开源可视化库,可以流畅的运行在 PC 和移动设备上,兼容当前绝大部分浏览器(IE