在对vcf的操作有这样三个软件: Vcftools:主要用于群体分析,文本处理的功能不是很强大,虽然这个软件也可以拆分样本,但是这种拆分不涉及文件的处理,只是保留在分析流程里. GATK .x:这个软件最大的问题就是需要参考基因组,而且序列长度各个方面都要与待处理的文件一致这样就给我们的数据处理带来一定的麻烦. Bcftools:涉及文本的处理,功能很强大,后续随着我的分析还要继续介绍. 利用Bcftools按样本拆分文件主要利用了“--view”这个软件包,主要代码如下: bcftools v

本节课程,需要完成扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并 先看一下扩增子分析的整体流程,从下向上逐层分析 分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们拿到了双端数据,进行了质控.并对实验设计进行了填写和检查.最后将双端数据合并为单个文件进行下游分析.   接下来我们将序列末端的barcode标签切下来,因为它们是人为添加的,不属于实验对象:再根据标签序列与实验设计文件比对,对每条序列属于哪个样品进行分类:最后我们切除掉扩增使用的引物,因为它们是人工合成的

原网站:https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/75103929 声明:本文为QIIME2官方帮助文档的中文版,由中科院遗传发育所刘永鑫博士翻译并亲测有效,文档翻译己获QIIME2团队官方授权.由于QIIME2更新频繁,如使用中遇到问题请访问QIIME2官方论坛阅读最新版中文帮助. https://forum.qiime2.org/t/qiime2-1-chinese-manual/838 如中文翻译没有急时更新,新阅读英文原版 http

本示例的的数据来自文章<Moving pictures of the human microbiome>,Genome Biology 2011,取样来自两个人身体四个部位五个时间点   进入环境 source activate qiime2-2017.8 退出环境 source deactivate   准备数据 # 创建并进入工作目录 mkdir -p qiime2-moving-pictures-tutorialcd qiime2-moving-pictures-tutorial # 下

beftools非常复杂,大概有20个命令,每个命令下面还有N多个参数 annotate .. edit VCF files, add or remove annotations call .. SNP/indel calling (former "view") cnv .. Copy Number Variation caller concat .. concatenate VCF/BCF files from the same set of samples consensus ..

做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎.这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools-1.5 一.根据个体提取子集 根据样品名提取vcf文件,准备要保留的个体名文件 keep.list,一行一个个体(参考第三步). 无痛处理,速度超快,命令如下: 1 bcftools view -S keep.list test.vcf >sub_indv.vcf 二.根据染色体位置提取子集 注意

前言: 前面分析了APP的现状以及业务组件化的一些探讨(Android业务组件化之现状分析与探讨),以及通信的桥梁Scheme的使用(Android业务组件化之URL Scheme使用),今天重点来聊下子模块SubModule的拆分以及它们之间的路由Router实现.本篇涉及的相关知识比较多,阅读本篇之间需要大致了解一下Java的注解(Java学习之注解Annotation实现原理).Java的动态代理机制(Java设计模式之代理模式(Proxy))等.业务组件化是一个循序渐进的过程,一开始很难

本文简要分析一下如何如何使用C#简单实现合并和拆分word文档.平时我们在处理多个word文档时,可能会想要将两个文档合并为一个,或者是将某个文档的一部分添加到另一个文档中,有的时候也会想要将文档拆分.在Word中,合并或拆分文档最简单的方式就是打开一个原文档的副本文件,复制我们需要的部分,删除不需要的部分,然后再保存文档.使用这种方法在文档比较多或者比较大时手动操作起来比较费时,以下是使用C#实现合并一个Word文档的某一个section到另一个文档或者合并两个完整的Word文档到一个单独的文

C# 合并及拆分PDF文件 有时我们可能会遇到下图这样一种情况 — 我们需要的资料或教程被分成了几部分存放在多个PDF文件中,不管是阅读还是保存都不是很方便,这时我们肯定想要把这些PDF文件合并为一个PDF文件.相对应的,有时候我们也需要拆分一个大的PDF文件,来从中获取我们需要的那一部分资料.这篇文章主要分享如何使用C#来将多个PDF文件合并为一个PDF文件以及将一个PDF文件拆分为多个PDF文件. 合并PDF文件 合并PDF文件的代码很简单,主要分为三步,首先获取需要合并的PDF文件,然后调

复杂SQL拆分优化 拆分SQL是性能优化一种非常有效的方法之一, 具体就是将复杂的SQL按照一定的逻辑逐步分解成简单的SQL,借助临时表,最后执行一个等价的逻辑,已达到高效执行的目的 一直想写一遍通过拆分SQL来优化的博文,最近刚好遇到一个实际案例,比较有代表性,现分享出来, 我们来通过一个案例来分析,为什么拆分语句可以提高SQL执行效率,更重要的是弄清楚,拆分前为什么慢,拆分后为什么快了? 幼稚的话,各位看官莫笑 先看一下相关表的数据量,大表也有5900多万,小表有160多万 (声明:我从来没

上一篇中实现了 C1FlexGrid的撤销还原功能,这篇是要仿 Excel 做一个行列删除以及单元格的自由合并拆分,楼主怕在原工程里复杂的说不清道不明,所以干脆提取出来做了一个 Demo 来说明实现过程,请指教了. 一  前提概要 C1FlexGrid 中自带的 AllowMerging 属性可以控制单元格的自动合并,条件是相邻单元格的内容相同,就自动合并. 其中 Row 和 Column 还有 C1FlexGrid 本身均可设置 AllowMerging 属性,如果设置某行的 AllowMer

1.1 拆分实体到多张表 假设你有如下表,如图6-1.Product表用于存储商品的字符类信息,ProductWebInfo用于存储商品的图片,两张表通过SKU关联.现在你想把两张表的信息整合到一个实体类. 图6-1 1.2 使用code first 新建如下的poco实体: public class Product { [Key] [DatabaseGenerated(DatabaseGeneratedOption.None)] public int SKU { get; set; } pub

几年前,我们这样写前端代码: <div id="el" style="......" onclick="......">测试</div> 慢慢的,我们发现这样做的很多弊端,单就样式一块,改一个样式会涉及到多处调整,所以慢慢的dom标签中的css全部去了一个独立的css文件 再后来,交互变得异常复杂,onclick也不好使了,所以js也分离开了,经典的html+css+javascript结构分离逐步清晰,三种代码各司其职

工作和学习中常常会遇到一行要分割成多行数据的情况,在此整理一下做下对比. 单行拆分 如果表数据只有一行,则可以直接在原表上直接使用connect by+正则的方法,比如: select regexp_substr('444.555.666', '[^.]+', 1, level) col from dual connect by level <= regexp_count('444.555.666', '\.') + 输出结果: COL ---- 444 555 666   多行拆分 如果数据表

Given a positive integer n, break it into the sum of at least two positive integers and maximize the product of those integers. Return the maximum product you can get. For example, given n = 2, return 1 (2 = 1 + 1); given n = 10, return 36 (10 = 3 +

Given a string s and a dictionary of words dict, add spaces in s to construct a sentence where each word is a valid dictionary word. Return all such possible sentences. For example, given s = "catsanddog", dict = ["cat", "cats&quo

Given a string s and a dictionary of words dict, determine if s can be segmented into a space-separated sequence of one or more dictionary words. For example, givens = "leetcode",dict = ["leet", "code"]. Return true because &

Given a string s, partition s such that every substring of the partition is a palindrome. Return the minimum cuts needed for a palindrome partitioning of s. For example, given s = "aab", Return 1 since the palindrome partitioning ["aa"

Given a string s, partition s such that every substring of the partition is a palindrome. Return all possible palindrome partitioning of s. For example, given s = "aab",Return [ ["aa","b"], ["a","a","

LayoutSelection objLytSelect = m_MapLayoutControl.MapLayout.Selection;//.Selection; //LayoutSelection objLytSelect = m_MapLayoutControl.MapLayout.HitTest(; int num =objLytSelect.Count; ) { ];//获取选择集的id LayoutElements layElemetn = m_MapLayoutControl.M